National Institute Of Genetic Engineering and Biotechnology

P.I:Mohammad-Ali Malboobi
Here we provide last mutation observed in Nucleocapsid gene of COVID-19 prevalent in Iran.
We kindly wait your comment or coopration in tracking crona virus project.
Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  * - ? A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y
*     2                                        
-     366                                        
?                                              
A     15                                        
C     21                                        
D     22                                        
E     18                 1                      
F     24                   1                    
G     15                                        
H     12                                        
I     30                                        
K     15                                        
L     30                               1        
M     3                                        
N     6                                        
P     21                                        
Q     18                                        
R     12                                        
S     27                                        
T     15               1                        
V     36                                        
W     3                                        
Y     21                                        

Nucleotide and amino acid mutations

Here we provide list of mutation observed in Nucleocapsid at gene and protein of COVID-19.
-The position column is nucleotide position in reference genome as NC_045512.2
-The Reference column indicate reference nucleotide in NC_045512.2
-The NS column indicate number of samples that this position have been observed
-The NSR column indicate number of samples with reference nucleotide. Therefore diffrenciate related to Ns indicate number of sample with mutated nucleotide
Contoury Position Reference Alt. NSR NS AAchange
0 Rwanda 27894 A 23 23
1 Rwanda 27895 T 23 23
2 Rwanda 27896 G 23 23
3 Rwanda 27897 A 23 23
4 Rwanda 27898 A 23 23
5 Rwanda 27899 A 23 23
6 Rwanda 27900 T C 23 22 Phe3Leu
7 Rwanda 27901 T 23 23
8 Rwanda 27902 T 23 23
9 Rwanda 27903 C 23 23
10 Rwanda 27904 T 23 23
11 Rwanda 27905 T 23 23
12 Rwanda 27906 G 23 23
13 Rwanda 27907 T 23 23
14 Rwanda 27908 T 23 23
15 Rwanda 27909 T 23 23
16 Rwanda 27910 T 23 23
17 Rwanda 27911 C 23 23
18 Rwanda 27912 T 23 23
19 Rwanda 27913 T 23 23
20 Rwanda 27914 A 23 23
21 Rwanda 27915 G 23 23
22 Rwanda 27916 G 23 23
23 Rwanda 27917 A 23 23
24 Rwanda 27918 A 23 23
25 Rwanda 27919 T 23 23
26 Rwanda 27920 C 23 23
27 Rwanda 27921 A 23 23
28 Rwanda 27922 T 23 23
29 Rwanda 27923 C 23 23
30 Rwanda 27924 A 23 23
31 Rwanda 27925 C 23 23
32 Rwanda 27926 A 23 23
33 Rwanda 27927 A 23 23
34 Rwanda 27928 C 23 23
35 Rwanda 27929 T 23 23
36 Rwanda 27930 G 23 23
37 Rwanda 27931 T 23 23
38 Rwanda 27932 A 23 23
39 Rwanda 27933 G 23 23
40 Rwanda 27934 C 23 23
41 Rwanda 27935 T 23 23
42 Rwanda 27936 G 23 23
43 Rwanda 27937 C 23 23
44 Rwanda 27938 A 23 23
45 Rwanda 27939 T 23 23
46 Rwanda 27940 T 23 23
47 Rwanda 27941 T 23 23
48 Rwanda 27942 C 23 23
49 Rwanda 27943 A 23 23
50 Rwanda 27944 C 23 23
51 Rwanda 27945 C 23 23
52 Rwanda 27946 A 23 23
53 Rwanda 27947 A 23 23
54 Rwanda 27948 G 23 23
55 Rwanda 27949 A 23 23
56 Rwanda 27950 A 23 23
57 Rwanda 27951 T 23 23
58 Rwanda 27952 G 23 23
59 Rwanda 27953 T 23 23
60 Rwanda 27954 A 23 23
61 Rwanda 27955 G 23 23
62 Rwanda 27956 T 23 23
63 Rwanda 27957 T 23 23
64 Rwanda 27958 T 23 23
65 Rwanda 27959 A 23 23
66 Rwanda 27960 C 23 23
67 Rwanda 27961 A 23 23
68 Rwanda 27962 G 23 23
69 Rwanda 27963 T 23 23
70 Rwanda 27964 C 23 23
71 Rwanda 27965 A 23 23
72 Rwanda 27966 T 23 23
73 Rwanda 27967 G 23 23
74 Rwanda 27968 T 23 23
75 Rwanda 27969 A 23 23
76 Rwanda 27970 C T 23 22 Thr26Ile
77 Rwanda 27971 T 23 23
78 Rwanda 27972 C 23 23
79 Rwanda 27973 A 23 23
80 Rwanda 27974 A 23 23
81 Rwanda 27975 C 23 23
82 Rwanda 27976 A 23 23
83 Rwanda 27977 T 23 23
84 Rwanda 27978 C 23 23
85 Rwanda 27979 A 23 23
86 Rwanda 27980 A 23 23
87 Rwanda 27981 C 23 23
88 Rwanda 27982 C 23 23
89 Rwanda 27983 A 23 23
90 Rwanda 27984 T 23 23
91 Rwanda 27985 A 23 23
92 Rwanda 27986 T 23 23
93 Rwanda 27987 G 23 23
94 Rwanda 27988 T 23 23
95 Rwanda 27989 A 23 23
96 Rwanda 27990 G 23 23
97 Rwanda 27991 T 23 23
98 Rwanda 27992 T 23 23
99 Rwanda 27993 G 23 23
100 Rwanda 27994 A 23 23
101 Rwanda 27995 T 23 23
102 Rwanda 27996 G 23 23
103 Rwanda 27997 A 23 23
104 Rwanda 27998 C 23 23
105 Rwanda 27999 C 23 23
106 Rwanda 28000 C 23 23
107 Rwanda 28001 G 23 23
108 Rwanda 28002 T 23 23
109 Rwanda 28003 G 23 23
110 Rwanda 28004 T 23 23
111 Rwanda 28005 C 23 23
112 Rwanda 28006 C 23 23
113 Rwanda 28007 T 23 23
114 Rwanda 28008 A 23 23
115 Rwanda 28009 T 23 23
116 Rwanda 28010 T 23 23
117 Rwanda 28011 C 23 23
118 Rwanda 28012 A 23 23
119 Rwanda 28013 C 23 23
120 Rwanda 28014 T 23 23
121 Rwanda 28015 T 23 23
122 Rwanda 28016 C 23 23
123 Rwanda 28017 T 23 23
124 Rwanda 28018 A 23 23
125 Rwanda 28019 T 23 23
126 Rwanda 28020 T 23 23
127 Rwanda 28021 C 23 23
128 Rwanda 28022 T 23 23
129 Rwanda 28023 A 23 23
130 Rwanda 28024 A 23 23
131 Rwanda 28025 A 23 23
132 Rwanda 28026 T 23 23
133 Rwanda 28027 G 23 23
134 Rwanda 28028 G 23 23
135 Rwanda 28029 T 23 23
136 Rwanda 28030 A 23 23
137 Rwanda 28031 T 23 23
138 Rwanda 28032 A 23 23
139 Rwanda 28033 T 23 23
140 Rwanda 28034 T 23 23
141 Rwanda 28035 A 23 23
142 Rwanda 28036 G 23 23
143 Rwanda 28037 A 23 23
144 Rwanda 28038 G 23 23
145 Rwanda 28039 T 23 23
146 Rwanda 28040 A 23 23
147 Rwanda 28041 G 23 23
148 Rwanda 28042 G 23 23
149 Rwanda 28043 A 23 23
150 Rwanda 28044 G 23 23
151 Rwanda 28045 C 23 23
152 Rwanda 28046 T 23 23
153 Rwanda 28047 A 23 23
154 Rwanda 28048 G 23 23
155 Rwanda 28049 A 23 23
156 Rwanda 28050 A 23 23
157 Rwanda 28051 A 23 23
158 Rwanda 28052 A 23 23
159 Rwanda 28053 T 23 23
160 Rwanda 28054 C 23 23
161 Rwanda 28055 A 23 23
162 Rwanda 28056 G 23 23
163 Rwanda 28057 C 23 23
164 Rwanda 28058 A 23 23
165 Rwanda 28059 C 23 23
166 Rwanda 28060 C 23 23
167 Rwanda 28061 T 23 23
168 Rwanda 28062 T 23 23
169 Rwanda 28063 T 23 23
170 Rwanda 28064 A 23 23
171 Rwanda 28065 A 23 23
172 Rwanda 28066 T 23 23
173 Rwanda 28067 T 23 23
174 Rwanda 28068 G 23 23
175 Rwanda 28069 A 23 23
176 Rwanda 28070 A 23 23
177 Rwanda 28071 T 23 23
178 Rwanda 28072 T 23 23
179 Rwanda 28073 G 23 23
180 Rwanda 28074 T 23 23
181 Rwanda 28075 G 23 23
182 Rwanda 28076 C 23 23
183 Rwanda 28077 G 23 23
184 Rwanda 28078 T 23 23
185 Rwanda 28079 G 23 23
186 Rwanda 28080 G 23 23
187 Rwanda 28081 A 23 23
188 Rwanda 28082 T 23 23
189 Rwanda 28083 G 23 23
190 Rwanda 28084 A 23 23
191 Rwanda 28085 G 23 23
192 Rwanda 28086 G 23 23
193 Rwanda 28087 C 23 23
194 Rwanda 28088 T 23 23
195 Rwanda 28089 G 23 23
196 Rwanda 28090 G 23 23
197 Rwanda 28091 T 23 23
198 Rwanda 28092 T 23 23
199 Rwanda 28093 C 23 23
200 Rwanda 28094 T 23 23
201 Rwanda 28095 A 23 23
202 Rwanda 28096 A 23 23
203 Rwanda 28097 A 23 23
204 Rwanda 28098 T 23 23
205 Rwanda 28099 C 23 23
206 Rwanda 28100 A 23 23
207 Rwanda 28101 C 23 23
208 Rwanda 28102 C 23 23
209 Rwanda 28103 C 23 23
210 Rwanda 28104 A 23 23
211 Rwanda 28105 T 33 33
212 Rwanda 28106 T 33 33
213 Rwanda 28107 C 33 33
214 Rwanda 28108 A 33 33
215 Rwanda 28109 G 33 33
216 Rwanda 28110 T 33 33
217 Rwanda 28111 A 33 33
218 Rwanda 28112 C 33 33
219 Rwanda 28113 A 33 33
220 Rwanda 28114 T 33 33
221 Rwanda 28115 C 33 33
222 Rwanda 28116 G 33 33
223 Rwanda 28117 A 33 33
224 Rwanda 28118 T 33 33
225 Rwanda 28119 A 33 33
226 Rwanda 28120 T 33 33
227 Rwanda 28121 C 33 33
228 Rwanda 28122 G 33 33
229 Rwanda 28123 G 33 33
230 Rwanda 28124 T 33 33
231 Rwanda 28125 A 33 33
232 Rwanda 28126 A 33 33
233 Rwanda 28127 T 33 33
234 Rwanda 28128 T 33 33
235 Rwanda 28129 A 33 33
236 Rwanda 28130 T 33 33
237 Rwanda 28131 A 33 33
238 Rwanda 28132 C 33 33
239 Rwanda 28133 A 33 33
240 Rwanda 28134 G 33 33
241 Rwanda 28135 T 33 33
242 Rwanda 28136 T 33 33
243 Rwanda 28137 T 33 33
244 Rwanda 28138 C 33 33
245 Rwanda 28139 C 33 33
246 Rwanda 28140 T 33 33
247 Rwanda 28141 G 33 33
248 Rwanda 28142 T 33 33
249 Rwanda 28143 T 33 33
250 Rwanda 28144 T C 33 30 Leu84Ser
251 Rwanda 28145 A 33 33
252 Rwanda 28146 C 33 33
253 Rwanda 28147 C 33 33
254 Rwanda 28148 T 33 33
255 Rwanda 28149 T 33 33
256 Rwanda 28150 T 33 33
257 Rwanda 28151 T 33 33
258 Rwanda 28152 A 33 33
259 Rwanda 28153 C 33 33
260 Rwanda 28154 A 33 33
261 Rwanda 28155 A 33 33
262 Rwanda 28156 T 33 33
263 Rwanda 28157 T 33 33
264 Rwanda 28158 A 33 33
265 Rwanda 28159 A 33 33
266 Rwanda 28160 T 33 33
267 Rwanda 28161 T 33 33
268 Rwanda 28162 G 33 33
269 Rwanda 28163 C 33 33
270 Rwanda 28164 C 33 33
271 Rwanda 28165 A 33 33
272 Rwanda 28166 G 33 33
273 Rwanda 28167 G A 33 30 Glu92Lys
274 Rwanda 28168 A 33 33
275 Rwanda 28169 A 33 33
276 Rwanda 28170 C 33 33
277 Rwanda 28171 C 33 33
278 Rwanda 28172 T 33 33
279 Rwanda 28173 A 33 33
280 Rwanda 28174 A 33 33
281 Rwanda 28175 A 33 33
282 Rwanda 28176 T 33 33
283 Rwanda 28177 T 33 33
284 Rwanda 28178 G 33 33
285 Rwanda 28179 G 33 33
286 Rwanda 28180 G 33 33
287 Rwanda 28181 T 33 33
288 Rwanda 28182 A 33 33
289 Rwanda 28183 G 33 33
290 Rwanda 28184 T 33 33
291 Rwanda 28185 C 33 33
292 Rwanda 28186 T 33 33
293 Rwanda 28187 T 33 33
294 Rwanda 28188 G 33 33
295 Rwanda 28189 T 33 33
296 Rwanda 28190 A 33 33
297 Rwanda 28191 G 33 33
298 Rwanda 28192 T 33 33
299 Rwanda 28193 G 33 33
300 Rwanda 28194 C 33 33
301 Rwanda 28195 G 33 33
302 Rwanda 28196 T 33 33
303 Rwanda 28197 T 33 33
304 Rwanda 28198 G 33 33
305 Rwanda 28199 T 33 33
306 Rwanda 28200 T 33 33
307 Rwanda 28201 C 33 33
308 Rwanda 28202 G 33 33
309 Rwanda 28203 T 33 33
310 Rwanda 28204 T 33 33
311 Rwanda 28205 C 33 33
312 Rwanda 28206 T 33 33
313 Rwanda 28207 A 33 33
314 Rwanda 28208 T 33 33
315 Rwanda 28209 G 33 33
316 Rwanda 28210 A 33 33
317 Rwanda 28211 A 33 33
318 Rwanda 28212 G 33 33
319 Rwanda 28213 A 33 33
320 Rwanda 28214 C 33 33
321 Rwanda 28215 T 33 33
322 Rwanda 28216 T 33 33
323 Rwanda 28217 T 33 33
324 Rwanda 28218 T 33 33
325 Rwanda 28219 T 33 33
326 Rwanda 28220 A 33 33
327 Rwanda 28221 G 33 33
328 Rwanda 28222 A 33 33
329 Rwanda 28223 G 33 33
330 Rwanda 28224 T 33 33
331 Rwanda 28225 A 33 33
332 Rwanda 28226 T 33 33
333 Rwanda 28227 C 33 33
334 Rwanda 28228 A 33 33
335 Rwanda 28229 T 33 33
336 Rwanda 28230 G 33 33
337 Rwanda 28231 A 33 33
338 Rwanda 28232 C 33 33
339 Rwanda 28233 G 33 33
340 Rwanda 28234 T 33 33
341 Rwanda 28235 T 33 33
342 Rwanda 28236 C 33 33
343 Rwanda 28237 G 33 33
344 Rwanda 28238 T 33 33
345 Rwanda 28239 G 33 33
346 Rwanda 28240 T 33 33
347 Rwanda 28241 T 33 33
348 Rwanda 28242 G 33 33
349 Rwanda 28243 T 33 33
350 Rwanda 28244 T 33 33
351 Rwanda 28245 T 33 33
352 Rwanda 28246 T 33 33
353 Rwanda 28247 A 33 33
354 Rwanda 28248 G 33 33
355 Rwanda 28249 A 33 33
356 Rwanda 28250 T 33 33
357 Rwanda 28251 T 33 33
358 Rwanda 28252 T 33 33
359 Rwanda 28253 C 33 33
360 Rwanda 28254 A 33 33
361 Rwanda 28255 T 33 33
362 Rwanda 28256 C 33 33
363 Rwanda 28257 T 33 33
364 Rwanda 28258 A 33 33
365 Rwanda 28259 A 33 33