National Institute Of Genetic Engineering and Biotechnology

P.I:Mohammad-Ali Malboobi
Here we provide last mutation observed in Nucleocapsid gene of COVID-19 prevalent in Iran.
We kindly wait your comment or coopration in tracking crona virus project.

Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  * - ? A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y
*     2                                        
-     366                                        
?                                              
A     15                                        
C     21                                        
D     22                                        
E     18                 1                      
F     24         1         1                    
G 1   15                                        
H     12                                        
I     30               1                        
K     15                                        
L     30                               1        
M     3                                        
N     6                                        
P     21                                        
Q     18                                        
R     12                                        
S     27                                        
T     15               1                        
V     36                                        
W     3                                        
Y     21                                        

Nucleotide and amino acid mutations

Here we provide list of mutation observed in Nucleocapsid at gene and protein of COVID-19.
-The position column is nucleotide position in reference genome as NC_045512.2
-The Reference column indicate reference nucleotide in NC_045512.2
-The NS column indicate number of samples that this position have been observed
-The NSR column indicate number of samples with reference nucleotide. Therefore diffrenciate related to Ns indicate number of sample with mutated nucleotide

Contoury Position Reference Alt. NSR NS AAchange
0 Uganda 27894 A 133 133
1 Uganda 27895 T 133 133
2 Uganda 27896 G 133 133
3 Uganda 27897 A 133 133
4 Uganda 27898 A 133 133
5 Uganda 27899 A 133 133
6 Uganda 27900 T 133 133
7 Uganda 27901 T 133 133
8 Uganda 27902 T 133 133
9 Uganda 27903 C 133 133
10 Uganda 27904 T 133 133
11 Uganda 27905 T 133 133
12 Uganda 27906 G 133 133
13 Uganda 27907 T 133 133
14 Uganda 27908 T 133 133
15 Uganda 27909 T 133 133
16 Uganda 27910 T 133 133
17 Uganda 27911 C 133 133
18 Uganda 27912 T 133 133
19 Uganda 27913 T 133 133
20 Uganda 27914 A 133 133
21 Uganda 27915 G T 133 129 Gly8*
22 Uganda 27916 G 133 133
23 Uganda 27917 A 133 133
24 Uganda 27918 A 133 133
25 Uganda 27919 T 133 133
26 Uganda 27920 C T 133 132 Ile9Ile
27 Uganda 27921 A 133 133
28 Uganda 27922 T 133 133
29 Uganda 27923 C 133 133
30 Uganda 27924 A 133 133
31 Uganda 27925 C T 133 130 Thr11Ile
32 Uganda 27926 A 133 133
33 Uganda 27927 A 133 133
34 Uganda 27928 C 133 133
35 Uganda 27929 T 133 133
36 Uganda 27930 G 133 133
37 Uganda 27931 T 133 133
38 Uganda 27932 A 133 133
39 Uganda 27933 G 133 133
40 Uganda 27934 C 133 133
41 Uganda 27935 T 133 133
42 Uganda 27936 G 133 133
43 Uganda 27937 C 133 133
44 Uganda 27938 A 133 133
45 Uganda 27939 T C 133 132 Phe16Leu
46 Uganda 27940 T 133 133
47 Uganda 27941 T 133 133
48 Uganda 27942 C 133 133
49 Uganda 27943 A 133 133
50 Uganda 27944 C 133 133
51 Uganda 27945 C 133 133
52 Uganda 27946 A 133 133
53 Uganda 27947 A 133 133
54 Uganda 27948 G 133 133
55 Uganda 27949 A 133 133
56 Uganda 27950 A 133 133
57 Uganda 27951 T 133 133
58 Uganda 27952 G 133 133
59 Uganda 27953 T 133 133
60 Uganda 27954 A 133 133
61 Uganda 27955 G 133 133
62 Uganda 27956 T 133 133
63 Uganda 27957 T 133 133
64 Uganda 27958 T 133 133
65 Uganda 27959 A 133 133
66 Uganda 27960 C 133 133
67 Uganda 27961 A 133 133
68 Uganda 27962 G 133 133
69 Uganda 27963 T 133 133
70 Uganda 27964 C 133 133
71 Uganda 27965 A 133 133
72 Uganda 27966 T 133 133
73 Uganda 27967 G 133 133
74 Uganda 27968 T 133 133
75 Uganda 27969 A 133 133
76 Uganda 27970 C 133 133
77 Uganda 27971 T 133 133
78 Uganda 27972 C 133 133
79 Uganda 27973 A 133 133
80 Uganda 27974 A 133 133
81 Uganda 27975 C 133 133
82 Uganda 27976 A 133 133
83 Uganda 27977 T 133 133
84 Uganda 27978 C 133 133
85 Uganda 27979 A 133 133
86 Uganda 27980 A 133 133
87 Uganda 27981 C 133 133
88 Uganda 27982 C 133 133
89 Uganda 27983 A 133 133
90 Uganda 27984 T 133 133
91 Uganda 27985 A 133 133
92 Uganda 27986 T 133 133
93 Uganda 27987 G 133 133
94 Uganda 27988 T 133 133
95 Uganda 27989 A 133 133
96 Uganda 27990 G 133 133
97 Uganda 27991 T 133 133
98 Uganda 27992 T 133 133
99 Uganda 27993 G 133 133
100 Uganda 27994 A 133 133
101 Uganda 27995 T 133 133
102 Uganda 27996 G 133 133
103 Uganda 27997 A 133 133
104 Uganda 27998 C 133 133
105 Uganda 27999 C 133 133
106 Uganda 28000 C 133 133
107 Uganda 28001 G 133 133
108 Uganda 28002 T 133 133
109 Uganda 28003 G 133 133
110 Uganda 28004 T 133 133
111 Uganda 28005 C 133 133
112 Uganda 28006 C 133 133
113 Uganda 28007 T 133 133
114 Uganda 28008 A 133 133
115 Uganda 28009 T 133 133
116 Uganda 28010 T 133 133
117 Uganda 28011 C 133 133
118 Uganda 28012 A 133 133
119 Uganda 28013 C 133 133
120 Uganda 28014 T 133 133
121 Uganda 28015 T 133 133
122 Uganda 28016 C 133 133
123 Uganda 28017 T 133 133
124 Uganda 28018 A 133 133
125 Uganda 28019 T 133 133
126 Uganda 28020 T 133 133
127 Uganda 28021 C 133 133
128 Uganda 28022 T 133 133
129 Uganda 28023 A 133 133
130 Uganda 28024 A 133 133
131 Uganda 28025 A 133 133
132 Uganda 28026 T 133 133
133 Uganda 28027 G 133 133
134 Uganda 28028 G 133 133
135 Uganda 28029 T 133 133
136 Uganda 28030 A 133 133
137 Uganda 28031 T 133 133
138 Uganda 28032 A 133 133
139 Uganda 28033 T 133 133
140 Uganda 28034 T 133 133
141 Uganda 28035 A 133 133
142 Uganda 28036 G 133 133
143 Uganda 28037 A 133 133
144 Uganda 28038 G 133 133
145 Uganda 28039 T 133 133
146 Uganda 28040 A 133 133
147 Uganda 28041 G 133 133
148 Uganda 28042 G 133 133
149 Uganda 28043 A 133 133
150 Uganda 28044 G 133 133
151 Uganda 28045 C 133 133
152 Uganda 28046 T 133 133
153 Uganda 28047 A 133 133
154 Uganda 28048 G 133 133
155 Uganda 28049 A 133 133
156 Uganda 28050 A 133 133
157 Uganda 28051 A 133 133
158 Uganda 28052 A 133 133
159 Uganda 28053 T 133 133
160 Uganda 28054 C 133 133
161 Uganda 28055 A 133 133
162 Uganda 28056 G 133 133
163 Uganda 28057 C 133 133
164 Uganda 28058 A 133 133
165 Uganda 28059 C 133 133
166 Uganda 28060 C 133 133
167 Uganda 28061 T 133 133
168 Uganda 28062 T 133 133
169 Uganda 28063 T 133 133
170 Uganda 28064 A 133 133
171 Uganda 28065 A 133 133
172 Uganda 28066 T 133 133
173 Uganda 28067 T 133 133
174 Uganda 28068 G 133 133
175 Uganda 28069 A 133 133
176 Uganda 28070 A 133 133
177 Uganda 28071 T 133 133
178 Uganda 28072 T 133 133
179 Uganda 28073 G 133 133
180 Uganda 28074 T 133 133
181 Uganda 28075 G 133 133
182 Uganda 28076 C 133 133
183 Uganda 28077 G 133 133
184 Uganda 28078 T 133 133
185 Uganda 28079 G 133 133
186 Uganda 28080 G 133 133
187 Uganda 28081 A 133 133
188 Uganda 28082 T 133 133
189 Uganda 28083 G 133 133
190 Uganda 28084 A 133 133
191 Uganda 28085 G 133 133
192 Uganda 28086 G 133 133
193 Uganda 28087 C 133 133
194 Uganda 28088 T 133 133
195 Uganda 28089 G 133 133
196 Uganda 28090 G 133 133
197 Uganda 28091 T 133 133
198 Uganda 28092 T 133 133
199 Uganda 28093 C 133 133
200 Uganda 28094 T 133 133
201 Uganda 28095 A 133 133
202 Uganda 28096 A 133 133
203 Uganda 28097 A 133 133
204 Uganda 28098 T 133 133
205 Uganda 28099 C 133 133
206 Uganda 28100 A 133 133
207 Uganda 28101 C 133 133
208 Uganda 28102 C 133 133
209 Uganda 28103 C 133 133
210 Uganda 28104 A 133 133
211 Uganda 28105 T 133 133
212 Uganda 28106 T 133 133
213 Uganda 28107 C 133 133
214 Uganda 28108 A 133 133
215 Uganda 28109 G 133 133
216 Uganda 28110 T 133 133
217 Uganda 28111 A 133 133
218 Uganda 28112 C 133 133
219 Uganda 28113 A 133 133
220 Uganda 28114 T 133 133
221 Uganda 28115 C 133 133
222 Uganda 28116 G 133 133
223 Uganda 28117 A 133 133
224 Uganda 28118 T 133 133
225 Uganda 28119 A 133 133
226 Uganda 28120 T 133 133
227 Uganda 28121 C 133 133
228 Uganda 28122 G 133 133
229 Uganda 28123 G 133 133
230 Uganda 28124 T 133 133
231 Uganda 28125 A 133 133
232 Uganda 28126 A 133 133
233 Uganda 28127 T 133 133
234 Uganda 28128 T 133 133
235 Uganda 28129 A 133 133
236 Uganda 28130 T 133 133
237 Uganda 28131 A 133 133
238 Uganda 28132 C 133 133
239 Uganda 28133 A 133 133
240 Uganda 28134 G 133 133
241 Uganda 28135 T 133 133
242 Uganda 28136 T 133 133
243 Uganda 28137 T 133 133
244 Uganda 28138 C 133 133
245 Uganda 28139 C 133 133
246 Uganda 28140 T 133 133
247 Uganda 28141 G 133 133
248 Uganda 28142 T 133 133
249 Uganda 28143 T 133 133
250 Uganda 28144 T C 133 83 Leu84Ser
251 Uganda 28145 A 133 133
252 Uganda 28146 C 133 133
253 Uganda 28147 C 133 133
254 Uganda 28148 T 133 133
255 Uganda 28149 T 133 133
256 Uganda 28150 T 133 133
257 Uganda 28151 T 133 133
258 Uganda 28152 A 133 133
259 Uganda 28153 C 133 133
260 Uganda 28154 A 133 133
261 Uganda 28155 A 133 133
262 Uganda 28156 T 133 133
263 Uganda 28157 T 133 133
264 Uganda 28158 A 133 133
265 Uganda 28159 A 133 133
266 Uganda 28160 T 133 133
267 Uganda 28161 T 133 133
268 Uganda 28162 G 133 133
269 Uganda 28163 C 133 133
270 Uganda 28164 C 133 133
271 Uganda 28165 A 133 133
272 Uganda 28166 G 133 133
273 Uganda 28167 G A 133 86 Glu92Lys
274 Uganda 28168 A 133 133
275 Uganda 28169 A 133 133
276 Uganda 28170 C 133 133
277 Uganda 28171 C 133 133
278 Uganda 28172 T 133 133
279 Uganda 28173 A 133 133
280 Uganda 28174 A 133 133
281 Uganda 28175 A 133 133
282 Uganda 28176 T 133 133
283 Uganda 28177 T 133 133
284 Uganda 28178 G 133 133
285 Uganda 28179 G 133 133
286 Uganda 28180 G 133 133
287 Uganda 28181 T 133 133
288 Uganda 28182 A 133 133
289 Uganda 28183 G 133 133
290 Uganda 28184 T 133 133
291 Uganda 28185 C 133 133
292 Uganda 28186 T 133 133
293 Uganda 28187 T 133 133
294 Uganda 28188 G 133 133
295 Uganda 28189 T 133 133
296 Uganda 28190 A 133 133
297 Uganda 28191 G 133 133
298 Uganda 28192 T 133 133
299 Uganda 28193 G 133 133
300 Uganda 28194 C 133 133
301 Uganda 28195 G 133 133
302 Uganda 28196 T 133 133
303 Uganda 28197 T 133 133
304 Uganda 28198 G 133 133
305 Uganda 28199 T 133 133
306 Uganda 28200 T 133 133
307 Uganda 28201 C 133 133
308 Uganda 28202 G 133 133
309 Uganda 28203 T 133 133
310 Uganda 28204 T 133 133
311 Uganda 28205 C 133 133
312 Uganda 28206 T 133 133
313 Uganda 28207 A 133 133
314 Uganda 28208 T 133 133
315 Uganda 28209 G 133 133
316 Uganda 28210 A 133 133
317 Uganda 28211 A 133 133
318 Uganda 28212 G 133 133
319 Uganda 28213 A 133 133
320 Uganda 28214 C 133 133
321 Uganda 28215 T 133 133
322 Uganda 28216 T 133 133
323 Uganda 28217 T 133 133
324 Uganda 28218 T 133 133
325 Uganda 28219 T 133 133
326 Uganda 28220 A 133 133
327 Uganda 28221 G 133 133
328 Uganda 28222 A 133 133
329 Uganda 28223 G 133 133
330 Uganda 28224 T 133 133
331 Uganda 28225 A 133 133
332 Uganda 28226 T 133 133
333 Uganda 28227 C 133 133
334 Uganda 28228 A 133 133
335 Uganda 28229 T 133 133
336 Uganda 28230 G 133 133
337 Uganda 28231 A 133 133
338 Uganda 28232 C 133 133
339 Uganda 28233 G 133 133
340 Uganda 28234 T 133 133
341 Uganda 28235 T 133 133
342 Uganda 28236 C 133 133
343 Uganda 28237 G 133 133
344 Uganda 28238 T 133 133
345 Uganda 28239 G 133 133
346 Uganda 28240 T 133 133
347 Uganda 28241 T 133 133
348 Uganda 28242 G 133 133
349 Uganda 28243 T 133 133
350 Uganda 28244 T 133 133
351 Uganda 28245 T 133 133
352 Uganda 28246 T 133 133
353 Uganda 28247 A 133 133
354 Uganda 28248 G 133 133
355 Uganda 28249 A 133 133
356 Uganda 28250 T 133 133
357 Uganda 28251 T 133 133
358 Uganda 28252 T 133 133
359 Uganda 28253 C T 133 131 Phe120Phe
360 Uganda 28254 A 133 133
361 Uganda 28255 T 133 133
362 Uganda 28256 C 133 133
363 Uganda 28257 T 133 133
364 Uganda 28258 A 133 133
365 Uganda 28259 A 133 133