National Institute Of Genetic Engineering and Biotechnology

P.I:Mohammad-Ali Malboobi
Here we provide last mutation observed in Nucleocapsid gene of COVID-19 prevalent in Iran.
We kindly wait your comment or coopration in tracking crona virus project.
Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  * - ? A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y
*     2                                        
-     366                                        
?                                              
A     15                                        
C     21                                        
D     22                                        
E 1   18       1                                
F     24         1                              
G     15                                        
H     12             1                          
I     30                                 1      
K     15                                        
L     30                                   1    
M     3                                        
N     6                                        
P     21                                        
Q 1   18                                        
R     12   1           1             1          
S     27         1         1                    
T     15                                        
V     36 1       2         1                    
W     3                               1        
Y     21   1         1                          

Nucleotide and amino acid mutations

Here we provide list of mutation observed in Nucleocapsid at gene and protein of COVID-19.
-The position column is nucleotide position in reference genome as NC_045512.2
-The Reference column indicate reference nucleotide in NC_045512.2
-The NS column indicate number of samples that this position have been observed
-The NSR column indicate number of samples with reference nucleotide. Therefore diffrenciate related to Ns indicate number of sample with mutated nucleotide
Contoury Position Reference Alt. NSR NS AAchange
0 Latvia 27894 A 233 233
1 Latvia 27895 T 233 233
2 Latvia 27896 G 233 233
3 Latvia 27897 A 233 233
4 Latvia 27898 A 233 233
5 Latvia 27899 A 233 233
6 Latvia 27900 T 233 233
7 Latvia 27901 T 233 233
8 Latvia 27902 T 233 233
9 Latvia 27903 C 233 233
10 Latvia 27904 T 233 233
11 Latvia 27905 T 233 233
12 Latvia 27906 G 233 233
13 Latvia 27907 T 233 233
14 Latvia 27908 T 233 233
15 Latvia 27909 T 233 233
16 Latvia 27910 T 233 233
17 Latvia 27911 C 233 233
18 Latvia 27912 T 233 233
19 Latvia 27913 T 233 233
20 Latvia 27914 A 233 233
21 Latvia 27915 G 233 233
22 Latvia 27916 G 233 233
23 Latvia 27917 A 233 233
24 Latvia 27918 A 233 233
25 Latvia 27919 T C 233 232 Ile9Thr
26 Latvia 27920 C 233 233
27 Latvia 27921 A 233 233
28 Latvia 27922 T 233 233
29 Latvia 27923 C 233 233
30 Latvia 27924 A 233 233
31 Latvia 27925 C 233 233
32 Latvia 27926 A 233 233
33 Latvia 27927 A 233 233
34 Latvia 27928 C 233 233
35 Latvia 27929 T 233 233
36 Latvia 27930 G 233 233
37 Latvia 27931 T 233 233
38 Latvia 27932 A 233 233
39 Latvia 27933 G 233 233
40 Latvia 27934 C 233 233
41 Latvia 27935 T 233 233
42 Latvia 27936 G 233 233
43 Latvia 27937 C 233 233
44 Latvia 27938 A 233 233
45 Latvia 27939 T 233 233
46 Latvia 27940 T 233 233
47 Latvia 27941 T 233 233
48 Latvia 27942 C 233 233
49 Latvia 27943 A 233 233
50 Latvia 27944 C T 233 212 His17His
51 Latvia 27945 C 233 233
52 Latvia 27946 A 233 233
53 Latvia 27947 A 233 233
54 Latvia 27948 G 233 233
55 Latvia 27949 A 233 233
56 Latvia 27950 A 233 233
57 Latvia 27951 T 233 233
58 Latvia 27952 G 233 233
59 Latvia 27953 T 233 233
60 Latvia 27954 A 233 233
61 Latvia 27955 G 233 233
62 Latvia 27956 T 233 233
63 Latvia 27957 T 233 233
64 Latvia 27958 T 233 233
65 Latvia 27959 A 233 233
66 Latvia 27960 C 233 233
67 Latvia 27961 A 233 233
68 Latvia 27962 G 233 233
69 Latvia 27963 T 233 233
70 Latvia 27964 C T 233 232 Ser24Leu
71 Latvia 27965 A 233 233
72 Latvia 27966 T 233 233
73 Latvia 27967 G 233 233
74 Latvia 27968 T 233 233
75 Latvia 27969 A 233 233
76 Latvia 27970 C 233 233
77 Latvia 27971 T 233 233
78 Latvia 27972 C T 233 229 Gln27*
79 Latvia 27973 A 233 233
80 Latvia 27974 A 233 233
81 Latvia 27975 C 233 233
82 Latvia 27976 A 233 233
83 Latvia 27977 T 233 233
84 Latvia 27978 C 233 233
85 Latvia 27979 A 233 233
86 Latvia 27980 A 233 233
87 Latvia 27981 C 233 233
88 Latvia 27982 C 233 233
89 Latvia 27983 A 233 233
90 Latvia 27984 T 233 233
91 Latvia 27985 A 233 233
92 Latvia 27986 T 233 233
93 Latvia 27987 G 233 233
94 Latvia 27988 T 233 233
95 Latvia 27989 A 233 233
96 Latvia 27990 G 233 233
97 Latvia 27991 T 233 233
98 Latvia 27992 T 233 233
99 Latvia 27993 G 233 233
100 Latvia 27994 A 233 233
101 Latvia 27995 T 233 233
102 Latvia 27996 G 233 233
103 Latvia 27997 A 233 233
104 Latvia 27998 C 233 233
105 Latvia 27999 C 233 233
106 Latvia 28000 C 233 233
107 Latvia 28001 G 233 233
108 Latvia 28002 T 233 233
109 Latvia 28003 G 233 233
110 Latvia 28004 T 233 233
111 Latvia 28005 C 233 233
112 Latvia 28006 C 233 233
113 Latvia 28007 T 233 233
114 Latvia 28008 A 233 233
115 Latvia 28009 T 233 233
116 Latvia 28010 T 233 233
117 Latvia 28011 C 233 233
118 Latvia 28012 A 233 233
119 Latvia 28013 C 233 233
120 Latvia 28014 T 233 233
121 Latvia 28015 T 233 233
122 Latvia 28016 C 233 233
123 Latvia 28017 T 233 233
124 Latvia 28018 A 233 233
125 Latvia 28019 T 233 233
126 Latvia 28020 T 233 233
127 Latvia 28021 C 233 233
128 Latvia 28022 T 233 233
129 Latvia 28023 A 233 233
130 Latvia 28024 A 233 233
131 Latvia 28025 A 233 233
132 Latvia 28026 T 233 233
133 Latvia 28027 G C 233 232 Trp45Ser
134 Latvia 28028 G 233 233
135 Latvia 28029 T 233 233
136 Latvia 28030 A 233 233
137 Latvia 28031 T 233 233
138 Latvia 28032 A 233 233
139 Latvia 28033 T 233 233
140 Latvia 28034 T 233 233
141 Latvia 28035 A 233 233
142 Latvia 28036 G 233 233
143 Latvia 28037 A 233 233
144 Latvia 28038 G 233 233
145 Latvia 28039 T 233 233
146 Latvia 28040 A 233 233
147 Latvia 28041 G 233 233
148 Latvia 28042 G 233 233
149 Latvia 28043 A 233 233
150 Latvia 28044 G 233 233
151 Latvia 28045 C 233 233
152 Latvia 28046 T 233 233
153 Latvia 28047 A 233 233
154 Latvia 28048 G T 233 229 Arg52Ile
155 Latvia 28049 A 233 233
156 Latvia 28050 A 233 233
157 Latvia 28051 A 233 233
158 Latvia 28052 A 233 233
159 Latvia 28053 T 233 233
160 Latvia 28054 C 233 233
161 Latvia 28055 A 233 233
162 Latvia 28056 G 233 233
163 Latvia 28057 C 233 233
164 Latvia 28058 A 233 233
165 Latvia 28059 C 233 233
166 Latvia 28060 C 233 233
167 Latvia 28061 T 233 233
168 Latvia 28062 T 233 233
169 Latvia 28063 T 233 233
170 Latvia 28064 A 233 233
171 Latvia 28065 A 233 233
172 Latvia 28066 T 233 233
173 Latvia 28067 T 233 233
174 Latvia 28068 G 233 233
175 Latvia 28069 A 233 233
176 Latvia 28070 A 233 233
177 Latvia 28071 T 233 233
178 Latvia 28072 T 233 233
179 Latvia 28073 G 233 233
180 Latvia 28074 T 233 233
181 Latvia 28075 G 233 233
182 Latvia 28076 C 233 233
183 Latvia 28077 G 233 233
184 Latvia 28078 T 233 233
185 Latvia 28079 G 233 233
186 Latvia 28080 G 233 233
187 Latvia 28081 A 233 233
188 Latvia 28082 T 233 233
189 Latvia 28083 G T 233 197 Glu64*
190 Latvia 28084 A 233 233
191 Latvia 28085 G 233 233
192 Latvia 28086 G 233 233
193 Latvia 28087 C 233 233
194 Latvia 28088 T 233 233
195 Latvia 28089 G 233 233
196 Latvia 28090 G 233 233
197 Latvia 28091 T 233 233
198 Latvia 28092 T 233 233
199 Latvia 28093 C T 233 232 Ser67Phe
200 Latvia 28094 T 233 233
201 Latvia 28095 A 233 233
202 Latvia 28096 A 233 233
203 Latvia 28097 A 233 233
204 Latvia 28098 T 233 233
205 Latvia 28099 C 233 233
206 Latvia 28100 A 233 233
207 Latvia 28101 C 233 233
208 Latvia 28102 C 233 233
209 Latvia 28103 C 233 233
210 Latvia 28104 A 233 233
211 Latvia 28105 T 233 233
212 Latvia 28106 T 233 233
213 Latvia 28107 C 233 233
214 Latvia 28108 A 233 233
215 Latvia 28109 G 233 233
216 Latvia 28110 T C 233 232 Tyr73His
217 Latvia 28111 A G 233 229 Tyr73Cys
218 Latvia 28112 C 233 233
219 Latvia 28113 A 233 233
220 Latvia 28114 T 233 233
221 Latvia 28115 C 233 233
222 Latvia 28116 G 233 233
223 Latvia 28117 A 233 233
224 Latvia 28118 T 233 233
225 Latvia 28119 A 233 233
226 Latvia 28120 T 233 233
227 Latvia 28121 C 233 233
228 Latvia 28122 G 233 233
229 Latvia 28123 G 233 233
230 Latvia 28124 T 233 233
231 Latvia 28125 A 233 233
232 Latvia 28126 A 233 233
233 Latvia 28127 T 233 233
234 Latvia 28128 T 233 233
235 Latvia 28129 A 233 233
236 Latvia 28130 T 233 233
237 Latvia 28131 A 233 233
238 Latvia 28132 C 233 233
239 Latvia 28133 A 233 233
240 Latvia 28134 G 233 233
241 Latvia 28135 T 233 233
242 Latvia 28136 T 233 233
243 Latvia 28137 T 233 233
244 Latvia 28138 C 233 233
245 Latvia 28139 C 233 233
246 Latvia 28140 T 233 233
247 Latvia 28141 G 233 233
248 Latvia 28142 T 233 233
249 Latvia 28143 T 233 233
250 Latvia 28144 T 233 233
251 Latvia 28145 A 233 233
252 Latvia 28146 C 233 233
253 Latvia 28147 C 233 233
254 Latvia 28148 T 233 233
255 Latvia 28149 T 233 233
256 Latvia 28150 T 233 233
257 Latvia 28151 T 233 233
258 Latvia 28152 A 233 233
259 Latvia 28153 C 233 233
260 Latvia 28154 A 233 233
261 Latvia 28155 A 233 233
262 Latvia 28156 T 233 233
263 Latvia 28157 T 233 233
264 Latvia 28158 A 233 233
265 Latvia 28159 A 233 233
266 Latvia 28160 T 233 233
267 Latvia 28161 T 233 233
268 Latvia 28162 G 233 233
269 Latvia 28163 C 233 233
270 Latvia 28164 C 233 233
271 Latvia 28165 A 233 233
272 Latvia 28166 G 233 233
273 Latvia 28167 G 233 233
274 Latvia 28168 A 233 233
275 Latvia 28169 A G 233 232 Glu92Glu
276 Latvia 28170 C 233 233
277 Latvia 28171 C 233 233
278 Latvia 28172 T 233 233
279 Latvia 28173 A 233 233
280 Latvia 28174 A 233 233
281 Latvia 28175 A 233 233
282 Latvia 28176 T 233 233
283 Latvia 28177 T 233 233
284 Latvia 28178 G 233 233
285 Latvia 28179 G 233 233
286 Latvia 28180 G 233 233
287 Latvia 28181 T 233 233
288 Latvia 28182 A 233 233
289 Latvia 28183 G 233 233
290 Latvia 28184 T 233 233
291 Latvia 28185 C 233 233
292 Latvia 28186 T 233 233
293 Latvia 28187 T 233 233
294 Latvia 28188 G 233 233
295 Latvia 28189 T 233 233
296 Latvia 28190 A 233 233
297 Latvia 28191 G 233 233
298 Latvia 28192 T 233 233
299 Latvia 28193 G 233 233
300 Latvia 28194 C 233 233
301 Latvia 28195 G 233 233
302 Latvia 28196 T 233 233
303 Latvia 28197 T 233 233
304 Latvia 28198 G 233 233
305 Latvia 28199 T 233 233
306 Latvia 28200 T 233 233
307 Latvia 28201 C 233 233
308 Latvia 28202 G 233 233
309 Latvia 28203 T 233 233
310 Latvia 28204 T 233 233
311 Latvia 28205 C 233 233
312 Latvia 28206 T 233 233
313 Latvia 28207 A 233 233
314 Latvia 28208 T 233 233
315 Latvia 28209 G 233 233
316 Latvia 28210 A 233 233
317 Latvia 28211 A 233 233
318 Latvia 28212 G 233 233
319 Latvia 28213 A 233 233
320 Latvia 28214 C 233 233
321 Latvia 28215 T 233 233
322 Latvia 28216 T 233 233
323 Latvia 28217 T 233 233
324 Latvia 28218 T 233 233
325 Latvia 28219 T 233 233
326 Latvia 28220 A 233 233
327 Latvia 28221 G 233 233
328 Latvia 28222 A 233 233
329 Latvia 28223 G 233 233
330 Latvia 28224 T 233 233
331 Latvia 28225 A 233 233
332 Latvia 28226 T 233 233
333 Latvia 28227 C 233 233
334 Latvia 28228 A 233 233
335 Latvia 28229 T 233 233
336 Latvia 28230 G 233 233
337 Latvia 28231 A 233 233
338 Latvia 28232 C 233 233
339 Latvia 28233 G T 233 232 Val114Phe
340 Latvia 28234 T 233 233
341 Latvia 28235 T 233 233
342 Latvia 28236 C T 233 232 Arg115Cys
343 Latvia 28237 G 233 233
344 Latvia 28238 T A 233 232 Arg115Arg
345 Latvia 28239 G T 233 232 Val116Phe
346 Latvia 28240 T C 233 231 Val116Ala
347 Latvia 28241 T 233 233
348 Latvia 28242 G C 233 231 Val117Leu
349 Latvia 28243 T 233 233
350 Latvia 28244 T 233 233
351 Latvia 28245 T G 233 232 Leu118Val
352 Latvia 28246 T 233 233
353 Latvia 28247 A 233 233
354 Latvia 28248 G 233 233
355 Latvia 28249 A 233 233
356 Latvia 28250 T 233 233
357 Latvia 28251 T 233 233
358 Latvia 28252 T 233 233
359 Latvia 28253 C T 233 228 Phe120Phe
360 Latvia 28254 A 233 233
361 Latvia 28255 T 233 233
362 Latvia 28256 C 233 233
363 Latvia 28257 T 233 233
364 Latvia 28258 A 233 233
365 Latvia 28259 A 233 233