شرح وظایف دفتر نظارت و ارزیابی به شرح زیراست:
•    ارزیابی عملکرد بخش های مختلف پژوهشگاه و ارائه گزارش های دوره ای به هیئت رییسه
•    تعیین شاخص های عملکردی مناسب برای ارزیابی عملکرد هر بخش
•    جمع آوری اطلاعات مورد نیاز  و مقدار هر شاخص به صورت فصلی
•    پردازش آمار جمع‌آوري شده با استفاده از نرم‌افزارهاي مربوطه جهت تهيه گزارش‌های عملكرد ساليانه پژوهشگاه
•    ارائه آمار و اطلاعات، براساس نياز رياست پژوهشگاه
•    ارائه گزارش به نهادهای بالادستی بر اساس درخواست آن نهادها
•    همكاري در تامين نيازهاي آماري افراد، سازمان‌ها و نهادها در چهارچوب ضوابط و مقررات اداري
•    همکاری با مرکز نظارت، ارزیابی و تضمین کیفیت وزارت علوم، تحقیقات و فناوری
•    همکاری با گروه های اعزامی از وزارت علوم و سایر نهادها جهت ارزیابی عملکرد پژوهشگاه
•    کمک به بهبود کیفیت و افزایش بهره وری پژوهشگاه از طریق کمیته بهره وری
•    تعيين خط‌مشي و اهداف كيفي پژوهشگاه
•    تدوين دستورالعمل‌هاي كاري و ساير اسناد سيستم مديريت كيفيت
•    تجزیه و تحلیل مشاهدات بدست آمده از مميزي‌هاي داخلي و خارجي در راستای بهبود کیفیت و شناسايي نقاط بهبود و ارائه پيشنهادهاي لازم در خصوص بهبود عملكرد
•    برگزاری ممیزی‌های داخلی
•    اجرای مصوبات و دستورالعمل¬های شورای نظارت وارزیابی آموزش عالی.
•    جمع¬ آوری اطلاعات و آمار مورد نیاز در چارچوب مصوبات شورای نظارت و ارزیابی آموزش عالی و تجزیه و تحلیل داده¬ ها و دسنه¬ بندی اطلاعات مربوط به آن و ارائه گزارش به شورای نظارت و ارزیابی.
•    ارزیابی ارتقاء کیفیت و کمیت فعالیت های آموزشی، پژوهشی، فناوری، فرهنگی، اجرایی و میزان کارائی برنامه¬ ها و مقررات و تهیه گزارشات مربوط براساس عوامل و شاخص¬ های تعیین شده از سوی شورای نظارت و ارزیابی آموزش عالی و ارائه آن به ریاست پژوهشگاه جهت انعکاس به وزارت علوم، تحقیقات و فناوری.
•    جمع¬ آوری و ارائه نظرات و پیشنهادهای لازم در جهت اصلاح و بهبود کیفیت آموزشی، پژوهشی، فناوری، فرهنگی، اجرایی و ... در پژوهشگاه.