National Institute Of Genetic Engineering and Biotechnology

P.I:Mohammad-Ali Malboobi
Here we provide last mutation observed in Nucleocapsid gene of COVID-19 prevalent in Iran.
We kindly wait your comment or coopration in tracking crona virus project.
Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  * - ? A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y
*     2                                        
-     366                                        
?                                              
A     15                                        
C     21         1                              
D     22                                       1
E     18                                        
F     24         1                              
G     15                             1          
H     12             1                          
I     30                                        
K     15                       1                
L     30                               1        
M     3                                        
N     6                                        
P     21                   1                    
Q     18                                        
R     12                                        
S     27               1   1           1        
T     15                                        
V     36 2                                      
W     3   1               1                    
Y     21                                        

Nucleotide and amino acid mutations

Here we provide list of mutation observed in Nucleocapsid at gene and protein of COVID-19.
-The position column is nucleotide position in reference genome as NC_045512.2
-The Reference column indicate reference nucleotide in NC_045512.2
-The NS column indicate number of samples that this position have been observed
-The NSR column indicate number of samples with reference nucleotide. Therefore diffrenciate related to Ns indicate number of sample with mutated nucleotide
Contoury Position Reference Alt. NSR NS AAchange
0 Saudi_Arabia 27894 A 941 941
1 Saudi_Arabia 27895 T 941 941
2 Saudi_Arabia 27896 G 941 941
3 Saudi_Arabia 27897 A 941 941
4 Saudi_Arabia 27898 A 941 941
5 Saudi_Arabia 27899 A C 941 940 Lys2Asn
6 Saudi_Arabia 27900 T 941 941
7 Saudi_Arabia 27901 T 941 941
8 Saudi_Arabia 27902 T 941 941
9 Saudi_Arabia 27903 C 941 941
10 Saudi_Arabia 27904 T 941 941
11 Saudi_Arabia 27905 T 941 941
12 Saudi_Arabia 27906 G 941 941
13 Saudi_Arabia 27907 T 941 941
14 Saudi_Arabia 27908 T 941 941
15 Saudi_Arabia 27909 T 941 941
16 Saudi_Arabia 27910 T 941 941
17 Saudi_Arabia 27911 C 941 941
18 Saudi_Arabia 27912 T 941 941
19 Saudi_Arabia 27913 T 941 941
20 Saudi_Arabia 27914 A 941 941
21 Saudi_Arabia 27915 G A 941 940 Gly8Arg
22 Saudi_Arabia 27916 G 941 941
23 Saudi_Arabia 27917 A 941 941
24 Saudi_Arabia 27918 A 941 941
25 Saudi_Arabia 27919 T 941 941
26 Saudi_Arabia 27920 C 941 941
27 Saudi_Arabia 27921 A 941 941
28 Saudi_Arabia 27922 T 942 942
29 Saudi_Arabia 27923 C 942 942
30 Saudi_Arabia 27924 A 942 942
31 Saudi_Arabia 27925 C 942 942
32 Saudi_Arabia 27926 A 942 942
33 Saudi_Arabia 27927 A 942 942
34 Saudi_Arabia 27928 C 942 942
35 Saudi_Arabia 27929 T 942 942
36 Saudi_Arabia 27930 G 942 942
37 Saudi_Arabia 27931 T 942 942
38 Saudi_Arabia 27932 A 942 942
39 Saudi_Arabia 27933 G 942 942
40 Saudi_Arabia 27934 C 942 942
41 Saudi_Arabia 27935 T 942 942
42 Saudi_Arabia 27936 G 942 942
43 Saudi_Arabia 27937 C 942 942
44 Saudi_Arabia 27938 A 942 942
45 Saudi_Arabia 27939 T 942 942
46 Saudi_Arabia 27940 T 942 942
47 Saudi_Arabia 27941 T 942 942
48 Saudi_Arabia 27942 C 942 942
49 Saudi_Arabia 27943 A 942 942
50 Saudi_Arabia 27944 C T 942 941 His17His
51 Saudi_Arabia 27945 C 942 942
52 Saudi_Arabia 27946 A 942 942
53 Saudi_Arabia 27947 A 942 942
54 Saudi_Arabia 27948 G 942 942
55 Saudi_Arabia 27949 A 942 942
56 Saudi_Arabia 27950 A 942 942
57 Saudi_Arabia 27951 T 942 942
58 Saudi_Arabia 27952 G 942 942
59 Saudi_Arabia 27953 T 942 942
60 Saudi_Arabia 27954 A 942 942
61 Saudi_Arabia 27955 G T 942 941 Ser21Ile
62 Saudi_Arabia 27956 T 942 942
63 Saudi_Arabia 27957 T 942 942
64 Saudi_Arabia 27958 T 942 942
65 Saudi_Arabia 27959 A 942 942
66 Saudi_Arabia 27960 C 942 942
67 Saudi_Arabia 27961 A 942 942
68 Saudi_Arabia 27962 G 942 942
69 Saudi_Arabia 27963 T 942 942
70 Saudi_Arabia 27964 C 942 942
71 Saudi_Arabia 27965 A 942 942
72 Saudi_Arabia 27966 T 942 942
73 Saudi_Arabia 27967 G 942 942
74 Saudi_Arabia 27968 T 942 942
75 Saudi_Arabia 27969 A 942 942
76 Saudi_Arabia 27970 C 942 942
77 Saudi_Arabia 27971 T 942 942
78 Saudi_Arabia 27972 C 942 942
79 Saudi_Arabia 27973 A 942 942
80 Saudi_Arabia 27974 A 942 942
81 Saudi_Arabia 27975 C 942 942
82 Saudi_Arabia 27976 A 942 942
83 Saudi_Arabia 27977 T 942 942
84 Saudi_Arabia 27978 C 942 942
85 Saudi_Arabia 27979 A 942 942
86 Saudi_Arabia 27980 A 942 942
87 Saudi_Arabia 27981 C 942 942
88 Saudi_Arabia 27982 C 942 942
89 Saudi_Arabia 27983 A 942 942
90 Saudi_Arabia 27984 T 942 942
91 Saudi_Arabia 27985 A 942 942
92 Saudi_Arabia 27986 T 942 942
93 Saudi_Arabia 27987 G 942 942
94 Saudi_Arabia 27988 T C 942 940 Val32Ala
95 Saudi_Arabia 27989 A 942 942
96 Saudi_Arabia 27990 G 942 942
97 Saudi_Arabia 27991 T 942 942
98 Saudi_Arabia 27992 T 942 942
99 Saudi_Arabia 27993 G 942 942
100 Saudi_Arabia 27994 A 942 942
101 Saudi_Arabia 27995 T 942 942
102 Saudi_Arabia 27996 G T 942 939 Asp35Tyr
103 Saudi_Arabia 27997 A 942 942
104 Saudi_Arabia 27998 C 942 942
105 Saudi_Arabia 27999 C 942 942
106 Saudi_Arabia 28000 C T 942 907 Pro36Leu
107 Saudi_Arabia 28001 G 942 942
108 Saudi_Arabia 28002 T 942 942
109 Saudi_Arabia 28003 G T 942 939 Cys37Phe
110 Saudi_Arabia 28004 T 942 942
111 Saudi_Arabia 28005 C 942 942
112 Saudi_Arabia 28006 C 942 942
113 Saudi_Arabia 28007 T 942 942
114 Saudi_Arabia 28008 A 942 942
115 Saudi_Arabia 28009 T 942 942
116 Saudi_Arabia 28010 T 942 942
117 Saudi_Arabia 28011 C 942 942
118 Saudi_Arabia 28012 A 942 942
119 Saudi_Arabia 28013 C 942 942
120 Saudi_Arabia 28014 T 942 942
121 Saudi_Arabia 28015 T 942 942
122 Saudi_Arabia 28016 C 942 942
123 Saudi_Arabia 28017 T 942 942
124 Saudi_Arabia 28018 A 942 942
125 Saudi_Arabia 28019 T 942 942
126 Saudi_Arabia 28020 T 942 942
127 Saudi_Arabia 28021 C 942 942
128 Saudi_Arabia 28022 T 942 942
129 Saudi_Arabia 28023 A 942 942
130 Saudi_Arabia 28024 A 942 942
131 Saudi_Arabia 28025 A 942 942
132 Saudi_Arabia 28026 T 942 942
133 Saudi_Arabia 28027 G T 942 941 Trp45Leu
134 Saudi_Arabia 28028 G T 942 941 Trp45Cys
135 Saudi_Arabia 28029 T 942 942
136 Saudi_Arabia 28030 A 942 942
137 Saudi_Arabia 28031 T 942 942
138 Saudi_Arabia 28032 A 942 942
139 Saudi_Arabia 28033 T 942 942
140 Saudi_Arabia 28034 T 942 942
141 Saudi_Arabia 28035 A 942 942
142 Saudi_Arabia 28036 G 942 942
143 Saudi_Arabia 28037 A 942 942
144 Saudi_Arabia 28038 G 942 942
145 Saudi_Arabia 28039 T 942 942
146 Saudi_Arabia 28040 A 942 942
147 Saudi_Arabia 28041 G 942 942
148 Saudi_Arabia 28042 G 942 942
149 Saudi_Arabia 28043 A 942 942
150 Saudi_Arabia 28044 G 942 942
151 Saudi_Arabia 28045 C 942 942
152 Saudi_Arabia 28046 T 942 942
153 Saudi_Arabia 28047 A 942 942
154 Saudi_Arabia 28048 G 942 942
155 Saudi_Arabia 28049 A 942 942
156 Saudi_Arabia 28050 A 942 942
157 Saudi_Arabia 28051 A 942 942
158 Saudi_Arabia 28052 A 942 942
159 Saudi_Arabia 28053 T 942 942
160 Saudi_Arabia 28054 C T 942 940 Ser54Leu
161 Saudi_Arabia 28055 A 942 942
162 Saudi_Arabia 28056 G 942 942
163 Saudi_Arabia 28057 C 942 942
164 Saudi_Arabia 28058 A 942 942
165 Saudi_Arabia 28059 C 942 942
166 Saudi_Arabia 28060 C 942 942
167 Saudi_Arabia 28061 T 942 942
168 Saudi_Arabia 28062 T 942 942
169 Saudi_Arabia 28063 T 942 942
170 Saudi_Arabia 28064 A 942 942
171 Saudi_Arabia 28065 A 942 942
172 Saudi_Arabia 28066 T 942 942
173 Saudi_Arabia 28067 T 942 942
174 Saudi_Arabia 28068 G 942 942
175 Saudi_Arabia 28069 A 942 942
176 Saudi_Arabia 28070 A 942 942
177 Saudi_Arabia 28071 T 942 942
178 Saudi_Arabia 28072 T 942 942
179 Saudi_Arabia 28073 G 942 942
180 Saudi_Arabia 28074 T 942 942
181 Saudi_Arabia 28075 G 942 942
182 Saudi_Arabia 28076 C 942 942
183 Saudi_Arabia 28077 G 942 942
184 Saudi_Arabia 28078 T C 942 941 Val62Ala
185 Saudi_Arabia 28079 G 942 942
186 Saudi_Arabia 28080 G 942 942
187 Saudi_Arabia 28081 A 942 942
188 Saudi_Arabia 28082 T 943 943
189 Saudi_Arabia 28083 G 943 943
190 Saudi_Arabia 28084 A 943 943
191 Saudi_Arabia 28085 G 943 943
192 Saudi_Arabia 28086 G 943 943
193 Saudi_Arabia 28087 C 943 943
194 Saudi_Arabia 28088 T 943 943
195 Saudi_Arabia 28089 G 943 943
196 Saudi_Arabia 28090 G 943 943
197 Saudi_Arabia 28091 T 943 943
198 Saudi_Arabia 28092 T 943 943
199 Saudi_Arabia 28093 C 943 943
200 Saudi_Arabia 28094 T 943 943
201 Saudi_Arabia 28095 A 943 943
202 Saudi_Arabia 28096 A 943 943
203 Saudi_Arabia 28097 A 943 943
204 Saudi_Arabia 28098 T 943 943
205 Saudi_Arabia 28099 C 943 943
206 Saudi_Arabia 28100 A 943 943
207 Saudi_Arabia 28101 C 943 943
208 Saudi_Arabia 28102 C 943 943
209 Saudi_Arabia 28103 C 943 943
210 Saudi_Arabia 28104 A 943 943
211 Saudi_Arabia 28105 T 943 943
212 Saudi_Arabia 28106 T 943 943
213 Saudi_Arabia 28107 C 943 943
214 Saudi_Arabia 28108 A 943 943
215 Saudi_Arabia 28109 G 943 943
216 Saudi_Arabia 28110 T 943 943
217 Saudi_Arabia 28111 A 943 943
218 Saudi_Arabia 28112 C 943 943
219 Saudi_Arabia 28113 A 943 943
220 Saudi_Arabia 28114 T 943 943
221 Saudi_Arabia 28115 C 943 943
222 Saudi_Arabia 28116 G 943 943
223 Saudi_Arabia 28117 A 943 943
224 Saudi_Arabia 28118 T 943 943
225 Saudi_Arabia 28119 A 943 943
226 Saudi_Arabia 28120 T 943 943
227 Saudi_Arabia 28121 C 943 943
228 Saudi_Arabia 28122 G 943 943
229 Saudi_Arabia 28123 G 943 943
230 Saudi_Arabia 28124 T 943 943
231 Saudi_Arabia 28125 A 943 943
232 Saudi_Arabia 28126 A 943 943
233 Saudi_Arabia 28127 T 943 943
234 Saudi_Arabia 28128 T 943 943
235 Saudi_Arabia 28129 A 943 943
236 Saudi_Arabia 28130 T 943 943
237 Saudi_Arabia 28131 A 943 943
238 Saudi_Arabia 28132 C 943 943
239 Saudi_Arabia 28133 A 943 943
240 Saudi_Arabia 28134 G 943 943
241 Saudi_Arabia 28135 T 943 943
242 Saudi_Arabia 28136 T 943 943
243 Saudi_Arabia 28137 T 943 943
244 Saudi_Arabia 28138 C 943 943
245 Saudi_Arabia 28139 C T 943 938 Ser82Ser
246 Saudi_Arabia 28140 T 943 943
247 Saudi_Arabia 28141 G 943 943
248 Saudi_Arabia 28142 T 943 943
249 Saudi_Arabia 28143 T 943 943
250 Saudi_Arabia 28144 T C 943 901 Leu84Ser
251 Saudi_Arabia 28145 A 943 943
252 Saudi_Arabia 28146 C 943 943
253 Saudi_Arabia 28147 C 943 943
254 Saudi_Arabia 28148 T 943 943
255 Saudi_Arabia 28149 T 943 943
256 Saudi_Arabia 28150 T 943 943
257 Saudi_Arabia 28151 T 943 943
258 Saudi_Arabia 28152 A 943 943
259 Saudi_Arabia 28153 C 943 943
260 Saudi_Arabia 28154 A 943 943
261 Saudi_Arabia 28155 A 943 943
262 Saudi_Arabia 28156 T 943 943
263 Saudi_Arabia 28157 T 943 943
264 Saudi_Arabia 28158 A 943 943
265 Saudi_Arabia 28159 A 943 943
266 Saudi_Arabia 28160 T 943 943
267 Saudi_Arabia 28161 T 943 943
268 Saudi_Arabia 28162 G 943 943
269 Saudi_Arabia 28163 C 943 943
270 Saudi_Arabia 28164 C 943 943
271 Saudi_Arabia 28165 A 943 943
272 Saudi_Arabia 28166 G 943 943
273 Saudi_Arabia 28167 G 943 943
274 Saudi_Arabia 28168 A 943 943
275 Saudi_Arabia 28169 A 943 943
276 Saudi_Arabia 28170 C 943 943
277 Saudi_Arabia 28171 C 943 943
278 Saudi_Arabia 28172 T 943 943
279 Saudi_Arabia 28173 A 943 943
280 Saudi_Arabia 28174 A 943 943
281 Saudi_Arabia 28175 A 943 943
282 Saudi_Arabia 28176 T 943 943
283 Saudi_Arabia 28177 T 943 943
284 Saudi_Arabia 28178 G 943 943
285 Saudi_Arabia 28179 G 943 943
286 Saudi_Arabia 28180 G 943 943
287 Saudi_Arabia 28181 T 943 943
288 Saudi_Arabia 28182 A 943 943
289 Saudi_Arabia 28183 G 943 943
290 Saudi_Arabia 28184 T 943 943
291 Saudi_Arabia 28185 C 943 943
292 Saudi_Arabia 28186 T 943 943
293 Saudi_Arabia 28187 T 943 943
294 Saudi_Arabia 28188 G 943 943
295 Saudi_Arabia 28189 T 943 943
296 Saudi_Arabia 28190 A 943 943
297 Saudi_Arabia 28191 G 943 943
298 Saudi_Arabia 28192 T 943 943
299 Saudi_Arabia 28193 G 943 943
300 Saudi_Arabia 28194 C 943 943
301 Saudi_Arabia 28195 G 943 943
302 Saudi_Arabia 28196 T 943 943
303 Saudi_Arabia 28197 T 943 943
304 Saudi_Arabia 28198 G 943 943
305 Saudi_Arabia 28199 T 943 943
306 Saudi_Arabia 28200 T 943 943
307 Saudi_Arabia 28201 C 943 943
308 Saudi_Arabia 28202 G 943 943
309 Saudi_Arabia 28203 T 943 943
310 Saudi_Arabia 28204 T 943 943
311 Saudi_Arabia 28205 C 943 943
312 Saudi_Arabia 28206 T 943 943
313 Saudi_Arabia 28207 A 943 943
314 Saudi_Arabia 28208 T 943 943
315 Saudi_Arabia 28209 G 943 943
316 Saudi_Arabia 28210 A 943 943
317 Saudi_Arabia 28211 A 943 943
318 Saudi_Arabia 28212 G 943 943
319 Saudi_Arabia 28213 A 943 943
320 Saudi_Arabia 28214 C 943 943
321 Saudi_Arabia 28215 T 943 943
322 Saudi_Arabia 28216 T 943 943
323 Saudi_Arabia 28217 T 943 943
324 Saudi_Arabia 28218 T 943 943
325 Saudi_Arabia 28219 T 943 943
326 Saudi_Arabia 28220 A 943 943
327 Saudi_Arabia 28221 G 943 943
328 Saudi_Arabia 28222 A 943 943
329 Saudi_Arabia 28223 G 943 943
330 Saudi_Arabia 28224 T 943 943
331 Saudi_Arabia 28225 A 943 943
332 Saudi_Arabia 28226 T 943 943
333 Saudi_Arabia 28227 C 943 943
334 Saudi_Arabia 28228 A 943 943
335 Saudi_Arabia 28229 T 943 943
336 Saudi_Arabia 28230 G 943 943
337 Saudi_Arabia 28231 A 943 943
338 Saudi_Arabia 28232 C 943 943
339 Saudi_Arabia 28233 G 943 943
340 Saudi_Arabia 28234 T 943 943
341 Saudi_Arabia 28235 T 943 943
342 Saudi_Arabia 28236 C 943 943
343 Saudi_Arabia 28237 G 943 943
344 Saudi_Arabia 28238 T 943 943
345 Saudi_Arabia 28239 G 943 943
346 Saudi_Arabia 28240 T 943 943
347 Saudi_Arabia 28241 T 943 943
348 Saudi_Arabia 28242 G 943 943
349 Saudi_Arabia 28243 T 943 943
350 Saudi_Arabia 28244 T 943 943
351 Saudi_Arabia 28245 T 943 943
352 Saudi_Arabia 28246 T 943 943
353 Saudi_Arabia 28247 A 943 943
354 Saudi_Arabia 28248 G 943 943
355 Saudi_Arabia 28249 A 943 943
356 Saudi_Arabia 28250 T 943 943
357 Saudi_Arabia 28251 T 943 943
358 Saudi_Arabia 28252 T 943 943
359 Saudi_Arabia 28253 C T 943 930 Phe120Phe
360 Saudi_Arabia 28254 A 943 943
361 Saudi_Arabia 28255 T 943 943
362 Saudi_Arabia 28256 C 943 943
363 Saudi_Arabia 28257 T 943 943
364 Saudi_Arabia 28258 A 943 943
365 Saudi_Arabia 28259 A 943 943