National Institute Of Genetic Engineering and Biotechnology

P.I:Mohammad-Ali Malboobi
Here we provide last mutation observed in Nucleocapsid gene of COVID-19 prevalent in Iran.
We kindly wait your comment or coopration in tracking crona virus project.

Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  * - ? A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y
*     2                                        
-     366                                        
?                                              
A     15                               1 1 2    
C     21   1     1                              
D     22       1   1                           1
E 1   18                           1            
F     24         1                             1
G 1   15                                        
H     12             2                          
I     30               2                 1      
K 1   15       1                                
L     30         2                     1        
M     3                                        
N     6                                        
P     21                   1             1      
Q 2   18                                        
R     12               1                        
S     27         1     1   1           2        
T     15               1 1               1      
V     36                   3               1    
W     3                                        
Y     21   1                                    

Nucleotide and amino acid mutations

Here we provide list of mutation observed in Nucleocapsid at gene and protein of COVID-19.
-The position column is nucleotide position in reference genome as NC_045512.2
-The Reference column indicate reference nucleotide in NC_045512.2
-The NS column indicate number of samples that this position have been observed
-The NSR column indicate number of samples with reference nucleotide. Therefore diffrenciate related to Ns indicate number of sample with mutated nucleotide

Contoury Position Reference Alt. NSR NS AAchange
0 New_Zealand 27894 A 1106 1106
1 New_Zealand 27895 T 1106 1106
2 New_Zealand 27896 G 1106 1106
3 New_Zealand 27897 A 1106 1106
4 New_Zealand 27898 A 1106 1106
5 New_Zealand 27899 A 1106 1106
6 New_Zealand 27900 T 1106 1106
7 New_Zealand 27901 T 1106 1106
8 New_Zealand 27902 T 1106 1106
9 New_Zealand 27903 C 1106 1106
10 New_Zealand 27904 T 1106 1106
11 New_Zealand 27905 T 1106 1106
12 New_Zealand 27906 G 1106 1106
13 New_Zealand 27907 T 1106 1106
14 New_Zealand 27908 T 1106 1106
15 New_Zealand 27909 T 1106 1106
16 New_Zealand 27910 T 1106 1106
17 New_Zealand 27911 C 1106 1106
18 New_Zealand 27912 T 1106 1106
19 New_Zealand 27913 T 1106 1106
20 New_Zealand 27914 A 1106 1106
21 New_Zealand 27915 G 1106 1106
22 New_Zealand 27916 G 1106 1106
23 New_Zealand 27917 A 1106 1106
24 New_Zealand 27918 A 1106 1106
25 New_Zealand 27919 T 1106 1106
26 New_Zealand 27920 C T 1106 1104 Ile9Ile
27 New_Zealand 27921 A 1106 1106
28 New_Zealand 27922 T C 1106 1105 Ile10Thr
29 New_Zealand 27923 C 1106 1106
30 New_Zealand 27924 A 1106 1106
31 New_Zealand 27925 C A 1106 1104 Thr11Lys
32 New_Zealand 27926 A 1106 1106
33 New_Zealand 27927 A 1106 1106
34 New_Zealand 27928 C 1107 1107
35 New_Zealand 27929 T 1107 1107
36 New_Zealand 27930 G 1107 1107
37 New_Zealand 27931 T 1107 1107
38 New_Zealand 27932 A 1107 1107
39 New_Zealand 27933 G 1107 1107
40 New_Zealand 27934 C 1107 1107
41 New_Zealand 27935 T 1107 1107
42 New_Zealand 27936 G 1107 1107
43 New_Zealand 27937 C 1107 1107
44 New_Zealand 27938 A 1107 1107
45 New_Zealand 27939 T 1107 1107
46 New_Zealand 27940 T 1107 1107
47 New_Zealand 27941 T 1107 1107
48 New_Zealand 27942 C 1107 1107
49 New_Zealand 27943 A 1107 1107
50 New_Zealand 27944 C T 1107 1089 His17His
51 New_Zealand 27945 C T 1107 1106 Gln18*
52 New_Zealand 27946 A 1107 1107
53 New_Zealand 27947 A 1107 1107
54 New_Zealand 27948 G 1107 1107
55 New_Zealand 27949 A 1107 1107
56 New_Zealand 27950 A 1107 1107
57 New_Zealand 27951 T 1107 1107
58 New_Zealand 27952 G T 1107 1106 Cys20Phe
59 New_Zealand 27953 T 1107 1107
60 New_Zealand 27954 A 1107 1107
61 New_Zealand 27955 G 1107 1107
62 New_Zealand 27956 T 1107 1107
63 New_Zealand 27957 T 1107 1107
64 New_Zealand 27958 T 1107 1107
65 New_Zealand 27959 A 1107 1107
66 New_Zealand 27960 C 1107 1107
67 New_Zealand 27961 A 1107 1107
68 New_Zealand 27962 G 1107 1107
69 New_Zealand 27963 T 1107 1107
70 New_Zealand 27964 C T 1107 1079 Ser24Leu
71 New_Zealand 27965 A C 1107 1106 Ser24Ser
72 New_Zealand 27966 T 1107 1107
73 New_Zealand 27967 G 1107 1107
74 New_Zealand 27968 T 1107 1107
75 New_Zealand 27969 A 1107 1107
76 New_Zealand 27970 C T 1107 1100 Thr26Ile
77 New_Zealand 27971 T 1107 1107
78 New_Zealand 27972 C T 1107 1081 Gln27*
79 New_Zealand 27973 A 1107 1107
80 New_Zealand 27974 A 1107 1107
81 New_Zealand 27975 C 1107 1107
82 New_Zealand 27976 A 1107 1107
83 New_Zealand 27977 T 1107 1106
84 New_Zealand 27978 C 1107 1107
85 New_Zealand 27979 A 1107 1107
86 New_Zealand 27980 A 1107 1107
87 New_Zealand 27981 C 1107 1107
88 New_Zealand 27982 C 1107 1107
89 New_Zealand 27983 A 1107 1107
90 New_Zealand 27984 T 1107 1107
91 New_Zealand 27985 A 1107 1107
92 New_Zealand 27986 T 1107 1107
93 New_Zealand 27987 G 1107 1107
94 New_Zealand 27988 T 1107 1107
95 New_Zealand 27989 A 1107 1107
96 New_Zealand 27990 G 1107 1107
97 New_Zealand 27991 T 1107 1107
98 New_Zealand 27992 T 1107 1107
99 New_Zealand 27993 G 1107 1107
100 New_Zealand 27994 A 1107 1107
101 New_Zealand 27995 T 1107 1107
102 New_Zealand 27996 G 1107 1107
103 New_Zealand 27997 A 1107 1107
104 New_Zealand 27998 C 1107 1107
105 New_Zealand 27999 C 1107 1107
106 New_Zealand 28000 C 1107 1107
107 New_Zealand 28001 G 1107 1107
108 New_Zealand 28002 T 1107 1107
109 New_Zealand 28003 G 1107 1107
110 New_Zealand 28004 T 1107 1107
111 New_Zealand 28005 C 1107 1107
112 New_Zealand 28006 C 1107 1107
113 New_Zealand 28007 T 1107 1107
114 New_Zealand 28008 A 1107 1107
115 New_Zealand 28009 T 1107 1107
116 New_Zealand 28010 T A 1107 1105 Ile39Ile
117 New_Zealand 28011 C 1107 1107
118 New_Zealand 28012 A 1107 1107
119 New_Zealand 28013 C 1107 1107
120 New_Zealand 28014 T 1107 1107
121 New_Zealand 28015 T 1107 1107
122 New_Zealand 28016 C 1107 1107
123 New_Zealand 28017 T 1107 1107
124 New_Zealand 28018 A 1107 1107
125 New_Zealand 28019 T 1107 1107
126 New_Zealand 28020 T 1107 1107
127 New_Zealand 28021 C 1107 1107
128 New_Zealand 28022 T 1107 1107
129 New_Zealand 28023 A 1107 1107
130 New_Zealand 28024 A 1107 1107
131 New_Zealand 28025 A 1107 1107
132 New_Zealand 28026 T 1107 1107
133 New_Zealand 28027 G 1107 1107
134 New_Zealand 28028 G 1107 1107
135 New_Zealand 28029 T 1107 1107
136 New_Zealand 28030 A 1107 1107
137 New_Zealand 28031 T 1107 1107
138 New_Zealand 28032 A 1107 1107
139 New_Zealand 28033 T 1107 1107
140 New_Zealand 28034 T 1107 1107
141 New_Zealand 28035 A 1107 1107
142 New_Zealand 28036 G 1107 1107
143 New_Zealand 28037 A 1107 1107
144 New_Zealand 28038 G 1107 1107
145 New_Zealand 28039 T 1107 1107
146 New_Zealand 28040 A 1107 1107
147 New_Zealand 28041 G T 1107 1106 Gly50*
148 New_Zealand 28042 G 1107 1107
149 New_Zealand 28043 A 1107 1107
150 New_Zealand 28044 G 1107 1107
151 New_Zealand 28045 C 1107 1107
152 New_Zealand 28046 T 1107 1107
153 New_Zealand 28047 A 1107 1107
154 New_Zealand 28048 G T 1107 1081 Arg52Ile
155 New_Zealand 28049 A 1107 1107
156 New_Zealand 28050 A 1107 1107
157 New_Zealand 28051 A 1107 1107
158 New_Zealand 28052 A 1107 1107
159 New_Zealand 28053 T 1107 1107
160 New_Zealand 28054 C 1107 1107
161 New_Zealand 28055 A 1107 1107
162 New_Zealand 28056 G A 1107 1106 Ala55Thr
163 New_Zealand 28057 C T 1107 1106 Ala55Val
164 New_Zealand 28058 A 1107 1107
165 New_Zealand 28059 C 1107 1107
166 New_Zealand 28060 C 1107 1107
167 New_Zealand 28061 T 1107 1107
168 New_Zealand 28062 T 1107 1107
169 New_Zealand 28063 T 1107 1107
170 New_Zealand 28064 A 1107 1107
171 New_Zealand 28065 A 1107 1107
172 New_Zealand 28066 T 1107 1107
173 New_Zealand 28067 T 1107 1107
174 New_Zealand 28068 G 1107 1107
175 New_Zealand 28069 A 1107 1107
176 New_Zealand 28070 A 1107 1107
177 New_Zealand 28071 T 1107 1107
178 New_Zealand 28072 T 1107 1107
179 New_Zealand 28073 G 1107 1107
180 New_Zealand 28074 T 1107 1107
181 New_Zealand 28075 G 1107 1107
182 New_Zealand 28076 C T 1107 1106 Cys61Cys
183 New_Zealand 28077 G T,C 1107 1088 Val62Leu-p.Val62Leu
184 New_Zealand 28078 T 1107 1107
185 New_Zealand 28079 G T 1107 1105 Val62Val
186 New_Zealand 28080 G 1107 1107
187 New_Zealand 28081 A G 1107 1106 Asp63Gly
188 New_Zealand 28082 T 1107 1107
189 New_Zealand 28083 G 1107 1107
190 New_Zealand 28084 A 1107 1107
191 New_Zealand 28085 G 1107 1107
192 New_Zealand 28086 G T 1107 1106 Ala65Ser
193 New_Zealand 28087 C T 1107 1102 Ala65Val
194 New_Zealand 28088 T 1107 1107
195 New_Zealand 28089 G 1107 1107
196 New_Zealand 28090 G 1107 1107
197 New_Zealand 28091 T 1107 1107
198 New_Zealand 28092 T 1107 1107
199 New_Zealand 28093 C T 1107 1097 Ser67Phe
200 New_Zealand 28094 T 1107 1107
201 New_Zealand 28095 A T 1107 1103 Lys68*
202 New_Zealand 28096 A 1107 1107
203 New_Zealand 28097 A 1107 1107
204 New_Zealand 28098 T 1107 1107
205 New_Zealand 28099 C 1107 1107
206 New_Zealand 28100 A 1107 1107
207 New_Zealand 28101 C A 1107 1106 Pro70Thr
208 New_Zealand 28102 C T 1107 1106 Pro70Leu
209 New_Zealand 28103 C 1107 1107
210 New_Zealand 28104 A 1107 1107
211 New_Zealand 28105 T 1110 1110
212 New_Zealand 28106 T 1110 1110
213 New_Zealand 28107 C 1110 1110
214 New_Zealand 28108 A 1110 1110
215 New_Zealand 28109 G 1110 1110
216 New_Zealand 28110 T 1110 1110
217 New_Zealand 28111 A G 1110 1084 Tyr73Cys
218 New_Zealand 28112 C 1110 1110
219 New_Zealand 28113 A 1110 1110
220 New_Zealand 28114 T 1110 1110
221 New_Zealand 28115 C 1110 1110
222 New_Zealand 28116 G 1110 1110
223 New_Zealand 28117 A 1110 1110
224 New_Zealand 28118 T 1110 1110
225 New_Zealand 28119 A 1110 1110
226 New_Zealand 28120 T 1110 1110
227 New_Zealand 28121 C 1110 1110
228 New_Zealand 28122 G 1110 1110
229 New_Zealand 28123 G 1110 1110
230 New_Zealand 28124 T 1110 1110
231 New_Zealand 28125 A 1110 1110
232 New_Zealand 28126 A 1110 1110
233 New_Zealand 28127 T 1110 1110
234 New_Zealand 28128 T 1110 1110
235 New_Zealand 28129 A 1110 1110
236 New_Zealand 28130 T 1110 1110
237 New_Zealand 28131 A 1110 1110
238 New_Zealand 28132 C 1110 1110
239 New_Zealand 28133 A T 1110 1107 Thr80Thr
240 New_Zealand 28134 G 1110 1110
241 New_Zealand 28135 T 1110 1110
242 New_Zealand 28136 T 1110 1110
243 New_Zealand 28137 T 1110 1110
244 New_Zealand 28138 C 1110 1110
245 New_Zealand 28139 C T 1110 1109 Ser82Ser
246 New_Zealand 28140 T 1110 1110
247 New_Zealand 28141 G 1110 1110
248 New_Zealand 28142 T 1110 1110
249 New_Zealand 28143 T 1110 1110
250 New_Zealand 28144 T C 1110 1048 Leu84Ser
251 New_Zealand 28145 A 1110 1110
252 New_Zealand 28146 C 1107 1107
253 New_Zealand 28147 C 1107 1107
254 New_Zealand 28148 T 1107 1107
255 New_Zealand 28149 T 1107 1107
256 New_Zealand 28150 T 1107 1107
257 New_Zealand 28151 T 1107 1107
258 New_Zealand 28152 A 1107 1107
259 New_Zealand 28153 C 1107 1107
260 New_Zealand 28154 A 1107 1107
261 New_Zealand 28155 A 1107 1107
262 New_Zealand 28156 T 1106 1106
263 New_Zealand 28157 T 1106 1106
264 New_Zealand 28158 A 1105 1105
265 New_Zealand 28159 A 1105 1105
266 New_Zealand 28160 T 1105 1105
267 New_Zealand 28161 T 1105 1105
268 New_Zealand 28162 G 1104 1104
269 New_Zealand 28163 C 1103 1103
270 New_Zealand 28164 C 1102 1102
271 New_Zealand 28165 A 1102 1102
272 New_Zealand 28166 G 1102 1102
273 New_Zealand 28167 G 1102 1102
274 New_Zealand 28168 A 1102 1102
275 New_Zealand 28169 A 1102 1102
276 New_Zealand 28170 C 1102 1102
277 New_Zealand 28171 C 1102 1102
278 New_Zealand 28172 T 1102 1102
279 New_Zealand 28173 A G 1102 1101 Lys94Glu
280 New_Zealand 28174 A 1102 1102
281 New_Zealand 28175 A 1102 1102
282 New_Zealand 28176 T 1102 1102
283 New_Zealand 28177 T 1102 1102
284 New_Zealand 28178 G T 1102 1101 Leu95Phe
285 New_Zealand 28179 G 1102 1102
286 New_Zealand 28180 G 1102 1102
287 New_Zealand 28181 T 1102 1102
288 New_Zealand 28182 A 1102 1102
289 New_Zealand 28183 G T 1102 1098 Ser97Ile
290 New_Zealand 28184 T 1102 1102
291 New_Zealand 28185 C T 1102 1101 Leu98Phe
292 New_Zealand 28186 T 1102 1102
293 New_Zealand 28187 T 1102 1102
294 New_Zealand 28188 G 1102 1102
295 New_Zealand 28189 T 1102 1102
296 New_Zealand 28190 A 1102 1102
297 New_Zealand 28191 G T 1102 1101 Val100Leu
298 New_Zealand 28192 T 1102 1102
299 New_Zealand 28193 G 1102 1102
300 New_Zealand 28194 C 1102 1102
301 New_Zealand 28195 G 1102 1102
302 New_Zealand 28196 T 1102 1102
303 New_Zealand 28197 T 1102 1102
304 New_Zealand 28198 G 1102 1102
305 New_Zealand 28199 T 1102 1102
306 New_Zealand 28200 T 1099 1099
307 New_Zealand 28201 C 1099 1099
308 New_Zealand 28202 G 1099 1099
309 New_Zealand 28203 T 1099 1099
310 New_Zealand 28204 T 1099 1099
311 New_Zealand 28205 C 1099 1099
312 New_Zealand 28206 T 1099 1099
313 New_Zealand 28207 A 1099 1099
314 New_Zealand 28208 T 1099 1099
315 New_Zealand 28209 G C 1099 1098 Glu106Gln
316 New_Zealand 28210 A 1099 1099
317 New_Zealand 28211 A 1099 1099
318 New_Zealand 28212 G T 1099 1098 Asp107Tyr
319 New_Zealand 28213 A 1099 1099
320 New_Zealand 28214 C A 1099 1098 Asp107Glu
321 New_Zealand 28215 T 1099 1099
322 New_Zealand 28216 T A 1099 1098 Phe108Tyr
323 New_Zealand 28217 T 1099 1099
324 New_Zealand 28218 T 1099 1099
325 New_Zealand 28219 T 1099 1099
326 New_Zealand 28220 A 1099 1099
327 New_Zealand 28221 G T 1099 1098 Glu110*
328 New_Zealand 28222 A 1099 1099
329 New_Zealand 28223 G 1099 1099
330 New_Zealand 28224 T 1099 1099
331 New_Zealand 28225 A 1099 1099
332 New_Zealand 28226 T 1099 1099
333 New_Zealand 28227 C 1099 1099
334 New_Zealand 28228 A 1099 1099
335 New_Zealand 28229 T C 1099 1097 His112His
336 New_Zealand 28230 G 1099 1099
337 New_Zealand 28231 A 1099 1099
338 New_Zealand 28232 C 1099 1099
339 New_Zealand 28233 G 1099 1099
340 New_Zealand 28234 T 1099 1099
341 New_Zealand 28235 T 1099 1099
342 New_Zealand 28236 C 1099 1099
343 New_Zealand 28237 G 1099 1099
344 New_Zealand 28238 T 1099 1099
345 New_Zealand 28239 G 1099 1099
346 New_Zealand 28240 T 1099 1099
347 New_Zealand 28241 T 1099 1099
348 New_Zealand 28242 G 1099 1099
349 New_Zealand 28243 T 1099 1099
350 New_Zealand 28244 T 1099 1099
351 New_Zealand 28245 T 1099 1099
352 New_Zealand 28246 T 1099 1099
353 New_Zealand 28247 A 1099 1099
354 New_Zealand 28248 G 1099 1099
355 New_Zealand 28249 A 1099 1099
356 New_Zealand 28250 T 1099 1099
357 New_Zealand 28251 T 1099 1099
358 New_Zealand 28252 T 1099 1099
359 New_Zealand 28253 C T 1099 1091 Phe120Phe
360 New_Zealand 28254 A 1098 1098
361 New_Zealand 28255 T 1098 1098
362 New_Zealand 28256 C 1098 1098
363 New_Zealand 28257 T 1098 1098
364 New_Zealand 28258 A 1098 1098
365 New_Zealand 28259 A 1098 1098