National Institute Of Genetic Engineering and Biotechnology

P.I:Mohammad-Ali Malboobi
Here we provide last mutation observed in Nucleocapsid gene of COVID-19 prevalent in Iran.
We kindly wait your comment or coopration in tracking crona virus project.

Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  * - ? A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y
*     2                                        
-     366                                        
?                                              
A     15                                   1    
C     21   1     1                              
D     22                                        
E 3   18           1     1                      
F     24         1                         1    
G     15   1                               1    
H     12             1                         1
I     30               1                 1 1    
K 1   15                                        
L     30                               1        
M     3                                        
N     6                                        
P     21                         1              
Q 1   18                                        
R     12             1 1                        
S     27                   1                    
T     15               2                        
V     36                                        
W     3                   1                    
Y     21   2                                    

Nucleotide and amino acid mutations

Here we provide list of mutation observed in Nucleocapsid at gene and protein of COVID-19.
-The position column is nucleotide position in reference genome as NC_045512.2
-The Reference column indicate reference nucleotide in NC_045512.2
-The NS column indicate number of samples that this position have been observed
-The NSR column indicate number of samples with reference nucleotide. Therefore diffrenciate related to Ns indicate number of sample with mutated nucleotide

Contoury Position Reference Alt. NSR NS AAchange
0 Nigeria 27894 A 252 252
1 Nigeria 27895 T 252 252
2 Nigeria 27896 G 252 252
3 Nigeria 27897 A 252 252
4 Nigeria 27898 A 252 252
5 Nigeria 27899 A 252 252
6 Nigeria 27900 T 252 252
7 Nigeria 27901 T 252 252
8 Nigeria 27902 T 252 252
9 Nigeria 27903 C 252 252
10 Nigeria 27904 T 252 252
11 Nigeria 27905 T 252 252
12 Nigeria 27906 G 252 252
13 Nigeria 27907 T 252 252
14 Nigeria 27908 T 252 252
15 Nigeria 27909 T 252 252
16 Nigeria 27910 T 252 252
17 Nigeria 27911 C 252 252
18 Nigeria 27912 T 252 252
19 Nigeria 27913 T 252 252
20 Nigeria 27914 A 252 252
21 Nigeria 27915 G 252 252
22 Nigeria 27916 G T 252 251 Gly8Val
23 Nigeria 27917 A 252 252
24 Nigeria 27918 A 252 252
25 Nigeria 27919 T 252 252
26 Nigeria 27920 C T 252 251 Ile9Ile
27 Nigeria 27921 A 252 252
28 Nigeria 27922 T 252 252
29 Nigeria 27923 C 252 252
30 Nigeria 27924 A 252 252
31 Nigeria 27925 C T 252 251 Thr11Ile
32 Nigeria 27926 A 252 252
33 Nigeria 27927 A 252 252
34 Nigeria 27928 C 253 253
35 Nigeria 27929 T 253 253
36 Nigeria 27930 G 253 253
37 Nigeria 27931 T 253 253
38 Nigeria 27932 A 253 253
39 Nigeria 27933 G 253 253
40 Nigeria 27934 C 253 253
41 Nigeria 27935 T 253 253
42 Nigeria 27936 G 253 253
43 Nigeria 27937 C 253 253
44 Nigeria 27938 A 253 253
45 Nigeria 27939 T 253 253
46 Nigeria 27940 T 253 253
47 Nigeria 27941 T 253 253
48 Nigeria 27942 C 253 253
49 Nigeria 27943 A 253 253
50 Nigeria 27944 C 253 253
51 Nigeria 27945 C 253 253
52 Nigeria 27946 A 253 253
53 Nigeria 27947 A 253 253
54 Nigeria 27948 G 253 253
55 Nigeria 27949 A 253 253
56 Nigeria 27950 A 253 253
57 Nigeria 27951 T 253 253
58 Nigeria 27952 G 253 253
59 Nigeria 27953 T 253 253
60 Nigeria 27954 A 253 253
61 Nigeria 27955 G 253 253
62 Nigeria 27956 T 253 253
63 Nigeria 27957 T 253 252
64 Nigeria 27958 T 253 252
65 Nigeria 27959 A 253 252
66 Nigeria 27960 C 253 252
67 Nigeria 27961 A 253 252
68 Nigeria 27962 G 253 252
69 Nigeria 27963 T 253 252
70 Nigeria 27964 C T 253 245 Ser24Leu
71 Nigeria 27965 A 253 252
72 Nigeria 27966 T 253 253
73 Nigeria 27967 G 253 253
74 Nigeria 27968 T 253 253
75 Nigeria 27969 A 253 253
76 Nigeria 27970 C T 253 251 Thr26Ile
77 Nigeria 27971 T 253 253
78 Nigeria 27972 C T 253 251 Gln27*
79 Nigeria 27973 A 253 253
80 Nigeria 27974 A 253 253
81 Nigeria 27975 C T 253 252 His28Tyr
82 Nigeria 27976 A 253 253
83 Nigeria 27977 T 253 253
84 Nigeria 27978 C 253 253
85 Nigeria 27979 A 253 253
86 Nigeria 27980 A 253 253
87 Nigeria 27981 C 253 253
88 Nigeria 27982 C 253 253
89 Nigeria 27983 A 253 253
90 Nigeria 27984 T 253 253
91 Nigeria 27985 A 253 253
92 Nigeria 27986 T 253 253
93 Nigeria 27987 G 253 253
94 Nigeria 27988 T 253 253
95 Nigeria 27989 A 252 252
96 Nigeria 27990 G 252 252
97 Nigeria 27991 T 252 252
98 Nigeria 27992 T 252 252
99 Nigeria 27993 G 252 252
100 Nigeria 27994 A 252 251
101 Nigeria 27995 T 252 251
102 Nigeria 27996 G 252 251
103 Nigeria 27997 A 252 251
104 Nigeria 27998 C 252 251
105 Nigeria 27999 C 252 251
106 Nigeria 28000 C 252 251
107 Nigeria 28001 G T 252 250 Pro36Pro
108 Nigeria 28002 T 252 252
109 Nigeria 28003 G 252 251
110 Nigeria 28004 T 252 252
111 Nigeria 28005 C 252 252
112 Nigeria 28006 C 253 253
113 Nigeria 28007 T 253 252
114 Nigeria 28008 A 253 252
115 Nigeria 28009 T C 253 251 Ile39Thr
116 Nigeria 28010 T 253 251
117 Nigeria 28011 C 253 251
118 Nigeria 28012 A 253 251
119 Nigeria 28013 C 253 251
120 Nigeria 28014 T 253 251
121 Nigeria 28015 T 253 252
122 Nigeria 28016 C 253 252
123 Nigeria 28017 T 253 252
124 Nigeria 28018 A 253 252
125 Nigeria 28019 T 253 252
126 Nigeria 28020 T 253 252
127 Nigeria 28021 C 253 252
128 Nigeria 28022 T 253 251
129 Nigeria 28023 A 253 251
130 Nigeria 28024 A 253 251
131 Nigeria 28025 A 253 251
132 Nigeria 28026 T 253 251
133 Nigeria 28027 G T 253 250 Trp45Leu
134 Nigeria 28028 G 253 252
135 Nigeria 28029 T 253 251
136 Nigeria 28030 A G 253 250 Tyr46Cys
137 Nigeria 28031 T 253 251
138 Nigeria 28032 A 253 251
139 Nigeria 28033 T 253 251
140 Nigeria 28034 T 253 251
141 Nigeria 28035 A 253 251
142 Nigeria 28036 G 253 251
143 Nigeria 28037 A 253 250
144 Nigeria 28038 G 253 250
145 Nigeria 28039 T 253 250
146 Nigeria 28040 A 253 250
147 Nigeria 28041 G 253 250
148 Nigeria 28042 G 253 250
149 Nigeria 28043 A 254 252
150 Nigeria 28044 G 254 252
151 Nigeria 28045 C 254 251
152 Nigeria 28046 T 254 251
153 Nigeria 28047 A 254 252
154 Nigeria 28048 G T 254 251 Arg52Ile
155 Nigeria 28049 A 254 252
156 Nigeria 28050 A 254 252
157 Nigeria 28051 A 254 252
158 Nigeria 28052 A 254 252
159 Nigeria 28053 T 254 252
160 Nigeria 28054 C 254 252
161 Nigeria 28055 A 254 252
162 Nigeria 28056 G 254 252
163 Nigeria 28057 C 254 252
164 Nigeria 28058 A 254 251
165 Nigeria 28059 C 254 251
166 Nigeria 28060 C 254 251
167 Nigeria 28061 T 254 252
168 Nigeria 28062 T 254 253
169 Nigeria 28063 T 254 252
170 Nigeria 28064 A 254 252
171 Nigeria 28065 A 254 253
172 Nigeria 28066 T 254 253
173 Nigeria 28067 T 254 253
174 Nigeria 28068 G T 254 252 Glu59*
175 Nigeria 28069 A G 254 251 Glu59Gly
176 Nigeria 28070 A 254 253
177 Nigeria 28071 T 254 253
178 Nigeria 28072 T 254 253
179 Nigeria 28073 G 255 254
180 Nigeria 28074 T 249 248
181 Nigeria 28075 G 249 248
182 Nigeria 28076 C 249 248
183 Nigeria 28077 G 249 248
184 Nigeria 28078 T 249 248
185 Nigeria 28079 G 249 248
186 Nigeria 28080 G 249 248
187 Nigeria 28081 A 249 249
188 Nigeria 28082 T 249 249
189 Nigeria 28083 G 249 249
190 Nigeria 28084 A 249 249
191 Nigeria 28085 G 249 249
192 Nigeria 28086 G 249 249
193 Nigeria 28087 C T 249 248 Ala65Val
194 Nigeria 28088 T 249 249
195 Nigeria 28089 G 249 249
196 Nigeria 28090 G 249 249
197 Nigeria 28091 T 249 248
198 Nigeria 28092 T 249 248
199 Nigeria 28093 C 249 248
200 Nigeria 28094 T 248 247
201 Nigeria 28095 A T 248 246 Lys68*
202 Nigeria 28096 A 248 247
203 Nigeria 28097 A 248 247
204 Nigeria 28098 T 248 247
205 Nigeria 28099 C 248 247
206 Nigeria 28100 A 248 247
207 Nigeria 28101 C 248 247
208 Nigeria 28102 C 248 247
209 Nigeria 28103 C 248 247
210 Nigeria 28104 A 248 247
211 Nigeria 28105 T 250 249
212 Nigeria 28106 T 250 249
213 Nigeria 28107 C 250 249
214 Nigeria 28108 A 250 249
215 Nigeria 28109 G 250 249
216 Nigeria 28110 T 250 249
217 Nigeria 28111 A G 250 248 Tyr73Cys
218 Nigeria 28112 C 250 249
219 Nigeria 28113 A 250 248
220 Nigeria 28114 T 250 249
221 Nigeria 28115 C 250 249
222 Nigeria 28116 G 250 249
223 Nigeria 28117 A 250 249
224 Nigeria 28118 T 250 249
225 Nigeria 28119 A 250 249
226 Nigeria 28120 T 250 249
227 Nigeria 28121 C 250 249
228 Nigeria 28122 G T 250 247 Gly77Cys
229 Nigeria 28123 G 250 249
230 Nigeria 28124 T 250 249
231 Nigeria 28125 A 250 249
232 Nigeria 28126 A 250 249
233 Nigeria 28127 T 250 249
234 Nigeria 28128 T 250 249
235 Nigeria 28129 A 250 249
236 Nigeria 28130 T 250 249
237 Nigeria 28131 A 250 249
238 Nigeria 28132 C 250 249
239 Nigeria 28133 A 250 249
240 Nigeria 28134 G 256 255
241 Nigeria 28135 T 256 255
242 Nigeria 28136 T 256 255
243 Nigeria 28137 T 256 255
244 Nigeria 28138 C 256 255
245 Nigeria 28139 C 256 255
246 Nigeria 28140 T 256 255
247 Nigeria 28141 G T 256 254 Cys83Phe
248 Nigeria 28142 T 256 255
249 Nigeria 28143 T 256 255
250 Nigeria 28144 T C 256 230 Leu84Ser
251 Nigeria 28145 A 256 255
252 Nigeria 28146 C 256 255
253 Nigeria 28147 C 256 255
254 Nigeria 28148 T 255 254
255 Nigeria 28149 T 255 254
256 Nigeria 28150 T 255 254
257 Nigeria 28151 T 255 254
258 Nigeria 28152 A 255 254
259 Nigeria 28153 C 255 254
260 Nigeria 28154 A 255 254
261 Nigeria 28155 A 255 254
262 Nigeria 28156 T 255 254
263 Nigeria 28157 T 255 254
264 Nigeria 28158 A 255 254
265 Nigeria 28159 A 255 255
266 Nigeria 28160 T 255 255
267 Nigeria 28161 T 255 255
268 Nigeria 28162 G 255 255
269 Nigeria 28163 C T 255 254 Cys90Cys
270 Nigeria 28164 C 255 255
271 Nigeria 28165 A 255 254
272 Nigeria 28166 G 254 253
273 Nigeria 28167 G A 254 251 Glu92Lys
274 Nigeria 28168 A 254 253
275 Nigeria 28169 A 254 253
276 Nigeria 28170 C 254 253
277 Nigeria 28171 C 254 253
278 Nigeria 28172 T 254 253
279 Nigeria 28173 A 254 253
280 Nigeria 28174 A 254 253
281 Nigeria 28175 A 254 253
282 Nigeria 28176 T 254 254
283 Nigeria 28177 T 254 254
284 Nigeria 28178 G 254 254
285 Nigeria 28179 G 254 254
286 Nigeria 28180 G 254 254
287 Nigeria 28181 T 254 254
288 Nigeria 28182 A 254 254
289 Nigeria 28183 G 254 254
290 Nigeria 28184 T 254 254
291 Nigeria 28185 C 254 254
292 Nigeria 28186 T 254 254
293 Nigeria 28187 T 254 254
294 Nigeria 28188 G 254 254
295 Nigeria 28189 T 254 254
296 Nigeria 28190 A 254 254
297 Nigeria 28191 G 254 254
298 Nigeria 28192 T 254 254
299 Nigeria 28193 G 254 254
300 Nigeria 28194 C 254 254
301 Nigeria 28195 G 254 254
302 Nigeria 28196 T 254 254
303 Nigeria 28197 T 254 254
304 Nigeria 28198 G 254 254
305 Nigeria 28199 T 254 254
306 Nigeria 28200 T 254 254
307 Nigeria 28201 C 254 254
308 Nigeria 28202 G 254 254
309 Nigeria 28203 T 254 254
310 Nigeria 28204 T 254 254
311 Nigeria 28205 C 254 254
312 Nigeria 28206 T 254 254
313 Nigeria 28207 A 254 254
314 Nigeria 28208 T 254 254
315 Nigeria 28209 G T 254 253 Glu106*
316 Nigeria 28210 A 254 254
317 Nigeria 28211 A 254 254
318 Nigeria 28212 G 254 254
319 Nigeria 28213 A 254 254
320 Nigeria 28214 C 254 254
321 Nigeria 28215 T 254 254
322 Nigeria 28216 T 254 254
323 Nigeria 28217 T 254 254
324 Nigeria 28218 T 254 254
325 Nigeria 28219 T 254 254
326 Nigeria 28220 A 254 254
327 Nigeria 28221 G T 254 252 Glu110*
328 Nigeria 28222 A 254 254
329 Nigeria 28223 G 254 254
330 Nigeria 28224 T 254 254
331 Nigeria 28225 A 254 254
332 Nigeria 28226 T 254 254
333 Nigeria 28227 C 253 253
334 Nigeria 28228 A 253 253
335 Nigeria 28229 T C 253 251 His112His
336 Nigeria 28230 G 253 253
337 Nigeria 28231 A 253 253
338 Nigeria 28232 C 252 252
339 Nigeria 28233 G 252 252
340 Nigeria 28234 T 252 251
341 Nigeria 28235 T 252 251
342 Nigeria 28236 C 252 251
343 Nigeria 28237 G A 252 250 Arg115His
344 Nigeria 28238 T 252 251
345 Nigeria 28239 G 252 251
346 Nigeria 28240 T 252 251
347 Nigeria 28241 T 252 252
348 Nigeria 28242 G 252 252
349 Nigeria 28243 T 252 252
350 Nigeria 28244 T 252 252
351 Nigeria 28245 T 252 252
352 Nigeria 28246 T 252 252
353 Nigeria 28247 A 252 252
354 Nigeria 28248 G 252 252
355 Nigeria 28249 A 252 252
356 Nigeria 28250 T 252 252
357 Nigeria 28251 T G 251 249 Phe120Val
358 Nigeria 28252 T 251 251
359 Nigeria 28253 C T 251 249 Phe120Phe
360 Nigeria 28254 A G 251 248 Ile121Val
361 Nigeria 28255 T 251 251
362 Nigeria 28256 C 251 251
363 Nigeria 28257 T 251 251
364 Nigeria 28258 A 248 248
365 Nigeria 28259 A 248 248