National Institute Of Genetic Engineering and Biotechnology

P.I:Mohammad-Ali Malboobi
Here we provide last mutation observed in Nucleocapsid gene of COVID-19 prevalent in Iran.
We kindly wait your comment or coopration in tracking crona virus project.

Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  * - ? A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y
*     2                                        
-     366                                        
?                                              
A     15                                        
C     21                                        
D     22     1                                  
E 1   18                                        
F     24                   1                    
G     15                                        
H     12                                        
I     30                                        
K     15                                        
L     30                                        
M     3                                        
N     6                                        
P     21                               1        
Q 1   18                                        
R     12               1                        
S     27                                        
T     15               1                        
V     36 1                 1                    
W     3                                        
Y     21   1                                    

Nucleotide and amino acid mutations

Here we provide list of mutation observed in Nucleocapsid at gene and protein of COVID-19.
-The position column is nucleotide position in reference genome as NC_045512.2
-The Reference column indicate reference nucleotide in NC_045512.2
-The NS column indicate number of samples that this position have been observed
-The NSR column indicate number of samples with reference nucleotide. Therefore diffrenciate related to Ns indicate number of sample with mutated nucleotide

Contoury Position Reference Alt. NSR NS AAchange
0 Slovenia 27894 A 147 147
1 Slovenia 27895 T 147 147
2 Slovenia 27896 G 147 147
3 Slovenia 27897 A 147 147
4 Slovenia 27898 A 147 147
5 Slovenia 27899 A 147 147
6 Slovenia 27900 T C 147 146 Phe3Leu
7 Slovenia 27901 T 147 147
8 Slovenia 27902 T 147 147
9 Slovenia 27903 C 147 147
10 Slovenia 27904 T 147 147
11 Slovenia 27905 T 147 147
12 Slovenia 27906 G 147 147
13 Slovenia 27907 T 147 147
14 Slovenia 27908 T 147 147
15 Slovenia 27909 T 147 147
16 Slovenia 27910 T 147 147
17 Slovenia 27911 C 147 147
18 Slovenia 27912 T 147 147
19 Slovenia 27913 T 147 147
20 Slovenia 27914 A 147 147
21 Slovenia 27915 G 147 147
22 Slovenia 27916 G 147 147
23 Slovenia 27917 A 147 147
24 Slovenia 27918 A 147 147
25 Slovenia 27919 T 147 147
26 Slovenia 27920 C 147 147
27 Slovenia 27921 A 147 147
28 Slovenia 27922 T 147 147
29 Slovenia 27923 C 147 147
30 Slovenia 27924 A 147 147
31 Slovenia 27925 C 147 147
32 Slovenia 27926 A 147 147
33 Slovenia 27927 A 147 147
34 Slovenia 27928 C 147 147
35 Slovenia 27929 T 147 147
36 Slovenia 27930 G 147 147
37 Slovenia 27931 T 147 147
38 Slovenia 27932 A 147 147
39 Slovenia 27933 G 147 147
40 Slovenia 27934 C 147 147
41 Slovenia 27935 T 147 147
42 Slovenia 27936 G 147 147
43 Slovenia 27937 C 147 147
44 Slovenia 27938 A 147 147
45 Slovenia 27939 T 147 147
46 Slovenia 27940 T 147 147
47 Slovenia 27941 T 147 147
48 Slovenia 27942 C 147 147
49 Slovenia 27943 A 147 147
50 Slovenia 27944 C 147 147
51 Slovenia 27945 C 147 147
52 Slovenia 27946 A 147 147
53 Slovenia 27947 A 147 147
54 Slovenia 27948 G 147 147
55 Slovenia 27949 A 147 147
56 Slovenia 27950 A 147 147
57 Slovenia 27951 T 147 147
58 Slovenia 27952 G 147 147
59 Slovenia 27953 T 147 147
60 Slovenia 27954 A 147 147
61 Slovenia 27955 G 147 147
62 Slovenia 27956 T 147 147
63 Slovenia 27957 T 147 147
64 Slovenia 27958 T 147 147
65 Slovenia 27959 A 147 147
66 Slovenia 27960 C 147 147
67 Slovenia 27961 A 147 147
68 Slovenia 27962 G 147 147
69 Slovenia 27963 T 147 147
70 Slovenia 27964 C 147 147
71 Slovenia 27965 A 147 147
72 Slovenia 27966 T 147 147
73 Slovenia 27967 G 147 147
74 Slovenia 27968 T 147 147
75 Slovenia 27969 A 147 147
76 Slovenia 27970 C T 147 145 Thr26Ile
77 Slovenia 27971 T 147 147
78 Slovenia 27972 C T 147 145 Gln27*
79 Slovenia 27973 A 147 147
80 Slovenia 27974 A 147 147
81 Slovenia 27975 C 147 147
82 Slovenia 27976 A 147 147
83 Slovenia 27977 T 147 147
84 Slovenia 27978 C 147 147
85 Slovenia 27979 A 147 147
86 Slovenia 27980 A 147 147
87 Slovenia 27981 C 147 147
88 Slovenia 27982 C 147 147
89 Slovenia 27983 A 147 147
90 Slovenia 27984 T 147 147
91 Slovenia 27985 A 147 147
92 Slovenia 27986 T 147 147
93 Slovenia 27987 G 147 147
94 Slovenia 27988 T 147 147
95 Slovenia 27989 A 147 147
96 Slovenia 27990 G 147 147
97 Slovenia 27991 T 147 147
98 Slovenia 27992 T 147 147
99 Slovenia 27993 G 147 147
100 Slovenia 27994 A 147 147
101 Slovenia 27995 T 147 147
102 Slovenia 27996 G 147 147
103 Slovenia 27997 A 147 147
104 Slovenia 27998 C T 147 146 Asp35Asp
105 Slovenia 27999 C T 147 146 Pro36Ser
106 Slovenia 28000 C 147 147
107 Slovenia 28001 G 147 147
108 Slovenia 28002 T 147 147
109 Slovenia 28003 G 147 147
110 Slovenia 28004 T 147 147
111 Slovenia 28005 C 147 147
112 Slovenia 28006 C 147 147
113 Slovenia 28007 T 147 147
114 Slovenia 28008 A 147 147
115 Slovenia 28009 T 147 147
116 Slovenia 28010 T 147 147
117 Slovenia 28011 C 147 147
118 Slovenia 28012 A 147 147
119 Slovenia 28013 C 147 147
120 Slovenia 28014 T 147 147
121 Slovenia 28015 T 147 147
122 Slovenia 28016 C 147 147
123 Slovenia 28017 T 147 147
124 Slovenia 28018 A 147 147
125 Slovenia 28019 T 147 147
126 Slovenia 28020 T 147 147
127 Slovenia 28021 C 147 147
128 Slovenia 28022 T 147 147
129 Slovenia 28023 A 147 147
130 Slovenia 28024 A 147 147
131 Slovenia 28025 A 147 147
132 Slovenia 28026 T 147 147
133 Slovenia 28027 G 147 147
134 Slovenia 28028 G 147 147
135 Slovenia 28029 T 147 147
136 Slovenia 28030 A 147 147
137 Slovenia 28031 T 147 147
138 Slovenia 28032 A 147 147
139 Slovenia 28033 T 147 147
140 Slovenia 28034 T 147 147
141 Slovenia 28035 A 147 147
142 Slovenia 28036 G 147 147
143 Slovenia 28037 A 147 147
144 Slovenia 28038 G 147 147
145 Slovenia 28039 T 147 147
146 Slovenia 28040 A 147 147
147 Slovenia 28041 G 147 147
148 Slovenia 28042 G 147 147
149 Slovenia 28043 A 147 147
150 Slovenia 28044 G 147 147
151 Slovenia 28045 C 147 147
152 Slovenia 28046 T 147 147
153 Slovenia 28047 A 147 147
154 Slovenia 28048 G T 147 145 Arg52Ile
155 Slovenia 28049 A 147 147
156 Slovenia 28050 A 147 147
157 Slovenia 28051 A 147 147
158 Slovenia 28052 A 147 147
159 Slovenia 28053 T 147 147
160 Slovenia 28054 C 147 147
161 Slovenia 28055 A 147 147
162 Slovenia 28056 G 147 147
163 Slovenia 28057 C 147 147
164 Slovenia 28058 A 147 147
165 Slovenia 28059 C 147 147
166 Slovenia 28060 C 147 147
167 Slovenia 28061 T 147 147
168 Slovenia 28062 T 147 147
169 Slovenia 28063 T 147 147
170 Slovenia 28064 A 147 147
171 Slovenia 28065 A 147 147
172 Slovenia 28066 T 147 147
173 Slovenia 28067 T 147 147
174 Slovenia 28068 G 147 147
175 Slovenia 28069 A 147 147
176 Slovenia 28070 A 147 147
177 Slovenia 28071 T 147 147
178 Slovenia 28072 T 147 147
179 Slovenia 28073 G 147 147
180 Slovenia 28074 T 147 147
181 Slovenia 28075 G 147 147
182 Slovenia 28076 C 147 147
183 Slovenia 28077 G T 147 145 Val62Leu
184 Slovenia 28078 T C 147 146 Val62Ala
185 Slovenia 28079 G 147 147
186 Slovenia 28080 G 147 147
187 Slovenia 28081 A 147 147
188 Slovenia 28082 T 147 147
189 Slovenia 28083 G T 147 129 Glu64*
190 Slovenia 28084 A 147 147
191 Slovenia 28085 G 147 147
192 Slovenia 28086 G 147 147
193 Slovenia 28087 C 147 147
194 Slovenia 28088 T 147 147
195 Slovenia 28089 G 147 147
196 Slovenia 28090 G 148 148
197 Slovenia 28091 T 148 148
198 Slovenia 28092 T 148 148
199 Slovenia 28093 C 148 148
200 Slovenia 28094 T 148 148
201 Slovenia 28095 A 148 148
202 Slovenia 28096 A 148 148
203 Slovenia 28097 A 148 148
204 Slovenia 28098 T 148 148
205 Slovenia 28099 C 148 148
206 Slovenia 28100 A 148 148
207 Slovenia 28101 C 148 148
208 Slovenia 28102 C 148 148
209 Slovenia 28103 C 148 148
210 Slovenia 28104 A 148 148
211 Slovenia 28105 T 148 148
212 Slovenia 28106 T 148 148
213 Slovenia 28107 C 148 148
214 Slovenia 28108 A 148 148
215 Slovenia 28109 G 148 148
216 Slovenia 28110 T 148 148
217 Slovenia 28111 A G 148 146 Tyr73Cys
218 Slovenia 28112 C 148 148
219 Slovenia 28113 A 148 148
220 Slovenia 28114 T 148 148
221 Slovenia 28115 C 148 148
222 Slovenia 28116 G 148 148
223 Slovenia 28117 A 148 148
224 Slovenia 28118 T 148 148
225 Slovenia 28119 A 148 148
226 Slovenia 28120 T 148 148
227 Slovenia 28121 C 148 148
228 Slovenia 28122 G 148 148
229 Slovenia 28123 G 148 148
230 Slovenia 28124 T 148 148
231 Slovenia 28125 A 148 148
232 Slovenia 28126 A 148 148
233 Slovenia 28127 T 148 148
234 Slovenia 28128 T 148 148
235 Slovenia 28129 A 148 148
236 Slovenia 28130 T 148 148
237 Slovenia 28131 A 148 148
238 Slovenia 28132 C 148 148
239 Slovenia 28133 A 148 148
240 Slovenia 28134 G 148 148
241 Slovenia 28135 T 148 148
242 Slovenia 28136 T 148 148
243 Slovenia 28137 T 148 148
244 Slovenia 28138 C 148 148
245 Slovenia 28139 C 148 148
246 Slovenia 28140 T 148 148
247 Slovenia 28141 G 148 148
248 Slovenia 28142 T 148 148
249 Slovenia 28143 T 148 148
250 Slovenia 28144 T 148 148
251 Slovenia 28145 A 148 148
252 Slovenia 28146 C 148 148
253 Slovenia 28147 C 148 148
254 Slovenia 28148 T 148 148
255 Slovenia 28149 T 148 148
256 Slovenia 28150 T 148 148
257 Slovenia 28151 T 148 148
258 Slovenia 28152 A 148 148
259 Slovenia 28153 C 148 148
260 Slovenia 28154 A 148 148
261 Slovenia 28155 A 148 148
262 Slovenia 28156 T 148 148
263 Slovenia 28157 T 148 148
264 Slovenia 28158 A 148 148
265 Slovenia 28159 A 148 148
266 Slovenia 28160 T 148 148
267 Slovenia 28161 T 148 148
268 Slovenia 28162 G 148 148
269 Slovenia 28163 C 148 148
270 Slovenia 28164 C 148 148
271 Slovenia 28165 A 148 148
272 Slovenia 28166 G 148 148
273 Slovenia 28167 G 148 148
274 Slovenia 28168 A 148 148
275 Slovenia 28169 A 148 148
276 Slovenia 28170 C 148 148
277 Slovenia 28171 C 148 148
278 Slovenia 28172 T 148 148
279 Slovenia 28173 A 148 148
280 Slovenia 28174 A 148 148
281 Slovenia 28175 A 148 148
282 Slovenia 28176 T 148 148
283 Slovenia 28177 T 148 148
284 Slovenia 28178 G 148 148
285 Slovenia 28179 G 148 148
286 Slovenia 28180 G 148 148
287 Slovenia 28181 T 148 148
288 Slovenia 28182 A 148 148
289 Slovenia 28183 G 148 148
290 Slovenia 28184 T 148 148
291 Slovenia 28185 C 148 148
292 Slovenia 28186 T 148 148
293 Slovenia 28187 T 148 148
294 Slovenia 28188 G 148 148
295 Slovenia 28189 T 148 148
296 Slovenia 28190 A 148 148
297 Slovenia 28191 G 148 148
298 Slovenia 28192 T 148 148
299 Slovenia 28193 G 148 148
300 Slovenia 28194 C 148 148
301 Slovenia 28195 G 148 148
302 Slovenia 28196 T 148 148
303 Slovenia 28197 T 148 148
304 Slovenia 28198 G 148 148
305 Slovenia 28199 T 148 148
306 Slovenia 28200 T 148 148
307 Slovenia 28201 C 148 148
308 Slovenia 28202 G 148 148
309 Slovenia 28203 T 148 148
310 Slovenia 28204 T 148 148
311 Slovenia 28205 C 148 148
312 Slovenia 28206 T 148 148
313 Slovenia 28207 A 148 148
314 Slovenia 28208 T 148 148
315 Slovenia 28209 G 148 148
316 Slovenia 28210 A 148 148
317 Slovenia 28211 A 148 148
318 Slovenia 28212 G 148 148
319 Slovenia 28213 A 148 148
320 Slovenia 28214 C 148 148
321 Slovenia 28215 T 148 148
322 Slovenia 28216 T 148 148
323 Slovenia 28217 T 148 148
324 Slovenia 28218 T 148 148
325 Slovenia 28219 T 148 148
326 Slovenia 28220 A 148 148
327 Slovenia 28221 G 148 148
328 Slovenia 28222 A 148 148
329 Slovenia 28223 G 148 148
330 Slovenia 28224 T 148 148
331 Slovenia 28225 A 148 148
332 Slovenia 28226 T 148 148
333 Slovenia 28227 C 148 148
334 Slovenia 28228 A 148 148
335 Slovenia 28229 T 148 148
336 Slovenia 28230 G 148 148
337 Slovenia 28231 A 148 148
338 Slovenia 28232 C 148 148
339 Slovenia 28233 G 148 148
340 Slovenia 28234 T 148 148
341 Slovenia 28235 T 148 148
342 Slovenia 28236 C 148 148
343 Slovenia 28237 G 148 148
344 Slovenia 28238 T 148 148
345 Slovenia 28239 G 148 148
346 Slovenia 28240 T 148 148
347 Slovenia 28241 T 148 148
348 Slovenia 28242 G 148 148
349 Slovenia 28243 T 148 148
350 Slovenia 28244 T 148 148
351 Slovenia 28245 T 148 148
352 Slovenia 28246 T 148 148
353 Slovenia 28247 A 148 148
354 Slovenia 28248 G 148 148
355 Slovenia 28249 A 148 148
356 Slovenia 28250 T 148 148
357 Slovenia 28251 T 148 148
358 Slovenia 28252 T 148 148
359 Slovenia 28253 C 148 148
360 Slovenia 28254 A 148 148
361 Slovenia 28255 T 148 148
362 Slovenia 28256 C 148 148
363 Slovenia 28257 T 148 148
364 Slovenia 28258 A 148 148
365 Slovenia 28259 A 148 148