National Institute Of Genetic Engineering and Biotechnology

P.I:Mohammad-Ali Malboobi
Here we provide last mutation observed in Nucleocapsid gene of COVID-19 prevalent in Iran.
We kindly wait your comment or coopration in tracking crona virus project.
Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  * - ? A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y
*     2                                        
-     3,822                                        
?                                              
A     237 1                             3 2 3    
C     120   1     1                             1
D     186     2     1 1         1               3
E 1   144       1                   1            
F     231         3                              
G     246 1         3                       1    
H     52                           1           2
I     228               3                   1    
K     183                 1           2          
L     324         3     1   3     1              
M     42               1                 1      
N     264               1       4       1        
P     174                   2     1     2        
Q     186             2     1     1 1 1          
R     126               1                        
S     297         3         1           1        
T     291 1             9                 2      
V     291         1     1   2               5    
W     36                                        
Y 1   162                                       2

Nucleotide and amino acid mutations

Here we provide list of mutation observed in Nucleocapsid at gene and protein of COVID-19.
-The position column is nucleotide position in reference genome as NC_045512.2
-The Reference column indicate reference nucleotide in NC_045512.2
-The NS column indicate number of samples that this position have been observed
-The NSR column indicate number of samples with reference nucleotide. Therefore diffrenciate related to Ns indicate number of sample with mutated nucleotide
Contoury Position Reference Alt. NSR NS AAchange
0 Saudi_Arabia 21563 A 754 754
1 Saudi_Arabia 21564 T 754 754
2 Saudi_Arabia 21565 G 754 754
3 Saudi_Arabia 21566 T 754 754
4 Saudi_Arabia 21567 T 754 754
5 Saudi_Arabia 21568 T 754 754
6 Saudi_Arabia 21569 G 754 754
7 Saudi_Arabia 21570 T 754 754
8 Saudi_Arabia 21571 T 754 754
9 Saudi_Arabia 21572 T 754 754
10 Saudi_Arabia 21573 T 754 754
11 Saudi_Arabia 21574 T 754 754
12 Saudi_Arabia 21575 C T 754 751 Leu5Phe
13 Saudi_Arabia 21576 T 754 754
14 Saudi_Arabia 21577 T 754 754
15 Saudi_Arabia 21578 G 754 754
16 Saudi_Arabia 21579 T 754 754
17 Saudi_Arabia 21580 T 754 754
18 Saudi_Arabia 21581 T 754 754
19 Saudi_Arabia 21582 T 754 754
20 Saudi_Arabia 21583 A 754 754
21 Saudi_Arabia 21584 T 754 754
22 Saudi_Arabia 21585 T 754 754
23 Saudi_Arabia 21586 G 754 754
24 Saudi_Arabia 21587 C 754 754
25 Saudi_Arabia 21588 C 754 754
26 Saudi_Arabia 21589 A 754 754
27 Saudi_Arabia 21590 C 754 754
28 Saudi_Arabia 21591 T 754 754
29 Saudi_Arabia 21592 A 754 754
30 Saudi_Arabia 21593 G 754 754
31 Saudi_Arabia 21594 T 754 754
32 Saudi_Arabia 21595 C 754 754
33 Saudi_Arabia 21596 T 754 754
34 Saudi_Arabia 21597 C 754 754
35 Saudi_Arabia 21598 T 754 754
36 Saudi_Arabia 21599 A 754 754
37 Saudi_Arabia 21600 G 754 754
38 Saudi_Arabia 21601 T 754 754
39 Saudi_Arabia 21602 C 754 754
40 Saudi_Arabia 21603 A 754 754
41 Saudi_Arabia 21604 G 754 754
42 Saudi_Arabia 21605 T 754 754
43 Saudi_Arabia 21606 G 754 754
44 Saudi_Arabia 21607 T 754 754
45 Saudi_Arabia 21608 G 754 754
46 Saudi_Arabia 21609 T 754 754
47 Saudi_Arabia 21610 T 754 754
48 Saudi_Arabia 21611 A 754 754
49 Saudi_Arabia 21612 A 754 754
50 Saudi_Arabia 21613 T 754 754
51 Saudi_Arabia 21614 C 754 754
52 Saudi_Arabia 21615 T 754 754
53 Saudi_Arabia 21616 T 754 754
54 Saudi_Arabia 21617 A 754 754
55 Saudi_Arabia 21618 C 754 754
56 Saudi_Arabia 21619 A 754 754
57 Saudi_Arabia 21620 A 754 754
58 Saudi_Arabia 21621 C 754 754
59 Saudi_Arabia 21622 C T 753 751 Thr20Thr
60 Saudi_Arabia 21623 A 753 753
61 Saudi_Arabia 21624 G T 753 749 Arg21Ile
62 Saudi_Arabia 21625 A 753 752
63 Saudi_Arabia 21626 A 753 752
64 Saudi_Arabia 21627 C T 753 751 Thr22Ile
65 Saudi_Arabia 21628 T 753 752
66 Saudi_Arabia 21629 C 753 752
67 Saudi_Arabia 21630 A 753 752
68 Saudi_Arabia 21631 A 753 752
69 Saudi_Arabia 21632 T 753 752
70 Saudi_Arabia 21633 T 753 752
71 Saudi_Arabia 21634 A 753 752
72 Saudi_Arabia 21635 C 753 752
73 Saudi_Arabia 21636 C 753 752
74 Saudi_Arabia 21637 C 753 752
75 Saudi_Arabia 21638 C 753 752
76 Saudi_Arabia 21639 C 753 752
77 Saudi_Arabia 21640 T 753 752
78 Saudi_Arabia 21641 G T 753 747 Ala27Ser
79 Saudi_Arabia 21642 C 753 752
80 Saudi_Arabia 21643 A 753 752
81 Saudi_Arabia 21644 T 753 752
82 Saudi_Arabia 21645 A 753 752
83 Saudi_Arabia 21646 C T 753 751 Tyr28Tyr
84 Saudi_Arabia 21647 A 753 752
85 Saudi_Arabia 21648 C 753 752
86 Saudi_Arabia 21649 T 753 752
87 Saudi_Arabia 21650 A 753 752
88 Saudi_Arabia 21651 A T 753 751 Asn30Ile
89 Saudi_Arabia 21652 T 753 752
90 Saudi_Arabia 21653 T 753 752
91 Saudi_Arabia 21654 C 753 752
92 Saudi_Arabia 21655 T 753 752
93 Saudi_Arabia 21656 T 753 752
94 Saudi_Arabia 21657 T 753 752
95 Saudi_Arabia 21658 C T 753 751 Phe32Phe
96 Saudi_Arabia 21659 A 759 759
97 Saudi_Arabia 21660 C 759 759
98 Saudi_Arabia 21661 A 759 759
99 Saudi_Arabia 21662 C 759 759
100 Saudi_Arabia 21663 G 759 759
101 Saudi_Arabia 21664 T 759 759
102 Saudi_Arabia 21665 G 759 759
103 Saudi_Arabia 21666 G 759 759
104 Saudi_Arabia 21667 T 759 759
105 Saudi_Arabia 21668 G 759 759
106 Saudi_Arabia 21669 T 759 759
107 Saudi_Arabia 21670 T 759 759
108 Saudi_Arabia 21671 T 759 759
109 Saudi_Arabia 21672 A 759 759
110 Saudi_Arabia 21673 T 759 759
111 Saudi_Arabia 21674 T 759 759
112 Saudi_Arabia 21675 A 759 759
113 Saudi_Arabia 21676 C 759 759
114 Saudi_Arabia 21677 C 759 759
115 Saudi_Arabia 21678 C 759 759
116 Saudi_Arabia 21679 T 759 759
117 Saudi_Arabia 21680 G 759 759
118 Saudi_Arabia 21681 A 759 759
119 Saudi_Arabia 21682 C 760 760
120 Saudi_Arabia 21683 A 760 760
121 Saudi_Arabia 21684 A 760 760
122 Saudi_Arabia 21685 A 760 760
123 Saudi_Arabia 21686 G 760 760
124 Saudi_Arabia 21687 T 760 760
125 Saudi_Arabia 21688 T 760 760
126 Saudi_Arabia 21689 T 760 760
127 Saudi_Arabia 21690 T 760 760
128 Saudi_Arabia 21691 C T 760 758 Phe43Phe
129 Saudi_Arabia 21692 A 760 760
130 Saudi_Arabia 21693 G 760 760
131 Saudi_Arabia 21694 A 760 760
132 Saudi_Arabia 21695 T 760 760
133 Saudi_Arabia 21696 C 760 760
134 Saudi_Arabia 21697 C 760 760
135 Saudi_Arabia 21698 T 760 760
136 Saudi_Arabia 21699 C 760 760
137 Saudi_Arabia 21700 A 760 760
138 Saudi_Arabia 21701 G 760 760
139 Saudi_Arabia 21702 T 760 760
140 Saudi_Arabia 21703 T 760 760
141 Saudi_Arabia 21704 T 760 760
142 Saudi_Arabia 21705 T 760 760
143 Saudi_Arabia 21706 A 760 760
144 Saudi_Arabia 21707 C 760 760
145 Saudi_Arabia 21708 A 760 760
146 Saudi_Arabia 21709 T 760 760
147 Saudi_Arabia 21710 T 760 760
148 Saudi_Arabia 21711 C 760 760
149 Saudi_Arabia 21712 A 760 760
150 Saudi_Arabia 21713 A 760 760
151 Saudi_Arabia 21714 C 760 760
152 Saudi_Arabia 21715 T 760 760
153 Saudi_Arabia 21716 C 760 760
154 Saudi_Arabia 21717 A G 760 759 Gln52Arg
155 Saudi_Arabia 21718 G 760 760
156 Saudi_Arabia 21719 G 760 760
157 Saudi_Arabia 21720 A 760 760
158 Saudi_Arabia 21721 C 760 760
159 Saudi_Arabia 21722 T 760 760
160 Saudi_Arabia 21723 T 760 760
161 Saudi_Arabia 21724 G 760 760
162 Saudi_Arabia 21725 T 760 760
163 Saudi_Arabia 21726 T 760 760
164 Saudi_Arabia 21727 C 760 760
165 Saudi_Arabia 21728 T 760 760
166 Saudi_Arabia 21729 T 760 760
167 Saudi_Arabia 21730 A 760 760
168 Saudi_Arabia 21731 C 760 760
169 Saudi_Arabia 21732 C 760 760
170 Saudi_Arabia 21733 T 760 760
171 Saudi_Arabia 21734 T 760 760
172 Saudi_Arabia 21735 T 760 760
173 Saudi_Arabia 21736 C 760 760
174 Saudi_Arabia 21737 T 760 760
175 Saudi_Arabia 21738 T 760 760
176 Saudi_Arabia 21739 T 760 760
177 Saudi_Arabia 21740 T 760 760
178 Saudi_Arabia 21741 C 760 760
179 Saudi_Arabia 21742 C 760 760
180 Saudi_Arabia 21743 A 760 760
181 Saudi_Arabia 21744 A 760 760
182 Saudi_Arabia 21745 T 760 760
183 Saudi_Arabia 21746 G 760 760
184 Saudi_Arabia 21747 T 760 760
185 Saudi_Arabia 21748 T 760 760
186 Saudi_Arabia 21749 A 760 760
187 Saudi_Arabia 21750 C 760 760
188 Saudi_Arabia 21751 T 760 760
189 Saudi_Arabia 21752 T 760 760
190 Saudi_Arabia 21753 G 760 760
191 Saudi_Arabia 21754 G 760 760
192 Saudi_Arabia 21755 T 760 760
193 Saudi_Arabia 21756 T 760 760
194 Saudi_Arabia 21757 C 760 760
195 Saudi_Arabia 21758 C 760 760
196 Saudi_Arabia 21759 A 760 760
197 Saudi_Arabia 21760 T 760 760
198 Saudi_Arabia 21761 G 760 760
199 Saudi_Arabia 21762 C T 760 759 Ala67Val
200 Saudi_Arabia 21763 T 760 760
201 Saudi_Arabia 21764 A 760 760
202 Saudi_Arabia 21765 T 760 760
203 Saudi_Arabia 21766 A 760 760
204 Saudi_Arabia 21767 C T 760 759 His69Tyr
205 Saudi_Arabia 21768 A 760 760
206 Saudi_Arabia 21769 T 760 760
207 Saudi_Arabia 21770 G 760 760
208 Saudi_Arabia 21771 T 760 760
209 Saudi_Arabia 21772 C 760 760
210 Saudi_Arabia 21773 T 760 760
211 Saudi_Arabia 21774 C 760 760
212 Saudi_Arabia 21775 T 760 760
213 Saudi_Arabia 21776 G 760 760
214 Saudi_Arabia 21777 G 760 760
215 Saudi_Arabia 21778 G 760 760
216 Saudi_Arabia 21779 A 760 760
217 Saudi_Arabia 21780 C 760 760
218 Saudi_Arabia 21781 C 760 760
219 Saudi_Arabia 21782 A 760 760
220 Saudi_Arabia 21783 A 760 760
221 Saudi_Arabia 21784 T 760 760
222 Saudi_Arabia 21785 G 760 760
223 Saudi_Arabia 21786 G 760 760
224 Saudi_Arabia 21787 T 760 760
225 Saudi_Arabia 21788 A 760 760
226 Saudi_Arabia 21789 C T 760 758 Thr76Ile
227 Saudi_Arabia 21790 T 760 760
228 Saudi_Arabia 21791 A 760 760
229 Saudi_Arabia 21792 A 760 760
230 Saudi_Arabia 21793 G 760 760
231 Saudi_Arabia 21794 A 760 760
232 Saudi_Arabia 21795 G 760 760
233 Saudi_Arabia 21796 G 760 760
234 Saudi_Arabia 21797 T 760 760
235 Saudi_Arabia 21798 T 760 760
236 Saudi_Arabia 21799 T 760 760
237 Saudi_Arabia 21800 G 760 760
238 Saudi_Arabia 21801 A 760 760
239 Saudi_Arabia 21802 T 760 760
240 Saudi_Arabia 21803 A 760 760
241 Saudi_Arabia 21804 A 760 760
242 Saudi_Arabia 21805 C 760 760
243 Saudi_Arabia 21806 C 760 760
244 Saudi_Arabia 21807 C 760 760
245 Saudi_Arabia 21808 T 760 760
246 Saudi_Arabia 21809 G 760 760
247 Saudi_Arabia 21810 T 760 760
248 Saudi_Arabia 21811 C 760 760
249 Saudi_Arabia 21812 C 760 760
250 Saudi_Arabia 21813 T 760 760
251 Saudi_Arabia 21814 A 760 760
252 Saudi_Arabia 21815 C 760 760
253 Saudi_Arabia 21816 C 760 760
254 Saudi_Arabia 21817 A 760 760
255 Saudi_Arabia 21818 T 760 760
256 Saudi_Arabia 21819 T 760 760
257 Saudi_Arabia 21820 T 760 760
258 Saudi_Arabia 21821 A 760 760
259 Saudi_Arabia 21822 A 760 760
260 Saudi_Arabia 21823 T 760 760
261 Saudi_Arabia 21824 G 760 760
262 Saudi_Arabia 21825 A 760 760
263 Saudi_Arabia 21826 T 760 760
264 Saudi_Arabia 21827 G 760 760
265 Saudi_Arabia 21828 G 760 760
266 Saudi_Arabia 21829 T 760 760
267 Saudi_Arabia 21830 G 760 760
268 Saudi_Arabia 21831 T 760 760
269 Saudi_Arabia 21832 T 760 760
270 Saudi_Arabia 21833 T 760 760
271 Saudi_Arabia 21834 A 760 760
272 Saudi_Arabia 21835 T 760 760
273 Saudi_Arabia 21836 T 760 760
274 Saudi_Arabia 21837 T 760 760
275 Saudi_Arabia 21838 T 760 760
276 Saudi_Arabia 21839 G 760 760
277 Saudi_Arabia 21840 C 760 760
278 Saudi_Arabia 21841 T 760 760
279 Saudi_Arabia 21842 T 760 760
280 Saudi_Arabia 21843 C 760 760
281 Saudi_Arabia 21844 C 760 760
282 Saudi_Arabia 21845 A 760 760
283 Saudi_Arabia 21846 C T 760 751 Thr95Ile
284 Saudi_Arabia 21847 T 760 760
285 Saudi_Arabia 21848 G 760 760
286 Saudi_Arabia 21849 A 760 760
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1247 Saudi_Arabia 22810 A 773 773
1248 Saudi_Arabia 22811 A 773 773
1249 Saudi_Arabia 22812 A 773 773
1250 Saudi_Arabia 22813 G 773 773
1251 Saudi_Arabia 22814 A 773 773
1252 Saudi_Arabia 22815 T 773 773
1253 Saudi_Arabia 22816 T 773 773
1254 Saudi_Arabia 22817 G 773 773
1255 Saudi_Arabia 22818 C 773 773
1256 Saudi_Arabia 22819 T 773 773
1257 Saudi_Arabia 22820 G 773 773
1258 Saudi_Arabia 22821 A 773 773
1259 Saudi_Arabia 22822 T 773 773
1260 Saudi_Arabia 22823 T 773 773
1261 Saudi_Arabia 22824 A 773 773
1262 Saudi_Arabia 22825 T 773 773
1263 Saudi_Arabia 22826 A 773 773
1264 Saudi_Arabia 22827 A 773 773
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1445 Saudi_Arabia 23008 T 774 774
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1447 Saudi_Arabia 23010 T 774 774
1448 Saudi_Arabia 23011 T 774 774
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1504 Saudi_Arabia 23067 G 775 774
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1541 Saudi_Arabia 23104 T 777 767
1542 Saudi_Arabia 23105 T 777 766
1543 Saudi_Arabia 23106 T 777 765
1544 Saudi_Arabia 23107 T 777 765
1545 Saudi_Arabia 23108 G T 777 764 Glu516*
1546 Saudi_Arabia 23109 A 777 765
1547 Saudi_Arabia 23110 A 777 765
1548 Saudi_Arabia 23111 C 777 765
1549 Saudi_Arabia 23112 T 777 765
1550 Saudi_Arabia 23113 T 777 765
1551 Saudi_Arabia 23114 C 777 765
1552 Saudi_Arabia 23115 T 777 765
1553 Saudi_Arabia 23116 A 777 766
1554 Saudi_Arabia 23117 C 777 766
1555 Saudi_Arabia 23118 A 777 766
1556 Saudi_Arabia 23119 T 783 772
1557 Saudi_Arabia 23120 G 790 781
1558 Saudi_Arabia 23121 C 806 801
1559 Saudi_Arabia 23122 A 909 908
1560 Saudi_Arabia 23123 C 939 939
1561 Saudi_Arabia 23124 C 940 940
1562 Saudi_Arabia 23125 A 941 941
1563 Saudi_Arabia 23126 G 941 941
1564 Saudi_Arabia 23127 C 941 941
1565 Saudi_Arabia 23128 A 941 941
1566 Saudi_Arabia 23129 A 941 941
1567 Saudi_Arabia 23130 C 941 941
1568 Saudi_Arabia 23131 T 941 941
1569 Saudi_Arabia 23132 G 941 941
1570 Saudi_Arabia 23133 T 941 941
1571 Saudi_Arabia 23134 T 941 941
1572 Saudi_Arabia 23135 T 941 941
1573 Saudi_Arabia 23136 G 941 941
1574 Saudi_Arabia 23137 T 941 941
1575 Saudi_Arabia 23138 G 941 941
1576 Saudi_Arabia 23139 G 941 941
1577 Saudi_Arabia 23140 A 941 941
1578 Saudi_Arabia 23141 C 941 941
1579 Saudi_Arabia 23142 C 941 941
1580 Saudi_Arabia 23143 T 941 941
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1632 Saudi_Arabia 23195 G 942 942
1633 Saudi_Arabia 23196 G 942 942
1634 Saudi_Arabia 23197 T 942 942
1635 Saudi_Arabia 23198 T 942 942
1636 Saudi_Arabia 23199 T 942 942
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1640 Saudi_Arabia 23203 A 942 942
1641 Saudi_Arabia 23204 G 942 942
1642 Saudi_Arabia 23205 G 942 942
1643 Saudi_Arabia 23206 C 942 942
1644 Saudi_Arabia 23207 A 942 942
1645 Saudi_Arabia 23208 C 942 942
1646 Saudi_Arabia 23209 A 942 942
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1652 Saudi_Arabia 23215 T 942 942
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1654 Saudi_Arabia 23217 T 942 942
1655 Saudi_Arabia 23218 T 942 942
1656 Saudi_Arabia 23219 A 942 942
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1878 Saudi_Arabia 23441 G 942 942
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3732 Saudi_Arabia 25295 A 937 937
3733 Saudi_Arabia 25296 A 937 937
3734 Saudi_Arabia 25297 G 937 937
3735 Saudi_Arabia 25298 G 937 937
3736 Saudi_Arabia 25299 G 937 937
3737 Saudi_Arabia 25300 C 937 937
3738 Saudi_Arabia 25301 T 937 937
3739 Saudi_Arabia 25302 G 937 937
3740 Saudi_Arabia 25303 T 937 937
3741 Saudi_Arabia 25304 T 937 937
3742 Saudi_Arabia 25305 G 937 937
3743 Saudi_Arabia 25306 T 937 937
3744 Saudi_Arabia 25307 T 937 937
3745 Saudi_Arabia 25308 C 937 937
3746 Saudi_Arabia 25309 T 937 937
3747 Saudi_Arabia 25310 T 937 937
3748 Saudi_Arabia 25311 G T,A 937 935 Cys1250Phe-p.Cys1250Tyr
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