National Institute Of Genetic Engineering and Biotechnology

P.I:Mohammad-Ali Malboobi
Here we provide last mutation observed in Nucleocapsid gene of COVID-19 prevalent in Iran.
We kindly wait your comment or coopration in tracking crona virus project.
Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  * - ? A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y
*     2                                        
-     366                                        
?                                              
A     15                                        
C     21         1                              
D     22                                        
E     18                                        
F     24         1                              
G 1   15                                        
H     12             1                         2
I     30                                        
K     15                                        
L     30                               1        
M     3               1                        
N     6                                        
P     21                                        
Q 1   18                                        
R     12                                        
S     27                       1                
T     15                                        
V     36               1                   1    
W     3                                        
Y     21                                        

Nucleotide and amino acid mutations

Here we provide list of mutation observed in Nucleocapsid at gene and protein of COVID-19.
-The position column is nucleotide position in reference genome as NC_045512.2
-The Reference column indicate reference nucleotide in NC_045512.2
-The NS column indicate number of samples that this position have been observed
-The NSR column indicate number of samples with reference nucleotide. Therefore diffrenciate related to Ns indicate number of sample with mutated nucleotide
Contoury Position Reference Alt. NSR NS AAchange
0 Tunisia 27894 A 78 78
1 Tunisia 27895 T 78 78
2 Tunisia 27896 G T 78 76 Met1?
3 Tunisia 27897 A 78 78
4 Tunisia 27898 A 78 78
5 Tunisia 27899 A 78 78
6 Tunisia 27900 T 78 78
7 Tunisia 27901 T 78 78
8 Tunisia 27902 T 78 78
9 Tunisia 27903 C 78 78
10 Tunisia 27904 T 78 78
11 Tunisia 27905 T 78 78
12 Tunisia 27906 G A 78 77 Val5Ile
13 Tunisia 27907 T 78 78
14 Tunisia 27908 T 78 78
15 Tunisia 27909 T 78 78
16 Tunisia 27910 T 78 78
17 Tunisia 27911 C 78 78
18 Tunisia 27912 T 78 78
19 Tunisia 27913 T 78 78
20 Tunisia 27914 A 78 78
21 Tunisia 27915 G T 78 77 Gly8*
22 Tunisia 27916 G 78 78
23 Tunisia 27917 A 78 78
24 Tunisia 27918 A 78 78
25 Tunisia 27919 T 78 78
26 Tunisia 27920 C 78 78
27 Tunisia 27921 A 78 78
28 Tunisia 27922 T 78 78
29 Tunisia 27923 C 78 78
30 Tunisia 27924 A 78 78
31 Tunisia 27925 C 78 78
32 Tunisia 27926 A 78 78
33 Tunisia 27927 A 78 78
34 Tunisia 27928 C 78 78
35 Tunisia 27929 T 78 78
36 Tunisia 27930 G 78 78
37 Tunisia 27931 T 78 78
38 Tunisia 27932 A 78 78
39 Tunisia 27933 G 78 78
40 Tunisia 27934 C 78 78
41 Tunisia 27935 T 78 78
42 Tunisia 27936 G 78 78
43 Tunisia 27937 C 78 78
44 Tunisia 27938 A 78 78
45 Tunisia 27939 T 78 78
46 Tunisia 27940 T 78 78
47 Tunisia 27941 T 78 78
48 Tunisia 27942 C 78 78
49 Tunisia 27943 A 78 78
50 Tunisia 27944 C T 78 77 His17His
51 Tunisia 27945 C T 78 74 Gln18*
52 Tunisia 27946 A 78 78
53 Tunisia 27947 A 78 78
54 Tunisia 27948 G 78 78
55 Tunisia 27949 A 78 78
56 Tunisia 27950 A 78 78
57 Tunisia 27951 T 78 78
58 Tunisia 27952 G 78 78
59 Tunisia 27953 T 78 78
60 Tunisia 27954 A 78 78
61 Tunisia 27955 G A 78 76 Ser21Asn
62 Tunisia 27956 T 78 78
63 Tunisia 27957 T 78 78
64 Tunisia 27958 T 78 78
65 Tunisia 27959 A 78 78
66 Tunisia 27960 C 78 78
67 Tunisia 27961 A 78 78
68 Tunisia 27962 G 78 78
69 Tunisia 27963 T 78 78
70 Tunisia 27964 C 78 78
71 Tunisia 27965 A 78 78
72 Tunisia 27966 T 78 78
73 Tunisia 27967 G 79 79
74 Tunisia 27968 T 79 79
75 Tunisia 27969 A 79 79
76 Tunisia 27970 C 79 79
77 Tunisia 27971 T 79 79
78 Tunisia 27972 C 79 79
79 Tunisia 27973 A 79 79
80 Tunisia 27974 A 79 79
81 Tunisia 27975 C T 79 78 His28Tyr
82 Tunisia 27976 A 79 79
83 Tunisia 27977 T 79 79
84 Tunisia 27978 C 79 79
85 Tunisia 27979 A 79 79
86 Tunisia 27980 A 79 79
87 Tunisia 27981 C 79 79
88 Tunisia 27982 C 79 79
89 Tunisia 27983 A 79 79
90 Tunisia 27984 T 79 79
91 Tunisia 27985 A 79 79
92 Tunisia 27986 T 79 79
93 Tunisia 27987 G 79 79
94 Tunisia 27988 T 79 79
95 Tunisia 27989 A 79 79
96 Tunisia 27990 G 79 79
97 Tunisia 27991 T 79 79
98 Tunisia 27992 T 79 79
99 Tunisia 27993 G 79 79
100 Tunisia 27994 A 79 79
101 Tunisia 27995 T 79 79
102 Tunisia 27996 G 79 79
103 Tunisia 27997 A 79 79
104 Tunisia 27998 C 79 79
105 Tunisia 27999 C 79 79
106 Tunisia 28000 C 79 79
107 Tunisia 28001 G 79 79
108 Tunisia 28002 T 79 79
109 Tunisia 28003 G 79 79
110 Tunisia 28004 T 79 79
111 Tunisia 28005 C 79 79
112 Tunisia 28006 C 79 79
113 Tunisia 28007 T 79 79
114 Tunisia 28008 A 79 79
115 Tunisia 28009 T 79 79
116 Tunisia 28010 T 79 79
117 Tunisia 28011 C T 79 78 His40Tyr
118 Tunisia 28012 A 79 79
119 Tunisia 28013 C 79 79
120 Tunisia 28014 T 79 79
121 Tunisia 28015 T 79 79
122 Tunisia 28016 C 79 79
123 Tunisia 28017 T 79 79
124 Tunisia 28018 A 79 79
125 Tunisia 28019 T 79 79
126 Tunisia 28020 T 79 79
127 Tunisia 28021 C 79 79
128 Tunisia 28022 T 79 79
129 Tunisia 28023 A 79 79
130 Tunisia 28024 A 79 79
131 Tunisia 28025 A 79 79
132 Tunisia 28026 T 79 79
133 Tunisia 28027 G 79 79
134 Tunisia 28028 G 79 79
135 Tunisia 28029 T 79 79
136 Tunisia 28030 A 79 79
137 Tunisia 28031 T 79 79
138 Tunisia 28032 A 79 79
139 Tunisia 28033 T 79 79
140 Tunisia 28034 T 79 79
141 Tunisia 28035 A 79 79
142 Tunisia 28036 G 79 79
143 Tunisia 28037 A 79 79
144 Tunisia 28038 G 79 79
145 Tunisia 28039 T 79 79
146 Tunisia 28040 A 79 79
147 Tunisia 28041 G 79 79
148 Tunisia 28042 G 79 79
149 Tunisia 28043 A 79 79
150 Tunisia 28044 G 79 79
151 Tunisia 28045 C 79 79
152 Tunisia 28046 T 79 79
153 Tunisia 28047 A 79 79
154 Tunisia 28048 G 79 79
155 Tunisia 28049 A 79 79
156 Tunisia 28050 A 79 79
157 Tunisia 28051 A 79 79
158 Tunisia 28052 A 79 79
159 Tunisia 28053 T 79 79
160 Tunisia 28054 C 79 79
161 Tunisia 28055 A 79 79
162 Tunisia 28056 G 79 79
163 Tunisia 28057 C 79 79
164 Tunisia 28058 A 79 79
165 Tunisia 28059 C 79 79
166 Tunisia 28060 C 79 79
167 Tunisia 28061 T 79 79
168 Tunisia 28062 T 79 79
169 Tunisia 28063 T 79 79
170 Tunisia 28064 A 79 79
171 Tunisia 28065 A 79 79
172 Tunisia 28066 T 79 79
173 Tunisia 28067 T 79 79
174 Tunisia 28068 G 79 79
175 Tunisia 28069 A 79 79
176 Tunisia 28070 A 79 79
177 Tunisia 28071 T 79 79
178 Tunisia 28072 T 79 79
179 Tunisia 28073 G 79 79
180 Tunisia 28074 T 79 79
181 Tunisia 28075 G 79 79
182 Tunisia 28076 C 79 79
183 Tunisia 28077 G 79 79
184 Tunisia 28078 T 79 79
185 Tunisia 28079 G T 79 78 Val62Val
186 Tunisia 28080 G 79 79
187 Tunisia 28081 A 79 79
188 Tunisia 28082 T 79 79
189 Tunisia 28083 G 79 78
190 Tunisia 28084 A 79 79
191 Tunisia 28085 G 79 79
192 Tunisia 28086 G 79 79
193 Tunisia 28087 C 79 79
194 Tunisia 28088 T 79 79
195 Tunisia 28089 G 79 79
196 Tunisia 28090 G 79 79
197 Tunisia 28091 T 79 79
198 Tunisia 28092 T 79 79
199 Tunisia 28093 C 79 79
200 Tunisia 28094 T 79 79
201 Tunisia 28095 A 79 79
202 Tunisia 28096 A 79 79
203 Tunisia 28097 A 79 79
204 Tunisia 28098 T 79 79
205 Tunisia 28099 C 79 79
206 Tunisia 28100 A 79 79
207 Tunisia 28101 C 79 79
208 Tunisia 28102 C 79 79
209 Tunisia 28103 C 79 79
210 Tunisia 28104 A 79 79
211 Tunisia 28105 T 79 79
212 Tunisia 28106 T 79 79
213 Tunisia 28107 C 79 79
214 Tunisia 28108 A 79 79
215 Tunisia 28109 G 79 79
216 Tunisia 28110 T 79 79
217 Tunisia 28111 A 79 79
218 Tunisia 28112 C 79 79
219 Tunisia 28113 A 79 79
220 Tunisia 28114 T 79 79
221 Tunisia 28115 C 79 79
222 Tunisia 28116 G 79 79
223 Tunisia 28117 A 79 79
224 Tunisia 28118 T 79 79
225 Tunisia 28119 A 79 79
226 Tunisia 28120 T 79 79
227 Tunisia 28121 C 79 79
228 Tunisia 28122 G 79 79
229 Tunisia 28123 G 79 79
230 Tunisia 28124 T 79 79
231 Tunisia 28125 A 79 79
232 Tunisia 28126 A 79 79
233 Tunisia 28127 T 79 79
234 Tunisia 28128 T 79 79
235 Tunisia 28129 A 79 79
236 Tunisia 28130 T 79 79
237 Tunisia 28131 A 79 79
238 Tunisia 28132 C 79 79
239 Tunisia 28133 A 79 79
240 Tunisia 28134 G 79 79
241 Tunisia 28135 T 79 79
242 Tunisia 28136 T 79 79
243 Tunisia 28137 T 79 79
244 Tunisia 28138 C 79 79
245 Tunisia 28139 C 79 79
246 Tunisia 28140 T 79 79
247 Tunisia 28141 G T 79 78 Cys83Phe
248 Tunisia 28142 T 79 79
249 Tunisia 28143 T 79 79
250 Tunisia 28144 T C 79 77 Leu84Ser
251 Tunisia 28145 A 79 79
252 Tunisia 28146 C 79 79
253 Tunisia 28147 C 79 79
254 Tunisia 28148 T 79 79
255 Tunisia 28149 T 79 79
256 Tunisia 28150 T 79 79
257 Tunisia 28151 T 79 79
258 Tunisia 28152 A 79 79
259 Tunisia 28153 C 79 79
260 Tunisia 28154 A 79 79
261 Tunisia 28155 A 79 79
262 Tunisia 28156 T 79 79
263 Tunisia 28157 T 79 79
264 Tunisia 28158 A 79 79
265 Tunisia 28159 A 79 79
266 Tunisia 28160 T 79 79
267 Tunisia 28161 T 79 79
268 Tunisia 28162 G 79 79
269 Tunisia 28163 C 79 79
270 Tunisia 28164 C 79 79
271 Tunisia 28165 A 79 79
272 Tunisia 28166 G 79 79
273 Tunisia 28167 G 79 79
274 Tunisia 28168 A 79 79
275 Tunisia 28169 A 79 79
276 Tunisia 28170 C 79 79
277 Tunisia 28171 C 79 79
278 Tunisia 28172 T 79 79
279 Tunisia 28173 A 79 79
280 Tunisia 28174 A 79 79
281 Tunisia 28175 A 79 79
282 Tunisia 28176 T 79 79
283 Tunisia 28177 T 79 79
284 Tunisia 28178 G 79 79
285 Tunisia 28179 G 79 79
286 Tunisia 28180 G 79 79
287 Tunisia 28181 T 79 79
288 Tunisia 28182 A 79 79
289 Tunisia 28183 G 79 79
290 Tunisia 28184 T 79 79
291 Tunisia 28185 C 79 79
292 Tunisia 28186 T 79 79
293 Tunisia 28187 T 79 79
294 Tunisia 28188 G 79 79
295 Tunisia 28189 T 79 79
296 Tunisia 28190 A 79 79
297 Tunisia 28191 G 79 79
298 Tunisia 28192 T 79 79
299 Tunisia 28193 G 79 79
300 Tunisia 28194 C 79 79
301 Tunisia 28195 G 79 79
302 Tunisia 28196 T 79 79
303 Tunisia 28197 T 79 79
304 Tunisia 28198 G 79 79
305 Tunisia 28199 T 79 79
306 Tunisia 28200 T 79 79
307 Tunisia 28201 C 79 79
308 Tunisia 28202 G 79 79
309 Tunisia 28203 T 79 79
310 Tunisia 28204 T 79 79
311 Tunisia 28205 C 79 79
312 Tunisia 28206 T 79 79
313 Tunisia 28207 A 79 79
314 Tunisia 28208 T 79 79
315 Tunisia 28209 G 79 79
316 Tunisia 28210 A 79 79
317 Tunisia 28211 A 79 79
318 Tunisia 28212 G 79 79
319 Tunisia 28213 A 79 79
320 Tunisia 28214 C 79 79
321 Tunisia 28215 T 79 79
322 Tunisia 28216 T 79 79
323 Tunisia 28217 T 79 79
324 Tunisia 28218 T 79 79
325 Tunisia 28219 T 79 79
326 Tunisia 28220 A 79 79
327 Tunisia 28221 G 79 79
328 Tunisia 28222 A 79 79
329 Tunisia 28223 G 79 79
330 Tunisia 28224 T 79 79
331 Tunisia 28225 A 79 79
332 Tunisia 28226 T 79 79
333 Tunisia 28227 C 79 79
334 Tunisia 28228 A 79 79
335 Tunisia 28229 T 79 79
336 Tunisia 28230 G 79 79
337 Tunisia 28231 A 79 79
338 Tunisia 28232 C 79 79
339 Tunisia 28233 G 79 79
340 Tunisia 28234 T 79 79
341 Tunisia 28235 T 79 79
342 Tunisia 28236 C 79 79
343 Tunisia 28237 G 79 79
344 Tunisia 28238 T 79 79
345 Tunisia 28239 G 79 79
346 Tunisia 28240 T 79 79
347 Tunisia 28241 T 79 79
348 Tunisia 28242 G 79 79
349 Tunisia 28243 T 79 79
350 Tunisia 28244 T 79 79
351 Tunisia 28245 T 79 79
352 Tunisia 28246 T 79 79
353 Tunisia 28247 A 79 79
354 Tunisia 28248 G 79 79
355 Tunisia 28249 A 79 79
356 Tunisia 28250 T 79 79
357 Tunisia 28251 T 79 79
358 Tunisia 28252 T 79 79
359 Tunisia 28253 C T 79 78 Phe120Phe
360 Tunisia 28254 A 79 79
361 Tunisia 28255 T 79 79
362 Tunisia 28256 C 79 79
363 Tunisia 28257 T 79 79
364 Tunisia 28258 A 79 79
365 Tunisia 28259 A 79 79