National Institute Of Genetic Engineering and Biotechnology

P.I:Mohammad-Ali Malboobi
Here we provide last mutation observed in Nucleocapsid gene of COVID-19 prevalent in Iran.
We kindly wait your comment or coopration in tracking crona virus project.

Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  * - ? A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y
*     2                                        
-     366                                        
?                                              
A     15                                        
C     21                                        
D     22                                        
E     18                                        
F     24                                        
G     15                                        
H     12                                        
I     30                                        
K     15                                        
L     30                                        
M     3                                        
N     6                                        
P     21                                        
Q 1   18                                        
R     12               1                        
S     27                                        
T     15                                        
V     36                                        
W     3                                        
Y     21   1                                    

Nucleotide and amino acid mutations

Here we provide list of mutation observed in Nucleocapsid at gene and protein of COVID-19.
-The position column is nucleotide position in reference genome as NC_045512.2
-The Reference column indicate reference nucleotide in NC_045512.2
-The NS column indicate number of samples that this position have been observed
-The NSR column indicate number of samples with reference nucleotide. Therefore diffrenciate related to Ns indicate number of sample with mutated nucleotide

Contoury Position Reference Alt. NSR NS AAchange
0 Jamaica 27894 A 9 9
1 Jamaica 27895 T 9 9
2 Jamaica 27896 G 9 9
3 Jamaica 27897 A 9 9
4 Jamaica 27898 A 9 9
5 Jamaica 27899 A 9 9
6 Jamaica 27900 T 9 9
7 Jamaica 27901 T 9 9
8 Jamaica 27902 T 9 9
9 Jamaica 27903 C 9 9
10 Jamaica 27904 T 9 9
11 Jamaica 27905 T 9 9
12 Jamaica 27906 G 9 9
13 Jamaica 27907 T 9 9
14 Jamaica 27908 T 9 9
15 Jamaica 27909 T 9 9
16 Jamaica 27910 T 9 9
17 Jamaica 27911 C 9 9
18 Jamaica 27912 T 9 9
19 Jamaica 27913 T 9 9
20 Jamaica 27914 A 9 9
21 Jamaica 27915 G 9 9
22 Jamaica 27916 G 9 9
23 Jamaica 27917 A 9 9
24 Jamaica 27918 A 9 9
25 Jamaica 27919 T 9 9
26 Jamaica 27920 C 9 9
27 Jamaica 27921 A 9 9
28 Jamaica 27922 T 9 9
29 Jamaica 27923 C 9 9
30 Jamaica 27924 A 9 9
31 Jamaica 27925 C 9 9
32 Jamaica 27926 A 9 9
33 Jamaica 27927 A 9 9
34 Jamaica 27928 C 9 9
35 Jamaica 27929 T 9 9
36 Jamaica 27930 G 9 9
37 Jamaica 27931 T 9 9
38 Jamaica 27932 A 9 9
39 Jamaica 27933 G 9 9
40 Jamaica 27934 C 9 9
41 Jamaica 27935 T 9 9
42 Jamaica 27936 G 9 9
43 Jamaica 27937 C 9 9
44 Jamaica 27938 A 9 9
45 Jamaica 27939 T 9 9
46 Jamaica 27940 T 9 9
47 Jamaica 27941 T 9 9
48 Jamaica 27942 C 9 9
49 Jamaica 27943 A 9 9
50 Jamaica 27944 C 9 9
51 Jamaica 27945 C 9 9
52 Jamaica 27946 A 9 9
53 Jamaica 27947 A 9 9
54 Jamaica 27948 G 9 9
55 Jamaica 27949 A 9 9
56 Jamaica 27950 A 9 9
57 Jamaica 27951 T 9 9
58 Jamaica 27952 G 9 9
59 Jamaica 27953 T 9 9
60 Jamaica 27954 A 9 9
61 Jamaica 27955 G 9 9
62 Jamaica 27956 T 9 9
63 Jamaica 27957 T 9 9
64 Jamaica 27958 T 9 9
65 Jamaica 27959 A 9 9
66 Jamaica 27960 C 9 9
67 Jamaica 27961 A 9 9
68 Jamaica 27962 G 9 9
69 Jamaica 27963 T 9 9
70 Jamaica 27964 C 9 9
71 Jamaica 27965 A 9 9
72 Jamaica 27966 T 9 9
73 Jamaica 27967 G 9 9
74 Jamaica 27968 T 9 9
75 Jamaica 27969 A 9 9
76 Jamaica 27970 C 9 9
77 Jamaica 27971 T 9 9
78 Jamaica 27972 C T 9 8 Gln27*
79 Jamaica 27973 A 9 9
80 Jamaica 27974 A 9 9
81 Jamaica 27975 C 9 9
82 Jamaica 27976 A 9 9
83 Jamaica 27977 T 9 9
84 Jamaica 27978 C 9 9
85 Jamaica 27979 A 9 9
86 Jamaica 27980 A 9 9
87 Jamaica 27981 C 9 9
88 Jamaica 27982 C 9 9
89 Jamaica 27983 A 9 9
90 Jamaica 27984 T 9 9
91 Jamaica 27985 A 9 9
92 Jamaica 27986 T 9 9
93 Jamaica 27987 G 9 9
94 Jamaica 27988 T 9 9
95 Jamaica 27989 A 9 9
96 Jamaica 27990 G 9 9
97 Jamaica 27991 T 9 9
98 Jamaica 27992 T 9 9
99 Jamaica 27993 G 9 9
100 Jamaica 27994 A 9 9
101 Jamaica 27995 T 9 9
102 Jamaica 27996 G 9 9
103 Jamaica 27997 A 9 9
104 Jamaica 27998 C 9 9
105 Jamaica 27999 C 9 9
106 Jamaica 28000 C 9 9
107 Jamaica 28001 G 9 9
108 Jamaica 28002 T 9 9
109 Jamaica 28003 G 9 9
110 Jamaica 28004 T 9 9
111 Jamaica 28005 C 9 9
112 Jamaica 28006 C 9 9
113 Jamaica 28007 T 9 9
114 Jamaica 28008 A 9 9
115 Jamaica 28009 T 9 9
116 Jamaica 28010 T 9 9
117 Jamaica 28011 C 9 9
118 Jamaica 28012 A 9 9
119 Jamaica 28013 C 9 9
120 Jamaica 28014 T 9 9
121 Jamaica 28015 T 9 9
122 Jamaica 28016 C 9 9
123 Jamaica 28017 T 9 9
124 Jamaica 28018 A 9 9
125 Jamaica 28019 T 9 9
126 Jamaica 28020 T 9 9
127 Jamaica 28021 C 9 9
128 Jamaica 28022 T 9 9
129 Jamaica 28023 A 9 9
130 Jamaica 28024 A 9 9
131 Jamaica 28025 A 9 9
132 Jamaica 28026 T 9 9
133 Jamaica 28027 G 9 9
134 Jamaica 28028 G 9 9
135 Jamaica 28029 T 9 9
136 Jamaica 28030 A 9 9
137 Jamaica 28031 T 9 9
138 Jamaica 28032 A 9 9
139 Jamaica 28033 T 9 9
140 Jamaica 28034 T 9 9
141 Jamaica 28035 A 9 9
142 Jamaica 28036 G 9 9
143 Jamaica 28037 A 9 9
144 Jamaica 28038 G 9 9
145 Jamaica 28039 T 9 9
146 Jamaica 28040 A 9 9
147 Jamaica 28041 G 9 9
148 Jamaica 28042 G 9 9
149 Jamaica 28043 A 9 9
150 Jamaica 28044 G 9 9
151 Jamaica 28045 C 9 9
152 Jamaica 28046 T 9 9
153 Jamaica 28047 A 9 9
154 Jamaica 28048 G T 9 8 Arg52Ile
155 Jamaica 28049 A 9 9
156 Jamaica 28050 A 9 9
157 Jamaica 28051 A 9 9
158 Jamaica 28052 A 9 9
159 Jamaica 28053 T 9 9
160 Jamaica 28054 C 9 9
161 Jamaica 28055 A 9 9
162 Jamaica 28056 G 9 9
163 Jamaica 28057 C 9 9
164 Jamaica 28058 A 9 9
165 Jamaica 28059 C 9 9
166 Jamaica 28060 C 9 9
167 Jamaica 28061 T 9 9
168 Jamaica 28062 T 9 9
169 Jamaica 28063 T 9 9
170 Jamaica 28064 A 9 9
171 Jamaica 28065 A 9 9
172 Jamaica 28066 T 9 9
173 Jamaica 28067 T 9 9
174 Jamaica 28068 G 9 9
175 Jamaica 28069 A 9 9
176 Jamaica 28070 A 9 9
177 Jamaica 28071 T 9 9
178 Jamaica 28072 T 9 9
179 Jamaica 28073 G 9 9
180 Jamaica 28074 T 9 9
181 Jamaica 28075 G 9 9
182 Jamaica 28076 C 9 9
183 Jamaica 28077 G 9 9
184 Jamaica 28078 T 9 9
185 Jamaica 28079 G 9 9
186 Jamaica 28080 G 9 9
187 Jamaica 28081 A 9 9
188 Jamaica 28082 T 9 9
189 Jamaica 28083 G 9 9
190 Jamaica 28084 A 9 9
191 Jamaica 28085 G 9 9
192 Jamaica 28086 G 9 9
193 Jamaica 28087 C 9 9
194 Jamaica 28088 T 9 9
195 Jamaica 28089 G 9 9
196 Jamaica 28090 G 9 9
197 Jamaica 28091 T 9 9
198 Jamaica 28092 T 9 9
199 Jamaica 28093 C 9 9
200 Jamaica 28094 T 9 9
201 Jamaica 28095 A 9 9
202 Jamaica 28096 A 9 9
203 Jamaica 28097 A 9 9
204 Jamaica 28098 T 9 9
205 Jamaica 28099 C 9 9
206 Jamaica 28100 A 9 9
207 Jamaica 28101 C 9 9
208 Jamaica 28102 C 9 9
209 Jamaica 28103 C 9 9
210 Jamaica 28104 A 9 9
211 Jamaica 28105 T 13 13
212 Jamaica 28106 T 13 13
213 Jamaica 28107 C 13 13
214 Jamaica 28108 A 13 13
215 Jamaica 28109 G 13 13
216 Jamaica 28110 T 13 13
217 Jamaica 28111 A G 13 9 Tyr73Cys
218 Jamaica 28112 C 13 13
219 Jamaica 28113 A 13 13
220 Jamaica 28114 T 13 13
221 Jamaica 28115 C 13 13
222 Jamaica 28116 G 13 13
223 Jamaica 28117 A 13 13
224 Jamaica 28118 T 13 13
225 Jamaica 28119 A 13 13
226 Jamaica 28120 T 13 13
227 Jamaica 28121 C 13 13
228 Jamaica 28122 G 13 13
229 Jamaica 28123 G 13 13
230 Jamaica 28124 T 13 13
231 Jamaica 28125 A 13 13
232 Jamaica 28126 A 13 13
233 Jamaica 28127 T 13 13
234 Jamaica 28128 T 13 13
235 Jamaica 28129 A 13 13
236 Jamaica 28130 T 13 13
237 Jamaica 28131 A 13 13
238 Jamaica 28132 C 13 13
239 Jamaica 28133 A 13 13
240 Jamaica 28134 G 13 13
241 Jamaica 28135 T 13 13
242 Jamaica 28136 T 13 13
243 Jamaica 28137 T 13 13
244 Jamaica 28138 C 13 13
245 Jamaica 28139 C 13 13
246 Jamaica 28140 T 13 13
247 Jamaica 28141 G 13 13
248 Jamaica 28142 T 13 13
249 Jamaica 28143 T 13 13
250 Jamaica 28144 T 13 13
251 Jamaica 28145 A 13 13
252 Jamaica 28146 C 13 13
253 Jamaica 28147 C 13 13
254 Jamaica 28148 T 13 13
255 Jamaica 28149 T 13 13
256 Jamaica 28150 T 13 13
257 Jamaica 28151 T 13 13
258 Jamaica 28152 A 13 13
259 Jamaica 28153 C 13 13
260 Jamaica 28154 A 13 13
261 Jamaica 28155 A 13 13
262 Jamaica 28156 T 13 13
263 Jamaica 28157 T 13 13
264 Jamaica 28158 A 13 13
265 Jamaica 28159 A 13 13
266 Jamaica 28160 T 13 13
267 Jamaica 28161 T 13 13
268 Jamaica 28162 G 13 13
269 Jamaica 28163 C 13 13
270 Jamaica 28164 C 13 13
271 Jamaica 28165 A 13 13
272 Jamaica 28166 G 13 13
273 Jamaica 28167 G 13 13
274 Jamaica 28168 A 13 13
275 Jamaica 28169 A 13 13
276 Jamaica 28170 C 13 13
277 Jamaica 28171 C 13 13
278 Jamaica 28172 T 13 13
279 Jamaica 28173 A 13 13
280 Jamaica 28174 A 13 13
281 Jamaica 28175 A 13 13
282 Jamaica 28176 T 13 13
283 Jamaica 28177 T 13 13
284 Jamaica 28178 G 13 13
285 Jamaica 28179 G 13 13
286 Jamaica 28180 G 13 13
287 Jamaica 28181 T 13 13
288 Jamaica 28182 A 13 13
289 Jamaica 28183 G 13 13
290 Jamaica 28184 T 13 13
291 Jamaica 28185 C 13 13
292 Jamaica 28186 T 13 13
293 Jamaica 28187 T 13 13
294 Jamaica 28188 G 13 13
295 Jamaica 28189 T 13 13
296 Jamaica 28190 A 13 13
297 Jamaica 28191 G 13 13
298 Jamaica 28192 T 13 13
299 Jamaica 28193 G 13 13
300 Jamaica 28194 C 13 13
301 Jamaica 28195 G 13 13
302 Jamaica 28196 T 13 13
303 Jamaica 28197 T 13 13
304 Jamaica 28198 G 13 13
305 Jamaica 28199 T 13 13
306 Jamaica 28200 T 13 13
307 Jamaica 28201 C 13 13
308 Jamaica 28202 G 13 13
309 Jamaica 28203 T 13 13
310 Jamaica 28204 T 13 13
311 Jamaica 28205 C 13 13
312 Jamaica 28206 T 13 13
313 Jamaica 28207 A 13 13
314 Jamaica 28208 T 13 13
315 Jamaica 28209 G 13 13
316 Jamaica 28210 A 13 13
317 Jamaica 28211 A 13 13
318 Jamaica 28212 G 13 13
319 Jamaica 28213 A 13 13
320 Jamaica 28214 C 13 13
321 Jamaica 28215 T 13 13
322 Jamaica 28216 T 13 13
323 Jamaica 28217 T 13 13
324 Jamaica 28218 T 13 13
325 Jamaica 28219 T 13 13
326 Jamaica 28220 A 13 13
327 Jamaica 28221 G 13 13
328 Jamaica 28222 A 13 13
329 Jamaica 28223 G 13 13
330 Jamaica 28224 T 13 13
331 Jamaica 28225 A 13 13
332 Jamaica 28226 T 13 13
333 Jamaica 28227 C 13 13
334 Jamaica 28228 A 13 13
335 Jamaica 28229 T 13 13
336 Jamaica 28230 G 13 13
337 Jamaica 28231 A 13 13
338 Jamaica 28232 C 13 13
339 Jamaica 28233 G 13 13
340 Jamaica 28234 T 13 13
341 Jamaica 28235 T 13 13
342 Jamaica 28236 C 13 13
343 Jamaica 28237 G 13 13
344 Jamaica 28238 T 13 13
345 Jamaica 28239 G 13 13
346 Jamaica 28240 T 13 13
347 Jamaica 28241 T 13 13
348 Jamaica 28242 G 13 13
349 Jamaica 28243 T 13 13
350 Jamaica 28244 T 13 13
351 Jamaica 28245 T 13 13
352 Jamaica 28246 T 13 13
353 Jamaica 28247 A 13 13
354 Jamaica 28248 G 13 13
355 Jamaica 28249 A 13 13
356 Jamaica 28250 T 13 13
357 Jamaica 28251 T 13 13
358 Jamaica 28252 T 13 13
359 Jamaica 28253 C 13 13
360 Jamaica 28254 A 13 13
361 Jamaica 28255 T 13 13
362 Jamaica 28256 C 13 13
363 Jamaica 28257 T 13 13
364 Jamaica 28258 A 13 13
365 Jamaica 28259 A 13 13