National Institute Of Genetic Engineering and Biotechnology

P.I:Mohammad-Ali Malboobi
Here we provide last mutation observed in Nucleocapsid gene of COVID-19 prevalent in Iran.
We kindly wait your comment or coopration in tracking crona virus project.

Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  * - ? A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y
*     2                                        
-     366                                        
?                                              
A     15 1                                 1    
C     21                                        
D     22     1                                  
E     18                                        
F     24         1                              
G     15                                        
H     12                   1                    
I     30                                        
K     15                                        
L     30         1         1                    
M     3                                        
N     6                                        
P     21                           1            
Q     18                                        
R     12                                        
S     27                                        
T     15               3                        
V     36                   1                    
W     3                                        
Y     21                                        

Nucleotide and amino acid mutations

Here we provide list of mutation observed in Nucleocapsid at gene and protein of COVID-19.
-The position column is nucleotide position in reference genome as NC_045512.2
-The Reference column indicate reference nucleotide in NC_045512.2
-The NS column indicate number of samples that this position have been observed
-The NSR column indicate number of samples with reference nucleotide. Therefore diffrenciate related to Ns indicate number of sample with mutated nucleotide

Contoury Position Reference Alt. NSR NS AAchange
0 Indonesia 27894 A 182 182
1 Indonesia 27895 T 182 182
2 Indonesia 27896 G 182 182
3 Indonesia 27897 A 182 182
4 Indonesia 27898 A 182 182
5 Indonesia 27899 A 182 182
6 Indonesia 27900 T 182 182
7 Indonesia 27901 T 182 182
8 Indonesia 27902 T 182 182
9 Indonesia 27903 C 182 182
10 Indonesia 27904 T 182 182
11 Indonesia 27905 T 182 182
12 Indonesia 27906 G 182 182
13 Indonesia 27907 T 182 182
14 Indonesia 27908 T 182 182
15 Indonesia 27909 T 182 182
16 Indonesia 27910 T 182 182
17 Indonesia 27911 C 182 182
18 Indonesia 27912 T 182 182
19 Indonesia 27913 T 182 182
20 Indonesia 27914 A 182 182
21 Indonesia 27915 G 182 182
22 Indonesia 27916 G 182 182
23 Indonesia 27917 A 182 182
24 Indonesia 27918 A 182 182
25 Indonesia 27919 T 182 182
26 Indonesia 27920 C 182 182
27 Indonesia 27921 A 182 182
28 Indonesia 27922 T 182 182
29 Indonesia 27923 C 182 182
30 Indonesia 27924 A 182 182
31 Indonesia 27925 C T 182 181 Thr11Ile
32 Indonesia 27926 A 182 182
33 Indonesia 27927 A 182 182
34 Indonesia 27928 C 182 182
35 Indonesia 27929 T 182 182
36 Indonesia 27930 G 182 182
37 Indonesia 27931 T 182 182
38 Indonesia 27932 A 182 182
39 Indonesia 27933 G 182 182
40 Indonesia 27934 C 182 182
41 Indonesia 27935 T 182 182
42 Indonesia 27936 G 182 182
43 Indonesia 27937 C 182 182
44 Indonesia 27938 A 182 182
45 Indonesia 27939 T 182 182
46 Indonesia 27940 T 182 182
47 Indonesia 27941 T 180 180
48 Indonesia 27942 C 180 180
49 Indonesia 27943 A 180 180
50 Indonesia 27944 C 180 180
51 Indonesia 27945 C 180 180
52 Indonesia 27946 A 180 180
53 Indonesia 27947 A 180 180
54 Indonesia 27948 G 180 180
55 Indonesia 27949 A 180 180
56 Indonesia 27950 A 180 180
57 Indonesia 27951 T 180 180
58 Indonesia 27952 G 180 180
59 Indonesia 27953 T 180 180
60 Indonesia 27954 A 180 180
61 Indonesia 27955 G 180 180
62 Indonesia 27956 T 180 180
63 Indonesia 27957 T 180 180
64 Indonesia 27958 T 180 180
65 Indonesia 27959 A 180 180
66 Indonesia 27960 C 180 180
67 Indonesia 27961 A 180 180
68 Indonesia 27962 G 180 180
69 Indonesia 27963 T 180 180
70 Indonesia 27964 C 180 180
71 Indonesia 27965 A 180 180
72 Indonesia 27966 T 180 180
73 Indonesia 27967 G 180 180
74 Indonesia 27968 T 180 180
75 Indonesia 27969 A 180 180
76 Indonesia 27970 C T 180 179 Thr26Ile
77 Indonesia 27971 T 180 180
78 Indonesia 27972 C 180 180
79 Indonesia 27973 A 180 180
80 Indonesia 27974 A 180 180
81 Indonesia 27975 C 180 180
82 Indonesia 27976 A T 180 179 His28Leu
83 Indonesia 27977 T 180 180
84 Indonesia 27978 C 179 179
85 Indonesia 27979 A 179 179
86 Indonesia 27980 A 179 179
87 Indonesia 27981 C 179 179
88 Indonesia 27982 C A 179 178 Pro30Gln
89 Indonesia 27983 A 179 179
90 Indonesia 27984 T 179 179
91 Indonesia 27985 A 179 179
92 Indonesia 27986 T 179 179
93 Indonesia 27987 G 179 179
94 Indonesia 27988 T 179 179
95 Indonesia 27989 A 179 179
96 Indonesia 27990 G 179 178
97 Indonesia 27991 T 179 178
98 Indonesia 27992 T 179 178
99 Indonesia 27993 G 179 178
100 Indonesia 27994 A 179 178
101 Indonesia 27995 T 179 178
102 Indonesia 27996 G 179 178
103 Indonesia 27997 A 179 178
104 Indonesia 27998 C T 179 177 Asp35Asp
105 Indonesia 27999 C 179 178
106 Indonesia 28000 C 179 178
107 Indonesia 28001 G 179 178
108 Indonesia 28002 T 179 178
109 Indonesia 28003 G 179 178
110 Indonesia 28004 T 179 178
111 Indonesia 28005 C 179 178
112 Indonesia 28006 C 179 178
113 Indonesia 28007 T 179 178
114 Indonesia 28008 A 179 178
115 Indonesia 28009 T 179 178
116 Indonesia 28010 T 179 178
117 Indonesia 28011 C 179 178
118 Indonesia 28012 A 179 178
119 Indonesia 28013 C 179 178
120 Indonesia 28014 T 179 178
121 Indonesia 28015 T 179 178
122 Indonesia 28016 C 179 178
123 Indonesia 28017 T 179 178
124 Indonesia 28018 A 179 178
125 Indonesia 28019 T 179 178
126 Indonesia 28020 T 179 178
127 Indonesia 28021 C 179 178
128 Indonesia 28022 T 179 178
129 Indonesia 28023 A 179 178
130 Indonesia 28024 A 179 178
131 Indonesia 28025 A 179 178
132 Indonesia 28026 T 179 178
133 Indonesia 28027 G 179 178
134 Indonesia 28028 G 179 178
135 Indonesia 28029 T 179 178
136 Indonesia 28030 A 179 178
137 Indonesia 28031 T 179 179
138 Indonesia 28032 A 179 179
139 Indonesia 28033 T 179 179
140 Indonesia 28034 T 179 179
141 Indonesia 28035 A 179 179
142 Indonesia 28036 G 179 179
143 Indonesia 28037 A 179 179
144 Indonesia 28038 G 179 179
145 Indonesia 28039 T 179 179
146 Indonesia 28040 A 179 179
147 Indonesia 28041 G 179 179
148 Indonesia 28042 G 179 179
149 Indonesia 28043 A 179 179
150 Indonesia 28044 G 179 179
151 Indonesia 28045 C T 179 178 Ala51Val
152 Indonesia 28046 T 179 179
153 Indonesia 28047 A 179 179
154 Indonesia 28048 G 179 179
155 Indonesia 28049 A 179 179
156 Indonesia 28050 A 179 179
157 Indonesia 28051 A 179 179
158 Indonesia 28052 A 179 179
159 Indonesia 28053 T 179 179
160 Indonesia 28054 C 179 179
161 Indonesia 28055 A 179 179
162 Indonesia 28056 G 179 179
163 Indonesia 28057 C 179 179
164 Indonesia 28058 A 179 179
165 Indonesia 28059 C 179 179
166 Indonesia 28060 C 179 179
167 Indonesia 28061 T 179 179
168 Indonesia 28062 T 179 179
169 Indonesia 28063 T 179 179
170 Indonesia 28064 A 179 179
171 Indonesia 28065 A 179 179
172 Indonesia 28066 T 179 179
173 Indonesia 28067 T 179 179
174 Indonesia 28068 G 179 179
175 Indonesia 28069 A 179 179
176 Indonesia 28070 A 179 179
177 Indonesia 28071 T 179 179
178 Indonesia 28072 T 179 179
179 Indonesia 28073 G A 179 174 Leu60Leu
180 Indonesia 28074 T 179 179
181 Indonesia 28075 G 179 179
182 Indonesia 28076 C 179 179
183 Indonesia 28077 G T 179 173 Val62Leu
184 Indonesia 28078 T 179 179
185 Indonesia 28079 G 179 179
186 Indonesia 28080 G 179 179
187 Indonesia 28081 A 179 179
188 Indonesia 28082 T 179 179
189 Indonesia 28083 G 179 179
190 Indonesia 28084 A 179 179
191 Indonesia 28085 G 179 179
192 Indonesia 28086 G 179 179
193 Indonesia 28087 C 179 179
194 Indonesia 28088 T G 179 178 Ala65Ala
195 Indonesia 28089 G 179 179
196 Indonesia 28090 G 179 179
197 Indonesia 28091 T 179 179
198 Indonesia 28092 T 179 179
199 Indonesia 28093 C 179 179
200 Indonesia 28094 T 179 179
201 Indonesia 28095 A 179 178
202 Indonesia 28096 A 179 178
203 Indonesia 28097 A 179 178
204 Indonesia 28098 T 179 178
205 Indonesia 28099 C 179 178
206 Indonesia 28100 A 179 178
207 Indonesia 28101 C 179 179
208 Indonesia 28102 C 179 179
209 Indonesia 28103 C 179 179
210 Indonesia 28104 A 179 178
211 Indonesia 28105 T 179 178
212 Indonesia 28106 T 179 178
213 Indonesia 28107 C 179 178
214 Indonesia 28108 A 179 178
215 Indonesia 28109 G 179 178
216 Indonesia 28110 T 179 177
217 Indonesia 28111 A 179 179
218 Indonesia 28112 C 179 179
219 Indonesia 28113 A 179 179
220 Indonesia 28114 T 179 179
221 Indonesia 28115 C 179 179
222 Indonesia 28116 G 179 179
223 Indonesia 28117 A 179 179
224 Indonesia 28118 T 179 179
225 Indonesia 28119 A 179 179
226 Indonesia 28120 T 179 179
227 Indonesia 28121 C 179 179
228 Indonesia 28122 G 179 179
229 Indonesia 28123 G 179 179
230 Indonesia 28124 T 179 179
231 Indonesia 28125 A 179 179
232 Indonesia 28126 A 179 179
233 Indonesia 28127 T 179 179
234 Indonesia 28128 T 179 179
235 Indonesia 28129 A 179 179
236 Indonesia 28130 T 179 179
237 Indonesia 28131 A 179 179
238 Indonesia 28132 C 179 179
239 Indonesia 28133 A 179 179
240 Indonesia 28134 G 179 179
241 Indonesia 28135 T 179 179
242 Indonesia 28136 T 179 179
243 Indonesia 28137 T 179 179
244 Indonesia 28138 C 179 179
245 Indonesia 28139 C 179 179
246 Indonesia 28140 T 179 179
247 Indonesia 28141 G 179 179
248 Indonesia 28142 T 179 179
249 Indonesia 28143 T 179 179
250 Indonesia 28144 T 179 179
251 Indonesia 28145 A 179 179
252 Indonesia 28146 C 179 179
253 Indonesia 28147 C 179 179
254 Indonesia 28148 T 179 179
255 Indonesia 28149 T 179 179
256 Indonesia 28150 T 179 179
257 Indonesia 28151 T 179 179
258 Indonesia 28152 A 179 179
259 Indonesia 28153 C T 179 177 Thr87Ile
260 Indonesia 28154 A 179 179
261 Indonesia 28155 A 179 179
262 Indonesia 28156 T 179 179
263 Indonesia 28157 T 179 179
264 Indonesia 28158 A 179 179
265 Indonesia 28159 A 179 179
266 Indonesia 28160 T 179 179
267 Indonesia 28161 T 179 179
268 Indonesia 28162 G 179 179
269 Indonesia 28163 C 179 179
270 Indonesia 28164 C 179 179
271 Indonesia 28165 A 179 179
272 Indonesia 28166 G 179 179
273 Indonesia 28167 G 179 179
274 Indonesia 28168 A 179 179
275 Indonesia 28169 A 179 179
276 Indonesia 28170 C 179 179
277 Indonesia 28171 C 179 179
278 Indonesia 28172 T 179 179
279 Indonesia 28173 A 179 179
280 Indonesia 28174 A 179 179
281 Indonesia 28175 A 179 179
282 Indonesia 28176 T 179 179
283 Indonesia 28177 T 179 179
284 Indonesia 28178 G C 179 177 Leu95Phe
285 Indonesia 28179 G 179 179
286 Indonesia 28180 G 179 179
287 Indonesia 28181 T 179 179
288 Indonesia 28182 A 179 179
289 Indonesia 28183 G 179 179
290 Indonesia 28184 T 179 179
291 Indonesia 28185 C 179 179
292 Indonesia 28186 T 179 179
293 Indonesia 28187 T 179 179
294 Indonesia 28188 G 179 179
295 Indonesia 28189 T 179 179
296 Indonesia 28190 A 179 179
297 Indonesia 28191 G 179 179
298 Indonesia 28192 T 179 179
299 Indonesia 28193 G 179 179
300 Indonesia 28194 C 179 179
301 Indonesia 28195 G 179 179
302 Indonesia 28196 T 179 179
303 Indonesia 28197 T 179 179
304 Indonesia 28198 G 179 179
305 Indonesia 28199 T 179 179
306 Indonesia 28200 T 179 179
307 Indonesia 28201 C 179 179
308 Indonesia 28202 G 179 179
309 Indonesia 28203 T 179 179
310 Indonesia 28204 T 179 179
311 Indonesia 28205 C 179 179
312 Indonesia 28206 T 179 179
313 Indonesia 28207 A 179 179
314 Indonesia 28208 T 179 178
315 Indonesia 28209 G 179 178
316 Indonesia 28210 A 179 178
317 Indonesia 28211 A 179 178
318 Indonesia 28212 G 179 178
319 Indonesia 28213 A 179 178
320 Indonesia 28214 C 179 178
321 Indonesia 28215 T 179 178
322 Indonesia 28216 T 179 178
323 Indonesia 28217 T 179 178
324 Indonesia 28218 T 179 178
325 Indonesia 28219 T 179 178
326 Indonesia 28220 A 179 178
327 Indonesia 28221 G 179 178
328 Indonesia 28222 A 179 178
329 Indonesia 28223 G 179 178
330 Indonesia 28224 T 179 178
331 Indonesia 28225 A 179 178
332 Indonesia 28226 T 179 178
333 Indonesia 28227 C 179 179
334 Indonesia 28228 A 179 179
335 Indonesia 28229 T 179 179
336 Indonesia 28230 G 179 179
337 Indonesia 28231 A 179 179
338 Indonesia 28232 C 179 179
339 Indonesia 28233 G 179 179
340 Indonesia 28234 T 179 179
341 Indonesia 28235 T 179 179
342 Indonesia 28236 C 179 179
343 Indonesia 28237 G 179 179
344 Indonesia 28238 T 179 179
345 Indonesia 28239 G 179 179
346 Indonesia 28240 T 179 179
347 Indonesia 28241 T 179 179
348 Indonesia 28242 G 179 179
349 Indonesia 28243 T 179 179
350 Indonesia 28244 T 179 179
351 Indonesia 28245 T 179 179
352 Indonesia 28246 T 179 179
353 Indonesia 28247 A 179 179
354 Indonesia 28248 G 179 179
355 Indonesia 28249 A 179 179
356 Indonesia 28250 T 179 179
357 Indonesia 28251 T 179 179
358 Indonesia 28252 T 179 179
359 Indonesia 28253 C T 179 177 Phe120Phe
360 Indonesia 28254 A 179 179
361 Indonesia 28255 T 179 179
362 Indonesia 28256 C 179 178
363 Indonesia 28257 T 179 179
364 Indonesia 28258 A 179 179
365 Indonesia 28259 A 179 179