National Institute Of Genetic Engineering and Biotechnology

P.I:Mohammad-Ali Malboobi
Here we provide last mutation observed in Nucleocapsid gene of COVID-19 prevalent in Iran.
We kindly wait your comment or coopration in tracking crona virus project.
Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  * - ? A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y
*     2                                        
-     3,822                                        
?                                              
A     237                                        
C     120                                        
D     186           1                            
E     144                           1            
F     231                                        
G     246                                        
H     52                                        
I     228                                        
K     183                                        
L     324                                        
M     42                                        
N     264                                        
P     174                                        
Q     186                                        
R     126                                        
S     297                                        
T     291                                 1      
V     291                                        
W     36                                        
Y     162                                       1

Nucleotide and amino acid mutations

Here we provide list of mutation observed in Nucleocapsid at gene and protein of COVID-19.
-The position column is nucleotide position in reference genome as NC_045512.2
-The Reference column indicate reference nucleotide in NC_045512.2
-The NS column indicate number of samples that this position have been observed
-The NSR column indicate number of samples with reference nucleotide. Therefore diffrenciate related to Ns indicate number of sample with mutated nucleotide
Contoury Position Reference Alt. NSR NS AAchange
0 Sierra_Leone 21563 A 10 10
1 Sierra_Leone 21564 T 10 10
2 Sierra_Leone 21565 G 10 10
3 Sierra_Leone 21566 T 10 10
4 Sierra_Leone 21567 T 10 10
5 Sierra_Leone 21568 T 10 10
6 Sierra_Leone 21569 G 10 10
7 Sierra_Leone 21570 T 10 10
8 Sierra_Leone 21571 T 10 10
9 Sierra_Leone 21572 T 10 10
10 Sierra_Leone 21573 T 10 10
11 Sierra_Leone 21574 T 10 10
12 Sierra_Leone 21575 C 10 10
13 Sierra_Leone 21576 T 10 10
14 Sierra_Leone 21577 T 10 10
15 Sierra_Leone 21578 G 10 10
16 Sierra_Leone 21579 T 10 10
17 Sierra_Leone 21580 T 10 10
18 Sierra_Leone 21581 T 10 10
19 Sierra_Leone 21582 T 10 10
20 Sierra_Leone 21583 A 10 10
21 Sierra_Leone 21584 T 10 10
22 Sierra_Leone 21585 T 10 10
23 Sierra_Leone 21586 G 10 10
24 Sierra_Leone 21587 C 10 10
25 Sierra_Leone 21588 C 10 10
26 Sierra_Leone 21589 A 10 10
27 Sierra_Leone 21590 C 10 10
28 Sierra_Leone 21591 T 10 10
29 Sierra_Leone 21592 A 10 10
30 Sierra_Leone 21593 G 10 10
31 Sierra_Leone 21594 T 10 10
32 Sierra_Leone 21595 C 10 10
33 Sierra_Leone 21596 T 10 10
34 Sierra_Leone 21597 C 10 10
35 Sierra_Leone 21598 T 10 10
36 Sierra_Leone 21599 A 10 10
37 Sierra_Leone 21600 G 10 10
38 Sierra_Leone 21601 T 10 10
39 Sierra_Leone 21602 C 10 10
40 Sierra_Leone 21603 A 10 10
41 Sierra_Leone 21604 G 10 10
42 Sierra_Leone 21605 T 10 10
43 Sierra_Leone 21606 G 10 10
44 Sierra_Leone 21607 T 10 10
45 Sierra_Leone 21608 G 10 10
46 Sierra_Leone 21609 T 10 10
47 Sierra_Leone 21610 T 10 10
48 Sierra_Leone 21611 A 10 10
49 Sierra_Leone 21612 A 10 10
50 Sierra_Leone 21613 T 10 10
51 Sierra_Leone 21614 C 10 10
52 Sierra_Leone 21615 T 10 10
53 Sierra_Leone 21616 T 10 10
54 Sierra_Leone 21617 A 10 10
55 Sierra_Leone 21618 C 10 10
56 Sierra_Leone 21619 A 10 10
57 Sierra_Leone 21620 A 10 10
58 Sierra_Leone 21621 C 10 10
59 Sierra_Leone 21622 C 10 10
60 Sierra_Leone 21623 A 10 10
61 Sierra_Leone 21624 G 10 10
62 Sierra_Leone 21625 A 10 10
63 Sierra_Leone 21626 A 10 10
64 Sierra_Leone 21627 C 10 10
65 Sierra_Leone 21628 T 10 10
66 Sierra_Leone 21629 C 10 10
67 Sierra_Leone 21630 A 10 10
68 Sierra_Leone 21631 A 10 10
69 Sierra_Leone 21632 T 10 10
70 Sierra_Leone 21633 T 10 10
71 Sierra_Leone 21634 A 10 10
72 Sierra_Leone 21635 C 10 10
73 Sierra_Leone 21636 C 10 10
74 Sierra_Leone 21637 C 10 10
75 Sierra_Leone 21638 C 10 10
76 Sierra_Leone 21639 C 10 10
77 Sierra_Leone 21640 T 10 10
78 Sierra_Leone 21641 G 10 10
79 Sierra_Leone 21642 C 10 10
80 Sierra_Leone 21643 A 10 10
81 Sierra_Leone 21644 T 10 10
82 Sierra_Leone 21645 A 10 10
83 Sierra_Leone 21646 C 10 10
84 Sierra_Leone 21647 A 10 10
85 Sierra_Leone 21648 C 10 10
86 Sierra_Leone 21649 T 10 10
87 Sierra_Leone 21650 A 10 10
88 Sierra_Leone 21651 A 10 10
89 Sierra_Leone 21652 T 10 10
90 Sierra_Leone 21653 T 10 10
91 Sierra_Leone 21654 C 10 10
92 Sierra_Leone 21655 T 10 10
93 Sierra_Leone 21656 T 10 10
94 Sierra_Leone 21657 T 10 10
95 Sierra_Leone 21658 C 10 10
96 Sierra_Leone 21659 A 10 10
97 Sierra_Leone 21660 C 10 10
98 Sierra_Leone 21661 A 10 10
99 Sierra_Leone 21662 C 10 10
100 Sierra_Leone 21663 G 10 10
101 Sierra_Leone 21664 T 10 10
102 Sierra_Leone 21665 G 10 10
103 Sierra_Leone 21666 G 10 10
104 Sierra_Leone 21667 T 10 10
105 Sierra_Leone 21668 G 10 10
106 Sierra_Leone 21669 T 10 10
107 Sierra_Leone 21670 T 10 10
108 Sierra_Leone 21671 T 10 10
109 Sierra_Leone 21672 A 10 10
110 Sierra_Leone 21673 T 10 10
111 Sierra_Leone 21674 T 10 10
112 Sierra_Leone 21675 A 10 10
113 Sierra_Leone 21676 C 10 10
114 Sierra_Leone 21677 C 10 10
115 Sierra_Leone 21678 C 10 10
116 Sierra_Leone 21679 T 10 10
117 Sierra_Leone 21680 G 10 10
118 Sierra_Leone 21681 A 10 10
119 Sierra_Leone 21682 C 10 10
120 Sierra_Leone 21683 A 10 10
121 Sierra_Leone 21684 A 10 10
122 Sierra_Leone 21685 A 10 10
123 Sierra_Leone 21686 G 10 10
124 Sierra_Leone 21687 T 10 10
125 Sierra_Leone 21688 T 10 10
126 Sierra_Leone 21689 T 10 10
127 Sierra_Leone 21690 T 10 10
128 Sierra_Leone 21691 C 10 10
129 Sierra_Leone 21692 A 10 10
130 Sierra_Leone 21693 G 10 10
131 Sierra_Leone 21694 A 10 10
132 Sierra_Leone 21695 T 10 10
133 Sierra_Leone 21696 C 10 10
134 Sierra_Leone 21697 C 10 10
135 Sierra_Leone 21698 T 10 10
136 Sierra_Leone 21699 C 10 10
137 Sierra_Leone 21700 A 10 10
138 Sierra_Leone 21701 G 10 10
139 Sierra_Leone 21702 T 10 10
140 Sierra_Leone 21703 T 10 10
141 Sierra_Leone 21704 T 10 10
142 Sierra_Leone 21705 T 10 10
143 Sierra_Leone 21706 A 10 10
144 Sierra_Leone 21707 C 10 10
145 Sierra_Leone 21708 A 10 10
146 Sierra_Leone 21709 T 10 10
147 Sierra_Leone 21710 T 10 10
148 Sierra_Leone 21711 C 10 10
149 Sierra_Leone 21712 A 10 10
150 Sierra_Leone 21713 A 10 10
151 Sierra_Leone 21714 C 10 10
152 Sierra_Leone 21715 T 10 10
153 Sierra_Leone 21716 C 10 10
154 Sierra_Leone 21717 A 10 10
155 Sierra_Leone 21718 G 10 10
156 Sierra_Leone 21719 G 10 10
157 Sierra_Leone 21720 A 10 10
158 Sierra_Leone 21721 C 10 10
159 Sierra_Leone 21722 T 10 10
160 Sierra_Leone 21723 T 10 10
161 Sierra_Leone 21724 G 10 10
162 Sierra_Leone 21725 T 10 10
163 Sierra_Leone 21726 T 10 10
164 Sierra_Leone 21727 C 10 10
165 Sierra_Leone 21728 T 10 10
166 Sierra_Leone 21729 T 10 10
167 Sierra_Leone 21730 A 10 10
168 Sierra_Leone 21731 C 10 10
169 Sierra_Leone 21732 C 10 10
170 Sierra_Leone 21733 T 10 10
171 Sierra_Leone 21734 T 10 10
172 Sierra_Leone 21735 T 10 10
173 Sierra_Leone 21736 C 10 10
174 Sierra_Leone 21737 T 10 10
175 Sierra_Leone 21738 T 10 10
176 Sierra_Leone 21739 T 10 10
177 Sierra_Leone 21740 T 10 10
178 Sierra_Leone 21741 C 10 10
179 Sierra_Leone 21742 C 10 10
180 Sierra_Leone 21743 A 10 10
181 Sierra_Leone 21744 A 10 10
182 Sierra_Leone 21745 T 10 10
183 Sierra_Leone 21746 G 10 10
184 Sierra_Leone 21747 T 10 10
185 Sierra_Leone 21748 T 10 10
186 Sierra_Leone 21749 A 10 10
187 Sierra_Leone 21750 C 10 10
188 Sierra_Leone 21751 T 10 10
189 Sierra_Leone 21752 T 10 10
190 Sierra_Leone 21753 G 10 10
191 Sierra_Leone 21754 G 10 10
192 Sierra_Leone 21755 T 10 10
193 Sierra_Leone 21756 T 10 10
194 Sierra_Leone 21757 C 10 10
195 Sierra_Leone 21758 C 10 10
196 Sierra_Leone 21759 A 10 10
197 Sierra_Leone 21760 T 10 10
198 Sierra_Leone 21761 G 10 10
199 Sierra_Leone 21762 C 10 10
200 Sierra_Leone 21763 T 10 10
201 Sierra_Leone 21764 A 10 10
202 Sierra_Leone 21765 T 10 10
203 Sierra_Leone 21766 A 10 10
204 Sierra_Leone 21767 C 10 10
205 Sierra_Leone 21768 A 10 10
206 Sierra_Leone 21769 T 10 10
207 Sierra_Leone 21770 G 10 10
208 Sierra_Leone 21771 T 10 10
209 Sierra_Leone 21772 C 10 10
210 Sierra_Leone 21773 T 10 10
211 Sierra_Leone 21774 C 10 10
212 Sierra_Leone 21775 T 10 10
213 Sierra_Leone 21776 G 10 10
214 Sierra_Leone 21777 G 10 10
215 Sierra_Leone 21778 G 10 10
216 Sierra_Leone 21779 A 10 10
217 Sierra_Leone 21780 C 10 10
218 Sierra_Leone 21781 C 10 10
219 Sierra_Leone 21782 A 10 10
220 Sierra_Leone 21783 A 10 10
221 Sierra_Leone 21784 T 10 10
222 Sierra_Leone 21785 G 10 10
223 Sierra_Leone 21786 G 10 10
224 Sierra_Leone 21787 T 10 10
225 Sierra_Leone 21788 A 10 10
226 Sierra_Leone 21789 C 10 10
227 Sierra_Leone 21790 T 10 10
228 Sierra_Leone 21791 A 10 10
229 Sierra_Leone 21792 A 10 10
230 Sierra_Leone 21793 G 10 10
231 Sierra_Leone 21794 A 10 10
232 Sierra_Leone 21795 G 10 10
233 Sierra_Leone 21796 G 10 10
234 Sierra_Leone 21797 T 10 10
235 Sierra_Leone 21798 T 10 10
236 Sierra_Leone 21799 T 10 10
237 Sierra_Leone 21800 G 10 10
238 Sierra_Leone 21801 A 10 10
239 Sierra_Leone 21802 T 10 10
240 Sierra_Leone 21803 A 10 10
241 Sierra_Leone 21804 A 10 10
242 Sierra_Leone 21805 C 10 10
243 Sierra_Leone 21806 C 10 10
244 Sierra_Leone 21807 C 10 10
245 Sierra_Leone 21808 T 10 10
246 Sierra_Leone 21809 G 10 10
247 Sierra_Leone 21810 T 10 10
248 Sierra_Leone 21811 C 10 10
249 Sierra_Leone 21812 C 10 10
250 Sierra_Leone 21813 T 10 10
251 Sierra_Leone 21814 A 10 10
252 Sierra_Leone 21815 C 10 10
253 Sierra_Leone 21816 C 10 10
254 Sierra_Leone 21817 A 10 10
255 Sierra_Leone 21818 T 10 10
256 Sierra_Leone 21819 T 10 10
257 Sierra_Leone 21820 T 10 10
258 Sierra_Leone 21821 A 10 10
259 Sierra_Leone 21822 A 10 10
260 Sierra_Leone 21823 T 10 10
261 Sierra_Leone 21824 G 10 10
262 Sierra_Leone 21825 A 10 10
263 Sierra_Leone 21826 T 10 10
264 Sierra_Leone 21827 G 10 10
265 Sierra_Leone 21828 G 10 10
266 Sierra_Leone 21829 T 10 10
267 Sierra_Leone 21830 G 10 10
268 Sierra_Leone 21831 T 10 10
269 Sierra_Leone 21832 T 10 10
270 Sierra_Leone 21833 T 10 10
271 Sierra_Leone 21834 A 10 10
272 Sierra_Leone 21835 T 10 10
273 Sierra_Leone 21836 T 10 10
274 Sierra_Leone 21837 T 10 10
275 Sierra_Leone 21838 T 10 10
276 Sierra_Leone 21839 G 10 10
277 Sierra_Leone 21840 C 10 10
278 Sierra_Leone 21841 T 10 10
279 Sierra_Leone 21842 T 10 10
280 Sierra_Leone 21843 C 10 10
281 Sierra_Leone 21844 C 10 10
282 Sierra_Leone 21845 A 10 10
283 Sierra_Leone 21846 C 10 10
284 Sierra_Leone 21847 T 10 10
285 Sierra_Leone 21848 G 10 10
286 Sierra_Leone 21849 A 10 10
287 Sierra_Leone 21850 G 10 10
288 Sierra_Leone 21851 A 10 10
289 Sierra_Leone 21852 A 10 10
290 Sierra_Leone 21853 G 10 10
291 Sierra_Leone 21854 T 10 10
292 Sierra_Leone 21855 C 10 10
293 Sierra_Leone 21856 T 10 10
294 Sierra_Leone 21857 A 10 10
295 Sierra_Leone 21858 A 10 10
296 Sierra_Leone 21859 C 10 10
297 Sierra_Leone 21860 A 10 10
298 Sierra_Leone 21861 T 10 10
299 Sierra_Leone 21862 A 10 10
300 Sierra_Leone 21863 A 10 10
301 Sierra_Leone 21864 T 10 10
302 Sierra_Leone 21865 A 10 10
303 Sierra_Leone 21866 A 10 10
304 Sierra_Leone 21867 G 10 10
305 Sierra_Leone 21868 A 10 10
306 Sierra_Leone 21869 G 10 10
307 Sierra_Leone 21870 G 10 10
308 Sierra_Leone 21871 C 10 10
309 Sierra_Leone 21872 T 10 10
310 Sierra_Leone 21873 G 10 10
311 Sierra_Leone 21874 G 10 10
312 Sierra_Leone 21875 A 10 10
313 Sierra_Leone 21876 T 10 10
314 Sierra_Leone 21877 T 10 10
315 Sierra_Leone 21878 T 10 10
316 Sierra_Leone 21879 T 10 10
317 Sierra_Leone 21880 T 10 10
318 Sierra_Leone 21881 G 10 10
319 Sierra_Leone 21882 G 10 10
320 Sierra_Leone 21883 T 10 10
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323 Sierra_Leone 21886 T 10 10
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671 Sierra_Leone 22234 A 11 11
672 Sierra_Leone 22235 C 11 11
673 Sierra_Leone 22236 C 11 11
674 Sierra_Leone 22237 A 11 11
675 Sierra_Leone 22238 T 11 11
676 Sierra_Leone 22239 T 11 11
677 Sierra_Leone 22240 G 11 11
678 Sierra_Leone 22241 G 11 11
679 Sierra_Leone 22242 T 11 11
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681 Sierra_Leone 22244 G 11 11
682 Sierra_Leone 22245 A 11 11
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1022 Sierra_Leone 22585 T 11 11
1023 Sierra_Leone 22586 T 11 11
1024 Sierra_Leone 22587 T 11 11
1025 Sierra_Leone 22588 T 11 11
1026 Sierra_Leone 22589 A 11 11
1027 Sierra_Leone 22590 A 11 11
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1029 Sierra_Leone 22592 G 11 11
1030 Sierra_Leone 22593 C 11 11
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1362 Sierra_Leone 22925 T 11 11
1363 Sierra_Leone 22926 T 11 11
1364 Sierra_Leone 22927 G 11 11
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1366 Sierra_Leone 22929 T 11 11
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1368 Sierra_Leone 22931 A 11 11
1369 Sierra_Leone 22932 G 11 11
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1700 Sierra_Leone 23263 A 11 11
1701 Sierra_Leone 23264 G 11 11
1702 Sierra_Leone 23265 A 11 11
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1704 Sierra_Leone 23267 A 11 11
1705 Sierra_Leone 23268 T 11 11
1706 Sierra_Leone 23269 T 11 11
1707 Sierra_Leone 23270 G 11 11
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2033 Sierra_Leone 23596 T 11 11
2034 Sierra_Leone 23597 A 11 11
2035 Sierra_Leone 23598 A 11 11
2036 Sierra_Leone 23599 T 11 11
2037 Sierra_Leone 23600 T 11 11
2038 Sierra_Leone 23601 C 11 11
2039 Sierra_Leone 23602 T 11 11
2040 Sierra_Leone 23603 C 11 11
2041 Sierra_Leone 23604 C 11 11
2042 Sierra_Leone 23605 T 11 11
2043 Sierra_Leone 23606 C 11 11
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2045 Sierra_Leone 23608 G 11 11
2046 Sierra_Leone 23609 C 11 11
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2357 Sierra_Leone 23920 A 11 11
2358 Sierra_Leone 23921 C 11 11
2359 Sierra_Leone 23922 A 11 11
2360 Sierra_Leone 23923 A 11 11
2361 Sierra_Leone 23924 A 11 11
2362 Sierra_Leone 23925 T 11 11
2363 Sierra_Leone 23926 T 11 11
2364 Sierra_Leone 23927 T 11 11
2365 Sierra_Leone 23928 A 11 11
2366 Sierra_Leone 23929 C T 11 10 Tyr789Tyr
2367 Sierra_Leone 23930 A 11 11
2368 Sierra_Leone 23931 A 11 11
2369 Sierra_Leone 23932 A 11 10
2370 Sierra_Leone 23933 A 11 10
2371 Sierra_Leone 23934 C 11 10
2372 Sierra_Leone 23935 A 11 10
2373 Sierra_Leone 23936 C 11 10
2374 Sierra_Leone 23937 C 11 10
2375 Sierra_Leone 23938 A 11 10
2376 Sierra_Leone 23939 C 11 10
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2378 Sierra_Leone 23941 A 11 10
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2719 Sierra_Leone 24282 A 11 11
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3734 Sierra_Leone 25297 G 11 11
3735 Sierra_Leone 25298 G 11 11
3736 Sierra_Leone 25299 G 11 11
3737 Sierra_Leone 25300 C 11 11
3738 Sierra_Leone 25301 T 11 11
3739 Sierra_Leone 25302 G 11 11
3740 Sierra_Leone 25303 T 11 11
3741 Sierra_Leone 25304 T 11 11
3742 Sierra_Leone 25305 G 11 11
3743 Sierra_Leone 25306 T 11 11
3744 Sierra_Leone 25307 T 11 11
3745 Sierra_Leone 25308 C 11 11
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3751 Sierra_Leone 25314 G 11 11
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