National Institute Of Genetic Engineering and Biotechnology

P.I:Mohammad-Ali Malboobi
Here we provide last mutation observed in Nucleocapsid gene of COVID-19 prevalent in Iran.
We kindly wait your comment or coopration in tracking crona virus project.

Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  * - ? A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y
*     2                                        
-     366                                        
?                                              
A     15                                        
C     21                                        
D     22                                        
E     18                                        
F     24         1         1                    
G     15     1                                  
H     12                                        
I     30                                        
K     15                                        
L     30                               1        
M     3                                        
N     6                                        
P     21                                        
Q 1   18                                        
R     12                                        
S     27                               1        
T     15                                        
V     36 1     1           1                    
W     3                                        
Y     21     1                                  

Nucleotide and amino acid mutations

Here we provide list of mutation observed in Nucleocapsid at gene and protein of COVID-19.
-The position column is nucleotide position in reference genome as NC_045512.2
-The Reference column indicate reference nucleotide in NC_045512.2
-The NS column indicate number of samples that this position have been observed
-The NSR column indicate number of samples with reference nucleotide. Therefore diffrenciate related to Ns indicate number of sample with mutated nucleotide

Contoury Position Reference Alt. NSR NS AAchange
0 Panama 27894 A 278 278
1 Panama 27895 T 279 278
2 Panama 27896 G 279 279
3 Panama 27897 A 279 279
4 Panama 27898 A 279 279
5 Panama 27899 A 279 279
6 Panama 27900 T 279 279
7 Panama 27901 T 279 279
8 Panama 27902 T 279 278
9 Panama 27903 C 279 279
10 Panama 27904 T 279 279
11 Panama 27905 T 279 278
12 Panama 27906 G 279 279
13 Panama 27907 T 279 278
14 Panama 27908 T 279 279
15 Panama 27909 T 279 278
16 Panama 27910 T 279 279
17 Panama 27911 C 279 279
18 Panama 27912 T 279 279
19 Panama 27913 T 279 278
20 Panama 27914 A 279 279
21 Panama 27915 G 279 279
22 Panama 27916 G 279 279
23 Panama 27917 A 279 279
24 Panama 27918 A 279 278
25 Panama 27919 T 279 278
26 Panama 27920 C 279 279
27 Panama 27921 A 279 278
28 Panama 27922 T 279 278
29 Panama 27923 C 279 279
30 Panama 27924 A 279 278
31 Panama 27925 C 279 278
32 Panama 27926 A 279 277
33 Panama 27927 A 279 279
34 Panama 27928 C 279 279
35 Panama 27929 T 279 278
36 Panama 27930 G 279 278
37 Panama 27931 T 279 278
38 Panama 27932 A 279 277
39 Panama 27933 G 279 278
40 Panama 27934 C 279 279
41 Panama 27935 T 279 279
42 Panama 27936 G 279 278
43 Panama 27937 C 279 278
44 Panama 27938 A 279 279
45 Panama 27939 T 279 278
46 Panama 27940 T 279 279
47 Panama 27941 T G 279 278 Phe16Leu
48 Panama 27942 C 279 279
49 Panama 27943 A 279 277
50 Panama 27944 C 279 278
51 Panama 27945 C 279 279
52 Panama 27946 A 279 279
53 Panama 27947 A 279 279
54 Panama 27948 G 279 279
55 Panama 27949 A 279 278
56 Panama 27950 A 279 279
57 Panama 27951 T 279 279
58 Panama 27952 G 279 279
59 Panama 27953 T 279 279
60 Panama 27954 A 279 279
61 Panama 27955 G 279 279
62 Panama 27956 T 279 279
63 Panama 27957 T 279 279
64 Panama 27958 T 279 279
65 Panama 27959 A 279 279
66 Panama 27960 C 279 279
67 Panama 27961 A 279 279
68 Panama 27962 G 279 279
69 Panama 27963 T 279 278
70 Panama 27964 C 279 279
71 Panama 27965 A 279 279
72 Panama 27966 T 279 279
73 Panama 27967 G 279 279
74 Panama 27968 T 279 279
75 Panama 27969 A 279 279
76 Panama 27970 C 280 279
77 Panama 27971 T 280 280
78 Panama 27972 C T 280 279 Gln27*
79 Panama 27973 A 280 280
80 Panama 27974 A 280 279
81 Panama 27975 C 280 280
82 Panama 27976 A 280 279
83 Panama 27977 T 280 280
84 Panama 27978 C 280 279
85 Panama 27979 A 280 279
86 Panama 27980 A 280 279
87 Panama 27981 C 281 281
88 Panama 27982 C 281 278
89 Panama 27983 A 281 281
90 Panama 27984 T 281 278
91 Panama 27985 A 281 281
92 Panama 27986 T 281 281
93 Panama 27987 G 281 277
94 Panama 27988 T 281 281
95 Panama 27989 A 281 277
96 Panama 27990 G 281 281
97 Panama 27991 T C 281 279 Val33Ala
98 Panama 27992 T 281 280
99 Panama 27993 G 281 280
100 Panama 27994 A 282 281
101 Panama 27995 T 282 281
102 Panama 27996 G 282 281
103 Panama 27997 A 282 281
104 Panama 27998 C 282 280
105 Panama 27999 C 282 280
106 Panama 28000 C 282 280
107 Panama 28001 G 282 279
108 Panama 28002 T 282 280
109 Panama 28003 G 282 280
110 Panama 28004 T 282 280
111 Panama 28005 C 282 280
112 Panama 28006 C 282 280
113 Panama 28007 T 282 280
114 Panama 28008 A 282 281
115 Panama 28009 T 282 281
116 Panama 28010 T 282 281
117 Panama 28011 C 282 281
118 Panama 28012 A 282 280
119 Panama 28013 C 283 282
120 Panama 28014 T 283 282
121 Panama 28015 T 283 282
122 Panama 28016 C 283 282
123 Panama 28017 T 283 282
124 Panama 28018 A 283 282
125 Panama 28019 T 283 282
126 Panama 28020 T 283 282
127 Panama 28021 C 283 282
128 Panama 28022 T 283 282
129 Panama 28023 A 283 282
130 Panama 28024 A 283 282
131 Panama 28025 A 283 281
132 Panama 28026 T 283 282
133 Panama 28027 G 283 281
134 Panama 28028 G 284 283
135 Panama 28029 T G 284 282 Tyr46Asp
136 Panama 28030 A 284 283
137 Panama 28031 T 284 284
138 Panama 28032 A 284 284
139 Panama 28033 T 284 284
140 Panama 28034 T 284 284
141 Panama 28035 A 284 284
142 Panama 28036 G 285 285
143 Panama 28037 A 285 281
144 Panama 28038 G 285 282
145 Panama 28039 T 285 280
146 Panama 28040 A 285 281
147 Panama 28041 G 285 281
148 Panama 28042 G 285 280
149 Panama 28043 A 285 280
150 Panama 28044 G 285 280
151 Panama 28045 C 285 280
152 Panama 28046 T 285 280
153 Panama 28047 A 285 280
154 Panama 28048 G 285 280
155 Panama 28049 A 285 280
156 Panama 28050 A 285 280
157 Panama 28051 A 285 280
158 Panama 28052 A 285 280
159 Panama 28053 T 285 280
160 Panama 28054 C 285 280
161 Panama 28055 A 285 280
162 Panama 28056 G 285 280
163 Panama 28057 C 285 280
164 Panama 28058 A 285 278
165 Panama 28059 C 285 280
166 Panama 28060 C 285 280
167 Panama 28061 T 285 280
168 Panama 28062 T 285 280
169 Panama 28063 T 285 279
170 Panama 28064 A 285 280
171 Panama 28065 A 285 280
172 Panama 28066 T 285 280
173 Panama 28067 T 285 278
174 Panama 28068 G 285 279
175 Panama 28069 A 285 279
176 Panama 28070 A 285 279
177 Panama 28071 T 285 279
178 Panama 28072 T 285 279
179 Panama 28073 G 285 279
180 Panama 28074 T 285 278
181 Panama 28075 G 285 278
182 Panama 28076 C 285 278
183 Panama 28077 G C 285 261 Val62Leu
184 Panama 28078 T A 285 277 Val62Glu
185 Panama 28079 G 285 278
186 Panama 28080 G 285 278
187 Panama 28081 A 285 278
188 Panama 28082 T 285 278
189 Panama 28083 G 285 278
190 Panama 28084 A 285 278
191 Panama 28085 G 285 278
192 Panama 28086 G 286 279
193 Panama 28087 C 286 278
194 Panama 28088 T 294 290
195 Panama 28089 G 312 312
196 Panama 28090 G 312 312
197 Panama 28091 T 312 312
198 Panama 28092 T 312 312
199 Panama 28093 C 312 312
200 Panama 28094 T 312 312
201 Panama 28095 A 312 312
202 Panama 28096 A 312 312
203 Panama 28097 A 312 312
204 Panama 28098 T 312 312
205 Panama 28099 C 312 312
206 Panama 28100 A 312 312
207 Panama 28101 C 312 312
208 Panama 28102 C 312 312
209 Panama 28103 C 312 312
210 Panama 28104 A 312 312
211 Panama 28105 T 312 312
212 Panama 28106 T 312 312
213 Panama 28107 C 312 312
214 Panama 28108 A 312 312
215 Panama 28109 G 312 312
216 Panama 28110 T 312 312
217 Panama 28111 A 312 312
218 Panama 28112 C 312 312
219 Panama 28113 A 312 312
220 Panama 28114 T 312 312
221 Panama 28115 C 312 312
222 Panama 28116 G 312 312
223 Panama 28117 A 312 312
224 Panama 28118 T 312 312
225 Panama 28119 A 312 312
226 Panama 28120 T 312 312
227 Panama 28121 C 312 312
228 Panama 28122 G 312 312
229 Panama 28123 G 312 312
230 Panama 28124 T 312 312
231 Panama 28125 A 312 312
232 Panama 28126 A 312 312
233 Panama 28127 T 312 312
234 Panama 28128 T 312 312
235 Panama 28129 A 312 312
236 Panama 28130 T 312 312
237 Panama 28131 A 312 312
238 Panama 28132 C 312 312
239 Panama 28133 A 312 312
240 Panama 28134 G 312 312
241 Panama 28135 T 312 312
242 Panama 28136 T 312 312
243 Panama 28137 T 312 312
244 Panama 28138 C 312 312
245 Panama 28139 C 312 312
246 Panama 28140 T 312 312
247 Panama 28141 G 312 312
248 Panama 28142 T 312 312
249 Panama 28143 T 312 312
250 Panama 28144 T C 312 60 Leu84Ser
251 Panama 28145 A 312 312
252 Panama 28146 C 312 312
253 Panama 28147 C 312 312
254 Panama 28148 T 312 312
255 Panama 28149 T 312 312
256 Panama 28150 T 312 312
257 Panama 28151 T 312 312
258 Panama 28152 A 312 312
259 Panama 28153 C 312 312
260 Panama 28154 A 312 312
261 Panama 28155 A 312 312
262 Panama 28156 T 312 312
263 Panama 28157 T 312 312
264 Panama 28158 A 312 312
265 Panama 28159 A 312 312
266 Panama 28160 T 312 312
267 Panama 28161 T 312 312
268 Panama 28162 G 312 312
269 Panama 28163 C 312 312
270 Panama 28164 C 312 312
271 Panama 28165 A 312 312
272 Panama 28166 G 312 312
273 Panama 28167 G 312 312
274 Panama 28168 A 312 312
275 Panama 28169 A 312 312
276 Panama 28170 C 312 312
277 Panama 28171 C 312 312
278 Panama 28172 T 312 312
279 Panama 28173 A 312 312
280 Panama 28174 A 312 312
281 Panama 28175 A 312 312
282 Panama 28176 T 312 312
283 Panama 28177 T 312 312
284 Panama 28178 G 312 312
285 Panama 28179 G 312 312
286 Panama 28180 G A 312 311 Gly96Asp
287 Panama 28181 T 312 312
288 Panama 28182 A 312 312
289 Panama 28183 G 312 312
290 Panama 28184 T 312 312
291 Panama 28185 C 312 312
292 Panama 28186 T 312 312
293 Panama 28187 T 312 312
294 Panama 28188 G 312 312
295 Panama 28189 T 312 312
296 Panama 28190 A 312 312
297 Panama 28191 G 312 312
298 Panama 28192 T 312 312
299 Panama 28193 G 312 312
300 Panama 28194 C 312 312
301 Panama 28195 G 312 312
302 Panama 28196 T 312 312
303 Panama 28197 T 312 312
304 Panama 28198 G 312 312
305 Panama 28199 T 312 312
306 Panama 28200 T 312 312
307 Panama 28201 C 312 312
308 Panama 28202 G A 312 307 Ser103Ser
309 Panama 28203 T 312 312
310 Panama 28204 T 312 312
311 Panama 28205 C 312 312
312 Panama 28206 T 312 312
313 Panama 28207 A 312 312
314 Panama 28208 T 312 312
315 Panama 28209 G 312 312
316 Panama 28210 A 312 312
317 Panama 28211 A 312 312
318 Panama 28212 G 312 312
319 Panama 28213 A 312 312
320 Panama 28214 C 312 312
321 Panama 28215 T 312 312
322 Panama 28216 T 312 312
323 Panama 28217 T 312 312
324 Panama 28218 T 312 312
325 Panama 28219 T 312 312
326 Panama 28220 A 312 312
327 Panama 28221 G 312 312
328 Panama 28222 A 312 312
329 Panama 28223 G 312 312
330 Panama 28224 T 312 312
331 Panama 28225 A 312 312
332 Panama 28226 T 312 312
333 Panama 28227 C 312 312
334 Panama 28228 A 312 312
335 Panama 28229 T 312 312
336 Panama 28230 G 312 312
337 Panama 28231 A 312 312
338 Panama 28232 C 312 312
339 Panama 28233 G 312 312
340 Panama 28234 T 312 312
341 Panama 28235 T 312 312
342 Panama 28236 C 312 312
343 Panama 28237 G 312 312
344 Panama 28238 T 312 312
345 Panama 28239 G 312 312
346 Panama 28240 T 312 312
347 Panama 28241 T 312 312
348 Panama 28242 G 312 312
349 Panama 28243 T 312 312
350 Panama 28244 T 312 312
351 Panama 28245 T 312 312
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353 Panama 28247 A 312 312
354 Panama 28248 G 312 312
355 Panama 28249 A 312 312
356 Panama 28250 T 312 312
357 Panama 28251 T 312 312
358 Panama 28252 T 312 312
359 Panama 28253 C T 312 310 Phe120Phe
360 Panama 28254 A 312 312
361 Panama 28255 T 312 312
362 Panama 28256 C 312 312
363 Panama 28257 T 312 312
364 Panama 28258 A 312 312
365 Panama 28259 A 312 312