National Institute Of Genetic Engineering and Biotechnology

P.I:Mohammad-Ali Malboobi
Here we provide last mutation observed in Nucleocapsid gene of COVID-19 prevalent in Iran.
We kindly wait your comment or coopration in tracking crona virus project.
Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  * - ? A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y
*     2                                        
-     366                                        
?                                              
A     15                                        
C     21   1                                    
D     22                                        
E 1   18                                        
F     24         1                              
G 1   15                                        
H     12                                        
I     30                                        
K     15                                        
L     30                               1        
M     3                                        
N     6                                        
P     21                                        
Q 2   18                                        
R     12               1                        
S     27                                        
T     15                                        
V     36                   1                    
W     3                                        
Y     21   1                                    

Nucleotide and amino acid mutations

Here we provide list of mutation observed in Nucleocapsid at gene and protein of COVID-19.
-The position column is nucleotide position in reference genome as NC_045512.2
-The Reference column indicate reference nucleotide in NC_045512.2
-The NS column indicate number of samples that this position have been observed
-The NSR column indicate number of samples with reference nucleotide. Therefore diffrenciate related to Ns indicate number of sample with mutated nucleotide
Contoury Position Reference Alt. NSR NS AAchange
0 Sri_Lanka 27894 A 59 59
1 Sri_Lanka 27895 T 59 59
2 Sri_Lanka 27896 G 59 59
3 Sri_Lanka 27897 A 59 59
4 Sri_Lanka 27898 A 59 59
5 Sri_Lanka 27899 A 59 59
6 Sri_Lanka 27900 T 59 59
7 Sri_Lanka 27901 T 59 59
8 Sri_Lanka 27902 T 59 59
9 Sri_Lanka 27903 C 59 59
10 Sri_Lanka 27904 T 59 59
11 Sri_Lanka 27905 T 59 59
12 Sri_Lanka 27906 G 59 59
13 Sri_Lanka 27907 T 59 59
14 Sri_Lanka 27908 T 59 59
15 Sri_Lanka 27909 T 59 59
16 Sri_Lanka 27910 T 59 59
17 Sri_Lanka 27911 C 59 59
18 Sri_Lanka 27912 T 59 59
19 Sri_Lanka 27913 T 59 59
20 Sri_Lanka 27914 A 59 59
21 Sri_Lanka 27915 G T 59 58 Gly8*
22 Sri_Lanka 27916 G 59 59
23 Sri_Lanka 27917 A 59 59
24 Sri_Lanka 27918 A 59 59
25 Sri_Lanka 27919 T 59 59
26 Sri_Lanka 27920 C 59 59
27 Sri_Lanka 27921 A 59 59
28 Sri_Lanka 27922 T 59 59
29 Sri_Lanka 27923 C 59 59
30 Sri_Lanka 27924 A 59 59
31 Sri_Lanka 27925 C 59 59
32 Sri_Lanka 27926 A 59 59
33 Sri_Lanka 27927 A 59 59
34 Sri_Lanka 27928 C 59 59
35 Sri_Lanka 27929 T 59 59
36 Sri_Lanka 27930 G 59 59
37 Sri_Lanka 27931 T 59 59
38 Sri_Lanka 27932 A 59 59
39 Sri_Lanka 27933 G 59 59
40 Sri_Lanka 27934 C 59 59
41 Sri_Lanka 27935 T 59 59
42 Sri_Lanka 27936 G 59 59
43 Sri_Lanka 27937 C 59 59
44 Sri_Lanka 27938 A 59 59
45 Sri_Lanka 27939 T 59 59
46 Sri_Lanka 27940 T 59 59
47 Sri_Lanka 27941 T 59 59
48 Sri_Lanka 27942 C 59 59
49 Sri_Lanka 27943 A 59 59
50 Sri_Lanka 27944 C 59 59
51 Sri_Lanka 27945 C T 59 28 Gln18*
52 Sri_Lanka 27946 A 59 59
53 Sri_Lanka 27947 A 59 59
54 Sri_Lanka 27948 G 59 59
55 Sri_Lanka 27949 A 59 59
56 Sri_Lanka 27950 A 59 59
57 Sri_Lanka 27951 T 59 59
58 Sri_Lanka 27952 G 59 59
59 Sri_Lanka 27953 T 59 59
60 Sri_Lanka 27954 A 59 59
61 Sri_Lanka 27955 G 59 59
62 Sri_Lanka 27956 T 59 59
63 Sri_Lanka 27957 T 59 59
64 Sri_Lanka 27958 T 59 59
65 Sri_Lanka 27959 A 60 60
66 Sri_Lanka 27960 C 60 60
67 Sri_Lanka 27961 A 60 60
68 Sri_Lanka 27962 G 60 60
69 Sri_Lanka 27963 T 60 60
70 Sri_Lanka 27964 C 60 60
71 Sri_Lanka 27965 A 60 60
72 Sri_Lanka 27966 T 60 60
73 Sri_Lanka 27967 G 60 60
74 Sri_Lanka 27968 T 60 60
75 Sri_Lanka 27969 A 60 60
76 Sri_Lanka 27970 C 60 60
77 Sri_Lanka 27971 T 60 60
78 Sri_Lanka 27972 C T 60 59 Gln27*
79 Sri_Lanka 27973 A 60 60
80 Sri_Lanka 27974 A 60 60
81 Sri_Lanka 27975 C 60 60
82 Sri_Lanka 27976 A 60 60
83 Sri_Lanka 27977 T 60 60
84 Sri_Lanka 27978 C 60 60
85 Sri_Lanka 27979 A 60 60
86 Sri_Lanka 27980 A 60 60
87 Sri_Lanka 27981 C 60 60
88 Sri_Lanka 27982 C 60 60
89 Sri_Lanka 27983 A 60 60
90 Sri_Lanka 27984 T 60 60
91 Sri_Lanka 27985 A 60 60
92 Sri_Lanka 27986 T 60 60
93 Sri_Lanka 27987 G 60 60
94 Sri_Lanka 27988 T 60 60
95 Sri_Lanka 27989 A 60 60
96 Sri_Lanka 27990 G 60 60
97 Sri_Lanka 27991 T 60 60
98 Sri_Lanka 27992 T 60 60
99 Sri_Lanka 27993 G 60 60
100 Sri_Lanka 27994 A 60 60
101 Sri_Lanka 27995 T 60 60
102 Sri_Lanka 27996 G 60 60
103 Sri_Lanka 27997 A 60 60
104 Sri_Lanka 27998 C 60 60
105 Sri_Lanka 27999 C 60 60
106 Sri_Lanka 28000 C 60 60
107 Sri_Lanka 28001 G 60 60
108 Sri_Lanka 28002 T 60 60
109 Sri_Lanka 28003 G 60 60
110 Sri_Lanka 28004 T 60 60
111 Sri_Lanka 28005 C 60 60
112 Sri_Lanka 28006 C 60 60
113 Sri_Lanka 28007 T 60 60
114 Sri_Lanka 28008 A 60 60
115 Sri_Lanka 28009 T 60 60
116 Sri_Lanka 28010 T 60 60
117 Sri_Lanka 28011 C 60 60
118 Sri_Lanka 28012 A 60 60
119 Sri_Lanka 28013 C 60 60
120 Sri_Lanka 28014 T 60 60
121 Sri_Lanka 28015 T 60 60
122 Sri_Lanka 28016 C 60 60
123 Sri_Lanka 28017 T 60 60
124 Sri_Lanka 28018 A 60 60
125 Sri_Lanka 28019 T 60 60
126 Sri_Lanka 28020 T 60 60
127 Sri_Lanka 28021 C 60 60
128 Sri_Lanka 28022 T 60 60
129 Sri_Lanka 28023 A 60 60
130 Sri_Lanka 28024 A 60 60
131 Sri_Lanka 28025 A 60 60
132 Sri_Lanka 28026 T 60 60
133 Sri_Lanka 28027 G 60 60
134 Sri_Lanka 28028 G 60 60
135 Sri_Lanka 28029 T 60 60
136 Sri_Lanka 28030 A 60 60
137 Sri_Lanka 28031 T 60 60
138 Sri_Lanka 28032 A 60 60
139 Sri_Lanka 28033 T 60 60
140 Sri_Lanka 28034 T 60 60
141 Sri_Lanka 28035 A 60 60
142 Sri_Lanka 28036 G 60 60
143 Sri_Lanka 28037 A 60 60
144 Sri_Lanka 28038 G 60 60
145 Sri_Lanka 28039 T 60 60
146 Sri_Lanka 28040 A 60 60
147 Sri_Lanka 28041 G 60 60
148 Sri_Lanka 28042 G 60 60
149 Sri_Lanka 28043 A 60 60
150 Sri_Lanka 28044 G 60 60
151 Sri_Lanka 28045 C 60 60
152 Sri_Lanka 28046 T 60 60
153 Sri_Lanka 28047 A 60 60
154 Sri_Lanka 28048 G T 60 59 Arg52Ile
155 Sri_Lanka 28049 A 60 60
156 Sri_Lanka 28050 A 60 60
157 Sri_Lanka 28051 A 60 60
158 Sri_Lanka 28052 A 60 60
159 Sri_Lanka 28053 T 60 60
160 Sri_Lanka 28054 C 60 60
161 Sri_Lanka 28055 A 60 60
162 Sri_Lanka 28056 G 60 60
163 Sri_Lanka 28057 C 60 60
164 Sri_Lanka 28058 A 60 60
165 Sri_Lanka 28059 C 60 60
166 Sri_Lanka 28060 C 60 60
167 Sri_Lanka 28061 T 60 60
168 Sri_Lanka 28062 T 60 60
169 Sri_Lanka 28063 T 60 60
170 Sri_Lanka 28064 A 60 60
171 Sri_Lanka 28065 A 60 60
172 Sri_Lanka 28066 T 60 60
173 Sri_Lanka 28067 T 60 60
174 Sri_Lanka 28068 G 60 60
175 Sri_Lanka 28069 A 60 60
176 Sri_Lanka 28070 A 60 60
177 Sri_Lanka 28071 T 60 60
178 Sri_Lanka 28072 T 60 60
179 Sri_Lanka 28073 G 60 60
180 Sri_Lanka 28074 T 60 60
181 Sri_Lanka 28075 G 60 60
182 Sri_Lanka 28076 C 60 60
183 Sri_Lanka 28077 G C 60 59 Val62Leu
184 Sri_Lanka 28078 T 60 60
185 Sri_Lanka 28079 G 60 60
186 Sri_Lanka 28080 G 60 60
187 Sri_Lanka 28081 A 60 60
188 Sri_Lanka 28082 T 60 60
189 Sri_Lanka 28083 G 60 60
190 Sri_Lanka 28084 A 60 60
191 Sri_Lanka 28085 G 60 60
192 Sri_Lanka 28086 G 60 60
193 Sri_Lanka 28087 C 60 60
194 Sri_Lanka 28088 T 60 60
195 Sri_Lanka 28089 G 60 60
196 Sri_Lanka 28090 G 60 60
197 Sri_Lanka 28091 T 60 60
198 Sri_Lanka 28092 T 60 60
199 Sri_Lanka 28093 C 60 60
200 Sri_Lanka 28094 T 60 60
201 Sri_Lanka 28095 A 60 46
202 Sri_Lanka 28096 A 60 46
203 Sri_Lanka 28097 A 60 43
204 Sri_Lanka 28098 T 60 41
205 Sri_Lanka 28099 C 60 41
206 Sri_Lanka 28100 A 60 41
207 Sri_Lanka 28101 C 60 41
208 Sri_Lanka 28102 C 60 41
209 Sri_Lanka 28103 C 60 41
210 Sri_Lanka 28104 A 60 38
211 Sri_Lanka 28105 T 60 38
212 Sri_Lanka 28106 T 60 37
213 Sri_Lanka 28107 C 60 37
214 Sri_Lanka 28108 A 60 37
215 Sri_Lanka 28109 G 60 39
216 Sri_Lanka 28110 T 60 36
217 Sri_Lanka 28111 A G 60 39 Tyr73Cys
218 Sri_Lanka 28112 C 60 40
219 Sri_Lanka 28113 A 60 40
220 Sri_Lanka 28114 T 60 40
221 Sri_Lanka 28115 C 60 41
222 Sri_Lanka 28116 G 60 41
223 Sri_Lanka 28117 A 60 41
224 Sri_Lanka 28118 T 60 41
225 Sri_Lanka 28119 A 60 41
226 Sri_Lanka 28120 T 60 45
227 Sri_Lanka 28121 C 60 60
228 Sri_Lanka 28122 G 60 60
229 Sri_Lanka 28123 G 60 60
230 Sri_Lanka 28124 T 60 60
231 Sri_Lanka 28125 A 60 60
232 Sri_Lanka 28126 A 60 60
233 Sri_Lanka 28127 T 60 60
234 Sri_Lanka 28128 T 60 60
235 Sri_Lanka 28129 A 60 60
236 Sri_Lanka 28130 T 60 60
237 Sri_Lanka 28131 A 60 60
238 Sri_Lanka 28132 C 60 60
239 Sri_Lanka 28133 A 60 60
240 Sri_Lanka 28134 G 60 60
241 Sri_Lanka 28135 T 60 60
242 Sri_Lanka 28136 T 60 60
243 Sri_Lanka 28137 T 60 60
244 Sri_Lanka 28138 C 60 60
245 Sri_Lanka 28139 C 60 60
246 Sri_Lanka 28140 T 60 60
247 Sri_Lanka 28141 G 60 60
248 Sri_Lanka 28142 T 60 60
249 Sri_Lanka 28143 T 60 60
250 Sri_Lanka 28144 T C 60 58 Leu84Ser
251 Sri_Lanka 28145 A 60 60
252 Sri_Lanka 28146 C 60 60
253 Sri_Lanka 28147 C 60 60
254 Sri_Lanka 28148 T 60 60
255 Sri_Lanka 28149 T 60 60
256 Sri_Lanka 28150 T 60 60
257 Sri_Lanka 28151 T 60 60
258 Sri_Lanka 28152 A 60 60
259 Sri_Lanka 28153 C 60 60
260 Sri_Lanka 28154 A 60 60
261 Sri_Lanka 28155 A 60 60
262 Sri_Lanka 28156 T 60 60
263 Sri_Lanka 28157 T 60 60
264 Sri_Lanka 28158 A 60 60
265 Sri_Lanka 28159 A 60 60
266 Sri_Lanka 28160 T 60 60
267 Sri_Lanka 28161 T 60 60
268 Sri_Lanka 28162 G 60 60
269 Sri_Lanka 28163 C T 60 59 Cys90Cys
270 Sri_Lanka 28164 C 60 60
271 Sri_Lanka 28165 A 60 60
272 Sri_Lanka 28166 G 60 60
273 Sri_Lanka 28167 G 60 60
274 Sri_Lanka 28168 A 60 60
275 Sri_Lanka 28169 A 60 60
276 Sri_Lanka 28170 C 60 60
277 Sri_Lanka 28171 C 60 60
278 Sri_Lanka 28172 T 60 60
279 Sri_Lanka 28173 A 60 60
280 Sri_Lanka 28174 A 60 60
281 Sri_Lanka 28175 A 60 60
282 Sri_Lanka 28176 T 60 60
283 Sri_Lanka 28177 T 60 60
284 Sri_Lanka 28178 G 60 60
285 Sri_Lanka 28179 G 60 60
286 Sri_Lanka 28180 G 60 60
287 Sri_Lanka 28181 T 60 60
288 Sri_Lanka 28182 A 60 60
289 Sri_Lanka 28183 G 60 60
290 Sri_Lanka 28184 T 60 60
291 Sri_Lanka 28185 C 60 60
292 Sri_Lanka 28186 T 60 60
293 Sri_Lanka 28187 T 60 60
294 Sri_Lanka 28188 G 60 60
295 Sri_Lanka 28189 T 60 60
296 Sri_Lanka 28190 A 60 59
297 Sri_Lanka 28191 G 60 59
298 Sri_Lanka 28192 T 60 59
299 Sri_Lanka 28193 G 60 60
300 Sri_Lanka 28194 C 60 60
301 Sri_Lanka 28195 G 60 60
302 Sri_Lanka 28196 T 60 60
303 Sri_Lanka 28197 T 60 60
304 Sri_Lanka 28198 G 60 60
305 Sri_Lanka 28199 T 60 60
306 Sri_Lanka 28200 T 60 60
307 Sri_Lanka 28201 C 60 60
308 Sri_Lanka 28202 G 60 60
309 Sri_Lanka 28203 T 60 60
310 Sri_Lanka 28204 T 60 60
311 Sri_Lanka 28205 C 59 59
312 Sri_Lanka 28206 T 59 59
313 Sri_Lanka 28207 A 59 59
314 Sri_Lanka 28208 T 59 59
315 Sri_Lanka 28209 G T 59 58 Glu106*
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318 Sri_Lanka 28212 G 59 59
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