National Institute Of Genetic Engineering and Biotechnology

P.I:Mohammad-Ali Malboobi
Here we provide last mutation observed in Nucleocapsid gene of COVID-19 prevalent in Iran.
We kindly wait your comment or coopration in tracking crona virus project.

Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  * - ? A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y
*     2                                        
-     366                                        
?                                              
A     15                               1        
C     21                                        
D     22                                       1
E 2   18                                        
F     24         2                              
G     15                                        
H     12             1                          
I     30                                        
K     15                                        
L     30                               1        
M     3                                        
N     6                                        
P     21                         1              
Q 1   18                                        
R     12               1                        
S     27                                        
T     15                                        
V     36                   2                    
W     3                                        
Y     21   1                                    

Nucleotide and amino acid mutations

Here we provide list of mutation observed in Nucleocapsid at gene and protein of COVID-19.
-The position column is nucleotide position in reference genome as NC_045512.2
-The Reference column indicate reference nucleotide in NC_045512.2
-The NS column indicate number of samples that this position have been observed
-The NSR column indicate number of samples with reference nucleotide. Therefore diffrenciate related to Ns indicate number of sample with mutated nucleotide

Contoury Position Reference Alt. NSR NS AAchange
0 Hong_Kong 27894 A 275 275
1 Hong_Kong 27895 T 275 275
2 Hong_Kong 27896 G 275 275
3 Hong_Kong 27897 A 275 275
4 Hong_Kong 27898 A 275 275
5 Hong_Kong 27899 A 275 275
6 Hong_Kong 27900 T 275 275
7 Hong_Kong 27901 T 275 275
8 Hong_Kong 27902 T 275 275
9 Hong_Kong 27903 C 275 275
10 Hong_Kong 27904 T 275 275
11 Hong_Kong 27905 T 275 275
12 Hong_Kong 27906 G 275 275
13 Hong_Kong 27907 T 275 275
14 Hong_Kong 27908 T 275 275
15 Hong_Kong 27909 T 275 275
16 Hong_Kong 27910 T 275 275
17 Hong_Kong 27911 C T 275 274 Phe6Phe
18 Hong_Kong 27912 T 275 275
19 Hong_Kong 27913 T 275 275
20 Hong_Kong 27914 A 275 275
21 Hong_Kong 27915 G 275 275
22 Hong_Kong 27916 G 275 275
23 Hong_Kong 27917 A 275 275
24 Hong_Kong 27918 A 275 275
25 Hong_Kong 27919 T 275 275
26 Hong_Kong 27920 C 275 275
27 Hong_Kong 27921 A 275 275
28 Hong_Kong 27922 T 275 275
29 Hong_Kong 27923 C 275 275
30 Hong_Kong 27924 A 275 275
31 Hong_Kong 27925 C 275 275
32 Hong_Kong 27926 A 275 275
33 Hong_Kong 27927 A 275 275
34 Hong_Kong 27928 C 275 275
35 Hong_Kong 27929 T 275 275
36 Hong_Kong 27930 G 275 275
37 Hong_Kong 27931 T 275 275
38 Hong_Kong 27932 A 275 275
39 Hong_Kong 27933 G 275 275
40 Hong_Kong 27934 C 275 275
41 Hong_Kong 27935 T 275 275
42 Hong_Kong 27936 G 276 276
43 Hong_Kong 27937 C 276 276
44 Hong_Kong 27938 A 276 276
45 Hong_Kong 27939 T 276 276
46 Hong_Kong 27940 T 276 276
47 Hong_Kong 27941 T 276 276
48 Hong_Kong 27942 C 276 276
49 Hong_Kong 27943 A 276 276
50 Hong_Kong 27944 C T 276 271 His17His
51 Hong_Kong 27945 C 276 276
52 Hong_Kong 27946 A 276 276
53 Hong_Kong 27947 A 276 276
54 Hong_Kong 27948 G 276 276
55 Hong_Kong 27949 A 276 276
56 Hong_Kong 27950 A 276 276
57 Hong_Kong 27951 T 276 276
58 Hong_Kong 27952 G 276 276
59 Hong_Kong 27953 T 276 276
60 Hong_Kong 27954 A 276 276
61 Hong_Kong 27955 G 276 276
62 Hong_Kong 27956 T 276 276
63 Hong_Kong 27957 T 276 276
64 Hong_Kong 27958 T 276 276
65 Hong_Kong 27959 A 276 276
66 Hong_Kong 27960 C 276 276
67 Hong_Kong 27961 A 276 276
68 Hong_Kong 27962 G 276 276
69 Hong_Kong 27963 T 276 276
70 Hong_Kong 27964 C 276 276
71 Hong_Kong 27965 A 276 276
72 Hong_Kong 27966 T 276 276
73 Hong_Kong 27967 G 276 276
74 Hong_Kong 27968 T 276 276
75 Hong_Kong 27969 A 276 276
76 Hong_Kong 27970 C 276 276
77 Hong_Kong 27971 T 276 276
78 Hong_Kong 27972 C T 276 273 Gln27*
79 Hong_Kong 27973 A 276 276
80 Hong_Kong 27974 A 276 276
81 Hong_Kong 27975 C 276 276
82 Hong_Kong 27976 A 276 276
83 Hong_Kong 27977 T 276 276
84 Hong_Kong 27978 C 276 276
85 Hong_Kong 27979 A 276 276
86 Hong_Kong 27980 A 276 276
87 Hong_Kong 27981 C 276 276
88 Hong_Kong 27982 C 276 276
89 Hong_Kong 27983 A 276 276
90 Hong_Kong 27984 T 276 276
91 Hong_Kong 27985 A 276 276
92 Hong_Kong 27986 T 276 276
93 Hong_Kong 27987 G 276 276
94 Hong_Kong 27988 T 276 276
95 Hong_Kong 27989 A 276 276
96 Hong_Kong 27990 G 276 276
97 Hong_Kong 27991 T 276 276
98 Hong_Kong 27992 T 276 276
99 Hong_Kong 27993 G 276 276
100 Hong_Kong 27994 A 276 276
101 Hong_Kong 27995 T 276 276
102 Hong_Kong 27996 G 276 276
103 Hong_Kong 27997 A 276 276
104 Hong_Kong 27998 C 276 276
105 Hong_Kong 27999 C 276 276
106 Hong_Kong 28000 C 276 276
107 Hong_Kong 28001 G T 276 274 Pro36Pro
108 Hong_Kong 28002 T 276 276
109 Hong_Kong 28003 G 276 276
110 Hong_Kong 28004 T 276 276
111 Hong_Kong 28005 C 276 276
112 Hong_Kong 28006 C 276 276
113 Hong_Kong 28007 T 276 276
114 Hong_Kong 28008 A 276 276
115 Hong_Kong 28009 T 276 276
116 Hong_Kong 28010 T 276 276
117 Hong_Kong 28011 C 276 276
118 Hong_Kong 28012 A 276 276
119 Hong_Kong 28013 C 276 276
120 Hong_Kong 28014 T 276 276
121 Hong_Kong 28015 T 276 276
122 Hong_Kong 28016 C 276 276
123 Hong_Kong 28017 T 276 276
124 Hong_Kong 28018 A 276 276
125 Hong_Kong 28019 T 276 276
126 Hong_Kong 28020 T 276 276
127 Hong_Kong 28021 C 276 276
128 Hong_Kong 28022 T 276 276
129 Hong_Kong 28023 A 276 276
130 Hong_Kong 28024 A 276 276
131 Hong_Kong 28025 A 276 276
132 Hong_Kong 28026 T 276 276
133 Hong_Kong 28027 G 276 276
134 Hong_Kong 28028 G 276 276
135 Hong_Kong 28029 T 276 276
136 Hong_Kong 28030 A 276 276
137 Hong_Kong 28031 T 276 276
138 Hong_Kong 28032 A 276 276
139 Hong_Kong 28033 T 276 276
140 Hong_Kong 28034 T 276 276
141 Hong_Kong 28035 A 276 276
142 Hong_Kong 28036 G 276 276
143 Hong_Kong 28037 A 276 276
144 Hong_Kong 28038 G 276 276
145 Hong_Kong 28039 T 276 276
146 Hong_Kong 28040 A 276 276
147 Hong_Kong 28041 G 276 276
148 Hong_Kong 28042 G 276 276
149 Hong_Kong 28043 A 276 276
150 Hong_Kong 28044 G 276 276
151 Hong_Kong 28045 C 276 276
152 Hong_Kong 28046 T 276 276
153 Hong_Kong 28047 A 276 276
154 Hong_Kong 28048 G T 276 273 Arg52Ile
155 Hong_Kong 28049 A 276 276
156 Hong_Kong 28050 A 276 276
157 Hong_Kong 28051 A 276 276
158 Hong_Kong 28052 A 276 276
159 Hong_Kong 28053 T 276 276
160 Hong_Kong 28054 C 276 276
161 Hong_Kong 28055 A 276 276
162 Hong_Kong 28056 G 276 276
163 Hong_Kong 28057 C 276 276
164 Hong_Kong 28058 A 276 276
165 Hong_Kong 28059 C 276 276
166 Hong_Kong 28060 C 276 276
167 Hong_Kong 28061 T 276 276
168 Hong_Kong 28062 T 276 276
169 Hong_Kong 28063 T 276 276
170 Hong_Kong 28064 A 276 276
171 Hong_Kong 28065 A 276 276
172 Hong_Kong 28066 T 276 276
173 Hong_Kong 28067 T 276 276
174 Hong_Kong 28068 G 276 276
175 Hong_Kong 28069 A 276 276
176 Hong_Kong 28070 A 276 276
177 Hong_Kong 28071 T 276 276
178 Hong_Kong 28072 T 276 276
179 Hong_Kong 28073 G 276 276
180 Hong_Kong 28074 T 276 276
181 Hong_Kong 28075 G 276 276
182 Hong_Kong 28076 C 276 276
183 Hong_Kong 28077 G C,T 276 270 Val62Leu-p.Val62Leu
184 Hong_Kong 28078 T 276 276
185 Hong_Kong 28079 G 276 276
186 Hong_Kong 28080 G 276 276
187 Hong_Kong 28081 A 276 276
188 Hong_Kong 28082 T 276 276
189 Hong_Kong 28083 G T 276 274 Glu64*
190 Hong_Kong 28084 A 276 276
191 Hong_Kong 28085 G 276 276
192 Hong_Kong 28086 G T 276 275 Ala65Ser
193 Hong_Kong 28087 C 276 276
194 Hong_Kong 28088 T 276 276
195 Hong_Kong 28089 G 276 275
196 Hong_Kong 28090 G 276 275
197 Hong_Kong 28091 T 276 275
198 Hong_Kong 28092 T 276 275
199 Hong_Kong 28093 C 276 275
200 Hong_Kong 28094 T 276 275
201 Hong_Kong 28095 A 276 275
202 Hong_Kong 28096 A 276 276
203 Hong_Kong 28097 A 276 276
204 Hong_Kong 28098 T 276 276
205 Hong_Kong 28099 C 276 276
206 Hong_Kong 28100 A 276 276
207 Hong_Kong 28101 C 276 276
208 Hong_Kong 28102 C 276 276
209 Hong_Kong 28103 C 276 276
210 Hong_Kong 28104 A 276 276
211 Hong_Kong 28105 T 277 277
212 Hong_Kong 28106 T 277 277
213 Hong_Kong 28107 C 277 277
214 Hong_Kong 28108 A 277 277
215 Hong_Kong 28109 G 277 277
216 Hong_Kong 28110 T 277 277
217 Hong_Kong 28111 A G 277 274 Tyr73Cys
218 Hong_Kong 28112 C 277 277
219 Hong_Kong 28113 A 277 277
220 Hong_Kong 28114 T 277 277
221 Hong_Kong 28115 C 277 277
222 Hong_Kong 28116 G 277 277
223 Hong_Kong 28117 A 277 277
224 Hong_Kong 28118 T 277 277
225 Hong_Kong 28119 A 277 277
226 Hong_Kong 28120 T 277 277
227 Hong_Kong 28121 C 277 277
228 Hong_Kong 28122 G 277 277
229 Hong_Kong 28123 G 277 277
230 Hong_Kong 28124 T 277 277
231 Hong_Kong 28125 A 277 277
232 Hong_Kong 28126 A 277 277
233 Hong_Kong 28127 T 277 277
234 Hong_Kong 28128 T 277 277
235 Hong_Kong 28129 A 277 277
236 Hong_Kong 28130 T 277 277
237 Hong_Kong 28131 A 277 277
238 Hong_Kong 28132 C 277 277
239 Hong_Kong 28133 A 277 277
240 Hong_Kong 28134 G 277 277
241 Hong_Kong 28135 T 277 277
242 Hong_Kong 28136 T 277 277
243 Hong_Kong 28137 T 277 277
244 Hong_Kong 28138 C 277 277
245 Hong_Kong 28139 C 277 277
246 Hong_Kong 28140 T 277 277
247 Hong_Kong 28141 G 277 277
248 Hong_Kong 28142 T 277 277
249 Hong_Kong 28143 T 277 277
250 Hong_Kong 28144 T C 277 268 Leu84Ser
251 Hong_Kong 28145 A 277 277
252 Hong_Kong 28146 C 277 277
253 Hong_Kong 28147 C 277 277
254 Hong_Kong 28148 T 277 277
255 Hong_Kong 28149 T 277 277
256 Hong_Kong 28150 T 277 277
257 Hong_Kong 28151 T 277 277
258 Hong_Kong 28152 A 277 277
259 Hong_Kong 28153 C 277 277
260 Hong_Kong 28154 A 277 277
261 Hong_Kong 28155 A 277 277
262 Hong_Kong 28156 T 277 277
263 Hong_Kong 28157 T 277 277
264 Hong_Kong 28158 A 277 277
265 Hong_Kong 28159 A 277 277
266 Hong_Kong 28160 T 277 277
267 Hong_Kong 28161 T 277 277
268 Hong_Kong 28162 G 277 277
269 Hong_Kong 28163 C 277 277
270 Hong_Kong 28164 C 277 277
271 Hong_Kong 28165 A 277 277
272 Hong_Kong 28166 G 277 277
273 Hong_Kong 28167 G 277 277
274 Hong_Kong 28168 A 277 277
275 Hong_Kong 28169 A 277 277
276 Hong_Kong 28170 C 277 277
277 Hong_Kong 28171 C 277 277
278 Hong_Kong 28172 T 277 277
279 Hong_Kong 28173 A 277 277
280 Hong_Kong 28174 A 277 277
281 Hong_Kong 28175 A 277 277
282 Hong_Kong 28176 T 277 277
283 Hong_Kong 28177 T 277 277
284 Hong_Kong 28178 G 277 277
285 Hong_Kong 28179 G 277 277
286 Hong_Kong 28180 G 277 277
287 Hong_Kong 28181 T 277 277
288 Hong_Kong 28182 A 277 277
289 Hong_Kong 28183 G 277 277
290 Hong_Kong 28184 T 277 277
291 Hong_Kong 28185 C 277 277
292 Hong_Kong 28186 T 277 277
293 Hong_Kong 28187 T 277 277
294 Hong_Kong 28188 G 277 277
295 Hong_Kong 28189 T 277 277
296 Hong_Kong 28190 A 277 277
297 Hong_Kong 28191 G 277 277
298 Hong_Kong 28192 T 277 277
299 Hong_Kong 28193 G 277 277
300 Hong_Kong 28194 C 277 277
301 Hong_Kong 28195 G 277 277
302 Hong_Kong 28196 T 277 277
303 Hong_Kong 28197 T 277 277
304 Hong_Kong 28198 G 277 277
305 Hong_Kong 28199 T 277 277
306 Hong_Kong 28200 T 277 277
307 Hong_Kong 28201 C 277 277
308 Hong_Kong 28202 G 277 277
309 Hong_Kong 28203 T 277 277
310 Hong_Kong 28204 T 277 277
311 Hong_Kong 28205 C 277 277
312 Hong_Kong 28206 T 277 277
313 Hong_Kong 28207 A 277 277
314 Hong_Kong 28208 T 277 277
315 Hong_Kong 28209 G T 277 275 Glu106*
316 Hong_Kong 28210 A 277 277
317 Hong_Kong 28211 A 277 277
318 Hong_Kong 28212 G 277 277
319 Hong_Kong 28213 A 277 277
320 Hong_Kong 28214 C 277 277
321 Hong_Kong 28215 T 277 277
322 Hong_Kong 28216 T 277 277
323 Hong_Kong 28217 T 277 277
324 Hong_Kong 28218 T 277 277
325 Hong_Kong 28219 T 277 277
326 Hong_Kong 28220 A 277 277
327 Hong_Kong 28221 G 277 277
328 Hong_Kong 28222 A 277 277
329 Hong_Kong 28223 G 277 277
330 Hong_Kong 28224 T 277 277
331 Hong_Kong 28225 A 277 277
332 Hong_Kong 28226 T 277 277
333 Hong_Kong 28227 C 277 277
334 Hong_Kong 28228 A 277 277
335 Hong_Kong 28229 T 277 277
336 Hong_Kong 28230 G T 277 276 Asp113Tyr
337 Hong_Kong 28231 A 277 277
338 Hong_Kong 28232 C 277 277
339 Hong_Kong 28233 G 277 277
340 Hong_Kong 28234 T 277 277
341 Hong_Kong 28235 T 277 277
342 Hong_Kong 28236 C 277 277
343 Hong_Kong 28237 G 277 277
344 Hong_Kong 28238 T 277 277
345 Hong_Kong 28239 G 277 277
346 Hong_Kong 28240 T 277 277
347 Hong_Kong 28241 T 277 277
348 Hong_Kong 28242 G 277 276
349 Hong_Kong 28243 T 277 277
350 Hong_Kong 28244 T 277 277
351 Hong_Kong 28245 T 277 277
352 Hong_Kong 28246 T 277 277
353 Hong_Kong 28247 A 277 277
354 Hong_Kong 28248 G 277 277
355 Hong_Kong 28249 A 277 277
356 Hong_Kong 28250 T 277 277
357 Hong_Kong 28251 T 277 277
358 Hong_Kong 28252 T 277 277
359 Hong_Kong 28253 C T 277 275 Phe120Phe
360 Hong_Kong 28254 A 277 277
361 Hong_Kong 28255 T 277 277
362 Hong_Kong 28256 C 277 277
363 Hong_Kong 28257 T 277 277
364 Hong_Kong 28258 A 277 277
365 Hong_Kong 28259 A 277 277