National Institute Of Genetic Engineering and Biotechnology

P.I:Mohammad-Ali Malboobi
Here we provide last mutation observed in Nucleocapsid gene of COVID-19 prevalent in Iran.
We kindly wait your comment or coopration in tracking crona virus project.

Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  * - ? A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y
*     2                                        
-     366                                        
?                                              
A     15                                        
C     21                                        
D     22                                        
E     18                                        
F     24                                        
G     15                                        
H     12                                        
I     30                                        
K     15                                        
L     30                               1        
M     3                                        
N     6                                        
P     21                                        
Q     18                                        
R     12                                        
S     27         1                              
T     15                                        
V     36                                        
W     3                                        
Y     21                                        

Nucleotide and amino acid mutations

Here we provide list of mutation observed in Nucleocapsid at gene and protein of COVID-19.
-The position column is nucleotide position in reference genome as NC_045512.2
-The Reference column indicate reference nucleotide in NC_045512.2
-The NS column indicate number of samples that this position have been observed
-The NSR column indicate number of samples with reference nucleotide. Therefore diffrenciate related to Ns indicate number of sample with mutated nucleotide

Contoury Position Reference Alt. NSR NS AAchange
0 Uruguay 27894 A 127 127
1 Uruguay 27895 T 127 127
2 Uruguay 27896 G 127 127
3 Uruguay 27897 A 127 127
4 Uruguay 27898 A 127 127
5 Uruguay 27899 A 127 127
6 Uruguay 27900 T 127 127
7 Uruguay 27901 T 127 127
8 Uruguay 27902 T 127 127
9 Uruguay 27903 C 127 127
10 Uruguay 27904 T 127 127
11 Uruguay 27905 T 127 127
12 Uruguay 27906 G 127 127
13 Uruguay 27907 T 127 127
14 Uruguay 27908 T 127 127
15 Uruguay 27909 T 127 127
16 Uruguay 27910 T 127 127
17 Uruguay 27911 C 127 127
18 Uruguay 27912 T 127 127
19 Uruguay 27913 T 127 127
20 Uruguay 27914 A 127 127
21 Uruguay 27915 G 127 127
22 Uruguay 27916 G 127 127
23 Uruguay 27917 A 127 127
24 Uruguay 27918 A 127 127
25 Uruguay 27919 T 127 127
26 Uruguay 27920 C 127 127
27 Uruguay 27921 A 127 127
28 Uruguay 27922 T 127 127
29 Uruguay 27923 C 127 127
30 Uruguay 27924 A 127 127
31 Uruguay 27925 C 127 127
32 Uruguay 27926 A 127 127
33 Uruguay 27927 A 127 127
34 Uruguay 27928 C 127 127
35 Uruguay 27929 T 127 127
36 Uruguay 27930 G 127 127
37 Uruguay 27931 T 127 127
38 Uruguay 27932 A 127 127
39 Uruguay 27933 G 127 127
40 Uruguay 27934 C 127 127
41 Uruguay 27935 T 127 127
42 Uruguay 27936 G 127 127
43 Uruguay 27937 C 127 127
44 Uruguay 27938 A 127 127
45 Uruguay 27939 T 127 127
46 Uruguay 27940 T 127 127
47 Uruguay 27941 T 127 127
48 Uruguay 27942 C 127 127
49 Uruguay 27943 A 127 127
50 Uruguay 27944 C 127 127
51 Uruguay 27945 C 127 127
52 Uruguay 27946 A 127 127
53 Uruguay 27947 A 127 127
54 Uruguay 27948 G 127 127
55 Uruguay 27949 A 127 127
56 Uruguay 27950 A 127 127
57 Uruguay 27951 T 127 127
58 Uruguay 27952 G 127 127
59 Uruguay 27953 T 127 127
60 Uruguay 27954 A 127 127
61 Uruguay 27955 G 127 127
62 Uruguay 27956 T 127 127
63 Uruguay 27957 T 127 127
64 Uruguay 27958 T 127 127
65 Uruguay 27959 A 127 127
66 Uruguay 27960 C 127 127
67 Uruguay 27961 A 127 127
68 Uruguay 27962 G 127 127
69 Uruguay 27963 T 127 127
70 Uruguay 27964 C 127 127
71 Uruguay 27965 A 127 127
72 Uruguay 27966 T 127 127
73 Uruguay 27967 G 127 127
74 Uruguay 27968 T 127 127
75 Uruguay 27969 A 127 127
76 Uruguay 27970 C 127 127
77 Uruguay 27971 T 127 127
78 Uruguay 27972 C 127 127
79 Uruguay 27973 A 127 127
80 Uruguay 27974 A 127 127
81 Uruguay 27975 C 127 127
82 Uruguay 27976 A 127 127
83 Uruguay 27977 T 127 127
84 Uruguay 27978 C 127 127
85 Uruguay 27979 A 127 127
86 Uruguay 27980 A 127 127
87 Uruguay 27981 C 127 127
88 Uruguay 27982 C 127 127
89 Uruguay 27983 A 127 127
90 Uruguay 27984 T 127 127
91 Uruguay 27985 A 127 127
92 Uruguay 27986 T 127 127
93 Uruguay 27987 G 127 127
94 Uruguay 27988 T 127 127
95 Uruguay 27989 A 127 127
96 Uruguay 27990 G 127 127
97 Uruguay 27991 T 127 127
98 Uruguay 27992 T 127 127
99 Uruguay 27993 G 127 127
100 Uruguay 27994 A 127 127
101 Uruguay 27995 T 127 127
102 Uruguay 27996 G 127 127
103 Uruguay 27997 A 127 127
104 Uruguay 27998 C 127 127
105 Uruguay 27999 C 127 127
106 Uruguay 28000 C 127 127
107 Uruguay 28001 G 127 127
108 Uruguay 28002 T 127 127
109 Uruguay 28003 G 127 127
110 Uruguay 28004 T 127 127
111 Uruguay 28005 C 127 127
112 Uruguay 28006 C 127 127
113 Uruguay 28007 T 127 127
114 Uruguay 28008 A 127 127
115 Uruguay 28009 T 127 127
116 Uruguay 28010 T 127 127
117 Uruguay 28011 C 127 127
118 Uruguay 28012 A 127 127
119 Uruguay 28013 C 127 127
120 Uruguay 28014 T 127 127
121 Uruguay 28015 T 127 127
122 Uruguay 28016 C 127 127
123 Uruguay 28017 T 127 127
124 Uruguay 28018 A 127 127
125 Uruguay 28019 T 127 127
126 Uruguay 28020 T 127 127
127 Uruguay 28021 C 127 127
128 Uruguay 28022 T 127 127
129 Uruguay 28023 A 127 127
130 Uruguay 28024 A 127 127
131 Uruguay 28025 A 127 127
132 Uruguay 28026 T 127 127
133 Uruguay 28027 G 127 127
134 Uruguay 28028 G 127 127
135 Uruguay 28029 T 127 127
136 Uruguay 28030 A 127 127
137 Uruguay 28031 T 127 127
138 Uruguay 28032 A 127 127
139 Uruguay 28033 T 127 127
140 Uruguay 28034 T 127 127
141 Uruguay 28035 A 127 127
142 Uruguay 28036 G 127 127
143 Uruguay 28037 A 127 127
144 Uruguay 28038 G 127 127
145 Uruguay 28039 T 127 127
146 Uruguay 28040 A 127 127
147 Uruguay 28041 G 127 127
148 Uruguay 28042 G 127 127
149 Uruguay 28043 A 127 127
150 Uruguay 28044 G 127 127
151 Uruguay 28045 C 127 127
152 Uruguay 28046 T 127 127
153 Uruguay 28047 A 127 127
154 Uruguay 28048 G 127 127
155 Uruguay 28049 A 127 127
156 Uruguay 28050 A 127 127
157 Uruguay 28051 A 127 127
158 Uruguay 28052 A 127 127
159 Uruguay 28053 T 127 127
160 Uruguay 28054 C 127 127
161 Uruguay 28055 A 127 127
162 Uruguay 28056 G 127 127
163 Uruguay 28057 C 127 127
164 Uruguay 28058 A 127 127
165 Uruguay 28059 C 127 127
166 Uruguay 28060 C 127 127
167 Uruguay 28061 T 127 127
168 Uruguay 28062 T 127 127
169 Uruguay 28063 T 127 127
170 Uruguay 28064 A 127 127
171 Uruguay 28065 A 127 127
172 Uruguay 28066 T 127 127
173 Uruguay 28067 T 127 127
174 Uruguay 28068 G 127 127
175 Uruguay 28069 A 127 127
176 Uruguay 28070 A 127 127
177 Uruguay 28071 T 127 127
178 Uruguay 28072 T 127 127
179 Uruguay 28073 G 127 127
180 Uruguay 28074 T 127 127
181 Uruguay 28075 G 127 127
182 Uruguay 28076 C 127 127
183 Uruguay 28077 G 127 127
184 Uruguay 28078 T 127 127
185 Uruguay 28079 G 127 127
186 Uruguay 28080 G 127 127
187 Uruguay 28081 A 127 127
188 Uruguay 28082 T 127 127
189 Uruguay 28083 G 127 127
190 Uruguay 28084 A 128 128
191 Uruguay 28085 G 128 128
192 Uruguay 28086 G 128 128
193 Uruguay 28087 C 128 128
194 Uruguay 28088 T 128 128
195 Uruguay 28089 G 128 128
196 Uruguay 28090 G 128 128
197 Uruguay 28091 T 128 128
198 Uruguay 28092 T 128 128
199 Uruguay 28093 C T 128 106 Ser67Phe
200 Uruguay 28094 T 128 128
201 Uruguay 28095 A 128 128
202 Uruguay 28096 A 128 128
203 Uruguay 28097 A 128 128
204 Uruguay 28098 T 128 128
205 Uruguay 28099 C 128 128
206 Uruguay 28100 A 128 128
207 Uruguay 28101 C 128 128
208 Uruguay 28102 C 128 128
209 Uruguay 28103 C 128 128
210 Uruguay 28104 A 128 128
211 Uruguay 28105 T 129 129
212 Uruguay 28106 T 129 129
213 Uruguay 28107 C 129 129
214 Uruguay 28108 A 129 129
215 Uruguay 28109 G 129 129
216 Uruguay 28110 T 129 129
217 Uruguay 28111 A 129 129
218 Uruguay 28112 C 129 129
219 Uruguay 28113 A 129 129
220 Uruguay 28114 T 129 129
221 Uruguay 28115 C 129 129
222 Uruguay 28116 G 129 129
223 Uruguay 28117 A 129 129
224 Uruguay 28118 T 129 129
225 Uruguay 28119 A 129 129
226 Uruguay 28120 T 129 129
227 Uruguay 28121 C 129 129
228 Uruguay 28122 G 129 129
229 Uruguay 28123 G 129 129
230 Uruguay 28124 T 129 129
231 Uruguay 28125 A 129 129
232 Uruguay 28126 A 129 129
233 Uruguay 28127 T 129 129
234 Uruguay 28128 T 129 129
235 Uruguay 28129 A 129 129
236 Uruguay 28130 T 129 129
237 Uruguay 28131 A 129 129
238 Uruguay 28132 C 129 129
239 Uruguay 28133 A 129 129
240 Uruguay 28134 G 129 129
241 Uruguay 28135 T 129 129
242 Uruguay 28136 T 129 129
243 Uruguay 28137 T 129 129
244 Uruguay 28138 C 129 129
245 Uruguay 28139 C 129 129
246 Uruguay 28140 T 129 129
247 Uruguay 28141 G 129 129
248 Uruguay 28142 T 129 129
249 Uruguay 28143 T 129 129
250 Uruguay 28144 T C 129 101 Leu84Ser
251 Uruguay 28145 A 129 129
252 Uruguay 28146 C 129 129
253 Uruguay 28147 C 129 129
254 Uruguay 28148 T 129 129
255 Uruguay 28149 T 129 129
256 Uruguay 28150 T 129 129
257 Uruguay 28151 T 129 129
258 Uruguay 28152 A 129 129
259 Uruguay 28153 C 129 129
260 Uruguay 28154 A 129 129
261 Uruguay 28155 A 129 129
262 Uruguay 28156 T 129 129
263 Uruguay 28157 T 129 129
264 Uruguay 28158 A 129 129
265 Uruguay 28159 A 129 129
266 Uruguay 28160 T 129 129
267 Uruguay 28161 T 129 129
268 Uruguay 28162 G 129 129
269 Uruguay 28163 C 129 129
270 Uruguay 28164 C 129 129
271 Uruguay 28165 A 129 129
272 Uruguay 28166 G 129 129
273 Uruguay 28167 G 129 129
274 Uruguay 28168 A 129 129
275 Uruguay 28169 A 129 129
276 Uruguay 28170 C 129 129
277 Uruguay 28171 C 129 129
278 Uruguay 28172 T 129 129
279 Uruguay 28173 A 129 129
280 Uruguay 28174 A 129 129
281 Uruguay 28175 A 129 129
282 Uruguay 28176 T 129 129
283 Uruguay 28177 T 129 129
284 Uruguay 28178 G 129 129
285 Uruguay 28179 G 129 129
286 Uruguay 28180 G 129 129
287 Uruguay 28181 T 129 129
288 Uruguay 28182 A 129 129
289 Uruguay 28183 G 129 129
290 Uruguay 28184 T 129 129
291 Uruguay 28185 C 129 129
292 Uruguay 28186 T 129 129
293 Uruguay 28187 T 129 129
294 Uruguay 28188 G 129 129
295 Uruguay 28189 T 129 129
296 Uruguay 28190 A 129 129
297 Uruguay 28191 G 127 127
298 Uruguay 28192 T 127 127
299 Uruguay 28193 G 127 127
300 Uruguay 28194 C 127 127
301 Uruguay 28195 G 127 127
302 Uruguay 28196 T 127 127
303 Uruguay 28197 T 127 127
304 Uruguay 28198 G 127 127
305 Uruguay 28199 T 127 127
306 Uruguay 28200 T 127 127
307 Uruguay 28201 C 127 127
308 Uruguay 28202 G 127 127
309 Uruguay 28203 T 127 127
310 Uruguay 28204 T 127 127
311 Uruguay 28205 C 127 127
312 Uruguay 28206 T 127 127
313 Uruguay 28207 A 127 127
314 Uruguay 28208 T 127 127
315 Uruguay 28209 G 127 127
316 Uruguay 28210 A 127 127
317 Uruguay 28211 A 127 127
318 Uruguay 28212 G 127 127
319 Uruguay 28213 A 127 127
320 Uruguay 28214 C 127 127
321 Uruguay 28215 T 127 127
322 Uruguay 28216 T 127 127
323 Uruguay 28217 T 127 127
324 Uruguay 28218 T 127 127
325 Uruguay 28219 T 127 127
326 Uruguay 28220 A 127 127
327 Uruguay 28221 G 127 127
328 Uruguay 28222 A 127 127
329 Uruguay 28223 G 127 127
330 Uruguay 28224 T 127 127
331 Uruguay 28225 A 127 127
332 Uruguay 28226 T 127 127
333 Uruguay 28227 C 127 127
334 Uruguay 28228 A 127 127
335 Uruguay 28229 T 127 127
336 Uruguay 28230 G 127 127
337 Uruguay 28231 A 127 127
338 Uruguay 28232 C 127 127
339 Uruguay 28233 G 127 127
340 Uruguay 28234 T 127 127
341 Uruguay 28235 T 127 127
342 Uruguay 28236 C 127 127
343 Uruguay 28237 G 127 127
344 Uruguay 28238 T 127 127
345 Uruguay 28239 G 127 127
346 Uruguay 28240 T 127 127
347 Uruguay 28241 T 127 127
348 Uruguay 28242 G 127 127
349 Uruguay 28243 T 127 127
350 Uruguay 28244 T 127 127
351 Uruguay 28245 T 127 127
352 Uruguay 28246 T 127 127
353 Uruguay 28247 A 127 127
354 Uruguay 28248 G 127 127
355 Uruguay 28249 A 127 127
356 Uruguay 28250 T 127 127
357 Uruguay 28251 T 127 127
358 Uruguay 28252 T 127 127
359 Uruguay 28253 C 127 127
360 Uruguay 28254 A 127 127
361 Uruguay 28255 T 127 127
362 Uruguay 28256 C 127 127
363 Uruguay 28257 T 127 127
364 Uruguay 28258 A 127 127
365 Uruguay 28259 A 127 127