National Institute Of Genetic Engineering and Biotechnology

P.I:Mohammad-Ali Malboobi
Here we provide last mutation observed in Nucleocapsid gene of COVID-19 prevalent in Iran.
We kindly wait your comment or coopration in tracking crona virus project.

Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  * - ? A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y
*     2                                        
-     366                                        
?                                              
A     15                                        
C     21                                        
D     22                                        
E     18                                        
F     24                                        
G     15                                        
H     12                                        
I     30                                        
K     15                                        
L     30                               1        
M     3                                        
N     6                                        
P     21                                        
Q     18                                        
R     12                                        
S     27                                        
T     15                                        
V     36                                        
W     3                                        
Y     21                                        

Nucleotide and amino acid mutations

Here we provide list of mutation observed in Nucleocapsid at gene and protein of COVID-19.
-The position column is nucleotide position in reference genome as NC_045512.2
-The Reference column indicate reference nucleotide in NC_045512.2
-The NS column indicate number of samples that this position have been observed
-The NSR column indicate number of samples with reference nucleotide. Therefore diffrenciate related to Ns indicate number of sample with mutated nucleotide

Contoury Position Reference Alt. NSR NS AAchange
0 Mali 27894 A 24 24
1 Mali 27895 T 24 24
2 Mali 27896 G 24 24
3 Mali 27897 A 24 24
4 Mali 27898 A 24 24
5 Mali 27899 A 24 24
6 Mali 27900 T 24 24
7 Mali 27901 T 24 24
8 Mali 27902 T 24 24
9 Mali 27903 C 24 24
10 Mali 27904 T 24 24
11 Mali 27905 T 24 24
12 Mali 27906 G 24 24
13 Mali 27907 T 24 24
14 Mali 27908 T 24 24
15 Mali 27909 T 24 24
16 Mali 27910 T 24 24
17 Mali 27911 C 24 24
18 Mali 27912 T 24 24
19 Mali 27913 T 24 24
20 Mali 27914 A 24 24
21 Mali 27915 G 24 24
22 Mali 27916 G 24 24
23 Mali 27917 A 24 24
24 Mali 27918 A 24 24
25 Mali 27919 T 24 24
26 Mali 27920 C 24 24
27 Mali 27921 A 24 24
28 Mali 27922 T 24 24
29 Mali 27923 C 24 24
30 Mali 27924 A 24 24
31 Mali 27925 C 24 24
32 Mali 27926 A 24 24
33 Mali 27927 A 24 24
34 Mali 27928 C 24 24
35 Mali 27929 T 24 24
36 Mali 27930 G 24 24
37 Mali 27931 T 24 24
38 Mali 27932 A 24 24
39 Mali 27933 G 24 24
40 Mali 27934 C 24 24
41 Mali 27935 T 24 24
42 Mali 27936 G 24 24
43 Mali 27937 C 24 24
44 Mali 27938 A 24 24
45 Mali 27939 T 24 24
46 Mali 27940 T 24 24
47 Mali 27941 T 24 24
48 Mali 27942 C 24 24
49 Mali 27943 A 24 24
50 Mali 27944 C 24 24
51 Mali 27945 C 24 24
52 Mali 27946 A 24 24
53 Mali 27947 A 24 24
54 Mali 27948 G 24 24
55 Mali 27949 A 24 24
56 Mali 27950 A 24 24
57 Mali 27951 T 24 24
58 Mali 27952 G 24 24
59 Mali 27953 T 24 24
60 Mali 27954 A 24 24
61 Mali 27955 G 24 24
62 Mali 27956 T 24 24
63 Mali 27957 T 24 24
64 Mali 27958 T 24 24
65 Mali 27959 A 24 24
66 Mali 27960 C 24 24
67 Mali 27961 A 24 24
68 Mali 27962 G 24 24
69 Mali 27963 T 24 24
70 Mali 27964 C 24 24
71 Mali 27965 A 24 24
72 Mali 27966 T 24 24
73 Mali 27967 G 24 24
74 Mali 27968 T 24 24
75 Mali 27969 A 24 24
76 Mali 27970 C 24 24
77 Mali 27971 T 24 24
78 Mali 27972 C 24 24
79 Mali 27973 A 24 24
80 Mali 27974 A 24 24
81 Mali 27975 C 24 24
82 Mali 27976 A 24 24
83 Mali 27977 T 24 24
84 Mali 27978 C 24 24
85 Mali 27979 A 24 24
86 Mali 27980 A 24 24
87 Mali 27981 C 24 24
88 Mali 27982 C 24 24
89 Mali 27983 A 24 24
90 Mali 27984 T 24 24
91 Mali 27985 A 24 24
92 Mali 27986 T 24 24
93 Mali 27987 G 24 24
94 Mali 27988 T 24 24
95 Mali 27989 A 24 24
96 Mali 27990 G 24 24
97 Mali 27991 T 24 24
98 Mali 27992 T 24 24
99 Mali 27993 G 24 24
100 Mali 27994 A 24 24
101 Mali 27995 T 24 24
102 Mali 27996 G 24 24
103 Mali 27997 A 24 24
104 Mali 27998 C 24 24
105 Mali 27999 C 24 24
106 Mali 28000 C 24 24
107 Mali 28001 G 24 24
108 Mali 28002 T 24 24
109 Mali 28003 G 24 24
110 Mali 28004 T 24 24
111 Mali 28005 C 24 24
112 Mali 28006 C 24 24
113 Mali 28007 T 24 24
114 Mali 28008 A 24 24
115 Mali 28009 T 24 24
116 Mali 28010 T 24 24
117 Mali 28011 C 24 24
118 Mali 28012 A 24 24
119 Mali 28013 C 24 24
120 Mali 28014 T 24 24
121 Mali 28015 T 24 24
122 Mali 28016 C 24 24
123 Mali 28017 T 24 24
124 Mali 28018 A 24 24
125 Mali 28019 T 24 24
126 Mali 28020 T 24 24
127 Mali 28021 C 24 24
128 Mali 28022 T 24 24
129 Mali 28023 A 24 24
130 Mali 28024 A 24 24
131 Mali 28025 A 24 24
132 Mali 28026 T 24 24
133 Mali 28027 G 24 24
134 Mali 28028 G 24 24
135 Mali 28029 T 24 24
136 Mali 28030 A 24 24
137 Mali 28031 T 24 24
138 Mali 28032 A 24 24
139 Mali 28033 T 24 24
140 Mali 28034 T 24 24
141 Mali 28035 A 24 24
142 Mali 28036 G 24 24
143 Mali 28037 A 24 24
144 Mali 28038 G 24 24
145 Mali 28039 T 24 24
146 Mali 28040 A 24 24
147 Mali 28041 G 24 24
148 Mali 28042 G 24 24
149 Mali 28043 A 24 24
150 Mali 28044 G 24 24
151 Mali 28045 C 24 24
152 Mali 28046 T 24 24
153 Mali 28047 A 24 24
154 Mali 28048 G 24 24
155 Mali 28049 A 24 24
156 Mali 28050 A 24 24
157 Mali 28051 A 24 24
158 Mali 28052 A 24 24
159 Mali 28053 T 24 24
160 Mali 28054 C 24 24
161 Mali 28055 A 24 24
162 Mali 28056 G 24 24
163 Mali 28057 C 24 24
164 Mali 28058 A 24 24
165 Mali 28059 C 24 24
166 Mali 28060 C 24 24
167 Mali 28061 T 24 24
168 Mali 28062 T 24 24
169 Mali 28063 T 24 24
170 Mali 28064 A 24 24
171 Mali 28065 A 24 24
172 Mali 28066 T 24 24
173 Mali 28067 T 24 24
174 Mali 28068 G 24 24
175 Mali 28069 A 24 24
176 Mali 28070 A 24 24
177 Mali 28071 T 24 24
178 Mali 28072 T 24 24
179 Mali 28073 G 24 24
180 Mali 28074 T 24 24
181 Mali 28075 G 24 24
182 Mali 28076 C 24 24
183 Mali 28077 G 24 24
184 Mali 28078 T 24 24
185 Mali 28079 G 24 24
186 Mali 28080 G 24 24
187 Mali 28081 A 24 24
188 Mali 28082 T 24 24
189 Mali 28083 G 24 24
190 Mali 28084 A 24 24
191 Mali 28085 G 24 24
192 Mali 28086 G 24 24
193 Mali 28087 C 24 24
194 Mali 28088 T 24 24
195 Mali 28089 G 24 24
196 Mali 28090 G 24 24
197 Mali 28091 T 24 24
198 Mali 28092 T 24 24
199 Mali 28093 C 24 24
200 Mali 28094 T 24 24
201 Mali 28095 A 24 24
202 Mali 28096 A 24 24
203 Mali 28097 A 24 24
204 Mali 28098 T 24 24
205 Mali 28099 C 24 24
206 Mali 28100 A 24 24
207 Mali 28101 C 24 24
208 Mali 28102 C 24 24
209 Mali 28103 C 24 24
210 Mali 28104 A 24 24
211 Mali 28105 T 24 24
212 Mali 28106 T 24 24
213 Mali 28107 C 24 24
214 Mali 28108 A 24 24
215 Mali 28109 G 24 24
216 Mali 28110 T 24 24
217 Mali 28111 A 24 24
218 Mali 28112 C 24 24
219 Mali 28113 A 24 24
220 Mali 28114 T 24 24
221 Mali 28115 C 24 24
222 Mali 28116 G 24 24
223 Mali 28117 A 24 24
224 Mali 28118 T 24 24
225 Mali 28119 A 24 24
226 Mali 28120 T 24 24
227 Mali 28121 C 24 24
228 Mali 28122 G 24 24
229 Mali 28123 G 24 24
230 Mali 28124 T 24 24
231 Mali 28125 A 24 24
232 Mali 28126 A 24 24
233 Mali 28127 T 24 24
234 Mali 28128 T 24 24
235 Mali 28129 A 24 24
236 Mali 28130 T 24 24
237 Mali 28131 A 24 24
238 Mali 28132 C 24 24
239 Mali 28133 A 24 24
240 Mali 28134 G 24 24
241 Mali 28135 T 24 24
242 Mali 28136 T 24 24
243 Mali 28137 T 24 24
244 Mali 28138 C 24 24
245 Mali 28139 C 24 24
246 Mali 28140 T 24 24
247 Mali 28141 G 24 24
248 Mali 28142 T 24 24
249 Mali 28143 T 24 24
250 Mali 28144 T C 24 10 Leu84Ser
251 Mali 28145 A 24 24
252 Mali 28146 C 24 24
253 Mali 28147 C 24 24
254 Mali 28148 T 24 24
255 Mali 28149 T 24 24
256 Mali 28150 T 24 24
257 Mali 28151 T 24 24
258 Mali 28152 A 24 24
259 Mali 28153 C 24 24
260 Mali 28154 A 24 24
261 Mali 28155 A 24 24
262 Mali 28156 T 24 24
263 Mali 28157 T 24 24
264 Mali 28158 A 24 24
265 Mali 28159 A 24 24
266 Mali 28160 T 24 24
267 Mali 28161 T 24 24
268 Mali 28162 G 24 24
269 Mali 28163 C 24 24
270 Mali 28164 C 24 24
271 Mali 28165 A 24 24
272 Mali 28166 G 24 24
273 Mali 28167 G 24 24
274 Mali 28168 A 24 24
275 Mali 28169 A 24 24
276 Mali 28170 C 24 24
277 Mali 28171 C 24 24
278 Mali 28172 T 24 24
279 Mali 28173 A 24 24
280 Mali 28174 A 24 24
281 Mali 28175 A 24 24
282 Mali 28176 T 24 24
283 Mali 28177 T 24 24
284 Mali 28178 G 24 24
285 Mali 28179 G 24 24
286 Mali 28180 G 24 24
287 Mali 28181 T 24 24
288 Mali 28182 A 24 24
289 Mali 28183 G 24 24
290 Mali 28184 T 24 24
291 Mali 28185 C 24 24
292 Mali 28186 T 24 24
293 Mali 28187 T 24 24
294 Mali 28188 G 24 24
295 Mali 28189 T 24 24
296 Mali 28190 A 24 24
297 Mali 28191 G 24 24
298 Mali 28192 T 24 24
299 Mali 28193 G 24 24
300 Mali 28194 C 24 24
301 Mali 28195 G 24 24
302 Mali 28196 T 24 24
303 Mali 28197 T 24 24
304 Mali 28198 G 24 24
305 Mali 28199 T 24 24
306 Mali 28200 T 24 24
307 Mali 28201 C 24 24
308 Mali 28202 G 24 24
309 Mali 28203 T 24 24
310 Mali 28204 T 24 24
311 Mali 28205 C 24 24
312 Mali 28206 T 24 24
313 Mali 28207 A 24 24
314 Mali 28208 T 24 24
315 Mali 28209 G 24 24
316 Mali 28210 A 24 24
317 Mali 28211 A 24 24
318 Mali 28212 G 24 24
319 Mali 28213 A 24 24
320 Mali 28214 C 24 24
321 Mali 28215 T 24 24
322 Mali 28216 T 24 24
323 Mali 28217 T 24 24
324 Mali 28218 T 24 24
325 Mali 28219 T 24 24
326 Mali 28220 A 24 24
327 Mali 28221 G 24 24
328 Mali 28222 A 24 24
329 Mali 28223 G 24 24
330 Mali 28224 T 24 24
331 Mali 28225 A 24 24
332 Mali 28226 T 24 24
333 Mali 28227 C 24 24
334 Mali 28228 A 24 24
335 Mali 28229 T 24 24
336 Mali 28230 G 24 24
337 Mali 28231 A 24 24
338 Mali 28232 C 24 24
339 Mali 28233 G 24 24
340 Mali 28234 T 24 24
341 Mali 28235 T 24 24
342 Mali 28236 C 24 24
343 Mali 28237 G 24 24
344 Mali 28238 T 24 24
345 Mali 28239 G 24 24
346 Mali 28240 T 24 24
347 Mali 28241 T 24 24
348 Mali 28242 G 24 24
349 Mali 28243 T 24 24
350 Mali 28244 T 24 24
351 Mali 28245 T 24 24
352 Mali 28246 T 24 24
353 Mali 28247 A 24 24
354 Mali 28248 G 24 24
355 Mali 28249 A 24 24
356 Mali 28250 T 24 24
357 Mali 28251 T 24 24
358 Mali 28252 T 24 24
359 Mali 28253 C 24 24
360 Mali 28254 A 24 24
361 Mali 28255 T 24 24
362 Mali 28256 C 24 24
363 Mali 28257 T 24 24
364 Mali 28258 A 24 24
365 Mali 28259 A 24 24