National Institute Of Genetic Engineering and Biotechnology

P.I:Mohammad-Ali Malboobi
Here we provide last mutation observed in Nucleocapsid gene of COVID-19 prevalent in Iran.
We kindly wait your comment or coopration in tracking crona virus project.

Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  * - ? A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y
*     2                                        
-     366                                        
?                                              
A     15                               1 1 1    
C     21                                        
D     22     1     1           1               2
E 3   18     1 1   1               1            
F     24         1         2                    
G     15                                   1    
H     12             1                         1
I     30               4   1           1 1      
K 1   15                                        
L     30         1                     1        
M     3                                        
N     6                       1                
P     21                   2     1     1        
Q 3   18             1   1                      
R     12               1                        
S     27         1         1                    
T     15               1                 1      
V     36         1         3               1    
W     3   1                                    
Y     21   1                                   2

Nucleotide and amino acid mutations

Here we provide list of mutation observed in Nucleocapsid at gene and protein of COVID-19.
-The position column is nucleotide position in reference genome as NC_045512.2
-The Reference column indicate reference nucleotide in NC_045512.2
-The NS column indicate number of samples that this position have been observed
-The NSR column indicate number of samples with reference nucleotide. Therefore diffrenciate related to Ns indicate number of sample with mutated nucleotide

Contoury Position Reference Alt. NSR NS AAchange
0 Iceland 27894 A 4119 4119
1 Iceland 27895 T 4119 4119
2 Iceland 27896 G 4119 4118
3 Iceland 27897 A 4119 4118
4 Iceland 27898 A 4119 4119
5 Iceland 27899 A 4119 4119
6 Iceland 27900 T 4119 4119
7 Iceland 27901 T 4119 4119
8 Iceland 27902 T 4119 4119
9 Iceland 27903 C 4119 4119
10 Iceland 27904 T 4119 4119
11 Iceland 27905 T 4119 4119
12 Iceland 27906 G 4119 4119
13 Iceland 27907 T 4119 4119
14 Iceland 27908 T 4119 4119
15 Iceland 27909 T 4119 4119
16 Iceland 27910 T 4119 4119
17 Iceland 27911 C 4119 4119
18 Iceland 27912 T 4119 4119
19 Iceland 27913 T 4119 4119
20 Iceland 27914 A 4119 4119
21 Iceland 27915 G 4120 4120
22 Iceland 27916 G T 4120 4119 Gly8Val
23 Iceland 27917 A 4120 4120
24 Iceland 27918 A 4120 4120
25 Iceland 27919 T 4120 4120
26 Iceland 27920 C T 4120 4119 Ile9Ile
27 Iceland 27921 A 4120 4120
28 Iceland 27922 T C 4120 4118 Ile10Thr
29 Iceland 27923 C T 4120 4118 Ile10Ile
30 Iceland 27924 A 4120 4120
31 Iceland 27925 C 4120 4120
32 Iceland 27926 A 4121 4121
33 Iceland 27927 A 4121 4121
34 Iceland 27928 C 4121 4121
35 Iceland 27929 T 4121 4121
36 Iceland 27930 G 4121 4121
37 Iceland 27931 T 4121 4121
38 Iceland 27932 A 4121 4120
39 Iceland 27933 G A 4121 4120 Ala14Thr
40 Iceland 27934 C 4121 4120
41 Iceland 27935 T 4121 4120
42 Iceland 27936 G 4121 4120
43 Iceland 27937 C 4121 4120
44 Iceland 27938 A 4121 4121
45 Iceland 27939 T C 4121 4119 Phe16Leu
46 Iceland 27940 T 4121 4121
47 Iceland 27941 T 4121 4120
48 Iceland 27942 C T 4121 4118 His17Tyr
49 Iceland 27943 A 4121 4120
50 Iceland 27944 C T 4121 4056 His17His
51 Iceland 27945 C T 4121 4119 Gln18*
52 Iceland 27946 A 4121 4121
53 Iceland 27947 A 4121 4121
54 Iceland 27948 G T 4121 4118 Glu19*
55 Iceland 27949 A 4121 4120
56 Iceland 27950 A 4121 4121
57 Iceland 27951 T 4121 4119
58 Iceland 27952 G 4121 4119
59 Iceland 27953 T 4121 4119
60 Iceland 27954 A 4121 4119
61 Iceland 27955 G 4121 4118
62 Iceland 27956 T 4121 4120
63 Iceland 27957 T 4121 4120
64 Iceland 27958 T 4121 4120
65 Iceland 27959 A 4121 4120
66 Iceland 27960 C 4121 4119
67 Iceland 27961 A 4121 4121
68 Iceland 27962 G 4121 4120
69 Iceland 27963 T 4121 4121
70 Iceland 27964 C T 4121 4109 Ser24Leu
71 Iceland 27965 A 4121 4120
72 Iceland 27966 T 4121 4118
73 Iceland 27967 G 4121 4120
74 Iceland 27968 T 4121 4119
75 Iceland 27969 A 4121 4120
76 Iceland 27970 C 4121 4118
77 Iceland 27971 T 4121 4120
78 Iceland 27972 C T,A 4121 4091 Gln27*-p.Gln27Lys
79 Iceland 27973 A 4121 4119
80 Iceland 27974 A 4121 4117
81 Iceland 27975 C 4121 4120
82 Iceland 27976 A 4121 4119
83 Iceland 27977 T 4121 4119
84 Iceland 27978 C 4121 4120
85 Iceland 27979 A 4121 4117
86 Iceland 27980 A 4121 4119
87 Iceland 27981 C 4121 4118
88 Iceland 27982 C 4121 4118
89 Iceland 27983 A 4121 4120
90 Iceland 27984 T 4121 4118
91 Iceland 27985 A 4121 4119
92 Iceland 27986 T C 4121 4117 Tyr31Tyr
93 Iceland 27987 G T 4121 4116 Val32Leu
94 Iceland 27988 T 4121 4120
95 Iceland 27989 A 4121 4119
96 Iceland 27990 G 4121 4119
97 Iceland 27991 T 4121 4119
98 Iceland 27992 T 4121 4119
99 Iceland 27993 G A 4121 4118 Asp34Asn
100 Iceland 27994 A 4121 4119
101 Iceland 27995 T 4121 4119
102 Iceland 27996 G 4121 4119
103 Iceland 27997 A 4120 4119
104 Iceland 27998 C 4120 4118
105 Iceland 27999 C 4120 4116
106 Iceland 28000 C 4120 4117
107 Iceland 28001 G T 4120 4115 Pro36Pro
108 Iceland 28002 T 4120 4118
109 Iceland 28003 G 4120 4119
110 Iceland 28004 T 4120 4118
111 Iceland 28005 C 4121 4119
112 Iceland 28006 C T 4121 4118 Pro38Leu
113 Iceland 28007 T 4121 4119
114 Iceland 28008 A 4121 4119
115 Iceland 28009 T 4121 4118
116 Iceland 28010 T C 4121 4091 Ile39Ile
117 Iceland 28011 C 4121 4119
118 Iceland 28012 A 4121 4117
119 Iceland 28013 C 4121 4118
120 Iceland 28014 T 4121 4118
121 Iceland 28015 T 4122 4119
122 Iceland 28016 C 4122 4118
123 Iceland 28017 T 4122 4118
124 Iceland 28018 A 4122 4118
125 Iceland 28019 T 4122 4118
126 Iceland 28020 T 4122 4117
127 Iceland 28021 C 4122 4117
128 Iceland 28022 T 4129 4129
129 Iceland 28023 A 4129 4129
130 Iceland 28024 A 4129 4129
131 Iceland 28025 A 4129 4129
132 Iceland 28026 T 4130 4129
133 Iceland 28027 G 4130 4130
134 Iceland 28028 G T 4131 4127 Trp45Cys
135 Iceland 28029 T 4131 4131
136 Iceland 28030 A 4131 4131
137 Iceland 28031 T C 4131 4130 Tyr46Tyr
138 Iceland 28032 A 4131 4131
139 Iceland 28033 T 4131 4131
140 Iceland 28034 T 4131 4131
141 Iceland 28035 A 4131 4131
142 Iceland 28036 G 4131 4131
143 Iceland 28037 A 4131 4130
144 Iceland 28038 G 4131 4131
145 Iceland 28039 T 4131 4130
146 Iceland 28040 A 4131 4130
147 Iceland 28041 G 4131 4131
148 Iceland 28042 G 4131 4130
149 Iceland 28043 A 4131 4129
150 Iceland 28044 G 4131 4131
151 Iceland 28045 C 4131 4131
152 Iceland 28046 T 4131 4131
153 Iceland 28047 A 4131 4131
154 Iceland 28048 G T 4131 4109 Arg52Ile
155 Iceland 28049 A 4131 4131
156 Iceland 28050 A 4131 4130
157 Iceland 28051 A 4131 4130
158 Iceland 28052 A 4131 4131
159 Iceland 28053 T 4131 4131
160 Iceland 28054 C 4131 4131
161 Iceland 28055 A 4131 4129
162 Iceland 28056 G 4131 4131
163 Iceland 28057 C 4131 4127
164 Iceland 28058 A 4131 4129
165 Iceland 28059 C T 4131 4129 Pro56Ser
166 Iceland 28060 C 4131 4131
167 Iceland 28061 T 4131 4129
168 Iceland 28062 T 4131 4130
169 Iceland 28063 T 4131 4131
170 Iceland 28064 A 4131 4131
171 Iceland 28065 A 4131 4131
172 Iceland 28066 T 4131 4131
173 Iceland 28067 T 4131 4130
174 Iceland 28068 G 4131 4129
175 Iceland 28069 A 4131 4130
176 Iceland 28070 A 4131 4130
177 Iceland 28071 T 4131 4129
178 Iceland 28072 T 4131 4129
179 Iceland 28073 G 4131 4127
180 Iceland 28074 T 4126 4121
181 Iceland 28075 G 4126 4120
182 Iceland 28076 C 4126 4121
183 Iceland 28077 G T,C 4126 4113 Val62Leu-p.Val62Leu
184 Iceland 28078 T 4126 4121
185 Iceland 28079 G T 4126 4119 Val62Val
186 Iceland 28080 G 4128 4123
187 Iceland 28081 A 4132 4127
188 Iceland 28082 T 4147 4145
189 Iceland 28083 G 4147 4145
190 Iceland 28084 A 4147 4145
191 Iceland 28085 G T 4147 4144 Glu64Asp
192 Iceland 28086 G T 4147 4144 Ala65Ser
193 Iceland 28087 C T 4147 4142 Ala65Val
194 Iceland 28088 T 4147 4145
195 Iceland 28089 G 4147 4143
196 Iceland 28090 G 4147 4143
197 Iceland 28091 T 4147 4141
198 Iceland 28092 T 4147 4141
199 Iceland 28093 C T 4147 4138 Ser67Phe
200 Iceland 28094 T 4147 4143
201 Iceland 28095 A T 4147 4140 Lys68*
202 Iceland 28096 A 4147 4145
203 Iceland 28097 A 4147 4145
204 Iceland 28098 T 4147 4145
205 Iceland 28099 C 4147 4145
206 Iceland 28100 A 4147 4145
207 Iceland 28101 C 4147 4145
208 Iceland 28102 C T 4147 4142 Pro70Leu
209 Iceland 28103 C 4147 4145
210 Iceland 28104 A 4147 4145
211 Iceland 28105 T 4155 4155
212 Iceland 28106 T 4155 4155
213 Iceland 28107 C T 4155 4154 Gln72*
214 Iceland 28108 A 4155 4155
215 Iceland 28109 G T 4155 4154 Gln72His
216 Iceland 28110 T 4155 4155
217 Iceland 28111 A G 4155 4135 Tyr73Cys
218 Iceland 28112 C 4155 4155
219 Iceland 28113 A 4155 4155
220 Iceland 28114 T 4155 4155
221 Iceland 28115 C 4155 4155
222 Iceland 28116 G 4155 4155
223 Iceland 28117 A 4155 4155
224 Iceland 28118 T 4155 4155
225 Iceland 28119 A 4155 4155
226 Iceland 28120 T 4155 4155
227 Iceland 28121 C 4155 4155
228 Iceland 28122 G 4155 4155
229 Iceland 28123 G 4155 4155
230 Iceland 28124 T 4155 4155
231 Iceland 28125 A 4155 4155
232 Iceland 28126 A 4155 4155
233 Iceland 28127 T 4155 4155
234 Iceland 28128 T 4155 4155
235 Iceland 28129 A 4155 4155
236 Iceland 28130 T 4155 4155
237 Iceland 28131 A 4155 4155
238 Iceland 28132 C 4155 4155
239 Iceland 28133 A T 4155 4153 Thr80Thr
240 Iceland 28134 G 4160 4159
241 Iceland 28135 T 4160 4160
242 Iceland 28136 T 4160 4160
243 Iceland 28137 T 4160 4160
244 Iceland 28138 C 4160 4160
245 Iceland 28139 C 4160 4160
246 Iceland 28140 T 4160 4160
247 Iceland 28141 G 4160 4160
248 Iceland 28142 T 4160 4159
249 Iceland 28143 T 4160 4160
250 Iceland 28144 T C 4160 4143 Leu84Ser
251 Iceland 28145 A 4160 4160
252 Iceland 28146 C 4146 4141
253 Iceland 28147 C 4147 4142
254 Iceland 28148 T 4147 4142
255 Iceland 28149 T 4147 4142
256 Iceland 28150 T 4146 4141
257 Iceland 28151 T 4146 4141
258 Iceland 28152 A 4146 4141
259 Iceland 28153 C T 4146 3594 Thr87Ile
260 Iceland 28154 A 4146 4141
261 Iceland 28155 A 4144 4140
262 Iceland 28156 T G 4143 4138 Ile88Ser
263 Iceland 28157 T 4143 4142
264 Iceland 28158 A 4143 4142
265 Iceland 28159 A 4143 4142
266 Iceland 28160 T C 4143 4141 Asn89Asn
267 Iceland 28161 T 4143 4142
268 Iceland 28162 G 4143 4142
269 Iceland 28163 C 4143 4142
270 Iceland 28164 C 4143 4142
271 Iceland 28165 A 4143 4142
272 Iceland 28166 G 4144 4143
273 Iceland 28167 G 4144 4143
274 Iceland 28168 A 4144 4143
275 Iceland 28169 A G 4144 4112 Glu92Glu
276 Iceland 28170 C 4144 4143
277 Iceland 28171 C 4144 4144
278 Iceland 28172 T 4144 4143
279 Iceland 28173 A 4124 4124
280 Iceland 28174 A 4120 4119
281 Iceland 28175 A 4120 4119
282 Iceland 28176 T 4120 4119
283 Iceland 28177 T 4120 4119
284 Iceland 28178 G C 4120 4118 Leu95Phe
285 Iceland 28179 G 4120 4119
286 Iceland 28180 G 4119 4119
287 Iceland 28181 T 4119 4119
288 Iceland 28182 A 4119 4118
289 Iceland 28183 G 4119 4117
290 Iceland 28184 T 4119 4119
291 Iceland 28185 C 4119 4119
292 Iceland 28186 T 4119 4119
293 Iceland 28187 T 4119 4119
294 Iceland 28188 G 4119 4119
295 Iceland 28189 T 4119 4119
296 Iceland 28190 A 4119 4119
297 Iceland 28191 G 4119 4119
298 Iceland 28192 T 4119 4119
299 Iceland 28193 G 4119 4119
300 Iceland 28194 C 4119 4119
301 Iceland 28195 G 4119 4119
302 Iceland 28196 T 4119 4118
303 Iceland 28197 T 4119 4119
304 Iceland 28198 G 4119 4119
305 Iceland 28199 T 4119 4119
306 Iceland 28200 T 4119 4119
307 Iceland 28201 C 4118 4118
308 Iceland 28202 G 4118 4118
309 Iceland 28203 T 4118 4118
310 Iceland 28204 T 4118 4118
311 Iceland 28205 C 4118 4118
312 Iceland 28206 T 4118 4118
313 Iceland 28207 A 4118 4118
314 Iceland 28208 T 4118 4118
315 Iceland 28209 G T,C 4118 4115 Glu106*-p.Glu106Gln
316 Iceland 28210 A G 4118 4117 Glu106Gly
317 Iceland 28211 A 4118 4118
318 Iceland 28212 G 4118 4118
319 Iceland 28213 A 4118 4118
320 Iceland 28214 C 4118 4114
321 Iceland 28215 T 4118 4118
322 Iceland 28216 T 4118 4118
323 Iceland 28217 T 4118 4118
324 Iceland 28218 T 4118 4118
325 Iceland 28219 T 4118 4118
326 Iceland 28220 A 4118 4118
327 Iceland 28221 G T 4118 4116 Glu110*
328 Iceland 28222 A 4118 4118
329 Iceland 28223 G 4118 4118
330 Iceland 28224 T 4118 4118
331 Iceland 28225 A 4118 4118
332 Iceland 28226 T 4118 4118
333 Iceland 28227 C 4118 4118
334 Iceland 28228 A 4118 4118
335 Iceland 28229 T 4118 4118
336 Iceland 28230 G T 4118 4117 Asp113Tyr
337 Iceland 28231 A 4118 4118
338 Iceland 28232 C T 4113 4109 Asp113Asp
339 Iceland 28233 G 4113 4112
340 Iceland 28234 T 4112 4112
341 Iceland 28235 T 4112 4111
342 Iceland 28236 C 4112 4109
343 Iceland 28237 G 4112 4110
344 Iceland 28238 T 4112 4110
345 Iceland 28239 G 4112 4110
346 Iceland 28240 T 4112 4110
347 Iceland 28241 T 4112 4111
348 Iceland 28242 G T 4112 4107 Val117Phe
349 Iceland 28243 T 4112 4111
350 Iceland 28244 T 4112 4111
351 Iceland 28245 T 4111 4111
352 Iceland 28246 T 4111 4110
353 Iceland 28247 A 4111 4111
354 Iceland 28248 G T 4111 4109 Asp119Tyr
355 Iceland 28249 A G 4111 4108 Asp119Gly
356 Iceland 28250 T 4111 4108
357 Iceland 28251 T C 4109 4107 Phe120Leu
358 Iceland 28252 T 4109 4109
359 Iceland 28253 C T 4109 3840 Phe120Phe
360 Iceland 28254 A C 4109 4099 Ile121Leu
361 Iceland 28255 T 4109 4109
362 Iceland 28256 C T 4109 4106 Ile121Ile
363 Iceland 28257 T 4109 4109
364 Iceland 28258 A 4109 4109
365 Iceland 28259 A 4109 4109