National Institute Of Genetic Engineering and Biotechnology

P.I:Mohammad-Ali Malboobi
Here we provide last mutation observed in Nucleocapsid gene of COVID-19 prevalent in Iran.
We kindly wait your comment or coopration in tracking crona virus project.
Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  * - ? A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y
*     2                                        
-     366                                        
?                                              
A     15                                   2    
C     21                                        
D     22                                        
E 2   18                                        
F     24                                        
G     15                                   1    
H     12                                        
I     30                                        
K     15                                        
L     30                                        
M     3                                        
N     6                                        
P     21                         1              
Q     18                                        
R     12                                        
S     27                                        
T     15                                        
V     36                   1                    
W     3                                        
Y     21                                        

Nucleotide and amino acid mutations

Here we provide list of mutation observed in Nucleocapsid at gene and protein of COVID-19.
-The position column is nucleotide position in reference genome as NC_045512.2
-The Reference column indicate reference nucleotide in NC_045512.2
-The NS column indicate number of samples that this position have been observed
-The NSR column indicate number of samples with reference nucleotide. Therefore diffrenciate related to Ns indicate number of sample with mutated nucleotide
Contoury Position Reference Alt. NSR NS AAchange
0 Serbia 27894 A 147 147
1 Serbia 27895 T 147 147
2 Serbia 27896 G 147 147
3 Serbia 27897 A 147 147
4 Serbia 27898 A 147 147
5 Serbia 27899 A 147 147
6 Serbia 27900 T 147 147
7 Serbia 27901 T 147 147
8 Serbia 27902 T 147 147
9 Serbia 27903 C 147 147
10 Serbia 27904 T 147 147
11 Serbia 27905 T 147 147
12 Serbia 27906 G 147 147
13 Serbia 27907 T 147 147
14 Serbia 27908 T 147 147
15 Serbia 27909 T 147 147
16 Serbia 27910 T 147 147
17 Serbia 27911 C 147 147
18 Serbia 27912 T 147 147
19 Serbia 27913 T 147 147
20 Serbia 27914 A 147 147
21 Serbia 27915 G 147 147
22 Serbia 27916 G 147 147
23 Serbia 27917 A 147 147
24 Serbia 27918 A 147 147
25 Serbia 27919 T 147 147
26 Serbia 27920 C 147 147
27 Serbia 27921 A 147 147
28 Serbia 27922 T 147 147
29 Serbia 27923 C 147 147
30 Serbia 27924 A 147 147
31 Serbia 27925 C 147 147
32 Serbia 27926 A 147 147
33 Serbia 27927 A 147 147
34 Serbia 27928 C 147 147
35 Serbia 27929 T 147 147
36 Serbia 27930 G 147 147
37 Serbia 27931 T 147 147
38 Serbia 27932 A 147 147
39 Serbia 27933 G 147 147
40 Serbia 27934 C 147 147
41 Serbia 27935 T 147 147
42 Serbia 27936 G 147 147
43 Serbia 27937 C 147 147
44 Serbia 27938 A 147 147
45 Serbia 27939 T 147 147
46 Serbia 27940 T 147 147
47 Serbia 27941 T 147 147
48 Serbia 27942 C 147 147
49 Serbia 27943 A 147 147
50 Serbia 27944 C 147 147
51 Serbia 27945 C 147 147
52 Serbia 27946 A 147 147
53 Serbia 27947 A 147 147
54 Serbia 27948 G 147 147
55 Serbia 27949 A 147 147
56 Serbia 27950 A 147 147
57 Serbia 27951 T 147 147
58 Serbia 27952 G 147 147
59 Serbia 27953 T 147 147
60 Serbia 27954 A 147 147
61 Serbia 27955 G 147 147
62 Serbia 27956 T 147 147
63 Serbia 27957 T 147 147
64 Serbia 27958 T 147 147
65 Serbia 27959 A 147 147
66 Serbia 27960 C 147 147
67 Serbia 27961 A 147 147
68 Serbia 27962 G 147 147
69 Serbia 27963 T 147 147
70 Serbia 27964 C 147 147
71 Serbia 27965 A 147 147
72 Serbia 27966 T 147 147
73 Serbia 27967 G 147 147
74 Serbia 27968 T 147 147
75 Serbia 27969 A 147 147
76 Serbia 27970 C 147 147
77 Serbia 27971 T 147 147
78 Serbia 27972 C 147 147
79 Serbia 27973 A 147 147
80 Serbia 27974 A 147 147
81 Serbia 27975 C 147 147
82 Serbia 27976 A 147 147
83 Serbia 27977 T 147 147
84 Serbia 27978 C 147 147
85 Serbia 27979 A 147 147
86 Serbia 27980 A 147 147
87 Serbia 27981 C 147 147
88 Serbia 27982 C 147 147
89 Serbia 27983 A 147 147
90 Serbia 27984 T 147 147
91 Serbia 27985 A 147 147
92 Serbia 27986 T 147 147
93 Serbia 27987 G 147 147
94 Serbia 27988 T 147 147
95 Serbia 27989 A 147 147
96 Serbia 27990 G 147 147
97 Serbia 27991 T 147 147
98 Serbia 27992 T 147 147
99 Serbia 27993 G 147 147
100 Serbia 27994 A 147 147
101 Serbia 27995 T 147 147
102 Serbia 27996 G 147 147
103 Serbia 27997 A 147 147
104 Serbia 27998 C 147 147
105 Serbia 27999 C 147 147
106 Serbia 28000 C 147 147
107 Serbia 28001 G T 147 146 Pro36Pro
108 Serbia 28002 T 147 147
109 Serbia 28003 G 147 147
110 Serbia 28004 T 147 147
111 Serbia 28005 C 147 147
112 Serbia 28006 C 147 147
113 Serbia 28007 T 147 147
114 Serbia 28008 A 147 147
115 Serbia 28009 T 147 147
116 Serbia 28010 T 147 147
117 Serbia 28011 C 147 147
118 Serbia 28012 A 147 147
119 Serbia 28013 C 147 147
120 Serbia 28014 T 147 147
121 Serbia 28015 T 147 147
122 Serbia 28016 C 147 147
123 Serbia 28017 T 147 147
124 Serbia 28018 A 147 147
125 Serbia 28019 T 147 147
126 Serbia 28020 T 147 147
127 Serbia 28021 C 147 147
128 Serbia 28022 T 147 147
129 Serbia 28023 A 147 147
130 Serbia 28024 A 147 147
131 Serbia 28025 A 147 147
132 Serbia 28026 T 147 147
133 Serbia 28027 G 147 147
134 Serbia 28028 G 147 147
135 Serbia 28029 T 147 147
136 Serbia 28030 A 147 147
137 Serbia 28031 T 147 147
138 Serbia 28032 A 147 147
139 Serbia 28033 T 147 147
140 Serbia 28034 T 147 147
141 Serbia 28035 A 147 147
142 Serbia 28036 G 147 147
143 Serbia 28037 A 147 147
144 Serbia 28038 G 147 147
145 Serbia 28039 T 147 147
146 Serbia 28040 A 147 147
147 Serbia 28041 G 147 147
148 Serbia 28042 G 147 147
149 Serbia 28043 A 147 147
150 Serbia 28044 G 147 147
151 Serbia 28045 C 147 147
152 Serbia 28046 T 147 147
153 Serbia 28047 A 147 147
154 Serbia 28048 G 147 147
155 Serbia 28049 A 147 147
156 Serbia 28050 A 147 147
157 Serbia 28051 A 147 147
158 Serbia 28052 A 147 147
159 Serbia 28053 T 147 147
160 Serbia 28054 C 147 147
161 Serbia 28055 A 147 147
162 Serbia 28056 G 147 147
163 Serbia 28057 C T 147 146 Ala55Val
164 Serbia 28058 A 147 147
165 Serbia 28059 C 147 147
166 Serbia 28060 C 147 147
167 Serbia 28061 T 147 147
168 Serbia 28062 T 147 147
169 Serbia 28063 T 147 147
170 Serbia 28064 A 147 147
171 Serbia 28065 A 147 147
172 Serbia 28066 T 147 147
173 Serbia 28067 T 147 147
174 Serbia 28068 G 147 147
175 Serbia 28069 A 147 147
176 Serbia 28070 A 147 147
177 Serbia 28071 T 147 147
178 Serbia 28072 T 147 147
179 Serbia 28073 G 147 147
180 Serbia 28074 T 147 147
181 Serbia 28075 G 147 147
182 Serbia 28076 C 147 147
183 Serbia 28077 G T 147 139 Val62Leu
184 Serbia 28078 T 147 147
185 Serbia 28079 G 147 147
186 Serbia 28080 G 147 147
187 Serbia 28081 A 147 147
188 Serbia 28082 T 147 147
189 Serbia 28083 G T 147 146 Glu64*
190 Serbia 28084 A 147 147
191 Serbia 28085 G 147 147
192 Serbia 28086 G 147 147
193 Serbia 28087 C T 147 146 Ala65Val
194 Serbia 28088 T 147 147
195 Serbia 28089 G 147 147
196 Serbia 28090 G T 147 146 Gly66Val
197 Serbia 28091 T 147 147
198 Serbia 28092 T 147 147
199 Serbia 28093 C 147 146
200 Serbia 28094 T 147 147
201 Serbia 28095 A 147 147
202 Serbia 28096 A 147 147
203 Serbia 28097 A 147 147
204 Serbia 28098 T 147 147
205 Serbia 28099 C 147 147
206 Serbia 28100 A 147 147
207 Serbia 28101 C 147 147
208 Serbia 28102 C 147 147
209 Serbia 28103 C 147 147
210 Serbia 28104 A 147 147
211 Serbia 28105 T 147 147
212 Serbia 28106 T 147 147
213 Serbia 28107 C 147 147
214 Serbia 28108 A 147 147
215 Serbia 28109 G 147 147
216 Serbia 28110 T 147 147
217 Serbia 28111 A 147 147
218 Serbia 28112 C 147 147
219 Serbia 28113 A 147 147
220 Serbia 28114 T 147 147
221 Serbia 28115 C 147 147
222 Serbia 28116 G 147 147
223 Serbia 28117 A 147 147
224 Serbia 28118 T 147 147
225 Serbia 28119 A 147 147
226 Serbia 28120 T 147 147
227 Serbia 28121 C 147 147
228 Serbia 28122 G 147 147
229 Serbia 28123 G 147 147
230 Serbia 28124 T 147 147
231 Serbia 28125 A 147 147
232 Serbia 28126 A 147 147
233 Serbia 28127 T 147 147
234 Serbia 28128 T 147 147
235 Serbia 28129 A 147 147
236 Serbia 28130 T 147 147
237 Serbia 28131 A 147 147
238 Serbia 28132 C 147 147
239 Serbia 28133 A 147 147
240 Serbia 28134 G 147 147
241 Serbia 28135 T 147 147
242 Serbia 28136 T 147 147
243 Serbia 28137 T 147 147
244 Serbia 28138 C 147 147
245 Serbia 28139 C 147 147
246 Serbia 28140 T 147 147
247 Serbia 28141 G 147 147
248 Serbia 28142 T 147 147
249 Serbia 28143 T 147 147
250 Serbia 28144 T 147 147
251 Serbia 28145 A 147 147
252 Serbia 28146 C 147 147
253 Serbia 28147 C 147 147
254 Serbia 28148 T 147 147
255 Serbia 28149 T 147 147
256 Serbia 28150 T 147 147
257 Serbia 28151 T 147 147
258 Serbia 28152 A 147 147
259 Serbia 28153 C 147 147
260 Serbia 28154 A 147 147
261 Serbia 28155 A 147 147
262 Serbia 28156 T 147 147
263 Serbia 28157 T 147 147
264 Serbia 28158 A 147 147
265 Serbia 28159 A 147 147
266 Serbia 28160 T 147 147
267 Serbia 28161 T 147 147
268 Serbia 28162 G 147 147
269 Serbia 28163 C 147 147
270 Serbia 28164 C 147 147
271 Serbia 28165 A 147 147
272 Serbia 28166 G 147 147
273 Serbia 28167 G 147 147
274 Serbia 28168 A 147 147
275 Serbia 28169 A 147 147
276 Serbia 28170 C 147 147
277 Serbia 28171 C 147 147
278 Serbia 28172 T 147 147
279 Serbia 28173 A 147 147
280 Serbia 28174 A 147 147
281 Serbia 28175 A 147 147
282 Serbia 28176 T 147 147
283 Serbia 28177 T 147 147
284 Serbia 28178 G 147 147
285 Serbia 28179 G 147 147
286 Serbia 28180 G 147 147
287 Serbia 28181 T 147 147
288 Serbia 28182 A 147 147
289 Serbia 28183 G 147 147
290 Serbia 28184 T 147 147
291 Serbia 28185 C 147 147
292 Serbia 28186 T 147 147
293 Serbia 28187 T 147 147
294 Serbia 28188 G 147 147
295 Serbia 28189 T 147 147
296 Serbia 28190 A 147 147
297 Serbia 28191 G 147 147
298 Serbia 28192 T 147 147
299 Serbia 28193 G 147 147
300 Serbia 28194 C 147 147
301 Serbia 28195 G 147 147
302 Serbia 28196 T 147 147
303 Serbia 28197 T 147 147
304 Serbia 28198 G 147 147
305 Serbia 28199 T 147 147
306 Serbia 28200 T 147 147
307 Serbia 28201 C 147 147
308 Serbia 28202 G 147 147
309 Serbia 28203 T 147 147
310 Serbia 28204 T 147 147
311 Serbia 28205 C 147 147
312 Serbia 28206 T 147 147
313 Serbia 28207 A 147 147
314 Serbia 28208 T 147 147
315 Serbia 28209 G T 147 146 Glu106*
316 Serbia 28210 A 147 147
317 Serbia 28211 A 147 147
318 Serbia 28212 G 147 147
319 Serbia 28213 A 147 147
320 Serbia 28214 C 147 147
321 Serbia 28215 T 147 147
322 Serbia 28216 T 147 147
323 Serbia 28217 T 147 147
324 Serbia 28218 T 147 147
325 Serbia 28219 T 147 147
326 Serbia 28220 A 147 147
327 Serbia 28221 G 147 147
328 Serbia 28222 A 147 147
329 Serbia 28223 G 147 147
330 Serbia 28224 T 147 147
331 Serbia 28225 A 147 147
332 Serbia 28226 T 147 147
333 Serbia 28227 C 147 147
334 Serbia 28228 A 147 147
335 Serbia 28229 T 147 147
336 Serbia 28230 G 147 147
337 Serbia 28231 A 147 147
338 Serbia 28232 C 147 147
339 Serbia 28233 G 147 147
340 Serbia 28234 T 147 147
341 Serbia 28235 T 147 147
342 Serbia 28236 C 147 147
343 Serbia 28237 G 147 147
344 Serbia 28238 T 147 147
345 Serbia 28239 G 147 147
346 Serbia 28240 T 147 147
347 Serbia 28241 T 147 147
348 Serbia 28242 G 147 147
349 Serbia 28243 T 147 147
350 Serbia 28244 T 147 147
351 Serbia 28245 T 147 147
352 Serbia 28246 T 147 147
353 Serbia 28247 A 147 147
354 Serbia 28248 G 147 147
355 Serbia 28249 A 147 147
356 Serbia 28250 T 147 147
357 Serbia 28251 T 147 147
358 Serbia 28252 T 147 147
359 Serbia 28253 C 147 147
360 Serbia 28254 A 147 147
361 Serbia 28255 T 147 147
362 Serbia 28256 C 147 147
363 Serbia 28257 T 147 147
364 Serbia 28258 A 147 147
365 Serbia 28259 A 147 147