National Institute Of Genetic Engineering and Biotechnology

P.I:Mohammad-Ali Malboobi
Here we provide last mutation observed in Nucleocapsid gene of COVID-19 prevalent in Iran.
We kindly wait your comment or coopration in tracking crona virus project.

Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  * - ? A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y
*     2                                        
-     366                                        
?                                              
A     15                                        
C     21                                        
D     22                                        
E     18                           1            
F     24                                        
G     15                                        
H     12                                        
I     30                                        
K     15                                        
L     30         1         1                    
M     3                                        
N     6                                        
P     21                         1              
Q 1   18                                        
R     12               1             1          
S     27                                        
T     15                                        
V     36 1                 1 1                  
W     3                                        
Y     21   1                                    

Nucleotide and amino acid mutations

Here we provide list of mutation observed in Nucleocapsid at gene and protein of COVID-19.
-The position column is nucleotide position in reference genome as NC_045512.2
-The Reference column indicate reference nucleotide in NC_045512.2
-The NS column indicate number of samples that this position have been observed
-The NSR column indicate number of samples with reference nucleotide. Therefore diffrenciate related to Ns indicate number of sample with mutated nucleotide

Contoury Position Reference Alt. NSR NS AAchange
0 Iran 27894 A 33 33
1 Iran 27895 T 33 33
2 Iran 27896 G 33 33
3 Iran 27897 A 33 33
4 Iran 27898 A 33 33
5 Iran 27899 A 33 33
6 Iran 27900 T 33 33
7 Iran 27901 T 33 33
8 Iran 27902 T 33 33
9 Iran 27903 C T 33 32 Leu4Phe
10 Iran 27904 T 33 33
11 Iran 27905 T 33 33
12 Iran 27906 G 33 33
13 Iran 27907 T 33 33
14 Iran 27908 T 33 33
15 Iran 27909 T 33 33
16 Iran 27910 T 33 33
17 Iran 27911 C 33 33
18 Iran 27912 T 33 33
19 Iran 27913 T 33 33
20 Iran 27914 A 33 33
21 Iran 27915 G 33 33
22 Iran 27916 G 33 33
23 Iran 27917 A 33 33
24 Iran 27918 A 33 33
25 Iran 27919 T 33 33
26 Iran 27920 C 33 33
27 Iran 27921 A 33 33
28 Iran 27922 T 33 33
29 Iran 27923 C 33 33
30 Iran 27924 A 33 33
31 Iran 27925 C 33 33
32 Iran 27926 A 33 33
33 Iran 27927 A 33 33
34 Iran 27928 C 47 47
35 Iran 27929 T 47 46
36 Iran 27930 G 47 46
37 Iran 27931 T 47 46
38 Iran 27932 A 47 46
39 Iran 27933 G 47 46
40 Iran 27934 C 47 46
41 Iran 27935 T 47 46
42 Iran 27936 G 47 46
43 Iran 27937 C 47 46
44 Iran 27938 A 47 46
45 Iran 27939 T 47 46
46 Iran 27940 T 47 46
47 Iran 27941 T 47 46
48 Iran 27942 C 47 46
49 Iran 27943 A 47 46
50 Iran 27944 C 47 46
51 Iran 27945 C 47 46
52 Iran 27946 A 47 46
53 Iran 27947 A 47 46
54 Iran 27948 G 47 46
55 Iran 27949 A 47 46
56 Iran 27950 A 47 46
57 Iran 27951 T 47 46
58 Iran 27952 G 47 46
59 Iran 27953 T 47 46
60 Iran 27954 A 49 48
61 Iran 27955 G 49 48
62 Iran 27956 T 49 48
63 Iran 27957 T 49 48
64 Iran 27958 T 49 48
65 Iran 27959 A 49 48
66 Iran 27960 C 49 49
67 Iran 27961 A 49 49
68 Iran 27962 G 49 49
69 Iran 27963 T 49 49
70 Iran 27964 C 49 49
71 Iran 27965 A 49 49
72 Iran 27966 T 49 49
73 Iran 27967 G 49 49
74 Iran 27968 T 49 49
75 Iran 27969 A 49 49
76 Iran 27970 C 49 49
77 Iran 27971 T 49 49
78 Iran 27972 C T 49 48 Gln27*
79 Iran 27973 A 49 49
80 Iran 27974 A 49 49
81 Iran 27975 C 49 49
82 Iran 27976 A 49 49
83 Iran 27977 T 49 49
84 Iran 27978 C 49 49
85 Iran 27979 A 49 49
86 Iran 27980 A 49 49
87 Iran 27981 C 49 49
88 Iran 27982 C 49 49
89 Iran 27983 A 49 49
90 Iran 27984 T 49 49
91 Iran 27985 A 49 49
92 Iran 27986 T 49 49
93 Iran 27987 G 49 49
94 Iran 27988 T 49 49
95 Iran 27989 A 49 49
96 Iran 27990 G 49 49
97 Iran 27991 T 49 49
98 Iran 27992 T 49 49
99 Iran 27993 G 49 49
100 Iran 27994 A 49 49
101 Iran 27995 T 49 49
102 Iran 27996 G 49 49
103 Iran 27997 A 49 49
104 Iran 27998 C 49 49
105 Iran 27999 C 49 49
106 Iran 28000 C 49 49
107 Iran 28001 G 49 49
108 Iran 28002 T 49 49
109 Iran 28003 G 49 49
110 Iran 28004 T 49 49
111 Iran 28005 C 49 49
112 Iran 28006 C 49 49
113 Iran 28007 T 49 49
114 Iran 28008 A 49 49
115 Iran 28009 T 49 49
116 Iran 28010 T 49 49
117 Iran 28011 C 49 49
118 Iran 28012 A 49 49
119 Iran 28013 C 49 49
120 Iran 28014 T 49 49
121 Iran 28015 T 49 49
122 Iran 28016 C 49 49
123 Iran 28017 T 49 49
124 Iran 28018 A 49 49
125 Iran 28019 T 49 49
126 Iran 28020 T 49 49
127 Iran 28021 C 49 49
128 Iran 28022 T 49 49
129 Iran 28023 A 49 49
130 Iran 28024 A 49 49
131 Iran 28025 A 49 49
132 Iran 28026 T 49 49
133 Iran 28027 G 49 49
134 Iran 28028 G 49 49
135 Iran 28029 T 49 49
136 Iran 28030 A 49 49
137 Iran 28031 T 49 49
138 Iran 28032 A 49 49
139 Iran 28033 T 49 49
140 Iran 28034 T 49 49
141 Iran 28035 A 49 49
142 Iran 28036 G 49 49
143 Iran 28037 A 49 49
144 Iran 28038 G 49 49
145 Iran 28039 T 49 49
146 Iran 28040 A 49 49
147 Iran 28041 G 49 49
148 Iran 28042 G 49 49
149 Iran 28043 A 49 49
150 Iran 28044 G 49 49
151 Iran 28045 C 49 49
152 Iran 28046 T 49 49
153 Iran 28047 A 49 49
154 Iran 28048 G T 49 48 Arg52Ile
155 Iran 28049 A 49 49
156 Iran 28050 A 49 49
157 Iran 28051 A 49 49
158 Iran 28052 A 49 49
159 Iran 28053 T 49 49
160 Iran 28054 C 49 49
161 Iran 28055 A 49 49
162 Iran 28056 G 49 49
163 Iran 28057 C 49 49
164 Iran 28058 A 49 49
165 Iran 28059 C 49 49
166 Iran 28060 C 49 49
167 Iran 28061 T 49 49
168 Iran 28062 T 49 49
169 Iran 28063 T 49 49
170 Iran 28064 A 49 49
171 Iran 28065 A 49 49
172 Iran 28066 T 49 49
173 Iran 28067 T 49 49
174 Iran 28068 G 49 49
175 Iran 28069 A 49 49
176 Iran 28070 A 49 49
177 Iran 28071 T 49 49
178 Iran 28072 T 49 49
179 Iran 28073 G 49 49
180 Iran 28074 T 47 47
181 Iran 28075 G 47 47
182 Iran 28076 C 47 47
183 Iran 28077 G T,A 47 45 Val62Leu-p.Val62Met
184 Iran 28078 T C 47 46 Val62Ala
185 Iran 28079 G 47 47
186 Iran 28080 G 47 47
187 Iran 28081 A 47 47
188 Iran 28082 T 47 47
189 Iran 28083 G 47 47
190 Iran 28084 A 47 47
191 Iran 28085 G 47 47
192 Iran 28086 G 47 47
193 Iran 28087 C 47 47
194 Iran 28088 T 47 47
195 Iran 28089 G 47 47
196 Iran 28090 G 47 47
197 Iran 28091 T 47 47
198 Iran 28092 T 47 47
199 Iran 28093 C 47 47
200 Iran 28094 T 47 47
201 Iran 28095 A 47 47
202 Iran 28096 A 47 47
203 Iran 28097 A 47 47
204 Iran 28098 T 47 47
205 Iran 28099 C 47 47
206 Iran 28100 A 47 47
207 Iran 28101 C 47 47
208 Iran 28102 C 47 47
209 Iran 28103 C G 47 46 Pro70Pro
210 Iran 28104 A 47 47
211 Iran 28105 T 47 47
212 Iran 28106 T 47 47
213 Iran 28107 C 47 47
214 Iran 28108 A 47 47
215 Iran 28109 G 47 47
216 Iran 28110 T 47 47
217 Iran 28111 A G 47 46 Tyr73Cys
218 Iran 28112 C 47 47
219 Iran 28113 A 47 47
220 Iran 28114 T 47 47
221 Iran 28115 C 47 47
222 Iran 28116 G 47 47
223 Iran 28117 A 47 47
224 Iran 28118 T 47 47
225 Iran 28119 A 47 47
226 Iran 28120 T 47 47
227 Iran 28121 C 47 47
228 Iran 28122 G 47 47
229 Iran 28123 G 47 47
230 Iran 28124 T 47 47
231 Iran 28125 A 47 47
232 Iran 28126 A 47 47
233 Iran 28127 T 47 47
234 Iran 28128 T 47 47
235 Iran 28129 A 47 47
236 Iran 28130 T 47 47
237 Iran 28131 A 47 47
238 Iran 28132 C 47 47
239 Iran 28133 A 47 47
240 Iran 28134 G 49 49
241 Iran 28135 T 49 49
242 Iran 28136 T 49 49
243 Iran 28137 T 49 49
244 Iran 28138 C 49 49
245 Iran 28139 C 49 49
246 Iran 28140 T 49 49
247 Iran 28141 G 49 49
248 Iran 28142 T 49 49
249 Iran 28143 T 49 49
250 Iran 28144 T 49 49
251 Iran 28145 A 49 49
252 Iran 28146 C 49 49
253 Iran 28147 C 49 49
254 Iran 28148 T 49 49
255 Iran 28149 T 49 49
256 Iran 28150 T 49 49
257 Iran 28151 T 49 49
258 Iran 28152 A 49 49
259 Iran 28153 C 49 49
260 Iran 28154 A 49 49
261 Iran 28155 A 49 49
262 Iran 28156 T 49 49
263 Iran 28157 T 49 49
264 Iran 28158 A 49 49
265 Iran 28159 A 49 49
266 Iran 28160 T 49 49
267 Iran 28161 T 49 49
268 Iran 28162 G 49 49
269 Iran 28163 C 49 49
270 Iran 28164 C 49 49
271 Iran 28165 A 49 49
272 Iran 28166 G 49 49
273 Iran 28167 G 49 49
274 Iran 28168 A 49 49
275 Iran 28169 A 49 49
276 Iran 28170 C 49 49
277 Iran 28171 C 49 49
278 Iran 28172 T 49 49
279 Iran 28173 A 49 49
280 Iran 28174 A 49 49
281 Iran 28175 A 49 49
282 Iran 28176 T 49 49
283 Iran 28177 T 49 49
284 Iran 28178 G 49 49
285 Iran 28179 G 49 49
286 Iran 28180 G 49 49
287 Iran 28181 T 49 49
288 Iran 28182 A 49 49
289 Iran 28183 G 49 49
290 Iran 28184 T 49 49
291 Iran 28185 C 49 49
292 Iran 28186 T 49 49
293 Iran 28187 T 49 49
294 Iran 28188 G 49 49
295 Iran 28189 T 49 49
296 Iran 28190 A 49 49
297 Iran 28191 G 49 49
298 Iran 28192 T 49 49
299 Iran 28193 G 49 49
300 Iran 28194 C 49 49
301 Iran 28195 G 49 49
302 Iran 28196 T C 49 48 Arg101Arg
303 Iran 28197 T 49 49
304 Iran 28198 G 49 49
305 Iran 28199 T 49 49
306 Iran 28200 T 49 49
307 Iran 28201 C 49 49
308 Iran 28202 G 49 49
309 Iran 28203 T 49 49
310 Iran 28204 T 49 49
311 Iran 28205 C 49 49
312 Iran 28206 T 49 49
313 Iran 28207 A 49 49
314 Iran 28208 T 49 49
315 Iran 28209 G 49 49
316 Iran 28210 A 49 49
317 Iran 28211 A 49 49
318 Iran 28212 G 49 49
319 Iran 28213 A 49 49
320 Iran 28214 C 49 49
321 Iran 28215 T 51 51
322 Iran 28216 T 51 51
323 Iran 28217 T 51 51
324 Iran 28218 T C 51 50 Leu109Leu
325 Iran 28219 T 51 51
326 Iran 28220 A 51 51
327 Iran 28221 G C 51 50 Glu110Gln
328 Iran 28222 A 51 51
329 Iran 28223 G 51 51
330 Iran 28224 T 51 51
331 Iran 28225 A 51 51
332 Iran 28226 T 51 51
333 Iran 28227 C 51 51
334 Iran 28228 A 51 51
335 Iran 28229 T 51 51
336 Iran 28230 G 51 51
337 Iran 28231 A 51 51
338 Iran 28232 C 51 51
339 Iran 28233 G 51 51
340 Iran 28234 T 51 51
341 Iran 28235 T 51 51
342 Iran 28236 C 51 51
343 Iran 28237 G 51 51
344 Iran 28238 T 51 51
345 Iran 28239 G 51 51
346 Iran 28240 T 51 51
347 Iran 28241 T 51 51
348 Iran 28242 G 51 51
349 Iran 28243 T 51 51
350 Iran 28244 T 51 51
351 Iran 28245 T 51 51
352 Iran 28246 T 51 51
353 Iran 28247 A 51 51
354 Iran 28248 G 51 51
355 Iran 28249 A 51 51
356 Iran 28250 T 51 51
357 Iran 28251 T 51 51
358 Iran 28252 T 51 51
359 Iran 28253 C 51 50
360 Iran 28254 A 51 51
361 Iran 28255 T 51 51
362 Iran 28256 C 51 51
363 Iran 28257 T 51 51
364 Iran 28258 A 51 51
365 Iran 28259 A 51 51