National Institute Of Genetic Engineering and Biotechnology

P.I:Mohammad-Ali Malboobi
Here we provide last mutation observed in Nucleocapsid gene of COVID-19 prevalent in Iran.
We kindly wait your comment or coopration in tracking crona virus project.

Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  * - ? A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y
*     2                                        
-     366                                        
?                                              
A     15                               2   2    
C     21   1     2                              
D     22     1                                  
E 1   18     2     1                            
F     24         2                              
G 1   15   1   1                     1          
H     12             1             1           1
I     30               1       1         2 1    
K     15                                        
L     30         1                     1        
M     3                                        
N     6                               1        
P     21                         3     2        
Q 1   18             2             1            
R     12                   1                    
S     27         1         2           2        
T     15 1             1                 1      
V     36 1                 5               2    
W     3                                        
Y     21                                        

Nucleotide and amino acid mutations

Here we provide list of mutation observed in Nucleocapsid at gene and protein of COVID-19.
-The position column is nucleotide position in reference genome as NC_045512.2
-The Reference column indicate reference nucleotide in NC_045512.2
-The NS column indicate number of samples that this position have been observed
-The NSR column indicate number of samples with reference nucleotide. Therefore diffrenciate related to Ns indicate number of sample with mutated nucleotide

Contoury Position Reference Alt. NSR NS AAchange
0 USA 27894 A 4265 4265
1 USA 27895 T 4265 4265
2 USA 27896 G 4268 4268
3 USA 27897 A 4268 4268
4 USA 27898 A 4268 4268
5 USA 27899 A 4268 4268
6 USA 27900 T 4268 4267
7 USA 27901 T 4268 4267
8 USA 27902 T 4268 4268
9 USA 27903 C 4268 4268
10 USA 27904 T 4268 4267
11 USA 27905 T 4268 4268
12 USA 27906 G 4268 4268
13 USA 27907 T 4268 4267
14 USA 27908 T 4269 4269
15 USA 27909 T 4269 4268
16 USA 27910 T 4269 4268
17 USA 27911 C T 4269 4268 Phe6Phe
18 USA 27912 T 4269 4267
19 USA 27913 T 4269 4269
20 USA 27914 A 4269 4268
21 USA 27915 G A,T 4269 4265 Gly8*-p.Gly8Arg
22 USA 27916 G A 4269 4268 Gly8Glu
23 USA 27917 A 4270 4270
24 USA 27918 A 4270 4270
25 USA 27919 T C 4270 4268 Ile9Thr
26 USA 27920 C T 4273 4269 Ile9Ile
27 USA 27921 A 4274 4273
28 USA 27922 T 4274 4273
29 USA 27923 C 4274 4273
30 USA 27924 A G 4274 4266 Thr11Ala
31 USA 27925 C T 4274 4273 Thr11Ile
32 USA 27926 A 4274 4274
33 USA 27927 A 4274 4274
34 USA 27928 C 4274 4274
35 USA 27929 T 4274 4274
36 USA 27930 G 4274 4274
37 USA 27931 T 4274 4274
38 USA 27932 A 4274 4274
39 USA 27933 G 4274 4274
40 USA 27934 C 4274 4274
41 USA 27935 T 4274 4273
42 USA 27936 G 4274 4274
43 USA 27937 C T 4274 4273 Ala15Val
44 USA 27938 A 4274 4274
45 USA 27939 T 4274 4274
46 USA 27940 T 4274 4274
47 USA 27941 T 4274 4274
48 USA 27942 C 4274 4274
49 USA 27943 A 4274 4274
50 USA 27944 C T 4274 4272 His17His
51 USA 27945 C T 4274 4272 Gln18*
52 USA 27946 A 4274 4273
53 USA 27947 A 4274 4274
54 USA 27948 G T 4274 4273 Glu19*
55 USA 27949 A 4274 4274
56 USA 27950 A 4274 4274
57 USA 27951 T 4274 4274
58 USA 27952 G T 4274 4271 Cys20Phe
59 USA 27953 T 4274 4272
60 USA 27954 A 4274 4272
61 USA 27955 G 4274 4274
62 USA 27956 T 4274 4274
63 USA 27957 T 4274 4274
64 USA 27958 T 4274 4274
65 USA 27959 A 4274 4274
66 USA 27960 C 4274 4274
67 USA 27961 A 4274 4274
68 USA 27962 G T 4275 4272 Gln23His
69 USA 27963 T 4275 4275
70 USA 27964 C T 4275 3960 Ser24Leu
71 USA 27965 A T 4275 4274 Ser24Ser
72 USA 27966 T 4275 4274
73 USA 27967 G 4275 4274
74 USA 27968 T 4275 4275
75 USA 27969 A 4276 4276
76 USA 27970 C 4276 4276
77 USA 27971 T 4276 4276
78 USA 27972 C 4276 4274
79 USA 27973 A 4276 4276
80 USA 27974 A 4276 4276
81 USA 27975 C T 4277 4276 His28Tyr
82 USA 27976 A 4277 4277
83 USA 27977 T 4277 4277
84 USA 27978 C 4277 4277
85 USA 27979 A 4277 4277
86 USA 27980 A 4277 4277
87 USA 27981 C 4277 4276
88 USA 27982 C 4277 4276
89 USA 27983 A T 4277 4274 Pro30Pro
90 USA 27984 T 4277 4274
91 USA 27985 A 4277 4275
92 USA 27986 T 4277 4275
93 USA 27987 G T 4277 4274 Val32Leu
94 USA 27988 T 4277 4275
95 USA 27989 A G 4277 4274 Val32Val
96 USA 27990 G 4277 4275
97 USA 27991 T 4277 4275
98 USA 27992 T 4277 4275
99 USA 27993 G 4277 4276
100 USA 27994 A 4277 4275
101 USA 27995 T 4277 4276
102 USA 27996 G 4277 4276
103 USA 27997 A 4278 4277
104 USA 27998 C T 4278 4272 Asp35Asp
105 USA 27999 C T 4278 4274 Pro36Ser
106 USA 28000 C 4278 4275
107 USA 28001 G T 4278 4269 Pro36Pro
108 USA 28002 T 4278 4275
109 USA 28003 G T 4278 4273 Cys37Phe
110 USA 28004 T 4278 4275
111 USA 28005 C 4278 4274
112 USA 28006 C 4278 4274
113 USA 28007 T 4278 4274
114 USA 28008 A 4278 4274
115 USA 28009 T 4277 4273
116 USA 28010 T 4277 4273
117 USA 28011 C 4277 4272
118 USA 28012 A 4277 4272
119 USA 28013 C 4277 4272
120 USA 28014 T 4278 4274
121 USA 28015 T 4278 4276
122 USA 28016 C 4278 4277
123 USA 28017 T 4279 4278
124 USA 28018 A 4280 4279
125 USA 28019 T 4280 4279
126 USA 28020 T 4280 4279
127 USA 28021 C 4280 4279
128 USA 28022 T 4280 4278
129 USA 28023 A 4280 4278
130 USA 28024 A 4280 4279
131 USA 28025 A 4280 4279
132 USA 28026 T 4280 4279
133 USA 28027 G 4280 4278
134 USA 28028 G 4281 4280
135 USA 28029 T 4281 4280
136 USA 28030 A 4282 4281
137 USA 28031 T 4282 4281
138 USA 28032 A 4282 4281
139 USA 28033 T 4282 4281
140 USA 28034 T 4282 4281
141 USA 28035 A 4282 4278
142 USA 28036 G 4282 4279
143 USA 28037 A 4282 4276
144 USA 28038 G 4282 4278
145 USA 28039 T 4282 4278
146 USA 28040 A 4282 4277
147 USA 28041 G 4282 4276
148 USA 28042 G 4282 4277
149 USA 28043 A 4282 4276
150 USA 28044 G T 4282 4275 Ala51Ser
151 USA 28045 C T 4282 4274 Ala51Val
152 USA 28046 T 4282 4276
153 USA 28047 A 4282 4274
154 USA 28048 G 4282 4276
155 USA 28049 A 4282 4277
156 USA 28050 A 4283 4278
157 USA 28051 A 4283 4278
158 USA 28052 A 4283 4278
159 USA 28053 T 4283 4278
160 USA 28054 C 4283 4277
161 USA 28055 A 4283 4277
162 USA 28056 G 4283 4277
163 USA 28057 C 4283 4276
164 USA 28058 A 4283 4277
165 USA 28059 C 4283 4277
166 USA 28060 C 4283 4276
167 USA 28061 T C 4283 4275 Pro56Pro
168 USA 28062 T 4283 4277
169 USA 28063 T 4283 4277
170 USA 28064 A 4283 4277
171 USA 28065 A 4283 4277
172 USA 28066 T A 4283 4276 Ile58Asn
173 USA 28067 T 4283 4276
174 USA 28068 G 4283 4276
175 USA 28069 A 4283 4276
176 USA 28070 A 4283 4277
177 USA 28071 T 4284 4276
178 USA 28072 T 4284 4276
179 USA 28073 G 4284 4275
180 USA 28074 T 4284 4277
181 USA 28075 G 4284 4276
182 USA 28076 C 4284 4276
183 USA 28077 G C,T 4285 4133 Val62Leu-p.Val62Leu
184 USA 28078 T 4285 4276
185 USA 28079 G T 4285 4275 Val62Val
186 USA 28080 G 4285 4279
187 USA 28081 A 4285 4281
188 USA 28082 T 4286 4283
189 USA 28083 G 4290 4286
190 USA 28084 A 4290 4287
191 USA 28085 G T,C 4291 4285 Glu64Asp-p.Glu64Asp
192 USA 28086 G T 4291 4286 Ala65Ser
193 USA 28087 C 4293 4291
194 USA 28088 T 4293 4290
195 USA 28089 G T 4293 4288 Gly66Cys
196 USA 28090 G 4294 4292
197 USA 28091 T 4294 4291
198 USA 28092 T 4294 4292
199 USA 28093 C T 4294 4287 Ser67Phe
200 USA 28094 T 4294 4292
201 USA 28095 A 4294 4292
202 USA 28096 A 4294 4294
203 USA 28097 A 4294 4294
204 USA 28098 T 4294 4294
205 USA 28099 C T 4294 4286 Ser69Leu
206 USA 28100 A 4294 4293
207 USA 28101 C 4294 4291
208 USA 28102 C 4294 4293
209 USA 28103 C 4294 4293
210 USA 28104 A 4294 4293
211 USA 28105 T C 4301 4298 Ile71Thr
212 USA 28106 T 4301 4300
213 USA 28107 C 4301 4300
214 USA 28108 A 4301 4300
215 USA 28109 G T,A 4301 4298 Gln72His-p.Gln72Gln
216 USA 28110 T 4301 4300
217 USA 28111 A 4301 4300
218 USA 28112 C 4301 4300
219 USA 28113 A 4301 4300
220 USA 28114 T 4301 4300
221 USA 28115 C 4301 4300
222 USA 28116 G 4301 4300
223 USA 28117 A 4301 4300
224 USA 28118 T 4301 4301
225 USA 28119 A 4301 4301
226 USA 28120 T 4301 4301
227 USA 28121 C 4301 4301
228 USA 28122 G 4301 4301
229 USA 28123 G 4301 4301
230 USA 28124 T 4300 4300
231 USA 28125 A 4300 4300
232 USA 28126 A 4300 4300
233 USA 28127 T 4300 4300
234 USA 28128 T 4300 4300
235 USA 28129 A 4300 4300
236 USA 28130 T 4300 4300
237 USA 28131 A 4300 4300
238 USA 28132 C 4300 4300
239 USA 28133 A 4300 4300
240 USA 28134 G 4300 4300
241 USA 28135 T C 4300 4299 Val81Ala
242 USA 28136 T 4300 4300
243 USA 28137 T 4300 4300
244 USA 28138 C 4300 4300
245 USA 28139 C T 4300 4299 Ser82Ser
246 USA 28140 T 4299 4299
247 USA 28141 G 4299 4299
248 USA 28142 T 4299 4299
249 USA 28143 T 4299 4299
250 USA 28144 T C 4299 3024 Leu84Ser
251 USA 28145 A 4298 4298
252 USA 28146 C T 4298 4297 Pro85Ser
253 USA 28147 C 4298 4298
254 USA 28148 T 4298 4297
255 USA 28149 T 4298 4298
256 USA 28150 T 4298 4298
257 USA 28151 T C 4298 4297 Phe86Phe
258 USA 28152 A 4299 4299
259 USA 28153 C 4299 4299
260 USA 28154 A C 4299 4298 Thr87Thr
261 USA 28155 A G 4298 4296 Ile88Val
262 USA 28156 T 4298 4298
263 USA 28157 T 4298 4298
264 USA 28158 A 4298 4298
265 USA 28159 A G 4298 4297 Asn89Ser
266 USA 28160 T 4298 4298
267 USA 28161 T 4298 4298
268 USA 28162 G 4298 4298
269 USA 28163 C 4298 4298
270 USA 28164 C 4298 4297
271 USA 28165 A 4298 4298
272 USA 28166 G 4298 4297
273 USA 28167 G 4298 4297
274 USA 28168 A 4297 4296
275 USA 28169 A 4297 4295
276 USA 28170 C 4297 4296
277 USA 28171 C 4297 4295
278 USA 28172 T 4297 4295
279 USA 28173 A 4297 4295
280 USA 28174 A 4297 4295
281 USA 28175 A 4297 4295
282 USA 28176 T 4297 4293
283 USA 28177 T 4297 4295
284 USA 28178 G T 4297 4288 Leu95Phe
285 USA 28179 G 4297 4295
286 USA 28180 G 4297 4295
287 USA 28181 T 4296 4293
288 USA 28182 A 4296 4293
289 USA 28183 G 4296 4293
290 USA 28184 T 4296 4293
291 USA 28185 C 4296 4293
292 USA 28186 T 4296 4293
293 USA 28187 T 4296 4293
294 USA 28188 G C 4296 4292 Val99Leu
295 USA 28189 T 4296 4293
296 USA 28190 A 4296 4293
297 USA 28191 G T 4296 4292 Val100Leu
298 USA 28192 T 4296 4293
299 USA 28193 G 4296 4293
300 USA 28194 C 4296 4293
301 USA 28195 G 4296 4293
302 USA 28196 T 4296 4292
303 USA 28197 T 4296 4293
304 USA 28198 G 4295 4292
305 USA 28199 T C 4295 4291 Cys102Cys
306 USA 28200 T 4295 4292
307 USA 28201 C 4295 4292
308 USA 28202 G 4295 4292
309 USA 28203 T 4295 4292
310 USA 28204 T 4295 4293
311 USA 28205 C 4295 4293
312 USA 28206 T 4295 4292
313 USA 28207 A 4295 4292
314 USA 28208 T 4295 4292
315 USA 28209 G 4295 4292
316 USA 28210 A 4295 4292
317 USA 28211 A 4295 4292
318 USA 28212 G 4295 4294
319 USA 28213 A 4295 4294
320 USA 28214 C 4295 4294
321 USA 28215 T 4295 4293
322 USA 28216 T 4295 4294
323 USA 28217 T 4294 4293
324 USA 28218 T 4293 4292
325 USA 28219 T 4293 4292
326 USA 28220 A 4293 4291
327 USA 28221 G 4293 4291
328 USA 28222 A G 4293 4289 Glu110Gly
329 USA 28223 G 4293 4291
330 USA 28224 T 4294 4292
331 USA 28225 A 4294 4292
332 USA 28226 T 4294 4294
333 USA 28227 C 4294 4294
334 USA 28228 A 4294 4294
335 USA 28229 T G 4294 4292 His112Gln
336 USA 28230 G 4294 4294
337 USA 28231 A 4294 4294
338 USA 28232 C 4294 4294
339 USA 28233 G 4294 4294
340 USA 28234 T 4294 4294
341 USA 28235 T 4294 4294
342 USA 28236 C 4294 4294
343 USA 28237 G T 4294 4293 Arg115Leu
344 USA 28238 T 4294 4294
345 USA 28239 G 4294 4294
346 USA 28240 T 4294 4294
347 USA 28241 T 4294 4294
348 USA 28242 G 4294 4294
349 USA 28243 T 4294 4294
350 USA 28244 T 4294 4294
351 USA 28245 T 4294 4294
352 USA 28246 T 4294 4294
353 USA 28247 A 4294 4294
354 USA 28248 G 4294 4294
355 USA 28249 A 4294 4294
356 USA 28250 T 4294 4294
357 USA 28251 T 4292 4292
358 USA 28252 T 4292 4292
359 USA 28253 C 4292 4290
360 USA 28254 A 4292 4292
361 USA 28255 T 4292 4292
362 USA 28256 C 4292 4292
363 USA 28257 T 4292 4292
364 USA 28258 A 4292 4292
365 USA 28259 A 4292 4292