National Institute Of Genetic Engineering and Biotechnology

P.I:Mohammad-Ali Malboobi
Here we provide last mutation observed in Nucleocapsid gene of COVID-19 prevalent in Iran.
We kindly wait your comment or coopration in tracking crona virus project.
Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  * - ? A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y
*     2                                        
-     366                                        
?                                              
A     15                                        
C     21                                        
D     22                                        
E     18                                        
F     24         1                              
G     15                             1          
H     12                                        
I     30                                        
K     15                                        
L     30                               1        
M     3                                        
N     6                                        
P     21                                        
Q     18                                        
R     12                                        
S     27                   1           1        
T     15                               1        
V     36                   2                    
W     3                                        
Y     21                                       1

Nucleotide and amino acid mutations

Here we provide list of mutation observed in Nucleocapsid at gene and protein of COVID-19.
-The position column is nucleotide position in reference genome as NC_045512.2
-The Reference column indicate reference nucleotide in NC_045512.2
-The NS column indicate number of samples that this position have been observed
-The NSR column indicate number of samples with reference nucleotide. Therefore diffrenciate related to Ns indicate number of sample with mutated nucleotide
Contoury Position Reference Alt. NSR NS AAchange
0 Taiwan 27894 A 148 148
1 Taiwan 27895 T 149 149
2 Taiwan 27896 G 149 149
3 Taiwan 27897 A 149 149
4 Taiwan 27898 A 149 149
5 Taiwan 27899 A 149 149
6 Taiwan 27900 T 149 149
7 Taiwan 27901 T 149 149
8 Taiwan 27902 T 149 149
9 Taiwan 27903 C 149 149
10 Taiwan 27904 T 149 149
11 Taiwan 27905 T 149 149
12 Taiwan 27906 G 149 149
13 Taiwan 27907 T 149 149
14 Taiwan 27908 T 149 149
15 Taiwan 27909 T 149 149
16 Taiwan 27910 T 149 149
17 Taiwan 27911 C 149 149
18 Taiwan 27912 T 149 149
19 Taiwan 27913 T 149 149
20 Taiwan 27914 A 149 149
21 Taiwan 27915 G A 149 148 Gly8Arg
22 Taiwan 27916 G 149 149
23 Taiwan 27917 A 149 149
24 Taiwan 27918 A 149 149
25 Taiwan 27919 T 149 149
26 Taiwan 27920 C 149 149
27 Taiwan 27921 A 149 149
28 Taiwan 27922 T 149 149
29 Taiwan 27923 C 149 149
30 Taiwan 27924 A 149 149
31 Taiwan 27925 C 149 149
32 Taiwan 27926 A 149 149
33 Taiwan 27927 A 149 149
34 Taiwan 27928 C 149 149
35 Taiwan 27929 T 149 149
36 Taiwan 27930 G 149 149
37 Taiwan 27931 T 149 149
38 Taiwan 27932 A 149 149
39 Taiwan 27933 G 149 149
40 Taiwan 27934 C 149 149
41 Taiwan 27935 T 149 149
42 Taiwan 27936 G 149 149
43 Taiwan 27937 C 149 149
44 Taiwan 27938 A 149 149
45 Taiwan 27939 T 149 149
46 Taiwan 27940 T 149 149
47 Taiwan 27941 T 149 149
48 Taiwan 27942 C 149 149
49 Taiwan 27943 A 149 149
50 Taiwan 27944 C 149 149
51 Taiwan 27945 C 149 149
52 Taiwan 27946 A 149 149
53 Taiwan 27947 A 149 149
54 Taiwan 27948 G 149 149
55 Taiwan 27949 A 149 149
56 Taiwan 27950 A 149 149
57 Taiwan 27951 T 149 149
58 Taiwan 27952 G 149 149
59 Taiwan 27953 T 149 149
60 Taiwan 27954 A 149 149
61 Taiwan 27955 G 149 149
62 Taiwan 27956 T 149 149
63 Taiwan 27957 T 149 149
64 Taiwan 27958 T 149 149
65 Taiwan 27959 A 149 149
66 Taiwan 27960 C 149 149
67 Taiwan 27961 A 149 149
68 Taiwan 27962 G 149 149
69 Taiwan 27963 T 149 149
70 Taiwan 27964 C T 149 147 Ser24Leu
71 Taiwan 27965 A 149 149
72 Taiwan 27966 T 149 149
73 Taiwan 27967 G 149 149
74 Taiwan 27968 T 149 149
75 Taiwan 27969 A 149 149
76 Taiwan 27970 C G 149 148 Thr26Ser
77 Taiwan 27971 T 149 149
78 Taiwan 27972 C 149 149
79 Taiwan 27973 A 149 149
80 Taiwan 27974 A 149 149
81 Taiwan 27975 C 149 149
82 Taiwan 27976 A 149 149
83 Taiwan 27977 T 149 149
84 Taiwan 27978 C 149 149
85 Taiwan 27979 A 149 149
86 Taiwan 27980 A 149 149
87 Taiwan 27981 C 149 149
88 Taiwan 27982 C 149 149
89 Taiwan 27983 A 149 149
90 Taiwan 27984 T 149 149
91 Taiwan 27985 A 149 149
92 Taiwan 27986 T 149 149
93 Taiwan 27987 G T 149 148 Val32Leu
94 Taiwan 27988 T 149 149
95 Taiwan 27989 A 149 149
96 Taiwan 27990 G 149 149
97 Taiwan 27991 T 149 149
98 Taiwan 27992 T 149 149
99 Taiwan 27993 G 149 149
100 Taiwan 27994 A 149 149
101 Taiwan 27995 T 149 149
102 Taiwan 27996 G 149 149
103 Taiwan 27997 A 149 149
104 Taiwan 27998 C 149 149
105 Taiwan 27999 C 149 149
106 Taiwan 28000 C 149 149
107 Taiwan 28001 G 149 149
108 Taiwan 28002 T 149 149
109 Taiwan 28003 G 149 149
110 Taiwan 28004 T 149 149
111 Taiwan 28005 C 149 149
112 Taiwan 28006 C 149 149
113 Taiwan 28007 T 149 149
114 Taiwan 28008 A 149 149
115 Taiwan 28009 T 149 149
116 Taiwan 28010 T 149 149
117 Taiwan 28011 C 149 149
118 Taiwan 28012 A 149 149
119 Taiwan 28013 C 149 149
120 Taiwan 28014 T 149 149
121 Taiwan 28015 T 149 149
122 Taiwan 28016 C 149 149
123 Taiwan 28017 T 149 149
124 Taiwan 28018 A 149 149
125 Taiwan 28019 T C 149 148 Tyr42Tyr
126 Taiwan 28020 T 149 149
127 Taiwan 28021 C 149 149
128 Taiwan 28022 T 149 149
129 Taiwan 28023 A 149 149
130 Taiwan 28024 A 149 149
131 Taiwan 28025 A 149 149
132 Taiwan 28026 T 149 149
133 Taiwan 28027 G 149 149
134 Taiwan 28028 G 149 149
135 Taiwan 28029 T 149 148
136 Taiwan 28030 A 149 148
137 Taiwan 28031 T 149 149
138 Taiwan 28032 A 149 149
139 Taiwan 28033 T 149 149
140 Taiwan 28034 T 149 149
141 Taiwan 28035 A 149 149
142 Taiwan 28036 G 149 149
143 Taiwan 28037 A 149 149
144 Taiwan 28038 G 149 149
145 Taiwan 28039 T 149 149
146 Taiwan 28040 A 149 149
147 Taiwan 28041 G 149 149
148 Taiwan 28042 G 149 149
149 Taiwan 28043 A 149 149
150 Taiwan 28044 G 149 149
151 Taiwan 28045 C 149 149
152 Taiwan 28046 T 149 149
153 Taiwan 28047 A 149 149
154 Taiwan 28048 G 149 149
155 Taiwan 28049 A 149 149
156 Taiwan 28050 A 149 149
157 Taiwan 28051 A 149 149
158 Taiwan 28052 A 149 149
159 Taiwan 28053 T 149 149
160 Taiwan 28054 C 149 149
161 Taiwan 28055 A 149 149
162 Taiwan 28056 G 149 149
163 Taiwan 28057 C 149 149
164 Taiwan 28058 A 149 149
165 Taiwan 28059 C 149 149
166 Taiwan 28060 C 149 149
167 Taiwan 28061 T 149 149
168 Taiwan 28062 T 149 149
169 Taiwan 28063 T 149 149
170 Taiwan 28064 A 149 149
171 Taiwan 28065 A 149 149
172 Taiwan 28066 T 149 149
173 Taiwan 28067 T 149 149
174 Taiwan 28068 G 149 149
175 Taiwan 28069 A 149 149
176 Taiwan 28070 A 149 149
177 Taiwan 28071 T 149 149
178 Taiwan 28072 T 149 149
179 Taiwan 28073 G 149 149
180 Taiwan 28074 T 149 149
181 Taiwan 28075 G 149 149
182 Taiwan 28076 C 149 149
183 Taiwan 28077 G C 149 144 Val62Leu
184 Taiwan 28078 T 149 149
185 Taiwan 28079 G 149 149
186 Taiwan 28080 G 149 149
187 Taiwan 28081 A 149 149
188 Taiwan 28082 T 149 149
189 Taiwan 28083 G 149 149
190 Taiwan 28084 A 149 149
191 Taiwan 28085 G 149 149
192 Taiwan 28086 G 149 149
193 Taiwan 28087 C 149 149
194 Taiwan 28088 T 149 149
195 Taiwan 28089 G 149 149
196 Taiwan 28090 G 149 149
197 Taiwan 28091 T 149 149
198 Taiwan 28092 T 149 149
199 Taiwan 28093 C 149 149
200 Taiwan 28094 T 149 149
201 Taiwan 28095 A 149 149
202 Taiwan 28096 A 149 149
203 Taiwan 28097 A 149 149
204 Taiwan 28098 T 149 149
205 Taiwan 28099 C 149 149
206 Taiwan 28100 A 149 149
207 Taiwan 28101 C 149 149
208 Taiwan 28102 C 149 149
209 Taiwan 28103 C 149 149
210 Taiwan 28104 A 149 149
211 Taiwan 28105 T 149 149
212 Taiwan 28106 T 149 149
213 Taiwan 28107 C 149 149
214 Taiwan 28108 A 149 149
215 Taiwan 28109 G 149 149
216 Taiwan 28110 T 149 149
217 Taiwan 28111 A 149 149
218 Taiwan 28112 C 149 149
219 Taiwan 28113 A 149 149
220 Taiwan 28114 T 149 149
221 Taiwan 28115 C 149 149
222 Taiwan 28116 G 149 149
223 Taiwan 28117 A 149 149
224 Taiwan 28118 T 149 149
225 Taiwan 28119 A 149 149
226 Taiwan 28120 T 149 149
227 Taiwan 28121 C 149 149
228 Taiwan 28122 G 149 149
229 Taiwan 28123 G 149 149
230 Taiwan 28124 T 149 149
231 Taiwan 28125 A 149 149
232 Taiwan 28126 A 149 149
233 Taiwan 28127 T 149 149
234 Taiwan 28128 T 149 149
235 Taiwan 28129 A 149 149
236 Taiwan 28130 T 149 149
237 Taiwan 28131 A 149 149
238 Taiwan 28132 C 149 149
239 Taiwan 28133 A 149 149
240 Taiwan 28134 G 149 149
241 Taiwan 28135 T 149 149
242 Taiwan 28136 T 149 149
243 Taiwan 28137 T 149 149
244 Taiwan 28138 C 149 149
245 Taiwan 28139 C 149 149
246 Taiwan 28140 T 149 149
247 Taiwan 28141 G 149 149
248 Taiwan 28142 T 149 149
249 Taiwan 28143 T 149 149
250 Taiwan 28144 T C 149 139 Leu84Ser
251 Taiwan 28145 A 149 149
252 Taiwan 28146 C 149 149
253 Taiwan 28147 C 149 149
254 Taiwan 28148 T 149 149
255 Taiwan 28149 T 149 149
256 Taiwan 28150 T 149 149
257 Taiwan 28151 T 149 149
258 Taiwan 28152 A 149 149
259 Taiwan 28153 C 149 149
260 Taiwan 28154 A 149 149
261 Taiwan 28155 A 149 149
262 Taiwan 28156 T 149 149
263 Taiwan 28157 T 149 149
264 Taiwan 28158 A 149 149
265 Taiwan 28159 A 149 149
266 Taiwan 28160 T 149 149
267 Taiwan 28161 T 149 149
268 Taiwan 28162 G 149 149
269 Taiwan 28163 C 149 149
270 Taiwan 28164 C 149 149
271 Taiwan 28165 A 149 149
272 Taiwan 28166 G 149 149
273 Taiwan 28167 G 149 149
274 Taiwan 28168 A 149 149
275 Taiwan 28169 A 149 149
276 Taiwan 28170 C 149 149
277 Taiwan 28171 C 149 149
278 Taiwan 28172 T 149 149
279 Taiwan 28173 A 149 149
280 Taiwan 28174 A 149 149
281 Taiwan 28175 A 149 149
282 Taiwan 28176 T 149 149
283 Taiwan 28177 T 149 149
284 Taiwan 28178 G 149 149
285 Taiwan 28179 G 149 149
286 Taiwan 28180 G 149 149
287 Taiwan 28181 T 149 149
288 Taiwan 28182 A 149 149
289 Taiwan 28183 G 149 149
290 Taiwan 28184 T 149 149
291 Taiwan 28185 C 149 149
292 Taiwan 28186 T 149 149
293 Taiwan 28187 T 149 149
294 Taiwan 28188 G 149 149
295 Taiwan 28189 T 149 149
296 Taiwan 28190 A 149 149
297 Taiwan 28191 G 149 149
298 Taiwan 28192 T 149 149
299 Taiwan 28193 G 149 149
300 Taiwan 28194 C 149 149
301 Taiwan 28195 G 149 149
302 Taiwan 28196 T 149 149
303 Taiwan 28197 T 149 149
304 Taiwan 28198 G 149 149
305 Taiwan 28199 T 149 149
306 Taiwan 28200 T 149 149
307 Taiwan 28201 C 149 149
308 Taiwan 28202 G T 149 144 Ser103Ser
309 Taiwan 28203 T 149 149
310 Taiwan 28204 T 149 149
311 Taiwan 28205 C 149 149
312 Taiwan 28206 T 149 149
313 Taiwan 28207 A 149 149
314 Taiwan 28208 T 149 149
315 Taiwan 28209 G 149 149
316 Taiwan 28210 A 149 149
317 Taiwan 28211 A 149 149
318 Taiwan 28212 G 149 149
319 Taiwan 28213 A 149 149
320 Taiwan 28214 C 149 149
321 Taiwan 28215 T 149 149
322 Taiwan 28216 T 149 149
323 Taiwan 28217 T 149 149
324 Taiwan 28218 T 149 149
325 Taiwan 28219 T 149 149
326 Taiwan 28220 A 149 149
327 Taiwan 28221 G 149 149
328 Taiwan 28222 A 149 149
329 Taiwan 28223 G 149 149
330 Taiwan 28224 T 149 149
331 Taiwan 28225 A 149 149
332 Taiwan 28226 T 149 149
333 Taiwan 28227 C 149 149
334 Taiwan 28228 A 149 149
335 Taiwan 28229 T 149 149
336 Taiwan 28230 G 150 150
337 Taiwan 28231 A 150 150
338 Taiwan 28232 C 150 150
339 Taiwan 28233 G 150 150
340 Taiwan 28234 T 150 150
341 Taiwan 28235 T 150 150
342 Taiwan 28236 C 150 150
343 Taiwan 28237 G 150 150
344 Taiwan 28238 T 150 150
345 Taiwan 28239 G 150 150
346 Taiwan 28240 T 150 150
347 Taiwan 28241 T 150 150
348 Taiwan 28242 G 150 150
349 Taiwan 28243 T 150 150
350 Taiwan 28244 T 150 150
351 Taiwan 28245 T 150 150
352 Taiwan 28246 T 150 150
353 Taiwan 28247 A 150 150
354 Taiwan 28248 G 150 150
355 Taiwan 28249 A 150 150
356 Taiwan 28250 T 150 150
357 Taiwan 28251 T 150 150
358 Taiwan 28252 T 150 150
359 Taiwan 28253 C T 150 149 Phe120Phe
360 Taiwan 28254 A 150 150
361 Taiwan 28255 T 150 150
362 Taiwan 28256 C 150 150
363 Taiwan 28257 T 150 150
364 Taiwan 28258 A 150 150
365 Taiwan 28259 A 150 150