National Institute Of Genetic Engineering and Biotechnology

P.I:Mohammad-Ali Malboobi
Here we provide last mutation observed in Nucleocapsid gene of COVID-19 prevalent in Iran.
We kindly wait your comment or coopration in tracking crona virus project.

Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  * - ? A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y
*     2                                        
-     366                                        
?                                              
A     15                               1   1    
C     21   1                                    
D     22     2     1                            
E 3   18       1                                
F     24         1                         1    
G     15   2                         1          
H     12             1                         1
I     30               1                 2 2    
K 1   15                                        
L     30         1         1           2   1    
M     3                                        
N     6                                        
P     21 1                 1     1     1        
Q 3   18             3               1          
R     12               1                        
S     27         1         1     1              
T     15                       1         1      
V     36         1         3               1    
W     3                                        
Y     21   1                                    

Nucleotide and amino acid mutations

Here we provide list of mutation observed in Nucleocapsid at gene and protein of COVID-19.
-The position column is nucleotide position in reference genome as NC_045512.2
-The Reference column indicate reference nucleotide in NC_045512.2
-The NS column indicate number of samples that this position have been observed
-The NSR column indicate number of samples with reference nucleotide. Therefore diffrenciate related to Ns indicate number of sample with mutated nucleotide

Contoury Position Reference Alt. NSR NS AAchange
0 Luxembourg 27894 A 2322 2322
1 Luxembourg 27895 T 2322 2322
2 Luxembourg 27896 G 2322 2322
3 Luxembourg 27897 A 2322 2322
4 Luxembourg 27898 A 2322 2322
5 Luxembourg 27899 A 2322 2322
6 Luxembourg 27900 T 2322 2322
7 Luxembourg 27901 T 2322 2322
8 Luxembourg 27902 T 2322 2322
9 Luxembourg 27903 C 2322 2322
10 Luxembourg 27904 T 2322 2322
11 Luxembourg 27905 T 2322 2322
12 Luxembourg 27906 G 2322 2322
13 Luxembourg 27907 T 2322 2322
14 Luxembourg 27908 T 2322 2322
15 Luxembourg 27909 T 2322 2322
16 Luxembourg 27910 T 2322 2322
17 Luxembourg 27911 C 2322 2322
18 Luxembourg 27912 T 2322 2322
19 Luxembourg 27913 T C 2322 2320 Leu7Ser
20 Luxembourg 27914 A 2322 2322
21 Luxembourg 27915 G 2322 2322
22 Luxembourg 27916 G 2322 2322
23 Luxembourg 27917 A 2322 2322
24 Luxembourg 27918 A 2322 2322
25 Luxembourg 27919 T 2322 2322
26 Luxembourg 27920 C 2322 2322
27 Luxembourg 27921 A 2322 2322
28 Luxembourg 27922 T C 2322 2280 Ile10Thr
29 Luxembourg 27923 C T 2322 2321 Ile10Ile
30 Luxembourg 27924 A 2322 2322
31 Luxembourg 27925 C 2322 2322
32 Luxembourg 27926 A 2322 2322
33 Luxembourg 27927 A 2322 2322
34 Luxembourg 27928 C 2322 2322
35 Luxembourg 27929 T 2322 2322
36 Luxembourg 27930 G 2322 2322
37 Luxembourg 27931 T 2322 2322
38 Luxembourg 27932 A 2322 2322
39 Luxembourg 27933 G 2322 2322
40 Luxembourg 27934 C 2322 2322
41 Luxembourg 27935 T 2322 2322
42 Luxembourg 27936 G 2322 2322
43 Luxembourg 27937 C 2322 2322
44 Luxembourg 27938 A 2322 2322
45 Luxembourg 27939 T 2322 2322
46 Luxembourg 27940 T 2322 2322
47 Luxembourg 27941 T 2322 2322
48 Luxembourg 27942 C T 2322 2318 His17Tyr
49 Luxembourg 27943 A 2322 2322
50 Luxembourg 27944 C T 2322 2009 His17His
51 Luxembourg 27945 C T 2322 2250 Gln18*
52 Luxembourg 27946 A 2322 2322
53 Luxembourg 27947 A 2322 2322
54 Luxembourg 27948 G 2322 2322
55 Luxembourg 27949 A 2322 2322
56 Luxembourg 27950 A 2322 2322
57 Luxembourg 27951 T 2322 2322
58 Luxembourg 27952 G 2322 2322
59 Luxembourg 27953 T 2322 2322
60 Luxembourg 27954 A 2322 2322
61 Luxembourg 27955 G 2322 2322
62 Luxembourg 27956 T 2322 2322
63 Luxembourg 27957 T 2322 2322
64 Luxembourg 27958 T 2322 2322
65 Luxembourg 27959 A 2322 2322
66 Luxembourg 27960 C 2322 2322
67 Luxembourg 27961 A 2322 2322
68 Luxembourg 27962 G T 2322 2321 Gln23His
69 Luxembourg 27963 T 2322 2322
70 Luxembourg 27964 C T 2322 2321 Ser24Leu
71 Luxembourg 27965 A 2322 2322
72 Luxembourg 27966 T 2322 2322
73 Luxembourg 27967 G 2322 2322
74 Luxembourg 27968 T 2322 2322
75 Luxembourg 27969 A 2322 2322
76 Luxembourg 27970 C A 2322 2276 Thr26Asn
77 Luxembourg 27971 T 2322 2322
78 Luxembourg 27972 C T 2322 2314 Gln27*
79 Luxembourg 27973 A G 2322 2320 Gln27Arg
80 Luxembourg 27974 A 2322 2322
81 Luxembourg 27975 C 2322 2322
82 Luxembourg 27976 A 2322 2322
83 Luxembourg 27977 T 2322 2322
84 Luxembourg 27978 C 2322 2322
85 Luxembourg 27979 A 2322 2322
86 Luxembourg 27980 A 2322 2322
87 Luxembourg 27981 C 2322 2322
88 Luxembourg 27982 C 2322 2322
89 Luxembourg 27983 A 2322 2322
90 Luxembourg 27984 T 2322 2322
91 Luxembourg 27985 A 2322 2322
92 Luxembourg 27986 T 2322 2322
93 Luxembourg 27987 G T 2322 2321 Val32Leu
94 Luxembourg 27988 T 2322 2322
95 Luxembourg 27989 A 2322 2322
96 Luxembourg 27990 G 2322 2322
97 Luxembourg 27991 T 2322 2322
98 Luxembourg 27992 T 2322 2322
99 Luxembourg 27993 G 2322 2322
100 Luxembourg 27994 A 2322 2322
101 Luxembourg 27995 T 2322 2322
102 Luxembourg 27996 G 2322 2322
103 Luxembourg 27997 A 2322 2322
104 Luxembourg 27998 C T 2322 2318 Asp35Asp
105 Luxembourg 27999 C 2322 2322
106 Luxembourg 28000 C 2322 2322
107 Luxembourg 28001 G A 2322 2319 Pro36Pro
108 Luxembourg 28002 T 2322 2322
109 Luxembourg 28003 G 2322 2322
110 Luxembourg 28004 T C 2322 2316 Cys37Cys
111 Luxembourg 28005 C G,T 2322 2313 Pro38Ala-p.Pro38Ser
112 Luxembourg 28006 C T 2322 2316 Pro38Leu
113 Luxembourg 28007 T 2322 2322
114 Luxembourg 28008 A G 2322 2316 Ile39Val
115 Luxembourg 28009 T 2322 2322
116 Luxembourg 28010 T 2322 2322
117 Luxembourg 28011 C 2322 2322
118 Luxembourg 28012 A 2322 2322
119 Luxembourg 28013 C 2322 2322
120 Luxembourg 28014 T G 2322 2321 Phe41Val
121 Luxembourg 28015 T 2322 2322
122 Luxembourg 28016 C 2322 2322
123 Luxembourg 28017 T 2322 2322
124 Luxembourg 28018 A 2322 2322
125 Luxembourg 28019 T 2322 2322
126 Luxembourg 28020 T C 2322 2319 Ser43Pro
127 Luxembourg 28021 C 2322 2322
128 Luxembourg 28022 T 2322 2322
129 Luxembourg 28023 A 2322 2322
130 Luxembourg 28024 A 2322 2322
131 Luxembourg 28025 A 2322 2322
132 Luxembourg 28026 T 2322 2322
133 Luxembourg 28027 G 2322 2322
134 Luxembourg 28028 G 2322 2322
135 Luxembourg 28029 T 2322 2322
136 Luxembourg 28030 A 2322 2322
137 Luxembourg 28031 T 2322 2322
138 Luxembourg 28032 A 2322 2322
139 Luxembourg 28033 T 2322 2322
140 Luxembourg 28034 T 2322 2322
141 Luxembourg 28035 A 2322 2322
142 Luxembourg 28036 G 2321 2321
143 Luxembourg 28037 A 2321 2321
144 Luxembourg 28038 G 2321 2321
145 Luxembourg 28039 T 2321 2321
146 Luxembourg 28040 A 2318 2318
147 Luxembourg 28041 G A 2318 2317 Gly50Arg
148 Luxembourg 28042 G 2318 2318
149 Luxembourg 28043 A 2318 2318
150 Luxembourg 28044 G 2317 2317
151 Luxembourg 28045 C T 2317 2195 Ala51Val
152 Luxembourg 28046 T 2317 2317
153 Luxembourg 28047 A 2317 2317
154 Luxembourg 28048 G T 2317 2313 Arg52Ile
155 Luxembourg 28049 A 2317 2317
156 Luxembourg 28050 A 2317 2317
157 Luxembourg 28051 A 2317 2317
158 Luxembourg 28052 A 2317 2317
159 Luxembourg 28053 T 2317 2317
160 Luxembourg 28054 C 2317 2317
161 Luxembourg 28055 A 2317 2317
162 Luxembourg 28056 G 2317 2317
163 Luxembourg 28057 C 2317 2317
164 Luxembourg 28058 A 2317 2317
165 Luxembourg 28059 C 2317 2317
166 Luxembourg 28060 C 2317 2317
167 Luxembourg 28061 T 2317 2317
168 Luxembourg 28062 T 2317 2317
169 Luxembourg 28063 T 2317 2317
170 Luxembourg 28064 A 2317 2317
171 Luxembourg 28065 A 2317 2317
172 Luxembourg 28066 T 2317 2317
173 Luxembourg 28067 T 2317 2317
174 Luxembourg 28068 G T 2317 2316 Glu59*
175 Luxembourg 28069 A 2317 2317
176 Luxembourg 28070 A 2317 2317
177 Luxembourg 28071 T 2317 2317
178 Luxembourg 28072 T 2317 2317
179 Luxembourg 28073 G 2317 2317
180 Luxembourg 28074 T 2314 2314
181 Luxembourg 28075 G 2314 2314
182 Luxembourg 28076 C 2314 2314
183 Luxembourg 28077 G T 2314 2312 Val62Leu
184 Luxembourg 28078 T 2314 2314
185 Luxembourg 28079 G T 2314 2300 Val62Val
186 Luxembourg 28080 G 2314 2314
187 Luxembourg 28081 A 2314 2314
188 Luxembourg 28082 T 2314 2314
189 Luxembourg 28083 G 2314 2314
190 Luxembourg 28084 A 2314 2314
191 Luxembourg 28085 G 2314 2314
192 Luxembourg 28086 G T 2314 2304 Ala65Ser
193 Luxembourg 28087 C 2314 2314
194 Luxembourg 28088 T 2313 2313
195 Luxembourg 28089 G 2313 2313
196 Luxembourg 28090 G 2313 2313
197 Luxembourg 28091 T 2313 2313
198 Luxembourg 28092 T 2313 2313
199 Luxembourg 28093 C T 2313 2309 Ser67Phe
200 Luxembourg 28094 T 2313 2313
201 Luxembourg 28095 A T 2313 2312 Lys68*
202 Luxembourg 28096 A 2313 2313
203 Luxembourg 28097 A 2313 2313
204 Luxembourg 28098 T 2313 2313
205 Luxembourg 28099 C 2313 2313
206 Luxembourg 28100 A 2313 2313
207 Luxembourg 28101 C 2313 2313
208 Luxembourg 28102 C 2313 2313
209 Luxembourg 28103 C 2313 2313
210 Luxembourg 28104 A 2313 2313
211 Luxembourg 28105 T C 2313 2312 Ile71Thr
212 Luxembourg 28106 T 2313 2313
213 Luxembourg 28107 C 2313 2313
214 Luxembourg 28108 A 2313 2313
215 Luxembourg 28109 G T 2313 2307 Gln72His
216 Luxembourg 28110 T 2313 2313
217 Luxembourg 28111 A G 2313 2310 Tyr73Cys
218 Luxembourg 28112 C 2313 2313
219 Luxembourg 28113 A 2313 2313
220 Luxembourg 28114 T 2313 2313
221 Luxembourg 28115 C 2313 2313
222 Luxembourg 28116 G 2313 2313
223 Luxembourg 28117 A 2313 2313
224 Luxembourg 28118 T 2313 2313
225 Luxembourg 28119 A G 2313 2310 Ile76Val
226 Luxembourg 28120 T 2313 2313
227 Luxembourg 28121 C 2313 2313
228 Luxembourg 28122 G T 2313 2312 Gly77Cys
229 Luxembourg 28123 G 2313 2313
230 Luxembourg 28124 T 2313 2313
231 Luxembourg 28125 A 2313 2313
232 Luxembourg 28126 A 2313 2313
233 Luxembourg 28127 T 2313 2313
234 Luxembourg 28128 T 2313 2313
235 Luxembourg 28129 A 2313 2313
236 Luxembourg 28130 T 2313 2313
237 Luxembourg 28131 A 2313 2313
238 Luxembourg 28132 C 2313 2313
239 Luxembourg 28133 A T 2313 2162 Thr80Thr
240 Luxembourg 28134 G T 2316 2315 Val81Phe
241 Luxembourg 28135 T 2316 2316
242 Luxembourg 28136 T 2316 2316
243 Luxembourg 28137 T 2316 2316
244 Luxembourg 28138 C 2316 2316
245 Luxembourg 28139 C 2316 2316
246 Luxembourg 28140 T 2316 2316
247 Luxembourg 28141 G 2316 2316
248 Luxembourg 28142 T 2316 2316
249 Luxembourg 28143 T 2316 2316
250 Luxembourg 28144 T C 2316 2311 Leu84Ser
251 Luxembourg 28145 A 2316 2316
252 Luxembourg 28146 C 2316 2316
253 Luxembourg 28147 C 2317 2317
254 Luxembourg 28148 T 2317 2317
255 Luxembourg 28149 T 2317 2317
256 Luxembourg 28150 T 2317 2317
257 Luxembourg 28151 T 2317 2317
258 Luxembourg 28152 A 2317 2317
259 Luxembourg 28153 C 2317 2317
260 Luxembourg 28154 A 2317 2317
261 Luxembourg 28155 A 2317 2317
262 Luxembourg 28156 T 2317 2317
263 Luxembourg 28157 T 2317 2317
264 Luxembourg 28158 A 2317 2317
265 Luxembourg 28159 A 2317 2317
266 Luxembourg 28160 T 2317 2317
267 Luxembourg 28161 T 2317 2317
268 Luxembourg 28162 G 2317 2317
269 Luxembourg 28163 C 2317 2317
270 Luxembourg 28164 C T 2317 2310 Gln91*
271 Luxembourg 28165 A 2317 2317
272 Luxembourg 28166 G T 2317 2316 Gln91His
273 Luxembourg 28167 G 2317 2317
274 Luxembourg 28168 A 2317 2317
275 Luxembourg 28169 A G 2317 2314 Glu92Glu
276 Luxembourg 28170 C 2317 2317
277 Luxembourg 28171 C 2317 2317
278 Luxembourg 28172 T 2317 2317
279 Luxembourg 28173 A 2317 2317
280 Luxembourg 28174 A 2317 2317
281 Luxembourg 28175 A 2317 2317
282 Luxembourg 28176 T 2317 2317
283 Luxembourg 28177 T 2317 2317
284 Luxembourg 28178 G T 2317 2305 Leu95Phe
285 Luxembourg 28179 G T 2317 2316 Gly96Cys
286 Luxembourg 28180 G 2317 2317
287 Luxembourg 28181 T 2317 2317
288 Luxembourg 28182 A 2317 2317
289 Luxembourg 28183 G 2318 2318
290 Luxembourg 28184 T 2318 2318
291 Luxembourg 28185 C 2318 2318
292 Luxembourg 28186 T 2318 2318
293 Luxembourg 28187 T 2318 2318
294 Luxembourg 28188 G 2318 2318
295 Luxembourg 28189 T 2318 2318
296 Luxembourg 28190 A 2318 2318
297 Luxembourg 28191 G 2318 2318
298 Luxembourg 28192 T 2318 2318
299 Luxembourg 28193 G 2318 2318
300 Luxembourg 28194 C 2318 2318
301 Luxembourg 28195 G 2318 2318
302 Luxembourg 28196 T 2318 2318
303 Luxembourg 28197 T 2318 2318
304 Luxembourg 28198 G 2318 2318
305 Luxembourg 28199 T 2318 2318
306 Luxembourg 28200 T 2318 2318
307 Luxembourg 28201 C 2318 2318
308 Luxembourg 28202 G 2318 2318
309 Luxembourg 28203 T 2318 2318
310 Luxembourg 28204 T 2318 2318
311 Luxembourg 28205 C 2318 2318
312 Luxembourg 28206 T 2318 2318
313 Luxembourg 28207 A 2318 2318
314 Luxembourg 28208 T 2318 2318
315 Luxembourg 28209 G T 2318 2316 Glu106*
316 Luxembourg 28210 A 2318 2318
317 Luxembourg 28211 A 2318 2318
318 Luxembourg 28212 G 2318 2318
319 Luxembourg 28213 A 2318 2318
320 Luxembourg 28214 C 2318 2318
321 Luxembourg 28215 T 2318 2318
322 Luxembourg 28216 T 2318 2318
323 Luxembourg 28217 T 2318 2318
324 Luxembourg 28218 T 2318 2318
325 Luxembourg 28219 T 2318 2318
326 Luxembourg 28220 A 2318 2318
327 Luxembourg 28221 G T 2318 2312 Glu110*
328 Luxembourg 28222 A 2318 2318
329 Luxembourg 28223 G 2318 2318
330 Luxembourg 28224 T 2318 2318
331 Luxembourg 28225 A 2318 2318
332 Luxembourg 28226 T 2318 2318
333 Luxembourg 28227 C 2318 2318
334 Luxembourg 28228 A 2318 2318
335 Luxembourg 28229 T 2318 2318
336 Luxembourg 28230 G 2318 2318
337 Luxembourg 28231 A 2318 2318
338 Luxembourg 28232 C 2318 2318
339 Luxembourg 28233 G 2318 2318
340 Luxembourg 28234 T 2318 2318
341 Luxembourg 28235 T 2318 2318
342 Luxembourg 28236 C 2318 2318
343 Luxembourg 28237 G 2318 2318
344 Luxembourg 28238 T 2318 2318
345 Luxembourg 28239 G 2318 2318
346 Luxembourg 28240 T 2318 2318
347 Luxembourg 28241 T 2318 2318
348 Luxembourg 28242 G C 2318 2316 Val117Leu
349 Luxembourg 28243 T 2318 2318
350 Luxembourg 28244 T 2318 2318
351 Luxembourg 28245 T G,C 2318 2309 Leu118Val-p.Leu118Leu
352 Luxembourg 28246 T 2318 2318
353 Luxembourg 28247 A 2318 2318
354 Luxembourg 28248 G 2318 2318
355 Luxembourg 28249 A G 2318 2295 Asp119Gly
356 Luxembourg 28250 T C 2318 2312 Asp119Asp
357 Luxembourg 28251 T 2317 2317
358 Luxembourg 28252 T 2317 2317
359 Luxembourg 28253 C T 2317 2308 Phe120Phe
360 Luxembourg 28254 A 2317 2303
361 Luxembourg 28255 T 2317 2317
362 Luxembourg 28256 C 2317 2317
363 Luxembourg 28257 T 2317 2317
364 Luxembourg 28258 A 2317 2317
365 Luxembourg 28259 A 2317 2317