National Institute Of Genetic Engineering and Biotechnology

P.I:Mohammad-Ali Malboobi
Here we provide last mutation observed in Nucleocapsid gene of COVID-19 prevalent in Iran.
We kindly wait your comment or coopration in tracking crona virus project.

Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  * - ? A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y
*     2                                        
-     366                                        
?                                              
A     15                                        
C     21                                        
D     22                                        
E     18                                        
F     24                                        
G     15                                        
H     12                                        
I     30                                        
K     15                                        
L     30                                        
M     3                                        
N     6                                        
P     21                                        
Q     18                 1                      
R     12                                        
S     27                   1                    
T     15                 1                      
V     36                                        
W     3                                        
Y     21                                        

Nucleotide and amino acid mutations

Here we provide list of mutation observed in Nucleocapsid at gene and protein of COVID-19.
-The position column is nucleotide position in reference genome as NC_045512.2
-The Reference column indicate reference nucleotide in NC_045512.2
-The NS column indicate number of samples that this position have been observed
-The NSR column indicate number of samples with reference nucleotide. Therefore diffrenciate related to Ns indicate number of sample with mutated nucleotide

Contoury Position Reference Alt. NSR NS AAchange
0 Palestine 27894 A 79 79
1 Palestine 27895 T 79 79
2 Palestine 27896 G 79 79
3 Palestine 27897 A 79 79
4 Palestine 27898 A 79 79
5 Palestine 27899 A 79 79
6 Palestine 27900 T 79 79
7 Palestine 27901 T 79 79
8 Palestine 27902 T 79 79
9 Palestine 27903 C 79 79
10 Palestine 27904 T 79 79
11 Palestine 27905 T 79 79
12 Palestine 27906 G 79 79
13 Palestine 27907 T 79 79
14 Palestine 27908 T 79 79
15 Palestine 27909 T 79 79
16 Palestine 27910 T 79 79
17 Palestine 27911 C 79 79
18 Palestine 27912 T 79 79
19 Palestine 27913 T 79 79
20 Palestine 27914 A 79 79
21 Palestine 27915 G 79 79
22 Palestine 27916 G 79 79
23 Palestine 27917 A 79 79
24 Palestine 27918 A 79 79
25 Palestine 27919 T 79 79
26 Palestine 27920 C 79 79
27 Palestine 27921 A 79 79
28 Palestine 27922 T 79 79
29 Palestine 27923 C 79 79
30 Palestine 27924 A 79 79
31 Palestine 27925 C A 79 72 Thr11Lys
32 Palestine 27926 A 79 79
33 Palestine 27927 A 79 79
34 Palestine 27928 C 79 79
35 Palestine 27929 T 79 79
36 Palestine 27930 G 79 79
37 Palestine 27931 T 79 79
38 Palestine 27932 A 79 79
39 Palestine 27933 G 79 79
40 Palestine 27934 C 79 79
41 Palestine 27935 T 79 79
42 Palestine 27936 G 79 79
43 Palestine 27937 C 79 79
44 Palestine 27938 A 79 79
45 Palestine 27939 T 79 79
46 Palestine 27940 T 79 79
47 Palestine 27941 T 79 79
48 Palestine 27942 C 79 79
49 Palestine 27943 A 79 79
50 Palestine 27944 C 79 79
51 Palestine 27945 C 79 79
52 Palestine 27946 A 79 79
53 Palestine 27947 A 79 79
54 Palestine 27948 G 79 79
55 Palestine 27949 A 79 79
56 Palestine 27950 A 79 79
57 Palestine 27951 T 79 79
58 Palestine 27952 G 79 79
59 Palestine 27953 T 79 79
60 Palestine 27954 A 79 79
61 Palestine 27955 G 79 79
62 Palestine 27956 T 79 79
63 Palestine 27957 T 79 79
64 Palestine 27958 T 79 79
65 Palestine 27959 A 79 79
66 Palestine 27960 C 79 79
67 Palestine 27961 A 79 79
68 Palestine 27962 G 79 79
69 Palestine 27963 T 79 79
70 Palestine 27964 C 79 79
71 Palestine 27965 A 79 79
72 Palestine 27966 T 79 79
73 Palestine 27967 G 79 79
74 Palestine 27968 T 79 79
75 Palestine 27969 A 79 79
76 Palestine 27970 C 79 79
77 Palestine 27971 T 79 79
78 Palestine 27972 C 79 79
79 Palestine 27973 A 79 79
80 Palestine 27974 A 79 79
81 Palestine 27975 C 79 79
82 Palestine 27976 A 79 79
83 Palestine 27977 T 79 79
84 Palestine 27978 C 79 79
85 Palestine 27979 A 79 79
86 Palestine 27980 A 79 79
87 Palestine 27981 C 79 79
88 Palestine 27982 C 79 79
89 Palestine 27983 A 79 79
90 Palestine 27984 T 79 79
91 Palestine 27985 A 79 79
92 Palestine 27986 T 79 79
93 Palestine 27987 G 79 79
94 Palestine 27988 T 79 79
95 Palestine 27989 A 79 79
96 Palestine 27990 G 79 79
97 Palestine 27991 T 79 79
98 Palestine 27992 T 79 79
99 Palestine 27993 G 79 79
100 Palestine 27994 A 79 79
101 Palestine 27995 T 79 79
102 Palestine 27996 G 79 79
103 Palestine 27997 A 79 79
104 Palestine 27998 C 79 79
105 Palestine 27999 C 79 79
106 Palestine 28000 C 79 79
107 Palestine 28001 G 79 79
108 Palestine 28002 T 79 79
109 Palestine 28003 G 79 79
110 Palestine 28004 T 79 79
111 Palestine 28005 C 79 79
112 Palestine 28006 C 79 79
113 Palestine 28007 T 79 79
114 Palestine 28008 A 79 79
115 Palestine 28009 T 79 79
116 Palestine 28010 T 79 79
117 Palestine 28011 C 79 79
118 Palestine 28012 A 79 79
119 Palestine 28013 C 79 79
120 Palestine 28014 T 79 79
121 Palestine 28015 T 79 79
122 Palestine 28016 C 79 79
123 Palestine 28017 T 79 79
124 Palestine 28018 A 79 79
125 Palestine 28019 T 79 79
126 Palestine 28020 T 79 79
127 Palestine 28021 C 79 79
128 Palestine 28022 T 79 79
129 Palestine 28023 A 79 79
130 Palestine 28024 A 79 79
131 Palestine 28025 A 79 79
132 Palestine 28026 T 79 79
133 Palestine 28027 G 79 79
134 Palestine 28028 G 79 79
135 Palestine 28029 T 79 79
136 Palestine 28030 A 79 79
137 Palestine 28031 T 79 79
138 Palestine 28032 A 79 79
139 Palestine 28033 T 79 79
140 Palestine 28034 T 79 79
141 Palestine 28035 A 79 79
142 Palestine 28036 G 79 79
143 Palestine 28037 A 79 79
144 Palestine 28038 G 79 79
145 Palestine 28039 T 79 79
146 Palestine 28040 A 79 79
147 Palestine 28041 G 79 79
148 Palestine 28042 G 79 79
149 Palestine 28043 A 79 79
150 Palestine 28044 G 79 79
151 Palestine 28045 C 79 79
152 Palestine 28046 T 79 79
153 Palestine 28047 A 79 79
154 Palestine 28048 G 79 79
155 Palestine 28049 A 79 79
156 Palestine 28050 A 79 79
157 Palestine 28051 A 79 79
158 Palestine 28052 A 79 79
159 Palestine 28053 T 79 79
160 Palestine 28054 C T 79 78 Ser54Leu
161 Palestine 28055 A 79 79
162 Palestine 28056 G 79 79
163 Palestine 28057 C 79 79
164 Palestine 28058 A 79 79
165 Palestine 28059 C 79 79
166 Palestine 28060 C 79 79
167 Palestine 28061 T 79 79
168 Palestine 28062 T 79 79
169 Palestine 28063 T 79 79
170 Palestine 28064 A 79 79
171 Palestine 28065 A 79 79
172 Palestine 28066 T 79 79
173 Palestine 28067 T 79 79
174 Palestine 28068 G 79 79
175 Palestine 28069 A 79 79
176 Palestine 28070 A 79 79
177 Palestine 28071 T 79 79
178 Palestine 28072 T 79 79
179 Palestine 28073 G 79 79
180 Palestine 28074 T 79 79
181 Palestine 28075 G 79 79
182 Palestine 28076 C 79 79
183 Palestine 28077 G 79 79
184 Palestine 28078 T 79 79
185 Palestine 28079 G 79 79
186 Palestine 28080 G 79 79
187 Palestine 28081 A 79 79
188 Palestine 28082 T 79 79
189 Palestine 28083 G 79 79
190 Palestine 28084 A 79 79
191 Palestine 28085 G 79 79
192 Palestine 28086 G 79 79
193 Palestine 28087 C 79 79
194 Palestine 28088 T 79 79
195 Palestine 28089 G 79 79
196 Palestine 28090 G 79 79
197 Palestine 28091 T 79 79
198 Palestine 28092 T 79 79
199 Palestine 28093 C 79 79
200 Palestine 28094 T 79 79
201 Palestine 28095 A 79 79
202 Palestine 28096 A 79 79
203 Palestine 28097 A 79 79
204 Palestine 28098 T 79 79
205 Palestine 28099 C 79 79
206 Palestine 28100 A 79 79
207 Palestine 28101 C 79 79
208 Palestine 28102 C 79 79
209 Palestine 28103 C 79 79
210 Palestine 28104 A 79 79
211 Palestine 28105 T 79 79
212 Palestine 28106 T 79 79
213 Palestine 28107 C 79 79
214 Palestine 28108 A 79 79
215 Palestine 28109 G 79 79
216 Palestine 28110 T 79 79
217 Palestine 28111 A 79 79
218 Palestine 28112 C 79 79
219 Palestine 28113 A 79 79
220 Palestine 28114 T 79 79
221 Palestine 28115 C 79 79
222 Palestine 28116 G 79 78
223 Palestine 28117 A 79 78
224 Palestine 28118 T 79 79
225 Palestine 28119 A 79 79
226 Palestine 28120 T 79 79
227 Palestine 28121 C 79 79
228 Palestine 28122 G 79 79
229 Palestine 28123 G 79 79
230 Palestine 28124 T 79 79
231 Palestine 28125 A 79 79
232 Palestine 28126 A 79 79
233 Palestine 28127 T 79 79
234 Palestine 28128 T 79 79
235 Palestine 28129 A 79 79
236 Palestine 28130 T 79 79
237 Palestine 28131 A 79 79
238 Palestine 28132 C 79 79
239 Palestine 28133 A 79 79
240 Palestine 28134 G 79 79
241 Palestine 28135 T 79 79
242 Palestine 28136 T 79 79
243 Palestine 28137 T 79 79
244 Palestine 28138 C 79 79
245 Palestine 28139 C 79 79
246 Palestine 28140 T 79 79
247 Palestine 28141 G 79 79
248 Palestine 28142 T 79 79
249 Palestine 28143 T 79 79
250 Palestine 28144 T 79 79
251 Palestine 28145 A 79 79
252 Palestine 28146 C 79 79
253 Palestine 28147 C 79 79
254 Palestine 28148 T 79 79
255 Palestine 28149 T 79 79
256 Palestine 28150 T 79 79
257 Palestine 28151 T 79 79
258 Palestine 28152 A 79 79
259 Palestine 28153 C 79 79
260 Palestine 28154 A 79 79
261 Palestine 28155 A 79 79
262 Palestine 28156 T 79 79
263 Palestine 28157 T 79 79
264 Palestine 28158 A 79 79
265 Palestine 28159 A 79 79
266 Palestine 28160 T 79 79
267 Palestine 28161 T 79 79
268 Palestine 28162 G 79 79
269 Palestine 28163 C 79 79
270 Palestine 28164 C A 79 77 Gln91Lys
271 Palestine 28165 A 79 79
272 Palestine 28166 G 79 79
273 Palestine 28167 G 79 79
274 Palestine 28168 A 79 79
275 Palestine 28169 A 79 79
276 Palestine 28170 C 79 79
277 Palestine 28171 C 79 79
278 Palestine 28172 T 79 79
279 Palestine 28173 A 79 79
280 Palestine 28174 A 79 79
281 Palestine 28175 A 79 79
282 Palestine 28176 T 79 79
283 Palestine 28177 T 79 79
284 Palestine 28178 G 79 79
285 Palestine 28179 G 79 79
286 Palestine 28180 G 79 79
287 Palestine 28181 T 79 79
288 Palestine 28182 A 79 79
289 Palestine 28183 G 79 79
290 Palestine 28184 T 79 79
291 Palestine 28185 C 79 79
292 Palestine 28186 T 79 79
293 Palestine 28187 T 79 79
294 Palestine 28188 G 79 79
295 Palestine 28189 T 79 79
296 Palestine 28190 A 79 79
297 Palestine 28191 G 79 79
298 Palestine 28192 T 79 79
299 Palestine 28193 G 79 79
300 Palestine 28194 C 79 79
301 Palestine 28195 G 79 79
302 Palestine 28196 T 79 79
303 Palestine 28197 T 79 79
304 Palestine 28198 G 79 79
305 Palestine 28199 T 79 79
306 Palestine 28200 T 79 79
307 Palestine 28201 C 79 79
308 Palestine 28202 G 79 79
309 Palestine 28203 T 79 79
310 Palestine 28204 T 79 79
311 Palestine 28205 C 79 79
312 Palestine 28206 T 79 79
313 Palestine 28207 A 79 79
314 Palestine 28208 T 79 79
315 Palestine 28209 G 79 79
316 Palestine 28210 A 79 79
317 Palestine 28211 A 79 79
318 Palestine 28212 G 79 79
319 Palestine 28213 A 79 79
320 Palestine 28214 C 79 79
321 Palestine 28215 T 79 79
322 Palestine 28216 T 79 79
323 Palestine 28217 T 79 79
324 Palestine 28218 T 79 79
325 Palestine 28219 T 79 79
326 Palestine 28220 A 79 79
327 Palestine 28221 G 79 79
328 Palestine 28222 A 79 79
329 Palestine 28223 G 79 79
330 Palestine 28224 T 79 79
331 Palestine 28225 A 79 79
332 Palestine 28226 T 79 79
333 Palestine 28227 C 79 79
334 Palestine 28228 A 79 79
335 Palestine 28229 T 79 79
336 Palestine 28230 G 79 79
337 Palestine 28231 A 79 79
338 Palestine 28232 C 79 79
339 Palestine 28233 G 79 79
340 Palestine 28234 T 79 79
341 Palestine 28235 T 79 79
342 Palestine 28236 C 79 79
343 Palestine 28237 G 79 79
344 Palestine 28238 T 79 79
345 Palestine 28239 G 79 79
346 Palestine 28240 T 79 79
347 Palestine 28241 T 79 79
348 Palestine 28242 G 79 79
349 Palestine 28243 T 79 79
350 Palestine 28244 T 79 79
351 Palestine 28245 T 79 79
352 Palestine 28246 T 79 79
353 Palestine 28247 A 79 79
354 Palestine 28248 G 79 79
355 Palestine 28249 A 79 79
356 Palestine 28250 T 79 79
357 Palestine 28251 T 79 79
358 Palestine 28252 T 79 79
359 Palestine 28253 C 79 79
360 Palestine 28254 A 79 79
361 Palestine 28255 T 79 79
362 Palestine 28256 C 79 79
363 Palestine 28257 T 79 79
364 Palestine 28258 A 79 79
365 Palestine 28259 A 79 79