National Institute Of Genetic Engineering and Biotechnology

P.I:Mohammad-Ali Malboobi
Here we provide last mutation observed in Nucleocapsid gene of COVID-19 prevalent in Iran.
We kindly wait your comment or coopration in tracking crona virus project.
Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  * - ? A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y
*     2                                        
-     366                                        
?                                              
A     15                                        
C     21                                        
D     22                                        
E     18                                        
F     24                                        
G     15                                        
H     12                                        
I     30                                        
K     15                                        
L     30                                        
M     3                                        
N     6                                        
P     21                                        
Q     18                                        
R     12                                        
S     27                                        
T     15                                        
V     36                                        
W     3                                        
Y     21                                        

Nucleotide and amino acid mutations

Here we provide list of mutation observed in Nucleocapsid at gene and protein of COVID-19.
-The position column is nucleotide position in reference genome as NC_045512.2
-The Reference column indicate reference nucleotide in NC_045512.2
-The NS column indicate number of samples that this position have been observed
-The NSR column indicate number of samples with reference nucleotide. Therefore diffrenciate related to Ns indicate number of sample with mutated nucleotide
Contoury Position Reference Alt. NSR NS AAchange
0 Madagascar 27894 A 6 6
1 Madagascar 27895 T 6 6
2 Madagascar 27896 G 6 6
3 Madagascar 27897 A 6 6
4 Madagascar 27898 A 6 6
5 Madagascar 27899 A 6 6
6 Madagascar 27900 T 6 6
7 Madagascar 27901 T 6 6
8 Madagascar 27902 T 6 6
9 Madagascar 27903 C 6 6
10 Madagascar 27904 T 6 6
11 Madagascar 27905 T 6 6
12 Madagascar 27906 G 6 6
13 Madagascar 27907 T 6 6
14 Madagascar 27908 T 6 6
15 Madagascar 27909 T 6 6
16 Madagascar 27910 T 6 6
17 Madagascar 27911 C 6 6
18 Madagascar 27912 T 6 6
19 Madagascar 27913 T 6 6
20 Madagascar 27914 A 6 6
21 Madagascar 27915 G 6 6
22 Madagascar 27916 G 6 6
23 Madagascar 27917 A 6 6
24 Madagascar 27918 A 6 6
25 Madagascar 27919 T 6 6
26 Madagascar 27920 C 6 6
27 Madagascar 27921 A 6 6
28 Madagascar 27922 T 6 6
29 Madagascar 27923 C 6 6
30 Madagascar 27924 A 6 6
31 Madagascar 27925 C 6 6
32 Madagascar 27926 A 6 6
33 Madagascar 27927 A 6 6
34 Madagascar 27928 C 6 6
35 Madagascar 27929 T 6 6
36 Madagascar 27930 G 6 6
37 Madagascar 27931 T 6 6
38 Madagascar 27932 A 6 6
39 Madagascar 27933 G 6 6
40 Madagascar 27934 C 6 6
41 Madagascar 27935 T 6 6
42 Madagascar 27936 G 6 6
43 Madagascar 27937 C 6 6
44 Madagascar 27938 A 6 6
45 Madagascar 27939 T 6 6
46 Madagascar 27940 T 6 6
47 Madagascar 27941 T 6 6
48 Madagascar 27942 C 6 6
49 Madagascar 27943 A 6 6
50 Madagascar 27944 C 6 6
51 Madagascar 27945 C 6 6
52 Madagascar 27946 A 6 6
53 Madagascar 27947 A 6 6
54 Madagascar 27948 G 6 6
55 Madagascar 27949 A 6 6
56 Madagascar 27950 A 6 6
57 Madagascar 27951 T 6 6
58 Madagascar 27952 G 6 6
59 Madagascar 27953 T 6 6
60 Madagascar 27954 A 6 6
61 Madagascar 27955 G 6 6
62 Madagascar 27956 T 6 6
63 Madagascar 27957 T 6 6
64 Madagascar 27958 T 6 6
65 Madagascar 27959 A 6 6
66 Madagascar 27960 C 6 6
67 Madagascar 27961 A 6 6
68 Madagascar 27962 G 6 6
69 Madagascar 27963 T 6 6
70 Madagascar 27964 C 6 6
71 Madagascar 27965 A 6 6
72 Madagascar 27966 T 6 6
73 Madagascar 27967 G 6 6
74 Madagascar 27968 T 6 6
75 Madagascar 27969 A 6 6
76 Madagascar 27970 C 6 6
77 Madagascar 27971 T 6 6
78 Madagascar 27972 C 6 6
79 Madagascar 27973 A 6 6
80 Madagascar 27974 A 6 6
81 Madagascar 27975 C 6 6
82 Madagascar 27976 A 6 6
83 Madagascar 27977 T 6 6
84 Madagascar 27978 C 6 6
85 Madagascar 27979 A 6 6
86 Madagascar 27980 A 6 6
87 Madagascar 27981 C 6 6
88 Madagascar 27982 C 6 6
89 Madagascar 27983 A 6 6
90 Madagascar 27984 T 6 6
91 Madagascar 27985 A 6 6
92 Madagascar 27986 T 6 6
93 Madagascar 27987 G 6 6
94 Madagascar 27988 T 6 6
95 Madagascar 27989 A 6 6
96 Madagascar 27990 G 6 6
97 Madagascar 27991 T 6 6
98 Madagascar 27992 T 6 6
99 Madagascar 27993 G 6 6
100 Madagascar 27994 A 6 6
101 Madagascar 27995 T 6 6
102 Madagascar 27996 G 6 6
103 Madagascar 27997 A 6 6
104 Madagascar 27998 C 6 6
105 Madagascar 27999 C 6 6
106 Madagascar 28000 C 6 6
107 Madagascar 28001 G 6 6
108 Madagascar 28002 T 6 6
109 Madagascar 28003 G 6 6
110 Madagascar 28004 T 6 6
111 Madagascar 28005 C 6 6
112 Madagascar 28006 C 6 6
113 Madagascar 28007 T 6 6
114 Madagascar 28008 A 6 6
115 Madagascar 28009 T 6 6
116 Madagascar 28010 T 6 6
117 Madagascar 28011 C 6 6
118 Madagascar 28012 A 6 6
119 Madagascar 28013 C 6 6
120 Madagascar 28014 T 6 6
121 Madagascar 28015 T 6 6
122 Madagascar 28016 C 6 6
123 Madagascar 28017 T 6 6
124 Madagascar 28018 A 6 6
125 Madagascar 28019 T 6 6
126 Madagascar 28020 T 6 6
127 Madagascar 28021 C 6 6
128 Madagascar 28022 T 6 6
129 Madagascar 28023 A 6 6
130 Madagascar 28024 A 6 6
131 Madagascar 28025 A 6 6
132 Madagascar 28026 T 6 6
133 Madagascar 28027 G 6 6
134 Madagascar 28028 G 6 6
135 Madagascar 28029 T 6 6
136 Madagascar 28030 A 6 6
137 Madagascar 28031 T 6 6
138 Madagascar 28032 A 6 6
139 Madagascar 28033 T 6 6
140 Madagascar 28034 T 6 6
141 Madagascar 28035 A 6 6
142 Madagascar 28036 G 6 6
143 Madagascar 28037 A 6 6
144 Madagascar 28038 G 6 6
145 Madagascar 28039 T 6 6
146 Madagascar 28040 A 6 6
147 Madagascar 28041 G 6 6
148 Madagascar 28042 G 6 6
149 Madagascar 28043 A 6 6
150 Madagascar 28044 G 6 6
151 Madagascar 28045 C 6 6
152 Madagascar 28046 T 6 6
153 Madagascar 28047 A 6 6
154 Madagascar 28048 G 6 6
155 Madagascar 28049 A 6 6
156 Madagascar 28050 A 6 6
157 Madagascar 28051 A 6 6
158 Madagascar 28052 A 6 6
159 Madagascar 28053 T 6 6
160 Madagascar 28054 C 6 6
161 Madagascar 28055 A 6 6
162 Madagascar 28056 G 6 6
163 Madagascar 28057 C 6 6
164 Madagascar 28058 A 6 6
165 Madagascar 28059 C 6 6
166 Madagascar 28060 C 6 6
167 Madagascar 28061 T 6 6
168 Madagascar 28062 T 6 6
169 Madagascar 28063 T 6 6
170 Madagascar 28064 A 6 6
171 Madagascar 28065 A 6 6
172 Madagascar 28066 T 6 6
173 Madagascar 28067 T 6 6
174 Madagascar 28068 G 6 6
175 Madagascar 28069 A 6 6
176 Madagascar 28070 A 6 6
177 Madagascar 28071 T 6 6
178 Madagascar 28072 T 6 6
179 Madagascar 28073 G 6 6
180 Madagascar 28074 T 6 6
181 Madagascar 28075 G 6 6
182 Madagascar 28076 C 6 6
183 Madagascar 28077 G 6 6
184 Madagascar 28078 T 6 6
185 Madagascar 28079 G 6 6
186 Madagascar 28080 G 6 6
187 Madagascar 28081 A 6 6
188 Madagascar 28082 T 6 6
189 Madagascar 28083 G 6 6
190 Madagascar 28084 A 6 6
191 Madagascar 28085 G 6 6
192 Madagascar 28086 G 6 6
193 Madagascar 28087 C 6 6
194 Madagascar 28088 T 6 6
195 Madagascar 28089 G 6 6
196 Madagascar 28090 G 6 6
197 Madagascar 28091 T 6 6
198 Madagascar 28092 T 6 6
199 Madagascar 28093 C 6 6
200 Madagascar 28094 T 6 6
201 Madagascar 28095 A 6 6
202 Madagascar 28096 A 6 6
203 Madagascar 28097 A 6 6
204 Madagascar 28098 T 6 6
205 Madagascar 28099 C 6 6
206 Madagascar 28100 A 6 6
207 Madagascar 28101 C 6 6
208 Madagascar 28102 C 6 6
209 Madagascar 28103 C 6 6
210 Madagascar 28104 A 6 6
211 Madagascar 28105 T 6 6
212 Madagascar 28106 T 6 6
213 Madagascar 28107 C 6 6
214 Madagascar 28108 A 6 6
215 Madagascar 28109 G 6 6
216 Madagascar 28110 T 6 6
217 Madagascar 28111 A 6 6
218 Madagascar 28112 C 6 6
219 Madagascar 28113 A 6 6
220 Madagascar 28114 T 6 6
221 Madagascar 28115 C 6 6
222 Madagascar 28116 G 6 6
223 Madagascar 28117 A 6 6
224 Madagascar 28118 T 6 6
225 Madagascar 28119 A 6 6
226 Madagascar 28120 T 6 6
227 Madagascar 28121 C 6 6
228 Madagascar 28122 G 6 6
229 Madagascar 28123 G 6 6
230 Madagascar 28124 T 6 6
231 Madagascar 28125 A 6 6
232 Madagascar 28126 A 6 6
233 Madagascar 28127 T 6 6
234 Madagascar 28128 T 6 6
235 Madagascar 28129 A 6 6
236 Madagascar 28130 T 6 6
237 Madagascar 28131 A 6 6
238 Madagascar 28132 C 6 6
239 Madagascar 28133 A 6 6
240 Madagascar 28134 G 6 6
241 Madagascar 28135 T 6 6
242 Madagascar 28136 T 6 6
243 Madagascar 28137 T 6 6
244 Madagascar 28138 C 6 6
245 Madagascar 28139 C 6 6
246 Madagascar 28140 T 6 6
247 Madagascar 28141 G 6 6
248 Madagascar 28142 T 6 6
249 Madagascar 28143 T 6 6
250 Madagascar 28144 T 6 6
251 Madagascar 28145 A 6 6
252 Madagascar 28146 C 6 6
253 Madagascar 28147 C 6 6
254 Madagascar 28148 T 6 6
255 Madagascar 28149 T 6 6
256 Madagascar 28150 T 6 6
257 Madagascar 28151 T 6 6
258 Madagascar 28152 A 6 6
259 Madagascar 28153 C 6 6
260 Madagascar 28154 A 6 6
261 Madagascar 28155 A 6 6
262 Madagascar 28156 T 6 6
263 Madagascar 28157 T 6 6
264 Madagascar 28158 A 6 6
265 Madagascar 28159 A 6 6
266 Madagascar 28160 T 6 6
267 Madagascar 28161 T 6 6
268 Madagascar 28162 G 6 6
269 Madagascar 28163 C 6 6
270 Madagascar 28164 C 6 6
271 Madagascar 28165 A 6 6
272 Madagascar 28166 G 6 6
273 Madagascar 28167 G 6 6
274 Madagascar 28168 A 6 6
275 Madagascar 28169 A 6 6
276 Madagascar 28170 C 6 6
277 Madagascar 28171 C 6 6
278 Madagascar 28172 T 6 6
279 Madagascar 28173 A 6 6
280 Madagascar 28174 A 6 6
281 Madagascar 28175 A 6 6
282 Madagascar 28176 T 6 6
283 Madagascar 28177 T 6 6
284 Madagascar 28178 G 6 6
285 Madagascar 28179 G 6 6
286 Madagascar 28180 G 6 6
287 Madagascar 28181 T 6 6
288 Madagascar 28182 A 6 6
289 Madagascar 28183 G 6 6
290 Madagascar 28184 T 6 6
291 Madagascar 28185 C 6 6
292 Madagascar 28186 T 6 6
293 Madagascar 28187 T 6 6
294 Madagascar 28188 G 6 6
295 Madagascar 28189 T 6 6
296 Madagascar 28190 A 6 6
297 Madagascar 28191 G 6 6
298 Madagascar 28192 T 6 6
299 Madagascar 28193 G 6 6
300 Madagascar 28194 C 6 6
301 Madagascar 28195 G 6 6
302 Madagascar 28196 T 6 6
303 Madagascar 28197 T 6 6
304 Madagascar 28198 G 6 6
305 Madagascar 28199 T 6 6
306 Madagascar 28200 T 6 6
307 Madagascar 28201 C 6 6
308 Madagascar 28202 G 6 6
309 Madagascar 28203 T 6 6
310 Madagascar 28204 T 6 6
311 Madagascar 28205 C 6 6
312 Madagascar 28206 T 6 6
313 Madagascar 28207 A 6 6
314 Madagascar 28208 T 6 6
315 Madagascar 28209 G 6 6
316 Madagascar 28210 A 6 6
317 Madagascar 28211 A 6 6
318 Madagascar 28212 G 6 6
319 Madagascar 28213 A 6 6
320 Madagascar 28214 C 6 6
321 Madagascar 28215 T 6 6
322 Madagascar 28216 T 6 6
323 Madagascar 28217 T 6 6
324 Madagascar 28218 T 6 6
325 Madagascar 28219 T 6 6
326 Madagascar 28220 A 6 6
327 Madagascar 28221 G 6 6
328 Madagascar 28222 A 6 6
329 Madagascar 28223 G 6 6
330 Madagascar 28224 T 6 6
331 Madagascar 28225 A 6 6
332 Madagascar 28226 T 6 6
333 Madagascar 28227 C 6 6
334 Madagascar 28228 A 6 6
335 Madagascar 28229 T 6 6
336 Madagascar 28230 G 6 6
337 Madagascar 28231 A 6 6
338 Madagascar 28232 C 6 6
339 Madagascar 28233 G 6 6
340 Madagascar 28234 T 6 6
341 Madagascar 28235 T 6 6
342 Madagascar 28236 C 6 6
343 Madagascar 28237 G 6 6
344 Madagascar 28238 T 6 6
345 Madagascar 28239 G 6 6
346 Madagascar 28240 T 6 6
347 Madagascar 28241 T 6 6
348 Madagascar 28242 G 6 6
349 Madagascar 28243 T 6 6
350 Madagascar 28244 T 6 6
351 Madagascar 28245 T 6 6
352 Madagascar 28246 T 6 6
353 Madagascar 28247 A 6 6
354 Madagascar 28248 G 6 6
355 Madagascar 28249 A 6 6
356 Madagascar 28250 T 6 6
357 Madagascar 28251 T 6 6
358 Madagascar 28252 T 6 6
359 Madagascar 28253 C 6 6
360 Madagascar 28254 A 6 6
361 Madagascar 28255 T 6 6
362 Madagascar 28256 C 6 6
363 Madagascar 28257 T 6 6
364 Madagascar 28258 A 6 6
365 Madagascar 28259 A 6 6