National Institute Of Genetic Engineering and Biotechnology

P.I:Mohammad-Ali Malboobi
Here we provide last mutation observed in Nucleocapsid gene of COVID-19 prevalent in Iran.
We kindly wait your comment or coopration in tracking crona virus project.

Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  * - ? A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y
*     2                                        
-     366                                        
?                                              
A     15                               1        
C     21                                        
D     22                                        
E     18                                        
F     24                                        
G     15                                        
H     12                                        
I     30                                        
K     15                                        
L     30                                        
M     3                                        
N     6                                        
P     21                                        
Q     18                                        
R     12                                        
S     27                                        
T     15                                        
V     36                                        
W     3                                        
Y     21                                        

Nucleotide and amino acid mutations

Here we provide list of mutation observed in Nucleocapsid at gene and protein of COVID-19.
-The position column is nucleotide position in reference genome as NC_045512.2
-The Reference column indicate reference nucleotide in NC_045512.2
-The NS column indicate number of samples that this position have been observed
-The NSR column indicate number of samples with reference nucleotide. Therefore diffrenciate related to Ns indicate number of sample with mutated nucleotide

Contoury Position Reference Alt. NSR NS AAchange
0 Malta 27894 A 9 9
1 Malta 27895 T 9 9
2 Malta 27896 G 9 9
3 Malta 27897 A 9 9
4 Malta 27898 A 9 9
5 Malta 27899 A 9 9
6 Malta 27900 T 9 9
7 Malta 27901 T 9 9
8 Malta 27902 T 9 9
9 Malta 27903 C 9 9
10 Malta 27904 T 9 9
11 Malta 27905 T 9 9
12 Malta 27906 G 9 9
13 Malta 27907 T 9 9
14 Malta 27908 T 9 9
15 Malta 27909 T 9 9
16 Malta 27910 T 9 9
17 Malta 27911 C 9 9
18 Malta 27912 T 9 9
19 Malta 27913 T 9 9
20 Malta 27914 A 9 9
21 Malta 27915 G 9 9
22 Malta 27916 G 9 9
23 Malta 27917 A 9 9
24 Malta 27918 A 9 9
25 Malta 27919 T 9 9
26 Malta 27920 C 9 9
27 Malta 27921 A 9 9
28 Malta 27922 T 9 9
29 Malta 27923 C 9 9
30 Malta 27924 A 9 9
31 Malta 27925 C 9 9
32 Malta 27926 A 9 9
33 Malta 27927 A 9 9
34 Malta 27928 C 9 9
35 Malta 27929 T 9 9
36 Malta 27930 G 9 9
37 Malta 27931 T 9 9
38 Malta 27932 A 9 9
39 Malta 27933 G 9 9
40 Malta 27934 C 9 9
41 Malta 27935 T 9 9
42 Malta 27936 G 9 9
43 Malta 27937 C 9 9
44 Malta 27938 A 9 9
45 Malta 27939 T 9 9
46 Malta 27940 T 9 9
47 Malta 27941 T 9 9
48 Malta 27942 C 9 9
49 Malta 27943 A 9 9
50 Malta 27944 C 9 9
51 Malta 27945 C 9 9
52 Malta 27946 A 9 9
53 Malta 27947 A 9 9
54 Malta 27948 G 9 9
55 Malta 27949 A 9 9
56 Malta 27950 A 9 9
57 Malta 27951 T 9 9
58 Malta 27952 G 9 9
59 Malta 27953 T 9 9
60 Malta 27954 A 9 9
61 Malta 27955 G 9 9
62 Malta 27956 T 9 9
63 Malta 27957 T 9 9
64 Malta 27958 T 9 9
65 Malta 27959 A 9 9
66 Malta 27960 C 9 9
67 Malta 27961 A 9 9
68 Malta 27962 G 9 9
69 Malta 27963 T 9 9
70 Malta 27964 C 9 9
71 Malta 27965 A 9 9
72 Malta 27966 T 9 9
73 Malta 27967 G 9 9
74 Malta 27968 T 9 9
75 Malta 27969 A 9 9
76 Malta 27970 C 9 9
77 Malta 27971 T 9 9
78 Malta 27972 C 9 9
79 Malta 27973 A 9 9
80 Malta 27974 A 9 9
81 Malta 27975 C 9 9
82 Malta 27976 A 9 9
83 Malta 27977 T 9 9
84 Malta 27978 C 9 9
85 Malta 27979 A 9 9
86 Malta 27980 A 9 9
87 Malta 27981 C 9 9
88 Malta 27982 C 9 9
89 Malta 27983 A 9 9
90 Malta 27984 T 9 9
91 Malta 27985 A 9 9
92 Malta 27986 T 9 9
93 Malta 27987 G 9 9
94 Malta 27988 T 9 9
95 Malta 27989 A 10 10
96 Malta 27990 G 10 10
97 Malta 27991 T 10 10
98 Malta 27992 T 10 10
99 Malta 27993 G 10 10
100 Malta 27994 A 10 10
101 Malta 27995 T 10 10
102 Malta 27996 G 10 10
103 Malta 27997 A 10 10
104 Malta 27998 C 10 10
105 Malta 27999 C 10 10
106 Malta 28000 C 10 10
107 Malta 28001 G 10 10
108 Malta 28002 T 10 10
109 Malta 28003 G 10 10
110 Malta 28004 T 10 10
111 Malta 28005 C 10 10
112 Malta 28006 C 10 10
113 Malta 28007 T 10 10
114 Malta 28008 A 10 10
115 Malta 28009 T 10 10
116 Malta 28010 T 10 10
117 Malta 28011 C 10 10
118 Malta 28012 A 10 10
119 Malta 28013 C 10 10
120 Malta 28014 T 10 10
121 Malta 28015 T 10 10
122 Malta 28016 C 10 10
123 Malta 28017 T 10 10
124 Malta 28018 A 10 10
125 Malta 28019 T 10 10
126 Malta 28020 T 10 10
127 Malta 28021 C 10 10
128 Malta 28022 T 11 11
129 Malta 28023 A 11 11
130 Malta 28024 A 11 11
131 Malta 28025 A 11 11
132 Malta 28026 T 11 11
133 Malta 28027 G 11 11
134 Malta 28028 G 11 11
135 Malta 28029 T 11 11
136 Malta 28030 A 11 11
137 Malta 28031 T 11 11
138 Malta 28032 A 11 11
139 Malta 28033 T 11 11
140 Malta 28034 T 11 11
141 Malta 28035 A 11 11
142 Malta 28036 G 11 11
143 Malta 28037 A 11 11
144 Malta 28038 G 11 11
145 Malta 28039 T 11 11
146 Malta 28040 A 11 11
147 Malta 28041 G 11 11
148 Malta 28042 G 11 11
149 Malta 28043 A 11 11
150 Malta 28044 G 11 11
151 Malta 28045 C 11 11
152 Malta 28046 T 11 11
153 Malta 28047 A 11 11
154 Malta 28048 G 11 11
155 Malta 28049 A 11 11
156 Malta 28050 A 11 11
157 Malta 28051 A 11 11
158 Malta 28052 A 11 11
159 Malta 28053 T 11 11
160 Malta 28054 C 11 11
161 Malta 28055 A 11 11
162 Malta 28056 G 11 11
163 Malta 28057 C 11 11
164 Malta 28058 A 11 11
165 Malta 28059 C 11 11
166 Malta 28060 C 11 11
167 Malta 28061 T 11 11
168 Malta 28062 T 11 11
169 Malta 28063 T 11 11
170 Malta 28064 A 11 11
171 Malta 28065 A 11 11
172 Malta 28066 T 11 11
173 Malta 28067 T 11 11
174 Malta 28068 G 11 11
175 Malta 28069 A 11 11
176 Malta 28070 A 11 11
177 Malta 28071 T 11 11
178 Malta 28072 T 11 11
179 Malta 28073 G 11 11
180 Malta 28074 T 11 11
181 Malta 28075 G 11 11
182 Malta 28076 C 11 11
183 Malta 28077 G 11 11
184 Malta 28078 T 11 11
185 Malta 28079 G 11 11
186 Malta 28080 G 11 11
187 Malta 28081 A 11 10
188 Malta 28082 T 11 10
189 Malta 28083 G 11 10
190 Malta 28084 A 11 11
191 Malta 28085 G 11 11
192 Malta 28086 G T 11 10 Ala65Ser
193 Malta 28087 C 11 11
194 Malta 28088 T 11 11
195 Malta 28089 G 11 11
196 Malta 28090 G 11 11
197 Malta 28091 T 11 11
198 Malta 28092 T 11 11
199 Malta 28093 C 11 11
200 Malta 28094 T 11 11
201 Malta 28095 A 11 11
202 Malta 28096 A 11 11
203 Malta 28097 A 11 11
204 Malta 28098 T 11 11
205 Malta 28099 C 11 11
206 Malta 28100 A 11 11
207 Malta 28101 C 11 11
208 Malta 28102 C 11 11
209 Malta 28103 C 11 11
210 Malta 28104 A 11 11
211 Malta 28105 T 12 12
212 Malta 28106 T 12 12
213 Malta 28107 C 12 12
214 Malta 28108 A 12 12
215 Malta 28109 G 12 12
216 Malta 28110 T 12 12
217 Malta 28111 A 12 12
218 Malta 28112 C 12 12
219 Malta 28113 A 12 12
220 Malta 28114 T 12 12
221 Malta 28115 C 12 12
222 Malta 28116 G 12 12
223 Malta 28117 A 12 12
224 Malta 28118 T 12 12
225 Malta 28119 A 12 12
226 Malta 28120 T 12 12
227 Malta 28121 C 12 12
228 Malta 28122 G 12 12
229 Malta 28123 G 12 12
230 Malta 28124 T 12 12
231 Malta 28125 A 12 12
232 Malta 28126 A 12 12
233 Malta 28127 T 12 12
234 Malta 28128 T 12 12
235 Malta 28129 A 12 12
236 Malta 28130 T 12 12
237 Malta 28131 A 12 12
238 Malta 28132 C 12 12
239 Malta 28133 A 12 12
240 Malta 28134 G 12 12
241 Malta 28135 T 12 12
242 Malta 28136 T 12 12
243 Malta 28137 T 12 12
244 Malta 28138 C 12 12
245 Malta 28139 C 12 12
246 Malta 28140 T 12 12
247 Malta 28141 G 12 12
248 Malta 28142 T 12 12
249 Malta 28143 T 12 12
250 Malta 28144 T 12 12
251 Malta 28145 A 12 12
252 Malta 28146 C 12 12
253 Malta 28147 C 12 12
254 Malta 28148 T 12 12
255 Malta 28149 T 12 12
256 Malta 28150 T 12 12
257 Malta 28151 T 12 12
258 Malta 28152 A 12 12
259 Malta 28153 C 12 12
260 Malta 28154 A 12 12
261 Malta 28155 A 12 12
262 Malta 28156 T 12 12
263 Malta 28157 T 12 12
264 Malta 28158 A 12 12
265 Malta 28159 A 12 12
266 Malta 28160 T 12 12
267 Malta 28161 T 12 12
268 Malta 28162 G 12 12
269 Malta 28163 C 12 12
270 Malta 28164 C 12 12
271 Malta 28165 A 12 12
272 Malta 28166 G 12 12
273 Malta 28167 G 12 12
274 Malta 28168 A 12 12
275 Malta 28169 A 12 12
276 Malta 28170 C 12 12
277 Malta 28171 C 12 12
278 Malta 28172 T 12 12
279 Malta 28173 A 12 12
280 Malta 28174 A 12 12
281 Malta 28175 A 12 12
282 Malta 28176 T 12 12
283 Malta 28177 T 12 12
284 Malta 28178 G 12 12
285 Malta 28179 G 12 12
286 Malta 28180 G 12 12
287 Malta 28181 T 12 12
288 Malta 28182 A 12 12
289 Malta 28183 G 12 12
290 Malta 28184 T 12 12
291 Malta 28185 C 12 12
292 Malta 28186 T 12 12
293 Malta 28187 T 12 12
294 Malta 28188 G 12 12
295 Malta 28189 T 12 12
296 Malta 28190 A 12 12
297 Malta 28191 G 12 12
298 Malta 28192 T 12 12
299 Malta 28193 G 12 12
300 Malta 28194 C 12 12
301 Malta 28195 G 12 12
302 Malta 28196 T 12 12
303 Malta 28197 T 12 12
304 Malta 28198 G 12 12
305 Malta 28199 T 12 12
306 Malta 28200 T 12 12
307 Malta 28201 C 12 12
308 Malta 28202 G 12 12
309 Malta 28203 T 12 12
310 Malta 28204 T 12 12
311 Malta 28205 C 12 12
312 Malta 28206 T 12 12
313 Malta 28207 A 12 12
314 Malta 28208 T 12 12
315 Malta 28209 G 12 12
316 Malta 28210 A 12 12
317 Malta 28211 A 12 12
318 Malta 28212 G 12 12
319 Malta 28213 A 12 12
320 Malta 28214 C 12 12
321 Malta 28215 T 12 12
322 Malta 28216 T 12 12
323 Malta 28217 T 12 12
324 Malta 28218 T 12 12
325 Malta 28219 T 12 12
326 Malta 28220 A 12 12
327 Malta 28221 G 12 12
328 Malta 28222 A 12 12
329 Malta 28223 G 12 12
330 Malta 28224 T 12 12
331 Malta 28225 A 12 12
332 Malta 28226 T 12 12
333 Malta 28227 C 12 12
334 Malta 28228 A 12 12
335 Malta 28229 T 12 12
336 Malta 28230 G 12 12
337 Malta 28231 A 12 12
338 Malta 28232 C 12 12
339 Malta 28233 G 12 12
340 Malta 28234 T 12 12
341 Malta 28235 T 12 12
342 Malta 28236 C 12 12
343 Malta 28237 G 12 12
344 Malta 28238 T 12 12
345 Malta 28239 G 12 12
346 Malta 28240 T 12 12
347 Malta 28241 T 12 12
348 Malta 28242 G 12 12
349 Malta 28243 T 12 12
350 Malta 28244 T 12 12
351 Malta 28245 T 12 12
352 Malta 28246 T 12 12
353 Malta 28247 A 12 12
354 Malta 28248 G 12 12
355 Malta 28249 A 12 12
356 Malta 28250 T 12 12
357 Malta 28251 T 12 12
358 Malta 28252 T 12 12
359 Malta 28253 C 12 12
360 Malta 28254 A 12 12
361 Malta 28255 T 12 12
362 Malta 28256 C 12 12
363 Malta 28257 T 12 12
364 Malta 28258 A 12 12
365 Malta 28259 A 12 12