National Institute Of Genetic Engineering and Biotechnology

P.I:Mohammad-Ali Malboobi
Here we provide last mutation observed in Nucleocapsid gene of COVID-19 prevalent in Iran.
We kindly wait your comment or coopration in tracking crona virus project.

Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  * - ? A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y
*     2                                        
-     366                                        
?                                              
A     15                                        
C     21                                        
D     22                                        
E     18                                        
F     24                                        
G     15                                        
H     12                                       1
I     30                                        
K     15                                        
L     30                               1        
M     3                                        
N     6                                        
P     21                                        
Q     18                                        
R     12                                        
S     27                                        
T     15                                        
V     36                                        
W     3                                        
Y     21                                        

Nucleotide and amino acid mutations

Here we provide list of mutation observed in Nucleocapsid at gene and protein of COVID-19.
-The position column is nucleotide position in reference genome as NC_045512.2
-The Reference column indicate reference nucleotide in NC_045512.2
-The NS column indicate number of samples that this position have been observed
-The NSR column indicate number of samples with reference nucleotide. Therefore diffrenciate related to Ns indicate number of sample with mutated nucleotide

Contoury Position Reference Alt. NSR NS AAchange
0 Sierra_Leone 27894 A 11 11
1 Sierra_Leone 27895 T 11 11
2 Sierra_Leone 27896 G 11 11
3 Sierra_Leone 27897 A 11 11
4 Sierra_Leone 27898 A 11 11
5 Sierra_Leone 27899 A 11 11
6 Sierra_Leone 27900 T 11 11
7 Sierra_Leone 27901 T 11 11
8 Sierra_Leone 27902 T 11 11
9 Sierra_Leone 27903 C 11 11
10 Sierra_Leone 27904 T 11 11
11 Sierra_Leone 27905 T 11 11
12 Sierra_Leone 27906 G 11 11
13 Sierra_Leone 27907 T 11 11
14 Sierra_Leone 27908 T 11 11
15 Sierra_Leone 27909 T 11 11
16 Sierra_Leone 27910 T 11 11
17 Sierra_Leone 27911 C 11 11
18 Sierra_Leone 27912 T 11 11
19 Sierra_Leone 27913 T 11 11
20 Sierra_Leone 27914 A 11 11
21 Sierra_Leone 27915 G 11 11
22 Sierra_Leone 27916 G 11 11
23 Sierra_Leone 27917 A 11 11
24 Sierra_Leone 27918 A 11 11
25 Sierra_Leone 27919 T 11 11
26 Sierra_Leone 27920 C 11 11
27 Sierra_Leone 27921 A 11 11
28 Sierra_Leone 27922 T 11 11
29 Sierra_Leone 27923 C 11 11
30 Sierra_Leone 27924 A 11 11
31 Sierra_Leone 27925 C 11 11
32 Sierra_Leone 27926 A 11 11
33 Sierra_Leone 27927 A 11 11
34 Sierra_Leone 27928 C 11 11
35 Sierra_Leone 27929 T 11 11
36 Sierra_Leone 27930 G 11 11
37 Sierra_Leone 27931 T 11 11
38 Sierra_Leone 27932 A 11 11
39 Sierra_Leone 27933 G 11 11
40 Sierra_Leone 27934 C 11 11
41 Sierra_Leone 27935 T 11 11
42 Sierra_Leone 27936 G 11 11
43 Sierra_Leone 27937 C 11 11
44 Sierra_Leone 27938 A 11 11
45 Sierra_Leone 27939 T 11 11
46 Sierra_Leone 27940 T 11 11
47 Sierra_Leone 27941 T 11 11
48 Sierra_Leone 27942 C T 11 10 His17Tyr
49 Sierra_Leone 27943 A 11 11
50 Sierra_Leone 27944 C 11 11
51 Sierra_Leone 27945 C 11 11
52 Sierra_Leone 27946 A 11 11
53 Sierra_Leone 27947 A 11 11
54 Sierra_Leone 27948 G 11 11
55 Sierra_Leone 27949 A 11 11
56 Sierra_Leone 27950 A 11 11
57 Sierra_Leone 27951 T 11 11
58 Sierra_Leone 27952 G 11 11
59 Sierra_Leone 27953 T 11 11
60 Sierra_Leone 27954 A 11 11
61 Sierra_Leone 27955 G 11 11
62 Sierra_Leone 27956 T 11 11
63 Sierra_Leone 27957 T 11 11
64 Sierra_Leone 27958 T 11 11
65 Sierra_Leone 27959 A 11 11
66 Sierra_Leone 27960 C 11 11
67 Sierra_Leone 27961 A 11 11
68 Sierra_Leone 27962 G 11 11
69 Sierra_Leone 27963 T 11 11
70 Sierra_Leone 27964 C 11 11
71 Sierra_Leone 27965 A 11 11
72 Sierra_Leone 27966 T 11 11
73 Sierra_Leone 27967 G 11 11
74 Sierra_Leone 27968 T 11 11
75 Sierra_Leone 27969 A 11 11
76 Sierra_Leone 27970 C 11 11
77 Sierra_Leone 27971 T 11 11
78 Sierra_Leone 27972 C 11 11
79 Sierra_Leone 27973 A 11 11
80 Sierra_Leone 27974 A 11 11
81 Sierra_Leone 27975 C 11 11
82 Sierra_Leone 27976 A 11 11
83 Sierra_Leone 27977 T 11 11
84 Sierra_Leone 27978 C 11 11
85 Sierra_Leone 27979 A 11 11
86 Sierra_Leone 27980 A 11 11
87 Sierra_Leone 27981 C 11 11
88 Sierra_Leone 27982 C 11 11
89 Sierra_Leone 27983 A 11 11
90 Sierra_Leone 27984 T 11 11
91 Sierra_Leone 27985 A 11 11
92 Sierra_Leone 27986 T 11 11
93 Sierra_Leone 27987 G 11 11
94 Sierra_Leone 27988 T 11 11
95 Sierra_Leone 27989 A 11 11
96 Sierra_Leone 27990 G 11 11
97 Sierra_Leone 27991 T 11 11
98 Sierra_Leone 27992 T 11 11
99 Sierra_Leone 27993 G 11 11
100 Sierra_Leone 27994 A 11 11
101 Sierra_Leone 27995 T 11 11
102 Sierra_Leone 27996 G 11 11
103 Sierra_Leone 27997 A 11 11
104 Sierra_Leone 27998 C 11 11
105 Sierra_Leone 27999 C 11 11
106 Sierra_Leone 28000 C 11 11
107 Sierra_Leone 28001 G 11 11
108 Sierra_Leone 28002 T 11 11
109 Sierra_Leone 28003 G 11 11
110 Sierra_Leone 28004 T 11 11
111 Sierra_Leone 28005 C 11 11
112 Sierra_Leone 28006 C 11 11
113 Sierra_Leone 28007 T 11 11
114 Sierra_Leone 28008 A 11 11
115 Sierra_Leone 28009 T 11 11
116 Sierra_Leone 28010 T 11 11
117 Sierra_Leone 28011 C 11 11
118 Sierra_Leone 28012 A 11 11
119 Sierra_Leone 28013 C 11 11
120 Sierra_Leone 28014 T 11 11
121 Sierra_Leone 28015 T 11 11
122 Sierra_Leone 28016 C 11 11
123 Sierra_Leone 28017 T 11 11
124 Sierra_Leone 28018 A 11 11
125 Sierra_Leone 28019 T 11 11
126 Sierra_Leone 28020 T 11 11
127 Sierra_Leone 28021 C 11 11
128 Sierra_Leone 28022 T 11 11
129 Sierra_Leone 28023 A 11 11
130 Sierra_Leone 28024 A 11 11
131 Sierra_Leone 28025 A 11 11
132 Sierra_Leone 28026 T 11 11
133 Sierra_Leone 28027 G 11 11
134 Sierra_Leone 28028 G 11 11
135 Sierra_Leone 28029 T 11 11
136 Sierra_Leone 28030 A 11 11
137 Sierra_Leone 28031 T 11 11
138 Sierra_Leone 28032 A 11 11
139 Sierra_Leone 28033 T 11 11
140 Sierra_Leone 28034 T 11 11
141 Sierra_Leone 28035 A 11 11
142 Sierra_Leone 28036 G 11 11
143 Sierra_Leone 28037 A 11 11
144 Sierra_Leone 28038 G 11 11
145 Sierra_Leone 28039 T 11 11
146 Sierra_Leone 28040 A 11 11
147 Sierra_Leone 28041 G 11 11
148 Sierra_Leone 28042 G 11 11
149 Sierra_Leone 28043 A 11 11
150 Sierra_Leone 28044 G 11 11
151 Sierra_Leone 28045 C 11 11
152 Sierra_Leone 28046 T 11 11
153 Sierra_Leone 28047 A 11 11
154 Sierra_Leone 28048 G 11 11
155 Sierra_Leone 28049 A 11 11
156 Sierra_Leone 28050 A 11 11
157 Sierra_Leone 28051 A 11 11
158 Sierra_Leone 28052 A 11 11
159 Sierra_Leone 28053 T 11 11
160 Sierra_Leone 28054 C 11 11
161 Sierra_Leone 28055 A 11 11
162 Sierra_Leone 28056 G 11 11
163 Sierra_Leone 28057 C 11 11
164 Sierra_Leone 28058 A 11 11
165 Sierra_Leone 28059 C 11 11
166 Sierra_Leone 28060 C 11 11
167 Sierra_Leone 28061 T 11 11
168 Sierra_Leone 28062 T 11 11
169 Sierra_Leone 28063 T 11 11
170 Sierra_Leone 28064 A 11 11
171 Sierra_Leone 28065 A 11 11
172 Sierra_Leone 28066 T 11 11
173 Sierra_Leone 28067 T 11 11
174 Sierra_Leone 28068 G 11 11
175 Sierra_Leone 28069 A 11 11
176 Sierra_Leone 28070 A 11 11
177 Sierra_Leone 28071 T 11 11
178 Sierra_Leone 28072 T 11 11
179 Sierra_Leone 28073 G 11 11
180 Sierra_Leone 28074 T 11 11
181 Sierra_Leone 28075 G 11 11
182 Sierra_Leone 28076 C 11 11
183 Sierra_Leone 28077 G 11 11
184 Sierra_Leone 28078 T 11 11
185 Sierra_Leone 28079 G 11 11
186 Sierra_Leone 28080 G 11 11
187 Sierra_Leone 28081 A 11 11
188 Sierra_Leone 28082 T 11 11
189 Sierra_Leone 28083 G 11 11
190 Sierra_Leone 28084 A 11 11
191 Sierra_Leone 28085 G 11 11
192 Sierra_Leone 28086 G 11 11
193 Sierra_Leone 28087 C 11 11
194 Sierra_Leone 28088 T 11 11
195 Sierra_Leone 28089 G 11 11
196 Sierra_Leone 28090 G 11 11
197 Sierra_Leone 28091 T 11 11
198 Sierra_Leone 28092 T 11 11
199 Sierra_Leone 28093 C 11 11
200 Sierra_Leone 28094 T 11 11
201 Sierra_Leone 28095 A 11 11
202 Sierra_Leone 28096 A 11 11
203 Sierra_Leone 28097 A 11 11
204 Sierra_Leone 28098 T 11 11
205 Sierra_Leone 28099 C 11 11
206 Sierra_Leone 28100 A 11 11
207 Sierra_Leone 28101 C 11 11
208 Sierra_Leone 28102 C 11 11
209 Sierra_Leone 28103 C 11 11
210 Sierra_Leone 28104 A 11 11
211 Sierra_Leone 28105 T 11 11
212 Sierra_Leone 28106 T 11 11
213 Sierra_Leone 28107 C 11 11
214 Sierra_Leone 28108 A 11 11
215 Sierra_Leone 28109 G 11 11
216 Sierra_Leone 28110 T 11 11
217 Sierra_Leone 28111 A 11 11
218 Sierra_Leone 28112 C 11 11
219 Sierra_Leone 28113 A 11 11
220 Sierra_Leone 28114 T 11 11
221 Sierra_Leone 28115 C 11 11
222 Sierra_Leone 28116 G 11 11
223 Sierra_Leone 28117 A 11 11
224 Sierra_Leone 28118 T 11 11
225 Sierra_Leone 28119 A 11 11
226 Sierra_Leone 28120 T 11 11
227 Sierra_Leone 28121 C 11 11
228 Sierra_Leone 28122 G 11 11
229 Sierra_Leone 28123 G 11 11
230 Sierra_Leone 28124 T 11 11
231 Sierra_Leone 28125 A 11 11
232 Sierra_Leone 28126 A 11 11
233 Sierra_Leone 28127 T 11 11
234 Sierra_Leone 28128 T 11 11
235 Sierra_Leone 28129 A 11 11
236 Sierra_Leone 28130 T 11 11
237 Sierra_Leone 28131 A 11 11
238 Sierra_Leone 28132 C 11 11
239 Sierra_Leone 28133 A 11 11
240 Sierra_Leone 28134 G 11 11
241 Sierra_Leone 28135 T 11 11
242 Sierra_Leone 28136 T 11 11
243 Sierra_Leone 28137 T 11 11
244 Sierra_Leone 28138 C 11 11
245 Sierra_Leone 28139 C 11 11
246 Sierra_Leone 28140 T 11 11
247 Sierra_Leone 28141 G 11 11
248 Sierra_Leone 28142 T 11 11
249 Sierra_Leone 28143 T 11 11
250 Sierra_Leone 28144 T C 11 6 Leu84Ser
251 Sierra_Leone 28145 A 11 11
252 Sierra_Leone 28146 C 11 11
253 Sierra_Leone 28147 C 11 11
254 Sierra_Leone 28148 T 11 11
255 Sierra_Leone 28149 T 11 11
256 Sierra_Leone 28150 T 11 11
257 Sierra_Leone 28151 T 11 11
258 Sierra_Leone 28152 A 11 11
259 Sierra_Leone 28153 C 11 11
260 Sierra_Leone 28154 A 11 11
261 Sierra_Leone 28155 A 11 11
262 Sierra_Leone 28156 T 11 11
263 Sierra_Leone 28157 T 11 11
264 Sierra_Leone 28158 A 11 11
265 Sierra_Leone 28159 A 11 11
266 Sierra_Leone 28160 T 11 11
267 Sierra_Leone 28161 T 11 11
268 Sierra_Leone 28162 G 11 11
269 Sierra_Leone 28163 C 11 11
270 Sierra_Leone 28164 C 11 11
271 Sierra_Leone 28165 A 11 11
272 Sierra_Leone 28166 G 11 11
273 Sierra_Leone 28167 G 11 11
274 Sierra_Leone 28168 A 11 11
275 Sierra_Leone 28169 A 11 11
276 Sierra_Leone 28170 C 11 11
277 Sierra_Leone 28171 C 11 11
278 Sierra_Leone 28172 T 11 11
279 Sierra_Leone 28173 A 11 11
280 Sierra_Leone 28174 A 11 11
281 Sierra_Leone 28175 A 11 11
282 Sierra_Leone 28176 T 11 11
283 Sierra_Leone 28177 T 11 11
284 Sierra_Leone 28178 G 11 11
285 Sierra_Leone 28179 G 11 11
286 Sierra_Leone 28180 G 11 11
287 Sierra_Leone 28181 T 11 11
288 Sierra_Leone 28182 A 11 11
289 Sierra_Leone 28183 G 11 11
290 Sierra_Leone 28184 T 11 11
291 Sierra_Leone 28185 C 11 11
292 Sierra_Leone 28186 T 11 11
293 Sierra_Leone 28187 T 11 11
294 Sierra_Leone 28188 G 11 11
295 Sierra_Leone 28189 T 11 11
296 Sierra_Leone 28190 A 11 11
297 Sierra_Leone 28191 G 11 11
298 Sierra_Leone 28192 T 11 11
299 Sierra_Leone 28193 G 11 11
300 Sierra_Leone 28194 C 11 11
301 Sierra_Leone 28195 G 11 11
302 Sierra_Leone 28196 T 11 11
303 Sierra_Leone 28197 T 11 11
304 Sierra_Leone 28198 G 11 11
305 Sierra_Leone 28199 T 11 11
306 Sierra_Leone 28200 T 11 11
307 Sierra_Leone 28201 C 11 11
308 Sierra_Leone 28202 G 11 11
309 Sierra_Leone 28203 T 11 11
310 Sierra_Leone 28204 T 11 11
311 Sierra_Leone 28205 C 11 11
312 Sierra_Leone 28206 T 11 11
313 Sierra_Leone 28207 A 11 11
314 Sierra_Leone 28208 T 11 11
315 Sierra_Leone 28209 G 11 11
316 Sierra_Leone 28210 A 11 11
317 Sierra_Leone 28211 A 11 11
318 Sierra_Leone 28212 G 11 11
319 Sierra_Leone 28213 A 11 11
320 Sierra_Leone 28214 C 11 11
321 Sierra_Leone 28215 T 11 11
322 Sierra_Leone 28216 T 11 11
323 Sierra_Leone 28217 T 11 11
324 Sierra_Leone 28218 T 11 11
325 Sierra_Leone 28219 T 11 11
326 Sierra_Leone 28220 A 11 11
327 Sierra_Leone 28221 G 11 11
328 Sierra_Leone 28222 A 11 11
329 Sierra_Leone 28223 G 11 11
330 Sierra_Leone 28224 T 11 11
331 Sierra_Leone 28225 A 11 11
332 Sierra_Leone 28226 T 11 11
333 Sierra_Leone 28227 C 11 11
334 Sierra_Leone 28228 A 11 11
335 Sierra_Leone 28229 T 11 11
336 Sierra_Leone 28230 G 11 11
337 Sierra_Leone 28231 A 11 11
338 Sierra_Leone 28232 C 11 11
339 Sierra_Leone 28233 G 11 11
340 Sierra_Leone 28234 T 11 11
341 Sierra_Leone 28235 T 11 11
342 Sierra_Leone 28236 C 11 11
343 Sierra_Leone 28237 G 11 11
344 Sierra_Leone 28238 T 11 11
345 Sierra_Leone 28239 G 11 11
346 Sierra_Leone 28240 T 11 11
347 Sierra_Leone 28241 T 11 11
348 Sierra_Leone 28242 G 11 11
349 Sierra_Leone 28243 T 11 11
350 Sierra_Leone 28244 T 11 11
351 Sierra_Leone 28245 T 11 11
352 Sierra_Leone 28246 T 11 11
353 Sierra_Leone 28247 A 11 11
354 Sierra_Leone 28248 G 11 11
355 Sierra_Leone 28249 A 11 11
356 Sierra_Leone 28250 T 11 11
357 Sierra_Leone 28251 T 11 11
358 Sierra_Leone 28252 T 11 11
359 Sierra_Leone 28253 C 11 11
360 Sierra_Leone 28254 A 11 11
361 Sierra_Leone 28255 T 11 11
362 Sierra_Leone 28256 C 11 11
363 Sierra_Leone 28257 T 11 11
364 Sierra_Leone 28258 A 11 11
365 Sierra_Leone 28259 A 11 11