National Institute Of Genetic Engineering and Biotechnology

P.I:Mohammad-Ali Malboobi
Here we provide last mutation observed in Nucleocapsid gene of COVID-19 prevalent in Iran.
We kindly wait your comment or coopration in tracking crona virus project.

Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  * - ? A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y
*     2                                        
-     366                                        
?                                              
A     15                                        
C     21   1                                    
D     22     1                 1                
E 1   18                                        
F     24                                        
G     15                                        
H     12             1                          
I     30                                        
K     15                                        
L     30         1                     1        
M     3                                        
N     6                               1        
P     21                                        
Q 1   18             1                          
R     12               1                        
S     27                   1                    
T     15                                        
V     36                                        
W     3                                        
Y     21   1                                    

Nucleotide and amino acid mutations

Here we provide list of mutation observed in Nucleocapsid at gene and protein of COVID-19.
-The position column is nucleotide position in reference genome as NC_045512.2
-The Reference column indicate reference nucleotide in NC_045512.2
-The NS column indicate number of samples that this position have been observed
-The NSR column indicate number of samples with reference nucleotide. Therefore diffrenciate related to Ns indicate number of sample with mutated nucleotide

Contoury Position Reference Alt. NSR NS AAchange
0 Thailand 27894 A 490 490
1 Thailand 27895 T 490 490
2 Thailand 27896 G 490 490
3 Thailand 27897 A 490 490
4 Thailand 27898 A 490 490
5 Thailand 27899 A 490 490
6 Thailand 27900 T 490 490
7 Thailand 27901 T 490 490
8 Thailand 27902 T 490 490
9 Thailand 27903 C 490 490
10 Thailand 27904 T 490 490
11 Thailand 27905 T 490 490
12 Thailand 27906 G 490 490
13 Thailand 27907 T 490 490
14 Thailand 27908 T 490 490
15 Thailand 27909 T 490 490
16 Thailand 27910 T 490 490
17 Thailand 27911 C 490 490
18 Thailand 27912 T 490 490
19 Thailand 27913 T 490 490
20 Thailand 27914 A 490 490
21 Thailand 27915 G 490 490
22 Thailand 27916 G 490 490
23 Thailand 27917 A 490 488
24 Thailand 27918 A 490 490
25 Thailand 27919 T 490 490
26 Thailand 27920 C 490 490
27 Thailand 27921 A 490 490
28 Thailand 27922 T 490 490
29 Thailand 27923 C 490 490
30 Thailand 27924 A 490 490
31 Thailand 27925 C 490 490
32 Thailand 27926 A 490 490
33 Thailand 27927 A 490 490
34 Thailand 27928 C 490 490
35 Thailand 27929 T 490 490
36 Thailand 27930 G 490 490
37 Thailand 27931 T 490 490
38 Thailand 27932 A 490 490
39 Thailand 27933 G 490 490
40 Thailand 27934 C 490 490
41 Thailand 27935 T 490 490
42 Thailand 27936 G 490 490
43 Thailand 27937 C 490 490
44 Thailand 27938 A 490 490
45 Thailand 27939 T 490 490
46 Thailand 27940 T 490 490
47 Thailand 27941 T 490 490
48 Thailand 27942 C 490 490
49 Thailand 27943 A 490 490
50 Thailand 27944 C T 490 487 His17His
51 Thailand 27945 C 490 490
52 Thailand 27946 A 490 490
53 Thailand 27947 A 490 490
54 Thailand 27948 G 490 490
55 Thailand 27949 A 490 490
56 Thailand 27950 A 490 490
57 Thailand 27951 T 490 490
58 Thailand 27952 G 490 490
59 Thailand 27953 T 490 490
60 Thailand 27954 A 490 490
61 Thailand 27955 G 490 490
62 Thailand 27956 T 490 490
63 Thailand 27957 T 490 490
64 Thailand 27958 T 490 490
65 Thailand 27959 A 490 490
66 Thailand 27960 C 490 490
67 Thailand 27961 A 490 490
68 Thailand 27962 G 490 490
69 Thailand 27963 T 490 490
70 Thailand 27964 C T 490 483 Ser24Leu
71 Thailand 27965 A 490 490
72 Thailand 27966 T 490 490
73 Thailand 27967 G 490 490
74 Thailand 27968 T 490 490
75 Thailand 27969 A 490 490
76 Thailand 27970 C 490 490
77 Thailand 27971 T 490 490
78 Thailand 27972 C T 490 488 Gln27*
79 Thailand 27973 A 490 490
80 Thailand 27974 A 490 490
81 Thailand 27975 C 490 490
82 Thailand 27976 A 490 490
83 Thailand 27977 T 490 490
84 Thailand 27978 C 490 490
85 Thailand 27979 A 490 490
86 Thailand 27980 A 490 490
87 Thailand 27981 C 490 490
88 Thailand 27982 C 490 490
89 Thailand 27983 A 490 490
90 Thailand 27984 T 490 490
91 Thailand 27985 A 490 490
92 Thailand 27986 T 490 490
93 Thailand 27987 G 490 490
94 Thailand 27988 T 490 490
95 Thailand 27989 A 490 490
96 Thailand 27990 G 490 490
97 Thailand 27991 T 490 490
98 Thailand 27992 T 490 490
99 Thailand 27993 G 490 490
100 Thailand 27994 A 490 490
101 Thailand 27995 T 490 490
102 Thailand 27996 G 490 490
103 Thailand 27997 A 490 490
104 Thailand 27998 C 490 490
105 Thailand 27999 C 490 490
106 Thailand 28000 C 490 490
107 Thailand 28001 G 490 490
108 Thailand 28002 T 490 490
109 Thailand 28003 G 490 490
110 Thailand 28004 T 490 490
111 Thailand 28005 C 490 490
112 Thailand 28006 C 490 490
113 Thailand 28007 T 490 490
114 Thailand 28008 A 490 490
115 Thailand 28009 T 490 489
116 Thailand 28010 T 490 490
117 Thailand 28011 C 490 490
118 Thailand 28012 A 490 490
119 Thailand 28013 C 490 490
120 Thailand 28014 T 490 490
121 Thailand 28015 T 490 490
122 Thailand 28016 C 490 490
123 Thailand 28017 T 490 490
124 Thailand 28018 A 490 490
125 Thailand 28019 T 490 490
126 Thailand 28020 T 490 490
127 Thailand 28021 C 490 490
128 Thailand 28022 T 490 490
129 Thailand 28023 A 490 490
130 Thailand 28024 A 490 490
131 Thailand 28025 A 490 490
132 Thailand 28026 T 490 490
133 Thailand 28027 G 490 490
134 Thailand 28028 G 490 490
135 Thailand 28029 T 490 490
136 Thailand 28030 A 490 490
137 Thailand 28031 T 490 490
138 Thailand 28032 A 490 490
139 Thailand 28033 T 490 490
140 Thailand 28034 T 490 490
141 Thailand 28035 A 490 490
142 Thailand 28036 G 490 490
143 Thailand 28037 A 490 490
144 Thailand 28038 G 490 490
145 Thailand 28039 T 490 490
146 Thailand 28040 A 490 490
147 Thailand 28041 G 490 490
148 Thailand 28042 G 490 490
149 Thailand 28043 A 490 490
150 Thailand 28044 G 490 490
151 Thailand 28045 C 490 490
152 Thailand 28046 T 490 490
153 Thailand 28047 A 490 490
154 Thailand 28048 G T 490 488 Arg52Ile
155 Thailand 28049 A 490 490
156 Thailand 28050 A 490 490
157 Thailand 28051 A 490 490
158 Thailand 28052 A 490 489
159 Thailand 28053 T 490 489
160 Thailand 28054 C 490 490
161 Thailand 28055 A 490 490
162 Thailand 28056 G 490 490
163 Thailand 28057 C 490 489
164 Thailand 28058 A 490 489
165 Thailand 28059 C 490 489
166 Thailand 28060 C 490 489
167 Thailand 28061 T 490 489
168 Thailand 28062 T 490 489
169 Thailand 28063 T 490 489
170 Thailand 28064 A 490 489
171 Thailand 28065 A 490 489
172 Thailand 28066 T 490 489
173 Thailand 28067 T 490 489
174 Thailand 28068 G 490 489
175 Thailand 28069 A 490 489
176 Thailand 28070 A 490 489
177 Thailand 28071 T 490 489
178 Thailand 28072 T 490 489
179 Thailand 28073 G 490 489
180 Thailand 28074 T 490 489
181 Thailand 28075 G 490 489
182 Thailand 28076 C T 490 480 Cys61Cys
183 Thailand 28077 G 490 489
184 Thailand 28078 T 490 489
185 Thailand 28079 G 490 489
186 Thailand 28080 G 490 489
187 Thailand 28081 A 490 489
188 Thailand 28082 T 490 489
189 Thailand 28083 G 490 489
190 Thailand 28084 A 490 489
191 Thailand 28085 G 490 489
192 Thailand 28086 G 490 489
193 Thailand 28087 C 490 489
194 Thailand 28088 T 490 489
195 Thailand 28089 G 490 489
196 Thailand 28090 G 490 489
197 Thailand 28091 T 490 489
198 Thailand 28092 T 490 489
199 Thailand 28093 C 490 489
200 Thailand 28094 T 490 489
201 Thailand 28095 A 490 489
202 Thailand 28096 A 490 489
203 Thailand 28097 A 490 488
204 Thailand 28098 T 490 489
205 Thailand 28099 C 490 489
206 Thailand 28100 A 490 489
207 Thailand 28101 C 521 521
208 Thailand 28102 C 521 521
209 Thailand 28103 C 521 521
210 Thailand 28104 A 521 521
211 Thailand 28105 T 522 522
212 Thailand 28106 T 522 522
213 Thailand 28107 C 522 522
214 Thailand 28108 A 524 524
215 Thailand 28109 G T 524 523 Gln72His
216 Thailand 28110 T 524 524
217 Thailand 28111 A G 524 522 Tyr73Cys
218 Thailand 28112 C 527 527
219 Thailand 28113 A 527 526
220 Thailand 28114 T 527 527
221 Thailand 28115 C 529 529
222 Thailand 28116 G A 529 528 Asp75Asn
223 Thailand 28117 A 529 529
224 Thailand 28118 T 529 529
225 Thailand 28119 A 529 529
226 Thailand 28120 T 529 529
227 Thailand 28121 C 529 529
228 Thailand 28122 G 529 529
229 Thailand 28123 G 529 529
230 Thailand 28124 T 529 529
231 Thailand 28125 A 529 529
232 Thailand 28126 A 529 529
233 Thailand 28127 T 529 529
234 Thailand 28128 T 529 529
235 Thailand 28129 A 529 529
236 Thailand 28130 T 529 529
237 Thailand 28131 A 529 529
238 Thailand 28132 C 529 529
239 Thailand 28133 A 530 530
240 Thailand 28134 G 530 530
241 Thailand 28135 T 530 530
242 Thailand 28136 T 530 530
243 Thailand 28137 T 530 530
244 Thailand 28138 C 530 530
245 Thailand 28139 C 530 530
246 Thailand 28140 T 530 530
247 Thailand 28141 G 530 530
248 Thailand 28142 T 530 530
249 Thailand 28143 T 530 530
250 Thailand 28144 T C 530 328 Leu84Ser
251 Thailand 28145 A 530 530
252 Thailand 28146 C 530 530
253 Thailand 28147 C 530 530
254 Thailand 28148 T 530 530
255 Thailand 28149 T 530 530
256 Thailand 28150 T 530 530
257 Thailand 28151 T 530 530
258 Thailand 28152 A 530 530
259 Thailand 28153 C 530 530
260 Thailand 28154 A 530 530
261 Thailand 28155 A 530 530
262 Thailand 28156 T 530 530
263 Thailand 28157 T 530 530
264 Thailand 28158 A 530 530
265 Thailand 28159 A G 530 528 Asn89Ser
266 Thailand 28160 T 530 530
267 Thailand 28161 T 530 530
268 Thailand 28162 G 530 530
269 Thailand 28163 C 530 530
270 Thailand 28164 C 530 530
271 Thailand 28165 A 530 530
272 Thailand 28166 G 530 530
273 Thailand 28167 G 530 530
274 Thailand 28168 A 530 530
275 Thailand 28169 A 530 530
276 Thailand 28170 C 530 530
277 Thailand 28171 C 530 530
278 Thailand 28172 T 530 530
279 Thailand 28173 A 530 530
280 Thailand 28174 A 530 530
281 Thailand 28175 A 530 530
282 Thailand 28176 T 530 530
283 Thailand 28177 T 530 530
284 Thailand 28178 G T 530 529 Leu95Phe
285 Thailand 28179 G 530 530
286 Thailand 28180 G 530 530
287 Thailand 28181 T 530 530
288 Thailand 28182 A 530 530
289 Thailand 28183 G 530 530
290 Thailand 28184 T 530 530
291 Thailand 28185 C 530 530
292 Thailand 28186 T 530 530
293 Thailand 28187 T 530 530
294 Thailand 28188 G 530 530
295 Thailand 28189 T 530 530
296 Thailand 28190 A 530 530
297 Thailand 28191 G 530 530
298 Thailand 28192 T 530 530
299 Thailand 28193 G 530 530
300 Thailand 28194 C 530 530
301 Thailand 28195 G 530 530
302 Thailand 28196 T 530 530
303 Thailand 28197 T 530 530
304 Thailand 28198 G 530 530
305 Thailand 28199 T 530 530
306 Thailand 28200 T 530 530
307 Thailand 28201 C 530 530
308 Thailand 28202 G 530 530
309 Thailand 28203 T 530 530
310 Thailand 28204 T 530 530
311 Thailand 28205 C 530 530
312 Thailand 28206 T 530 530
313 Thailand 28207 A 530 530
314 Thailand 28208 T 530 530
315 Thailand 28209 G T 530 529 Glu106*
316 Thailand 28210 A 530 530
317 Thailand 28211 A 530 530
318 Thailand 28212 G 530 530
319 Thailand 28213 A 530 530
320 Thailand 28214 C T 530 529 Asp107Asp
321 Thailand 28215 T 530 530
322 Thailand 28216 T 530 530
323 Thailand 28217 T 530 530
324 Thailand 28218 T 530 530
325 Thailand 28219 T 530 530
326 Thailand 28220 A 530 530
327 Thailand 28221 G 530 530
328 Thailand 28222 A 530 530
329 Thailand 28223 G 530 530
330 Thailand 28224 T 530 530
331 Thailand 28225 A 530 530
332 Thailand 28226 T 530 530
333 Thailand 28227 C 530 530
334 Thailand 28228 A 530 530
335 Thailand 28229 T 530 530
336 Thailand 28230 G 530 530
337 Thailand 28231 A 530 530
338 Thailand 28232 C 530 530
339 Thailand 28233 G 530 530
340 Thailand 28234 T 530 530
341 Thailand 28235 T 530 530
342 Thailand 28236 C 530 530
343 Thailand 28237 G 530 530
344 Thailand 28238 T 530 530
345 Thailand 28239 G 530 530
346 Thailand 28240 T 530 530
347 Thailand 28241 T 530 530
348 Thailand 28242 G 530 530
349 Thailand 28243 T 530 530
350 Thailand 28244 T 530 530
351 Thailand 28245 T 530 530
352 Thailand 28246 T 530 530
353 Thailand 28247 A 530 530
354 Thailand 28248 G 530 530
355 Thailand 28249 A 530 530
356 Thailand 28250 T 530 530
357 Thailand 28251 T 530 530
358 Thailand 28252 T 530 530
359 Thailand 28253 C 530 529
360 Thailand 28254 A 530 530
361 Thailand 28255 T 530 530
362 Thailand 28256 C 530 530
363 Thailand 28257 T 530 530
364 Thailand 28258 A 530 530
365 Thailand 28259 A 530 530