National Institute Of Genetic Engineering and Biotechnology

P.I:Mohammad-Ali Malboobi
Here we provide last mutation observed in Nucleocapsid gene of COVID-19 prevalent in Iran.
We kindly wait your comment or coopration in tracking crona virus project.
Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  * - ? A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y
*     2                                        
-     366                                        
?                                              
A     15                                        
C     21                                        
D     22                                        
E     18                                        
F     24                                        
G     15                                        
H     12                                        
I     30                                        
K     15                                        
L     30                               1        
M     3                                        
N     6                                        
P     21                   1                    
Q 1   18                                        
R     12               1                        
S     27                                        
T     15                                        
V     36                   1                    
W     3                                        
Y     21   1                                    

Nucleotide and amino acid mutations

Here we provide list of mutation observed in Nucleocapsid at gene and protein of COVID-19.
-The position column is nucleotide position in reference genome as NC_045512.2
-The Reference column indicate reference nucleotide in NC_045512.2
-The NS column indicate number of samples that this position have been observed
-The NSR column indicate number of samples with reference nucleotide. Therefore diffrenciate related to Ns indicate number of sample with mutated nucleotide
Contoury Position Reference Alt. NSR NS AAchange
0 Vietnam 27894 A 116 116
1 Vietnam 27895 T 116 116
2 Vietnam 27896 G 116 116
3 Vietnam 27897 A 116 116
4 Vietnam 27898 A 116 116
5 Vietnam 27899 A 116 116
6 Vietnam 27900 T 116 116
7 Vietnam 27901 T 116 116
8 Vietnam 27902 T 116 116
9 Vietnam 27903 C 116 116
10 Vietnam 27904 T 116 116
11 Vietnam 27905 T 116 116
12 Vietnam 27906 G 116 116
13 Vietnam 27907 T 116 116
14 Vietnam 27908 T 116 116
15 Vietnam 27909 T 116 116
16 Vietnam 27910 T 116 116
17 Vietnam 27911 C 116 116
18 Vietnam 27912 T 116 116
19 Vietnam 27913 T 116 116
20 Vietnam 27914 A 116 116
21 Vietnam 27915 G 116 116
22 Vietnam 27916 G 116 116
23 Vietnam 27917 A 116 116
24 Vietnam 27918 A 116 116
25 Vietnam 27919 T 116 116
26 Vietnam 27920 C 116 116
27 Vietnam 27921 A 116 116
28 Vietnam 27922 T 116 116
29 Vietnam 27923 C 116 116
30 Vietnam 27924 A 116 116
31 Vietnam 27925 C 116 116
32 Vietnam 27926 A 116 116
33 Vietnam 27927 A 116 116
34 Vietnam 27928 C 116 116
35 Vietnam 27929 T 116 116
36 Vietnam 27930 G 116 116
37 Vietnam 27931 T 116 116
38 Vietnam 27932 A 116 116
39 Vietnam 27933 G 116 116
40 Vietnam 27934 C 116 116
41 Vietnam 27935 T 116 116
42 Vietnam 27936 G 116 116
43 Vietnam 27937 C 116 116
44 Vietnam 27938 A 116 116
45 Vietnam 27939 T 116 116
46 Vietnam 27940 T 116 116
47 Vietnam 27941 T 116 116
48 Vietnam 27942 C 116 116
49 Vietnam 27943 A 116 116
50 Vietnam 27944 C 116 116
51 Vietnam 27945 C 116 116
52 Vietnam 27946 A 116 116
53 Vietnam 27947 A 116 116
54 Vietnam 27948 G 116 116
55 Vietnam 27949 A 116 116
56 Vietnam 27950 A 116 116
57 Vietnam 27951 T 116 116
58 Vietnam 27952 G 116 116
59 Vietnam 27953 T 116 116
60 Vietnam 27954 A 116 116
61 Vietnam 27955 G 116 116
62 Vietnam 27956 T 116 116
63 Vietnam 27957 T 116 116
64 Vietnam 27958 T 116 116
65 Vietnam 27959 A 116 116
66 Vietnam 27960 C 116 116
67 Vietnam 27961 A 116 116
68 Vietnam 27962 G 116 116
69 Vietnam 27963 T 116 116
70 Vietnam 27964 C 116 116
71 Vietnam 27965 A 116 116
72 Vietnam 27966 T 116 116
73 Vietnam 27967 G 116 116
74 Vietnam 27968 T 116 116
75 Vietnam 27969 A 116 116
76 Vietnam 27970 C 116 116
77 Vietnam 27971 T 116 116
78 Vietnam 27972 C T 116 115 Gln27*
79 Vietnam 27973 A 116 116
80 Vietnam 27974 A 116 116
81 Vietnam 27975 C 116 116
82 Vietnam 27976 A 116 116
83 Vietnam 27977 T 116 116
84 Vietnam 27978 C 116 116
85 Vietnam 27979 A 116 116
86 Vietnam 27980 A 116 116
87 Vietnam 27981 C 116 116
88 Vietnam 27982 C T 116 115 Pro30Leu
89 Vietnam 27983 A 116 116
90 Vietnam 27984 T 116 116
91 Vietnam 27985 A 116 116
92 Vietnam 27986 T 116 116
93 Vietnam 27987 G 116 116
94 Vietnam 27988 T 116 116
95 Vietnam 27989 A 116 116
96 Vietnam 27990 G 116 116
97 Vietnam 27991 T 116 116
98 Vietnam 27992 T 116 116
99 Vietnam 27993 G 116 116
100 Vietnam 27994 A 116 116
101 Vietnam 27995 T 116 116
102 Vietnam 27996 G 116 116
103 Vietnam 27997 A 116 116
104 Vietnam 27998 C 116 116
105 Vietnam 27999 C 116 116
106 Vietnam 28000 C 116 116
107 Vietnam 28001 G 116 116
108 Vietnam 28002 T 116 116
109 Vietnam 28003 G 116 116
110 Vietnam 28004 T 116 116
111 Vietnam 28005 C 116 116
112 Vietnam 28006 C 116 116
113 Vietnam 28007 T 116 116
114 Vietnam 28008 A 116 116
115 Vietnam 28009 T 116 116
116 Vietnam 28010 T 116 116
117 Vietnam 28011 C 116 116
118 Vietnam 28012 A 116 116
119 Vietnam 28013 C 116 116
120 Vietnam 28014 T 116 116
121 Vietnam 28015 T 116 116
122 Vietnam 28016 C 116 116
123 Vietnam 28017 T 116 116
124 Vietnam 28018 A 116 116
125 Vietnam 28019 T 116 116
126 Vietnam 28020 T 116 116
127 Vietnam 28021 C 116 116
128 Vietnam 28022 T 116 116
129 Vietnam 28023 A 116 116
130 Vietnam 28024 A 116 116
131 Vietnam 28025 A 116 116
132 Vietnam 28026 T 116 116
133 Vietnam 28027 G 116 116
134 Vietnam 28028 G 116 116
135 Vietnam 28029 T 116 116
136 Vietnam 28030 A 116 116
137 Vietnam 28031 T 116 116
138 Vietnam 28032 A 116 116
139 Vietnam 28033 T 116 116
140 Vietnam 28034 T 116 116
141 Vietnam 28035 A 116 116
142 Vietnam 28036 G 116 116
143 Vietnam 28037 A 116 116
144 Vietnam 28038 G 116 116
145 Vietnam 28039 T 116 116
146 Vietnam 28040 A 116 116
147 Vietnam 28041 G 116 116
148 Vietnam 28042 G 116 116
149 Vietnam 28043 A 116 116
150 Vietnam 28044 G 116 116
151 Vietnam 28045 C 116 116
152 Vietnam 28046 T 116 116
153 Vietnam 28047 A 116 116
154 Vietnam 28048 G T 116 115 Arg52Ile
155 Vietnam 28049 A 116 116
156 Vietnam 28050 A 116 116
157 Vietnam 28051 A 116 116
158 Vietnam 28052 A 116 116
159 Vietnam 28053 T 116 116
160 Vietnam 28054 C 116 116
161 Vietnam 28055 A 116 116
162 Vietnam 28056 G 116 116
163 Vietnam 28057 C 116 116
164 Vietnam 28058 A 116 116
165 Vietnam 28059 C 116 116
166 Vietnam 28060 C 116 116
167 Vietnam 28061 T 116 116
168 Vietnam 28062 T 116 116
169 Vietnam 28063 T 116 116
170 Vietnam 28064 A 116 116
171 Vietnam 28065 A 116 116
172 Vietnam 28066 T 116 116
173 Vietnam 28067 T 116 116
174 Vietnam 28068 G 116 116
175 Vietnam 28069 A 116 116
176 Vietnam 28070 A 116 116
177 Vietnam 28071 T 116 116
178 Vietnam 28072 T 116 116
179 Vietnam 28073 G 116 116
180 Vietnam 28074 T 116 116
181 Vietnam 28075 G 116 116
182 Vietnam 28076 C 116 116
183 Vietnam 28077 G C 116 112 Val62Leu
184 Vietnam 28078 T 116 116
185 Vietnam 28079 G 116 116
186 Vietnam 28080 G 116 116
187 Vietnam 28081 A 116 116
188 Vietnam 28082 T 116 116
189 Vietnam 28083 G 116 116
190 Vietnam 28084 A 116 116
191 Vietnam 28085 G 116 116
192 Vietnam 28086 G 116 116
193 Vietnam 28087 C 116 116
194 Vietnam 28088 T 116 116
195 Vietnam 28089 G 116 116
196 Vietnam 28090 G 116 116
197 Vietnam 28091 T 116 116
198 Vietnam 28092 T 116 116
199 Vietnam 28093 C 116 116
200 Vietnam 28094 T 116 116
201 Vietnam 28095 A 116 116
202 Vietnam 28096 A 116 116
203 Vietnam 28097 A 116 116
204 Vietnam 28098 T 116 116
205 Vietnam 28099 C 116 116
206 Vietnam 28100 A 116 116
207 Vietnam 28101 C 116 116
208 Vietnam 28102 C 116 116
209 Vietnam 28103 C 116 116
210 Vietnam 28104 A 116 116
211 Vietnam 28105 T 116 116
212 Vietnam 28106 T 116 116
213 Vietnam 28107 C 116 116
214 Vietnam 28108 A 116 116
215 Vietnam 28109 G 116 116
216 Vietnam 28110 T 116 116
217 Vietnam 28111 A G 116 115 Tyr73Cys
218 Vietnam 28112 C 116 116
219 Vietnam 28113 A 116 116
220 Vietnam 28114 T 116 116
221 Vietnam 28115 C 116 116
222 Vietnam 28116 G 116 116
223 Vietnam 28117 A 116 116
224 Vietnam 28118 T 116 116
225 Vietnam 28119 A 116 116
226 Vietnam 28120 T 116 116
227 Vietnam 28121 C 116 116
228 Vietnam 28122 G 116 116
229 Vietnam 28123 G 116 116
230 Vietnam 28124 T 116 116
231 Vietnam 28125 A 116 116
232 Vietnam 28126 A 116 116
233 Vietnam 28127 T 116 116
234 Vietnam 28128 T 116 116
235 Vietnam 28129 A 116 116
236 Vietnam 28130 T 116 116
237 Vietnam 28131 A 116 116
238 Vietnam 28132 C 116 116
239 Vietnam 28133 A 116 116
240 Vietnam 28134 G 116 116
241 Vietnam 28135 T 116 116
242 Vietnam 28136 T 116 116
243 Vietnam 28137 T 116 116
244 Vietnam 28138 C 116 116
245 Vietnam 28139 C 116 116
246 Vietnam 28140 T 116 116
247 Vietnam 28141 G 116 116
248 Vietnam 28142 T 116 116
249 Vietnam 28143 T 116 116
250 Vietnam 28144 T C 116 109 Leu84Ser
251 Vietnam 28145 A 116 116
252 Vietnam 28146 C 116 116
253 Vietnam 28147 C 116 116
254 Vietnam 28148 T 116 116
255 Vietnam 28149 T 116 116
256 Vietnam 28150 T 116 116
257 Vietnam 28151 T 116 116
258 Vietnam 28152 A 116 116
259 Vietnam 28153 C 116 116
260 Vietnam 28154 A 116 116
261 Vietnam 28155 A 116 116
262 Vietnam 28156 T 116 116
263 Vietnam 28157 T 116 116
264 Vietnam 28158 A 116 116
265 Vietnam 28159 A 116 116
266 Vietnam 28160 T 116 116
267 Vietnam 28161 T 116 116
268 Vietnam 28162 G 116 116
269 Vietnam 28163 C 116 116
270 Vietnam 28164 C 116 116
271 Vietnam 28165 A 116 116
272 Vietnam 28166 G 116 116
273 Vietnam 28167 G 116 116
274 Vietnam 28168 A 116 116
275 Vietnam 28169 A 116 116
276 Vietnam 28170 C 116 116
277 Vietnam 28171 C 116 116
278 Vietnam 28172 T 116 116
279 Vietnam 28173 A 116 116
280 Vietnam 28174 A 116 116
281 Vietnam 28175 A 116 116
282 Vietnam 28176 T 116 116
283 Vietnam 28177 T 116 116
284 Vietnam 28178 G 116 116
285 Vietnam 28179 G 116 116
286 Vietnam 28180 G 116 116
287 Vietnam 28181 T 116 116
288 Vietnam 28182 A 116 116
289 Vietnam 28183 G 116 116
290 Vietnam 28184 T 116 116
291 Vietnam 28185 C 116 116
292 Vietnam 28186 T 116 116
293 Vietnam 28187 T 116 116
294 Vietnam 28188 G 116 116
295 Vietnam 28189 T 116 116
296 Vietnam 28190 A 116 116
297 Vietnam 28191 G 116 116
298 Vietnam 28192 T 116 116
299 Vietnam 28193 G 116 116
300 Vietnam 28194 C 116 116
301 Vietnam 28195 G 116 116
302 Vietnam 28196 T 116 116
303 Vietnam 28197 T 116 116
304 Vietnam 28198 G 116 116
305 Vietnam 28199 T 116 116
306 Vietnam 28200 T 116 116
307 Vietnam 28201 C 116 116
308 Vietnam 28202 G 116 116
309 Vietnam 28203 T 116 116
310 Vietnam 28204 T 116 116
311 Vietnam 28205 C 116 116
312 Vietnam 28206 T 116 116
313 Vietnam 28207 A 116 116
314 Vietnam 28208 T 116 116
315 Vietnam 28209 G 116 116
316 Vietnam 28210 A 116 116
317 Vietnam 28211 A 116 116
318 Vietnam 28212 G 116 116
319 Vietnam 28213 A 116 116
320 Vietnam 28214 C 116 116
321 Vietnam 28215 T 116 116
322 Vietnam 28216 T 116 116
323 Vietnam 28217 T 116 116
324 Vietnam 28218 T 116 116
325 Vietnam 28219 T 116 116
326 Vietnam 28220 A 116 116
327 Vietnam 28221 G 116 116
328 Vietnam 28222 A 116 116
329 Vietnam 28223 G 116 116
330 Vietnam 28224 T 116 116
331 Vietnam 28225 A 116 116
332 Vietnam 28226 T 116 116
333 Vietnam 28227 C 116 116
334 Vietnam 28228 A 116 116
335 Vietnam 28229 T 116 116
336 Vietnam 28230 G 116 116
337 Vietnam 28231 A 116 116
338 Vietnam 28232 C 116 116
339 Vietnam 28233 G 116 116
340 Vietnam 28234 T 116 116
341 Vietnam 28235 T 116 116
342 Vietnam 28236 C 116 116
343 Vietnam 28237 G 116 116
344 Vietnam 28238 T 116 116
345 Vietnam 28239 G 116 116
346 Vietnam 28240 T 116 116
347 Vietnam 28241 T 116 116
348 Vietnam 28242 G 116 116
349 Vietnam 28243 T 116 116
350 Vietnam 28244 T 116 116
351 Vietnam 28245 T 116 116
352 Vietnam 28246 T 116 116
353 Vietnam 28247 A 116 116
354 Vietnam 28248 G 116 116
355 Vietnam 28249 A 116 116
356 Vietnam 28250 T 116 116
357 Vietnam 28251 T 116 116
358 Vietnam 28252 T 116 116
359 Vietnam 28253 C 116 116
360 Vietnam 28254 A 116 116
361 Vietnam 28255 T 116 116
362 Vietnam 28256 C 116 116
363 Vietnam 28257 T 116 116
364 Vietnam 28258 A 116 116
365 Vietnam 28259 A 116 116