National Institute Of Genetic Engineering and Biotechnology

P.I:Mohammad-Ali Malboobi
Here we provide last mutation observed in Nucleocapsid gene of COVID-19 prevalent in Iran.
We kindly wait your comment or coopration in tracking crona virus project.

Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  * - ? A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y
*     2                                        
-     366                                        
?                                              
A     15                                   1    
C     21                                        
D     22                                        
E     18                                        
F     24         1                              
G     15                                        
H     12                                        
I     30         1                              
K 1   15                                        
L     30                                        
M     3                                        
N     6                                        
P     21                                        
Q 2   18                                        
R     12               1                        
S     27                   1                    
T     15                                        
V     36                     1             1    
W     3                                        
Y     21   1                                    

Nucleotide and amino acid mutations

Here we provide list of mutation observed in Nucleocapsid at gene and protein of COVID-19.
-The position column is nucleotide position in reference genome as NC_045512.2
-The Reference column indicate reference nucleotide in NC_045512.2
-The NS column indicate number of samples that this position have been observed
-The NSR column indicate number of samples with reference nucleotide. Therefore diffrenciate related to Ns indicate number of sample with mutated nucleotide

Contoury Position Reference Alt. NSR NS AAchange
0 Romania 27894 A 382 382
1 Romania 27895 T 382 382
2 Romania 27896 G 382 382
3 Romania 27897 A 382 382
4 Romania 27898 A 382 382
5 Romania 27899 A 382 382
6 Romania 27900 T 382 382
7 Romania 27901 T 382 382
8 Romania 27902 T 382 382
9 Romania 27903 C 382 382
10 Romania 27904 T 382 382
11 Romania 27905 T 382 382
12 Romania 27906 G 382 382
13 Romania 27907 T 382 382
14 Romania 27908 T 382 382
15 Romania 27909 T 382 382
16 Romania 27910 T 382 382
17 Romania 27911 C 382 382
18 Romania 27912 T 382 382
19 Romania 27913 T 382 382
20 Romania 27914 A 382 382
21 Romania 27915 G 382 382
22 Romania 27916 G 382 382
23 Romania 27917 A 382 382
24 Romania 27918 A 382 382
25 Romania 27919 T 382 382
26 Romania 27920 C 382 382
27 Romania 27921 A 382 382
28 Romania 27922 T 382 382
29 Romania 27923 C 382 382
30 Romania 27924 A 382 382
31 Romania 27925 C 382 382
32 Romania 27926 A 382 382
33 Romania 27927 A 382 382
34 Romania 27928 C 382 382
35 Romania 27929 T 382 382
36 Romania 27930 G 382 382
37 Romania 27931 T 382 382
38 Romania 27932 A 382 382
39 Romania 27933 G 382 382
40 Romania 27934 C 382 382
41 Romania 27935 T 382 382
42 Romania 27936 G 382 382
43 Romania 27937 C 382 382
44 Romania 27938 A 382 382
45 Romania 27939 T 382 382
46 Romania 27940 T 382 382
47 Romania 27941 T 382 382
48 Romania 27942 C 382 382
49 Romania 27943 A 382 382
50 Romania 27944 C 382 382
51 Romania 27945 C T 382 378 Gln18*
52 Romania 27946 A 382 382
53 Romania 27947 A 382 382
54 Romania 27948 G 382 382
55 Romania 27949 A 382 382
56 Romania 27950 A 382 382
57 Romania 27951 T 382 382
58 Romania 27952 G 382 382
59 Romania 27953 T 382 382
60 Romania 27954 A 382 382
61 Romania 27955 G 382 382
62 Romania 27956 T 382 382
63 Romania 27957 T 382 382
64 Romania 27958 T 382 382
65 Romania 27959 A 382 382
66 Romania 27960 C 382 382
67 Romania 27961 A 382 382
68 Romania 27962 G 382 382
69 Romania 27963 T 382 382
70 Romania 27964 C T 382 330 Ser24Leu
71 Romania 27965 A 382 382
72 Romania 27966 T 382 382
73 Romania 27967 G 382 382
74 Romania 27968 T 382 382
75 Romania 27969 A 382 382
76 Romania 27970 C 382 382
77 Romania 27971 T 382 382
78 Romania 27972 C T 382 364 Gln27*
79 Romania 27973 A 382 382
80 Romania 27974 A 382 382
81 Romania 27975 C 382 382
82 Romania 27976 A 382 382
83 Romania 27977 T 382 382
84 Romania 27978 C 382 382
85 Romania 27979 A 382 382
86 Romania 27980 A 382 382
87 Romania 27981 C 382 382
88 Romania 27982 C 382 382
89 Romania 27983 A 382 382
90 Romania 27984 T 382 382
91 Romania 27985 A 382 382
92 Romania 27986 T 382 382
93 Romania 27987 G 382 382
94 Romania 27988 T 382 382
95 Romania 27989 A 382 382
96 Romania 27990 G 382 382
97 Romania 27991 T 382 382
98 Romania 27992 T 382 382
99 Romania 27993 G 382 382
100 Romania 27994 A 382 382
101 Romania 27995 T 382 382
102 Romania 27996 G 382 382
103 Romania 27997 A 382 382
104 Romania 27998 C 382 382
105 Romania 27999 C 382 382
106 Romania 28000 C 382 382
107 Romania 28001 G 382 382
108 Romania 28002 T 382 382
109 Romania 28003 G 382 382
110 Romania 28004 T 382 382
111 Romania 28005 C 382 382
112 Romania 28006 C 382 382
113 Romania 28007 T 382 382
114 Romania 28008 A 382 382
115 Romania 28009 T 382 382
116 Romania 28010 T 382 382
117 Romania 28011 C 382 382
118 Romania 28012 A 382 382
119 Romania 28013 C 382 382
120 Romania 28014 T 382 382
121 Romania 28015 T 382 382
122 Romania 28016 C 382 382
123 Romania 28017 T 382 382
124 Romania 28018 A 382 382
125 Romania 28019 T 382 382
126 Romania 28020 T 382 382
127 Romania 28021 C 382 382
128 Romania 28022 T 382 382
129 Romania 28023 A 382 378
130 Romania 28024 A 382 382
131 Romania 28025 A 382 382
132 Romania 28026 T 382 382
133 Romania 28027 G 382 382
134 Romania 28028 G 382 382
135 Romania 28029 T 382 382
136 Romania 28030 A 382 382
137 Romania 28031 T 382 382
138 Romania 28032 A 382 382
139 Romania 28033 T 382 382
140 Romania 28034 T 382 382
141 Romania 28035 A 382 382
142 Romania 28036 G 382 382
143 Romania 28037 A 382 382
144 Romania 28038 G 382 382
145 Romania 28039 T 382 382
146 Romania 28040 A 382 382
147 Romania 28041 G 382 382
148 Romania 28042 G 382 382
149 Romania 28043 A 382 382
150 Romania 28044 G 382 382
151 Romania 28045 C T 382 376 Ala51Val
152 Romania 28046 T 382 382
153 Romania 28047 A 382 382
154 Romania 28048 G T 382 364 Arg52Ile
155 Romania 28049 A 382 382
156 Romania 28050 A 382 382
157 Romania 28051 A 382 382
158 Romania 28052 A 382 382
159 Romania 28053 T 382 382
160 Romania 28054 C 382 382
161 Romania 28055 A 382 382
162 Romania 28056 G 382 382
163 Romania 28057 C 382 382
164 Romania 28058 A 382 382
165 Romania 28059 C 382 382
166 Romania 28060 C 382 382
167 Romania 28061 T 382 382
168 Romania 28062 T 382 382
169 Romania 28063 T 382 382
170 Romania 28064 A 382 382
171 Romania 28065 A 382 382
172 Romania 28066 T 382 382
173 Romania 28067 T 382 382
174 Romania 28068 G 382 382
175 Romania 28069 A 382 382
176 Romania 28070 A 382 382
177 Romania 28071 T 382 382
178 Romania 28072 T 382 382
179 Romania 28073 G 382 382
180 Romania 28074 T 382 382
181 Romania 28075 G 382 382
182 Romania 28076 C 382 382
183 Romania 28077 G A 382 380 Val62Met
184 Romania 28078 T 382 382
185 Romania 28079 G T 382 376 Val62Val
186 Romania 28080 G 382 382
187 Romania 28081 A 382 382
188 Romania 28082 T 382 382
189 Romania 28083 G 382 382
190 Romania 28084 A 382 382
191 Romania 28085 G 382 382
192 Romania 28086 G 382 382
193 Romania 28087 C 382 382
194 Romania 28088 T 382 382
195 Romania 28089 G 382 382
196 Romania 28090 G 382 382
197 Romania 28091 T 382 382
198 Romania 28092 T 382 382
199 Romania 28093 C 382 382
200 Romania 28094 T 382 382
201 Romania 28095 A T 382 378 Lys68*
202 Romania 28096 A 382 382
203 Romania 28097 A 382 382
204 Romania 28098 T 382 382
205 Romania 28099 C 382 382
206 Romania 28100 A 382 382
207 Romania 28101 C 382 382
208 Romania 28102 C 382 382
209 Romania 28103 C 382 382
210 Romania 28104 A 382 382
211 Romania 28105 T 382 382
212 Romania 28106 T 382 382
213 Romania 28107 C 382 382
214 Romania 28108 A 382 382
215 Romania 28109 G 382 382
216 Romania 28110 T 382 382
217 Romania 28111 A G 382 364 Tyr73Cys
218 Romania 28112 C 382 382
219 Romania 28113 A T 382 380 Ile74Phe
220 Romania 28114 T 382 382
221 Romania 28115 C 382 382
222 Romania 28116 G 382 382
223 Romania 28117 A 382 382
224 Romania 28118 T 382 382
225 Romania 28119 A 382 382
226 Romania 28120 T 382 382
227 Romania 28121 C 382 382
228 Romania 28122 G 382 382
229 Romania 28123 G 382 382
230 Romania 28124 T 382 382
231 Romania 28125 A 382 382
232 Romania 28126 A 382 382
233 Romania 28127 T 382 382
234 Romania 28128 T 382 382
235 Romania 28129 A 382 382
236 Romania 28130 T 382 382
237 Romania 28131 A 382 382
238 Romania 28132 C 382 382
239 Romania 28133 A 382 382
240 Romania 28134 G 382 382
241 Romania 28135 T 382 382
242 Romania 28136 T 382 382
243 Romania 28137 T 382 382
244 Romania 28138 C 382 382
245 Romania 28139 C 382 382
246 Romania 28140 T 382 382
247 Romania 28141 G 382 382
248 Romania 28142 T 382 382
249 Romania 28143 T 382 382
250 Romania 28144 T 382 382
251 Romania 28145 A 382 382
252 Romania 28146 C 382 382
253 Romania 28147 C 382 382
254 Romania 28148 T 382 382
255 Romania 28149 T 382 382
256 Romania 28150 T 382 382
257 Romania 28151 T 382 382
258 Romania 28152 A 382 382
259 Romania 28153 C 382 382
260 Romania 28154 A 382 382
261 Romania 28155 A 382 382
262 Romania 28156 T 382 382
263 Romania 28157 T 382 382
264 Romania 28158 A 382 382
265 Romania 28159 A 382 382
266 Romania 28160 T 382 382
267 Romania 28161 T 382 382
268 Romania 28162 G 382 382
269 Romania 28163 C 382 382
270 Romania 28164 C 382 382
271 Romania 28165 A 382 382
272 Romania 28166 G 382 382
273 Romania 28167 G 382 382
274 Romania 28168 A 382 382
275 Romania 28169 A 382 382
276 Romania 28170 C 382 382
277 Romania 28171 C 382 382
278 Romania 28172 T 382 382
279 Romania 28173 A 382 382
280 Romania 28174 A 382 382
281 Romania 28175 A 382 382
282 Romania 28176 T 382 382
283 Romania 28177 T 382 382
284 Romania 28178 G 382 382
285 Romania 28179 G 382 382
286 Romania 28180 G 382 382
287 Romania 28181 T 382 382
288 Romania 28182 A 382 382
289 Romania 28183 G 382 382
290 Romania 28184 T 382 382
291 Romania 28185 C 382 382
292 Romania 28186 T 382 382
293 Romania 28187 T 382 382
294 Romania 28188 G 382 382
295 Romania 28189 T 382 382
296 Romania 28190 A 382 382
297 Romania 28191 G 382 382
298 Romania 28192 T 382 382
299 Romania 28193 G 382 382
300 Romania 28194 C 382 382
301 Romania 28195 G 382 382
302 Romania 28196 T 382 382
303 Romania 28197 T 382 382
304 Romania 28198 G 382 382
305 Romania 28199 T 382 382
306 Romania 28200 T 382 382
307 Romania 28201 C 382 382
308 Romania 28202 G 382 382
309 Romania 28203 T 382 382
310 Romania 28204 T 382 382
311 Romania 28205 C 382 382
312 Romania 28206 T 382 382
313 Romania 28207 A 382 382
314 Romania 28208 T 382 382
315 Romania 28209 G 382 382
316 Romania 28210 A 382 382
317 Romania 28211 A 382 382
318 Romania 28212 G 382 382
319 Romania 28213 A 382 382
320 Romania 28214 C 382 382
321 Romania 28215 T 382 382
322 Romania 28216 T 382 382
323 Romania 28217 T 382 382
324 Romania 28218 T 382 382
325 Romania 28219 T 382 382
326 Romania 28220 A 382 382
327 Romania 28221 G 382 382
328 Romania 28222 A 382 382
329 Romania 28223 G 382 382
330 Romania 28224 T 382 382
331 Romania 28225 A 382 382
332 Romania 28226 T 382 382
333 Romania 28227 C 382 382
334 Romania 28228 A 382 382
335 Romania 28229 T 382 382
336 Romania 28230 G 382 382
337 Romania 28231 A 382 382
338 Romania 28232 C 382 382
339 Romania 28233 G 382 382
340 Romania 28234 T 382 382
341 Romania 28235 T 382 382
342 Romania 28236 C 382 382
343 Romania 28237 G 382 382
344 Romania 28238 T 382 382
345 Romania 28239 G 382 382
346 Romania 28240 T 382 382
347 Romania 28241 T 382 382
348 Romania 28242 G 382 382
349 Romania 28243 T 382 382
350 Romania 28244 T 382 382
351 Romania 28245 T 382 382
352 Romania 28246 T 382 382
353 Romania 28247 A 382 382
354 Romania 28248 G 382 382
355 Romania 28249 A 382 382
356 Romania 28250 T 382 382
357 Romania 28251 T 382 382
358 Romania 28252 T 382 382
359 Romania 28253 C T 382 380 Phe120Phe
360 Romania 28254 A 382 382
361 Romania 28255 T 382 382
362 Romania 28256 C 382 382
363 Romania 28257 T 382 382
364 Romania 28258 A 382 382
365 Romania 28259 A 382 382