National Institute Of Genetic Engineering and Biotechnology

P.I:Mohammad-Ali Malboobi
Here we provide last mutation observed in Nucleocapsid gene of COVID-19 prevalent in Iran.
We kindly wait your comment or coopration in tracking crona virus project.

Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  * - ? A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y
*     2                                        
-     366                                        
?                                              
A     15                               1   1    
C     21                                        
D     22     1     1                           2
E 2   18                                        
F     24         1                              
G     15     1                                  
H     12                                        
I     30               3                 1 1    
K 1   15                                        
L     30                               1        
M     3                                        
N     6                                        
P     21                         1              
Q 1   18                 1                      
R     12               1             1          
S     27                   1     1              
T     15               1                        
V     36                                   1    
W     3                                        
Y     21   1     1                              

Nucleotide and amino acid mutations

Here we provide list of mutation observed in Nucleocapsid at gene and protein of COVID-19.
-The position column is nucleotide position in reference genome as NC_045512.2
-The Reference column indicate reference nucleotide in NC_045512.2
-The NS column indicate number of samples that this position have been observed
-The NSR column indicate number of samples with reference nucleotide. Therefore diffrenciate related to Ns indicate number of sample with mutated nucleotide

Contoury Position Reference Alt. NSR NS AAchange
0 Jordan 27894 A 578 578
1 Jordan 27895 T 578 578
2 Jordan 27896 G 578 578
3 Jordan 27897 A 578 578
4 Jordan 27898 A 578 578
5 Jordan 27899 A 578 578
6 Jordan 27900 T 578 578
7 Jordan 27901 T 578 578
8 Jordan 27902 T 578 578
9 Jordan 27903 C 578 578
10 Jordan 27904 T 578 578
11 Jordan 27905 T 578 578
12 Jordan 27906 G 578 578
13 Jordan 27907 T 578 578
14 Jordan 27908 T 578 578
15 Jordan 27909 T 578 578
16 Jordan 27910 T 578 578
17 Jordan 27911 C T 578 577 Phe6Phe
18 Jordan 27912 T 578 578
19 Jordan 27913 T 578 578
20 Jordan 27914 A 578 578
21 Jordan 27915 G 578 578
22 Jordan 27916 G 578 578
23 Jordan 27917 A 578 578
24 Jordan 27918 A 578 578
25 Jordan 27919 T 578 578
26 Jordan 27920 C T 578 570 Ile9Ile
27 Jordan 27921 A G 578 577 Ile10Val
28 Jordan 27922 T 578 578
29 Jordan 27923 C T 578 577 Ile10Ile
30 Jordan 27924 A 578 578
31 Jordan 27925 C 578 578
32 Jordan 27926 A 578 578
33 Jordan 27927 A 578 578
34 Jordan 27928 C 578 578
35 Jordan 27929 T 578 578
36 Jordan 27930 G 578 578
37 Jordan 27931 T 578 578
38 Jordan 27932 A 578 578
39 Jordan 27933 G 578 578
40 Jordan 27934 C 578 578
41 Jordan 27935 T 578 578
42 Jordan 27936 G 578 578
43 Jordan 27937 C 578 578
44 Jordan 27938 A 578 578
45 Jordan 27939 T 578 578
46 Jordan 27940 T 578 578
47 Jordan 27941 T 578 578
48 Jordan 27942 C 578 578
49 Jordan 27943 A 578 578
50 Jordan 27944 C 578 578
51 Jordan 27945 C 578 578
52 Jordan 27946 A 578 578
53 Jordan 27947 A 578 578
54 Jordan 27948 G T 578 576 Glu19*
55 Jordan 27949 A 578 578
56 Jordan 27950 A 578 578
57 Jordan 27951 T 578 578
58 Jordan 27952 G 578 578
59 Jordan 27953 T 578 578
60 Jordan 27954 A 578 578
61 Jordan 27955 G 578 578
62 Jordan 27956 T 578 578
63 Jordan 27957 T 578 578
64 Jordan 27958 T 578 578
65 Jordan 27959 A 578 578
66 Jordan 27960 C 578 578
67 Jordan 27961 A 578 578
68 Jordan 27962 G 578 578
69 Jordan 27963 T 578 578
70 Jordan 27964 C T 578 577 Ser24Leu
71 Jordan 27965 A 578 578
72 Jordan 27966 T 578 578
73 Jordan 27967 G 578 578
74 Jordan 27968 T 578 578
75 Jordan 27969 A 578 578
76 Jordan 27970 C T 578 575 Thr26Ile
77 Jordan 27971 T 578 578
78 Jordan 27972 C T 578 540 Gln27*
79 Jordan 27973 A 578 578
80 Jordan 27974 A 578 578
81 Jordan 27975 C 578 578
82 Jordan 27976 A 578 578
83 Jordan 27977 T 578 578
84 Jordan 27978 C A 578 577 Gln29Lys
85 Jordan 27979 A 578 578
86 Jordan 27980 A 578 578
87 Jordan 27981 C 578 578
88 Jordan 27982 C 578 578
89 Jordan 27983 A 578 578
90 Jordan 27984 T 578 578
91 Jordan 27985 A 578 578
92 Jordan 27986 T 578 578
93 Jordan 27987 G 578 578
94 Jordan 27988 T 578 578
95 Jordan 27989 A 578 578
96 Jordan 27990 G 578 578
97 Jordan 27991 T 578 578
98 Jordan 27992 T 578 578
99 Jordan 27993 G 578 578
100 Jordan 27994 A 578 578
101 Jordan 27995 T 578 578
102 Jordan 27996 G T 578 576 Asp35Tyr
103 Jordan 27997 A 578 578
104 Jordan 27998 C 578 578
105 Jordan 27999 C 578 578
106 Jordan 28000 C 578 578
107 Jordan 28001 G T 578 542 Pro36Pro
108 Jordan 28002 T 578 578
109 Jordan 28003 G 578 578
110 Jordan 28004 T 578 578
111 Jordan 28005 C 578 578
112 Jordan 28006 C 578 578
113 Jordan 28007 T 578 578
114 Jordan 28008 A 578 578
115 Jordan 28009 T 578 578
116 Jordan 28010 T C 578 576 Ile39Ile
117 Jordan 28011 C 578 578
118 Jordan 28012 A 578 578
119 Jordan 28013 C 578 578
120 Jordan 28014 T 578 578
121 Jordan 28015 T 578 578
122 Jordan 28016 C 578 578
123 Jordan 28017 T 578 578
124 Jordan 28018 A 578 578
125 Jordan 28019 T 578 578
126 Jordan 28020 T 578 578
127 Jordan 28021 C 578 578
128 Jordan 28022 T 578 578
129 Jordan 28023 A 578 578
130 Jordan 28024 A 578 578
131 Jordan 28025 A 578 578
132 Jordan 28026 T 578 578
133 Jordan 28027 G 578 578
134 Jordan 28028 G 578 578
135 Jordan 28029 T 578 578
136 Jordan 28030 A T 578 577 Tyr46Phe
137 Jordan 28031 T 578 578
138 Jordan 28032 A 578 578
139 Jordan 28033 T 578 578
140 Jordan 28034 T 578 578
141 Jordan 28035 A 578 578
142 Jordan 28036 G 578 578
143 Jordan 28037 A G 578 574 Arg48Arg
144 Jordan 28038 G 578 578
145 Jordan 28039 T 578 578
146 Jordan 28040 A 578 578
147 Jordan 28041 G 578 578
148 Jordan 28042 G 578 577
149 Jordan 28043 A 578 577
150 Jordan 28044 G 578 577
151 Jordan 28045 C T 578 573 Ala51Val
152 Jordan 28046 T 578 577
153 Jordan 28047 A 578 577
154 Jordan 28048 G T 578 542 Arg52Ile
155 Jordan 28049 A 578 577
156 Jordan 28050 A 578 577
157 Jordan 28051 A 578 577
158 Jordan 28052 A 578 577
159 Jordan 28053 T 578 577
160 Jordan 28054 C 578 577
161 Jordan 28055 A 578 577
162 Jordan 28056 G 578 577
163 Jordan 28057 C 578 577
164 Jordan 28058 A 578 577
165 Jordan 28059 C 578 577
166 Jordan 28060 C 578 577
167 Jordan 28061 T 578 577
168 Jordan 28062 T 578 577
169 Jordan 28063 T 578 577
170 Jordan 28064 A 578 578
171 Jordan 28065 A 578 578
172 Jordan 28066 T 578 578
173 Jordan 28067 T 578 578
174 Jordan 28068 G T 578 572 Glu59*
175 Jordan 28069 A 578 577
176 Jordan 28070 A 578 577
177 Jordan 28071 T 578 577
178 Jordan 28072 T 578 577
179 Jordan 28073 G 578 577
180 Jordan 28074 T 520 519
181 Jordan 28075 G 520 519
182 Jordan 28076 C 520 519
183 Jordan 28077 G 520 519
184 Jordan 28078 T 520 519
185 Jordan 28079 G T 520 516 Val62Val
186 Jordan 28080 G T 520 515 Asp63Tyr
187 Jordan 28081 A G 520 143 Asp63Gly
188 Jordan 28082 T 520 519
189 Jordan 28083 G 520 519
190 Jordan 28084 A 520 519
191 Jordan 28085 G 520 519
192 Jordan 28086 G T 520 518 Ala65Ser
193 Jordan 28087 C 520 519
194 Jordan 28088 T 520 519
195 Jordan 28089 G 520 520
196 Jordan 28090 G A 520 519 Gly66Asp
197 Jordan 28091 T 520 520
198 Jordan 28092 T 520 520
199 Jordan 28093 C 520 520
200 Jordan 28094 T 520 520
201 Jordan 28095 A T 520 508 Lys68*
202 Jordan 28096 A 520 520
203 Jordan 28097 A 520 520
204 Jordan 28098 T C 520 519 Ser69Pro
205 Jordan 28099 C 520 520
206 Jordan 28100 A 520 520
207 Jordan 28101 C 520 520
208 Jordan 28102 C 520 520
209 Jordan 28103 C 520 520
210 Jordan 28104 A 520 520
211 Jordan 28105 T 520 520
212 Jordan 28106 T 520 520
213 Jordan 28107 C 520 520
214 Jordan 28108 A 520 520
215 Jordan 28109 G 520 520
216 Jordan 28110 T 520 520
217 Jordan 28111 A G 520 484 Tyr73Cys
218 Jordan 28112 C 520 520
219 Jordan 28113 A 520 520
220 Jordan 28114 T 520 520
221 Jordan 28115 C 520 520
222 Jordan 28116 G 520 520
223 Jordan 28117 A 520 520
224 Jordan 28118 T 520 520
225 Jordan 28119 A 520 520
226 Jordan 28120 T C 520 519 Ile76Thr
227 Jordan 28121 C 520 520
228 Jordan 28122 G 520 520
229 Jordan 28123 G 520 520
230 Jordan 28124 T 520 520
231 Jordan 28125 A 520 520
232 Jordan 28126 A 520 520
233 Jordan 28127 T 520 520
234 Jordan 28128 T 520 520
235 Jordan 28129 A 520 520
236 Jordan 28130 T 520 520
237 Jordan 28131 A 520 520
238 Jordan 28132 C 520 520
239 Jordan 28133 A 520 520
240 Jordan 28134 G 578 578
241 Jordan 28135 T 578 578
242 Jordan 28136 T 578 578
243 Jordan 28137 T 578 578
244 Jordan 28138 C 578 578
245 Jordan 28139 C 578 578
246 Jordan 28140 T 578 578
247 Jordan 28141 G 578 578
248 Jordan 28142 T 578 578
249 Jordan 28143 T 578 578
250 Jordan 28144 T C 578 575 Leu84Ser
251 Jordan 28145 A 578 578
252 Jordan 28146 C 578 578
253 Jordan 28147 C 578 578
254 Jordan 28148 T 578 578
255 Jordan 28149 T 578 578
256 Jordan 28150 T 578 578
257 Jordan 28151 T 578 578
258 Jordan 28152 A 578 578
259 Jordan 28153 C 578 578
260 Jordan 28154 A 578 578
261 Jordan 28155 A 578 578
262 Jordan 28156 T 578 578
263 Jordan 28157 T 578 578
264 Jordan 28158 A 578 578
265 Jordan 28159 A 578 578
266 Jordan 28160 T 578 578
267 Jordan 28161 T 578 578
268 Jordan 28162 G 578 578
269 Jordan 28163 C 578 578
270 Jordan 28164 C 578 578
271 Jordan 28165 A 578 578
272 Jordan 28166 G 578 578
273 Jordan 28167 G 578 578
274 Jordan 28168 A 578 578
275 Jordan 28169 A 578 578
276 Jordan 28170 C 578 578
277 Jordan 28171 C 578 578
278 Jordan 28172 T 578 578
279 Jordan 28173 A 578 578
280 Jordan 28174 A 578 578
281 Jordan 28175 A 578 578
282 Jordan 28176 T 578 578
283 Jordan 28177 T 578 578
284 Jordan 28178 G 578 578
285 Jordan 28179 G 578 578
286 Jordan 28180 G 578 578
287 Jordan 28181 T 578 578
288 Jordan 28182 A 578 578
289 Jordan 28183 G 578 578
290 Jordan 28184 T 578 578
291 Jordan 28185 C 578 578
292 Jordan 28186 T 578 578
293 Jordan 28187 T 578 578
294 Jordan 28188 G 578 578
295 Jordan 28189 T 578 578
296 Jordan 28190 A 578 578
297 Jordan 28191 G 578 578
298 Jordan 28192 T 578 578
299 Jordan 28193 G 578 578
300 Jordan 28194 C 578 578
301 Jordan 28195 G 578 578
302 Jordan 28196 T 578 578
303 Jordan 28197 T 578 578
304 Jordan 28198 G 578 578
305 Jordan 28199 T 578 578
306 Jordan 28200 T 578 578
307 Jordan 28201 C 578 578
308 Jordan 28202 G 578 578
309 Jordan 28203 T 578 578
310 Jordan 28204 T 578 578
311 Jordan 28205 C 578 578
312 Jordan 28206 T 578 578
313 Jordan 28207 A 578 578
314 Jordan 28208 T 578 578
315 Jordan 28209 G 578 578
316 Jordan 28210 A 578 578
317 Jordan 28211 A 578 578
318 Jordan 28212 G 578 578
319 Jordan 28213 A 578 578
320 Jordan 28214 C 578 578
321 Jordan 28215 T 578 578
322 Jordan 28216 T 578 578
323 Jordan 28217 T 578 578
324 Jordan 28218 T 578 578
325 Jordan 28219 T 578 578
326 Jordan 28220 A 578 578
327 Jordan 28221 G 578 578
328 Jordan 28222 A 578 578
329 Jordan 28223 G 578 578
330 Jordan 28224 T 578 578
331 Jordan 28225 A 578 578
332 Jordan 28226 T 578 578
333 Jordan 28227 C 578 578
334 Jordan 28228 A 578 578
335 Jordan 28229 T 578 578
336 Jordan 28230 G 578 578
337 Jordan 28231 A 578 578
338 Jordan 28232 C T 578 577 Asp113Asp
339 Jordan 28233 G 578 578
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341 Jordan 28235 T 578 578
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344 Jordan 28238 T 578 578
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349 Jordan 28243 T 578 578
350 Jordan 28244 T 578 578
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363 Jordan 28257 T 578 578
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365 Jordan 28259 A 578 578