National Institute Of Genetic Engineering and Biotechnology

P.I:Mohammad-Ali Malboobi
Here we provide last mutation observed in Nucleocapsid gene of COVID-19 prevalent in Iran.
We kindly wait your comment or coopration in tracking crona virus project.

Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  * - ? A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y
*     2                                        
-     366                                        
?                                              
A     15                               2   1    
C     21                                        
D     22           1                            
E 1   18                                        
F     24         1                              
G     15                                        
H     12             1                          
I     30                                        
K     15                                        
L     30                               1        
M     3                                        
N     6                                        
P     21                                        
Q 1   18                                        
R     12               1                        
S     27         1                     1        
T     15                                 1      
V     36                   2               1    
W     3                                        
Y     21   1                                    

Nucleotide and amino acid mutations

Here we provide list of mutation observed in Nucleocapsid at gene and protein of COVID-19.
-The position column is nucleotide position in reference genome as NC_045512.2
-The Reference column indicate reference nucleotide in NC_045512.2
-The NS column indicate number of samples that this position have been observed
-The NSR column indicate number of samples with reference nucleotide. Therefore diffrenciate related to Ns indicate number of sample with mutated nucleotide

Contoury Position Reference Alt. NSR NS AAchange
0 Malaysia 27894 A 318 318
1 Malaysia 27895 T 318 318
2 Malaysia 27896 G 318 318
3 Malaysia 27897 A 318 318
4 Malaysia 27898 A 318 318
5 Malaysia 27899 A 318 318
6 Malaysia 27900 T 318 318
7 Malaysia 27901 T 318 318
8 Malaysia 27902 T 318 318
9 Malaysia 27903 C 318 318
10 Malaysia 27904 T 318 318
11 Malaysia 27905 T 318 318
12 Malaysia 27906 G 318 318
13 Malaysia 27907 T 318 318
14 Malaysia 27908 T 318 318
15 Malaysia 27909 T 318 318
16 Malaysia 27910 T 318 318
17 Malaysia 27911 C 318 318
18 Malaysia 27912 T 318 318
19 Malaysia 27913 T 318 318
20 Malaysia 27914 A 318 318
21 Malaysia 27915 G 318 318
22 Malaysia 27916 G 318 318
23 Malaysia 27917 A 318 318
24 Malaysia 27918 A 318 318
25 Malaysia 27919 T 318 318
26 Malaysia 27920 C 318 318
27 Malaysia 27921 A 318 318
28 Malaysia 27922 T 318 318
29 Malaysia 27923 C 318 318
30 Malaysia 27924 A 318 318
31 Malaysia 27925 C 318 318
32 Malaysia 27926 A 318 318
33 Malaysia 27927 A 318 318
34 Malaysia 27928 C 318 318
35 Malaysia 27929 T 318 318
36 Malaysia 27930 G 318 318
37 Malaysia 27931 T 318 318
38 Malaysia 27932 A 318 318
39 Malaysia 27933 G T 318 316 Ala14Ser
40 Malaysia 27934 C 318 318
41 Malaysia 27935 T 318 318
42 Malaysia 27936 G 318 318
43 Malaysia 27937 C 318 318
44 Malaysia 27938 A 318 318
45 Malaysia 27939 T 318 318
46 Malaysia 27940 T 318 318
47 Malaysia 27941 T 318 318
48 Malaysia 27942 C 318 318
49 Malaysia 27943 A 318 318
50 Malaysia 27944 C T 318 317 His17His
51 Malaysia 27945 C 318 318
52 Malaysia 27946 A 318 318
53 Malaysia 27947 A 318 318
54 Malaysia 27948 G 318 318
55 Malaysia 27949 A 318 318
56 Malaysia 27950 A 318 318
57 Malaysia 27951 T 318 318
58 Malaysia 27952 G 318 318
59 Malaysia 27953 T 318 318
60 Malaysia 27954 A 318 318
61 Malaysia 27955 G 318 318
62 Malaysia 27956 T 318 318
63 Malaysia 27957 T 318 318
64 Malaysia 27958 T 318 318
65 Malaysia 27959 A 318 318
66 Malaysia 27960 C 318 318
67 Malaysia 27961 A 318 318
68 Malaysia 27962 G 318 318
69 Malaysia 27963 T 318 318
70 Malaysia 27964 C 318 318
71 Malaysia 27965 A 318 318
72 Malaysia 27966 T 318 318
73 Malaysia 27967 G 318 318
74 Malaysia 27968 T 318 318
75 Malaysia 27969 A 318 318
76 Malaysia 27970 C 318 318
77 Malaysia 27971 T 318 318
78 Malaysia 27972 C T 318 317 Gln27*
79 Malaysia 27973 A 318 318
80 Malaysia 27974 A 318 318
81 Malaysia 27975 C 318 318
82 Malaysia 27976 A 318 318
83 Malaysia 27977 T 318 318
84 Malaysia 27978 C 318 318
85 Malaysia 27979 A 318 318
86 Malaysia 27980 A 318 318
87 Malaysia 27981 C 318 318
88 Malaysia 27982 C 318 318
89 Malaysia 27983 A 318 318
90 Malaysia 27984 T 318 318
91 Malaysia 27985 A 318 318
92 Malaysia 27986 T 318 318
93 Malaysia 27987 G T 318 317 Val32Leu
94 Malaysia 27988 T 318 318
95 Malaysia 27989 A 318 318
96 Malaysia 27990 G 318 318
97 Malaysia 27991 T 318 318
98 Malaysia 27992 T 318 318
99 Malaysia 27993 G 318 318
100 Malaysia 27994 A 318 318
101 Malaysia 27995 T 318 318
102 Malaysia 27996 G 318 318
103 Malaysia 27997 A 318 318
104 Malaysia 27998 C 318 318
105 Malaysia 27999 C 318 318
106 Malaysia 28000 C 318 318
107 Malaysia 28001 G 318 318
108 Malaysia 28002 T 318 318
109 Malaysia 28003 G 318 318
110 Malaysia 28004 T 318 318
111 Malaysia 28005 C 318 318
112 Malaysia 28006 C 318 318
113 Malaysia 28007 T 318 318
114 Malaysia 28008 A 318 318
115 Malaysia 28009 T 318 318
116 Malaysia 28010 T 318 318
117 Malaysia 28011 C 318 318
118 Malaysia 28012 A 318 318
119 Malaysia 28013 C 318 318
120 Malaysia 28014 T 318 318
121 Malaysia 28015 T 318 318
122 Malaysia 28016 C 318 318
123 Malaysia 28017 T 318 318
124 Malaysia 28018 A 318 318
125 Malaysia 28019 T 318 318
126 Malaysia 28020 T 318 318
127 Malaysia 28021 C 318 318
128 Malaysia 28022 T 318 318
129 Malaysia 28023 A 318 318
130 Malaysia 28024 A 318 318
131 Malaysia 28025 A 318 318
132 Malaysia 28026 T 318 318
133 Malaysia 28027 G 318 318
134 Malaysia 28028 G 318 318
135 Malaysia 28029 T 318 318
136 Malaysia 28030 A 318 318
137 Malaysia 28031 T 318 318
138 Malaysia 28032 A 318 318
139 Malaysia 28033 T 318 318
140 Malaysia 28034 T 318 318
141 Malaysia 28035 A 318 318
142 Malaysia 28036 G 318 318
143 Malaysia 28037 A 318 318
144 Malaysia 28038 G 318 318
145 Malaysia 28039 T 318 318
146 Malaysia 28040 A T 318 316 Val49Val
147 Malaysia 28041 G 318 318
148 Malaysia 28042 G 318 318
149 Malaysia 28043 A 318 318
150 Malaysia 28044 G 318 318
151 Malaysia 28045 C T 318 316 Ala51Val
152 Malaysia 28046 T 318 318
153 Malaysia 28047 A 318 318
154 Malaysia 28048 G T 318 317 Arg52Ile
155 Malaysia 28049 A 318 318
156 Malaysia 28050 A 318 318
157 Malaysia 28051 A 318 318
158 Malaysia 28052 A 318 318
159 Malaysia 28053 T 318 318
160 Malaysia 28054 C 318 318
161 Malaysia 28055 A 318 318
162 Malaysia 28056 G 318 318
163 Malaysia 28057 C 318 318
164 Malaysia 28058 A 318 318
165 Malaysia 28059 C 318 318
166 Malaysia 28060 C 318 318
167 Malaysia 28061 T 318 318
168 Malaysia 28062 T 318 318
169 Malaysia 28063 T 318 318
170 Malaysia 28064 A 318 318
171 Malaysia 28065 A 318 318
172 Malaysia 28066 T 318 318
173 Malaysia 28067 T 318 318
174 Malaysia 28068 G 318 318
175 Malaysia 28069 A 318 318
176 Malaysia 28070 A 318 318
177 Malaysia 28071 T 318 318
178 Malaysia 28072 T 318 318
179 Malaysia 28073 G 318 318
180 Malaysia 28074 T 318 318
181 Malaysia 28075 G 318 318
182 Malaysia 28076 C 318 318
183 Malaysia 28077 G T 318 317 Val62Leu
184 Malaysia 28078 T 318 318
185 Malaysia 28079 G 318 318
186 Malaysia 28080 G 318 318
187 Malaysia 28081 A G 318 317 Asp63Gly
188 Malaysia 28082 T 318 318
189 Malaysia 28083 G 318 318
190 Malaysia 28084 A 318 318
191 Malaysia 28085 G 318 318
192 Malaysia 28086 G T 318 316 Ala65Ser
193 Malaysia 28087 C 318 318
194 Malaysia 28088 T 318 318
195 Malaysia 28089 G 318 318
196 Malaysia 28090 G 318 318
197 Malaysia 28091 T 318 318
198 Malaysia 28092 T 318 318
199 Malaysia 28093 C T 318 317 Ser67Phe
200 Malaysia 28094 T 318 318
201 Malaysia 28095 A 318 318
202 Malaysia 28096 A 318 318
203 Malaysia 28097 A 318 318
204 Malaysia 28098 T 318 318
205 Malaysia 28099 C 318 318
206 Malaysia 28100 A 318 318
207 Malaysia 28101 C 318 318
208 Malaysia 28102 C 318 318
209 Malaysia 28103 C 318 318
210 Malaysia 28104 A 318 318
211 Malaysia 28105 T 318 318
212 Malaysia 28106 T 318 318
213 Malaysia 28107 C 318 318
214 Malaysia 28108 A 318 318
215 Malaysia 28109 G 318 318
216 Malaysia 28110 T 318 318
217 Malaysia 28111 A G 318 317 Tyr73Cys
218 Malaysia 28112 C 318 318
219 Malaysia 28113 A 318 318
220 Malaysia 28114 T 318 318
221 Malaysia 28115 C 318 318
222 Malaysia 28116 G 318 318
223 Malaysia 28117 A 318 318
224 Malaysia 28118 T 318 318
225 Malaysia 28119 A 318 318
226 Malaysia 28120 T 318 318
227 Malaysia 28121 C 318 318
228 Malaysia 28122 G 318 318
229 Malaysia 28123 G 318 318
230 Malaysia 28124 T 318 318
231 Malaysia 28125 A 318 318
232 Malaysia 28126 A 318 318
233 Malaysia 28127 T 318 318
234 Malaysia 28128 T 318 318
235 Malaysia 28129 A 318 318
236 Malaysia 28130 T 318 318
237 Malaysia 28131 A 318 318
238 Malaysia 28132 C 318 318
239 Malaysia 28133 A T 317 200 Thr80Thr
240 Malaysia 28134 G 317 317
241 Malaysia 28135 T 317 317
242 Malaysia 28136 T 317 317
243 Malaysia 28137 T 317 317
244 Malaysia 28138 C 317 317
245 Malaysia 28139 C 317 317
246 Malaysia 28140 T 317 317
247 Malaysia 28141 G 317 317
248 Malaysia 28142 T 317 317
249 Malaysia 28143 T 317 317
250 Malaysia 28144 T C 317 314 Leu84Ser
251 Malaysia 28145 A 317 317
252 Malaysia 28146 C 317 317
253 Malaysia 28147 C 317 317
254 Malaysia 28148 T 317 317
255 Malaysia 28149 T 317 317
256 Malaysia 28150 T 317 317
257 Malaysia 28151 T 317 317
258 Malaysia 28152 A 317 317
259 Malaysia 28153 C 317 317
260 Malaysia 28154 A 317 317
261 Malaysia 28155 A 317 317
262 Malaysia 28156 T 317 317
263 Malaysia 28157 T 317 317
264 Malaysia 28158 A 317 317
265 Malaysia 28159 A 317 317
266 Malaysia 28160 T 317 317
267 Malaysia 28161 T 317 317
268 Malaysia 28162 G 317 317
269 Malaysia 28163 C 317 317
270 Malaysia 28164 C 317 317
271 Malaysia 28165 A 317 317
272 Malaysia 28166 G 317 317
273 Malaysia 28167 G 317 317
274 Malaysia 28168 A 317 317
275 Malaysia 28169 A 317 317
276 Malaysia 28170 C 317 317
277 Malaysia 28171 C 317 317
278 Malaysia 28172 T 317 317
279 Malaysia 28173 A 317 317
280 Malaysia 28174 A 316 316
281 Malaysia 28175 A 316 316
282 Malaysia 28176 T 316 316
283 Malaysia 28177 T 316 316
284 Malaysia 28178 G 316 316
285 Malaysia 28179 G 316 316
286 Malaysia 28180 G 316 316
287 Malaysia 28181 T 316 316
288 Malaysia 28182 A 316 316
289 Malaysia 28183 G 316 316
290 Malaysia 28184 T 316 316
291 Malaysia 28185 C 316 316
292 Malaysia 28186 T 316 316
293 Malaysia 28187 T 316 316
294 Malaysia 28188 G 316 316
295 Malaysia 28189 T 316 316
296 Malaysia 28190 A 316 316
297 Malaysia 28191 G 316 316
298 Malaysia 28192 T 316 316
299 Malaysia 28193 G 316 316
300 Malaysia 28194 C 316 316
301 Malaysia 28195 G 316 316
302 Malaysia 28196 T 316 316
303 Malaysia 28197 T 316 316
304 Malaysia 28198 G 316 316
305 Malaysia 28199 T 316 316
306 Malaysia 28200 T 316 316
307 Malaysia 28201 C 316 316
308 Malaysia 28202 G A 316 315 Ser103Ser
309 Malaysia 28203 T 316 316
310 Malaysia 28204 T 316 316
311 Malaysia 28205 C 316 316
312 Malaysia 28206 T 316 316
313 Malaysia 28207 A 316 316
314 Malaysia 28208 T 316 316
315 Malaysia 28209 G 316 316
316 Malaysia 28210 A 316 316
317 Malaysia 28211 A 316 316
318 Malaysia 28212 G 316 316
319 Malaysia 28213 A 316 316
320 Malaysia 28214 C 316 316
321 Malaysia 28215 T 316 316
322 Malaysia 28216 T 316 316
323 Malaysia 28217 T 316 316
324 Malaysia 28218 T 316 316
325 Malaysia 28219 T 316 316
326 Malaysia 28220 A 316 316
327 Malaysia 28221 G T 316 314 Glu110*
328 Malaysia 28222 A 316 316
329 Malaysia 28223 G 316 316
330 Malaysia 28224 T 316 316
331 Malaysia 28225 A 316 316
332 Malaysia 28226 T 316 316
333 Malaysia 28227 C 316 316
334 Malaysia 28228 A 316 316
335 Malaysia 28229 T 316 316
336 Malaysia 28230 G 316 316
337 Malaysia 28231 A 316 316
338 Malaysia 28232 C 316 316
339 Malaysia 28233 G 316 316
340 Malaysia 28234 T 316 316
341 Malaysia 28235 T 316 316
342 Malaysia 28236 C 316 316
343 Malaysia 28237 G 316 316
344 Malaysia 28238 T 316 316
345 Malaysia 28239 G 316 316
346 Malaysia 28240 T 316 316
347 Malaysia 28241 T 316 316
348 Malaysia 28242 G 316 316
349 Malaysia 28243 T 316 316
350 Malaysia 28244 T 316 316
351 Malaysia 28245 T 316 316
352 Malaysia 28246 T 316 316
353 Malaysia 28247 A 316 316
354 Malaysia 28248 G 316 316
355 Malaysia 28249 A 316 316
356 Malaysia 28250 T 316 316
357 Malaysia 28251 T 316 316
358 Malaysia 28252 T 316 316
359 Malaysia 28253 C T 316 315 Phe120Phe
360 Malaysia 28254 A 316 316
361 Malaysia 28255 T 316 316
362 Malaysia 28256 C 316 316
363 Malaysia 28257 T 316 316
364 Malaysia 28258 A 316 316
365 Malaysia 28259 A 316 316