National Institute Of Genetic Engineering and Biotechnology

P.I:Mohammad-Ali Malboobi
Here we provide last mutation observed in Nucleocapsid gene of COVID-19 prevalent in Iran.
We kindly wait your comment or coopration in tracking crona virus project.
Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  * - ? A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y
*     2                                        
-     366                                        
?                                              
A     15                                   1    
C     21                                        
D     22                                        
E     18                 1                      
F     24         1                              
G     15                                        
H     12                                        
I     30                                        
K     15                                        
L     30                               1        
M     3                                        
N     6                                        
P     21                         1              
Q     18                           1            
R     12                                        
S     27                               1        
T     15               1                        
V     36                   2                    
W     3                                        
Y     21                                        

Nucleotide and amino acid mutations

Here we provide list of mutation observed in Nucleocapsid at gene and protein of COVID-19.
-The position column is nucleotide position in reference genome as NC_045512.2
-The Reference column indicate reference nucleotide in NC_045512.2
-The NS column indicate number of samples that this position have been observed
-The NSR column indicate number of samples with reference nucleotide. Therefore diffrenciate related to Ns indicate number of sample with mutated nucleotide
Contoury Position Reference Alt. NSR NS AAchange
0 Ghana 27894 A 99 99
1 Ghana 27895 T 99 99
2 Ghana 27896 G 99 99
3 Ghana 27897 A 99 99
4 Ghana 27898 A 99 99
5 Ghana 27899 A 99 99
6 Ghana 27900 T 99 99
7 Ghana 27901 T 99 99
8 Ghana 27902 T 99 99
9 Ghana 27903 C 99 99
10 Ghana 27904 T 99 99
11 Ghana 27905 T 99 99
12 Ghana 27906 G 99 99
13 Ghana 27907 T 99 99
14 Ghana 27908 T 99 99
15 Ghana 27909 T 99 99
16 Ghana 27910 T 99 99
17 Ghana 27911 C 99 99
18 Ghana 27912 T 99 99
19 Ghana 27913 T 99 99
20 Ghana 27914 A 99 99
21 Ghana 27915 G 99 99
22 Ghana 27916 G 99 99
23 Ghana 27917 A 99 99
24 Ghana 27918 A 99 99
25 Ghana 27919 T 99 99
26 Ghana 27920 C 99 99
27 Ghana 27921 A 99 99
28 Ghana 27922 T 99 99
29 Ghana 27923 C 99 99
30 Ghana 27924 A 99 99
31 Ghana 27925 C T 99 98 Thr11Ile
32 Ghana 27926 A 99 99
33 Ghana 27927 A 99 99
34 Ghana 27928 C 99 99
35 Ghana 27929 T 99 99
36 Ghana 27930 G 99 99
37 Ghana 27931 T 99 99
38 Ghana 27932 A 99 99
39 Ghana 27933 G 99 99
40 Ghana 27934 C 99 99
41 Ghana 27935 T 99 99
42 Ghana 27936 G 99 99
43 Ghana 27937 C 99 99
44 Ghana 27938 A 99 99
45 Ghana 27939 T 99 99
46 Ghana 27940 T 99 99
47 Ghana 27941 T 99 99
48 Ghana 27942 C 99 99
49 Ghana 27943 A 99 99
50 Ghana 27944 C 99 99
51 Ghana 27945 C 99 99
52 Ghana 27946 A 99 99
53 Ghana 27947 A 99 99
54 Ghana 27948 G 99 99
55 Ghana 27949 A 99 99
56 Ghana 27950 A 99 99
57 Ghana 27951 T 99 99
58 Ghana 27952 G 99 99
59 Ghana 27953 T 99 99
60 Ghana 27954 A 99 99
61 Ghana 27955 G 99 99
62 Ghana 27956 T 99 99
63 Ghana 27957 T 99 99
64 Ghana 27958 T 99 99
65 Ghana 27959 A 99 99
66 Ghana 27960 C 99 99
67 Ghana 27961 A 99 99
68 Ghana 27962 G 99 99
69 Ghana 27963 T 99 99
70 Ghana 27964 C 99 99
71 Ghana 27965 A 99 99
72 Ghana 27966 T 99 99
73 Ghana 27967 G 99 99
74 Ghana 27968 T 99 99
75 Ghana 27969 A 99 99
76 Ghana 27970 C 99 99
77 Ghana 27971 T 99 99
78 Ghana 27972 C 99 99
79 Ghana 27973 A 99 99
80 Ghana 27974 A 99 99
81 Ghana 27975 C 99 99
82 Ghana 27976 A 99 99
83 Ghana 27977 T 99 99
84 Ghana 27978 C 99 99
85 Ghana 27979 A 99 99
86 Ghana 27980 A 99 99
87 Ghana 27981 C 99 99
88 Ghana 27982 C 99 99
89 Ghana 27983 A 99 99
90 Ghana 27984 T 99 99
91 Ghana 27985 A 99 99
92 Ghana 27986 T 99 99
93 Ghana 27987 G T 99 98 Val32Leu
94 Ghana 27988 T 99 99
95 Ghana 27989 A 99 99
96 Ghana 27990 G 99 99
97 Ghana 27991 T 99 99
98 Ghana 27992 T 99 99
99 Ghana 27993 G 99 99
100 Ghana 27994 A 99 99
101 Ghana 27995 T 99 99
102 Ghana 27996 G 99 99
103 Ghana 27997 A 99 99
104 Ghana 27998 C 99 99
105 Ghana 27999 C 99 99
106 Ghana 28000 C 99 99
107 Ghana 28001 G 99 99
108 Ghana 28002 T 99 99
109 Ghana 28003 G 99 99
110 Ghana 28004 T 99 99
111 Ghana 28005 C 99 99
112 Ghana 28006 C 99 99
113 Ghana 28007 T 99 99
114 Ghana 28008 A 99 99
115 Ghana 28009 T 99 99
116 Ghana 28010 T 99 99
117 Ghana 28011 C 99 99
118 Ghana 28012 A 99 99
119 Ghana 28013 C 99 99
120 Ghana 28014 T 99 99
121 Ghana 28015 T 99 99
122 Ghana 28016 C 99 99
123 Ghana 28017 T 99 99
124 Ghana 28018 A 99 99
125 Ghana 28019 T 99 99
126 Ghana 28020 T 99 99
127 Ghana 28021 C 99 99
128 Ghana 28022 T 99 99
129 Ghana 28023 A 99 99
130 Ghana 28024 A 99 99
131 Ghana 28025 A 99 99
132 Ghana 28026 T 99 99
133 Ghana 28027 G 99 99
134 Ghana 28028 G 99 99
135 Ghana 28029 T 99 99
136 Ghana 28030 A 99 99
137 Ghana 28031 T 99 99
138 Ghana 28032 A 99 99
139 Ghana 28033 T 99 99
140 Ghana 28034 T 99 99
141 Ghana 28035 A 99 99
142 Ghana 28036 G 99 99
143 Ghana 28037 A 99 99
144 Ghana 28038 G 99 99
145 Ghana 28039 T 99 99
146 Ghana 28040 A 99 99
147 Ghana 28041 G 99 99
148 Ghana 28042 G 99 99
149 Ghana 28043 A 99 99
150 Ghana 28044 G 99 99
151 Ghana 28045 C T 99 98 Ala51Val
152 Ghana 28046 T 99 99
153 Ghana 28047 A 99 99
154 Ghana 28048 G 99 99
155 Ghana 28049 A 99 99
156 Ghana 28050 A 99 99
157 Ghana 28051 A 99 99
158 Ghana 28052 A 99 99
159 Ghana 28053 T 99 99
160 Ghana 28054 C 99 99
161 Ghana 28055 A 99 99
162 Ghana 28056 G 99 99
163 Ghana 28057 C 99 99
164 Ghana 28058 A 99 99
165 Ghana 28059 C 99 99
166 Ghana 28060 C 99 99
167 Ghana 28061 T 99 99
168 Ghana 28062 T 99 99
169 Ghana 28063 T 99 99
170 Ghana 28064 A 99 99
171 Ghana 28065 A 99 99
172 Ghana 28066 T 99 99
173 Ghana 28067 T 99 99
174 Ghana 28068 G 99 99
175 Ghana 28069 A 99 99
176 Ghana 28070 A 99 99
177 Ghana 28071 T 99 99
178 Ghana 28072 T 99 99
179 Ghana 28073 G 99 99
180 Ghana 28074 T 99 99
181 Ghana 28075 G 99 99
182 Ghana 28076 C 99 99
183 Ghana 28077 G T 99 96 Val62Leu
184 Ghana 28078 T 99 99
185 Ghana 28079 G 99 99
186 Ghana 28080 G 99 99
187 Ghana 28081 A 99 99
188 Ghana 28082 T 99 96
189 Ghana 28083 G 99 96
190 Ghana 28084 A 99 95
191 Ghana 28085 G 99 95
192 Ghana 28086 G 99 95
193 Ghana 28087 C 99 95
194 Ghana 28088 T 99 95
195 Ghana 28089 G 99 95
196 Ghana 28090 G 101 99
197 Ghana 28091 T 107 107
198 Ghana 28092 T 107 107
199 Ghana 28093 C 107 107
200 Ghana 28094 T C 107 106 Ser67Ser
201 Ghana 28095 A 107 107
202 Ghana 28096 A 107 107
203 Ghana 28097 A 107 107
204 Ghana 28098 T 107 107
205 Ghana 28099 C 107 107
206 Ghana 28100 A 107 107
207 Ghana 28101 C 107 107
208 Ghana 28102 C 107 107
209 Ghana 28103 C T 107 106 Pro70Pro
210 Ghana 28104 A 107 107
211 Ghana 28105 T 114 114
212 Ghana 28106 T 114 114
213 Ghana 28107 C 114 114
214 Ghana 28108 A 114 114
215 Ghana 28109 G 114 114
216 Ghana 28110 T 114 114
217 Ghana 28111 A 114 114
218 Ghana 28112 C 114 114
219 Ghana 28113 A 114 114
220 Ghana 28114 T 114 114
221 Ghana 28115 C 114 114
222 Ghana 28116 G 114 114
223 Ghana 28117 A 114 114
224 Ghana 28118 T 114 114
225 Ghana 28119 A 114 114
226 Ghana 28120 T 114 114
227 Ghana 28121 C 114 114
228 Ghana 28122 G 114 114
229 Ghana 28123 G 114 114
230 Ghana 28124 T 114 114
231 Ghana 28125 A 114 114
232 Ghana 28126 A 114 114
233 Ghana 28127 T 114 114
234 Ghana 28128 T 114 114
235 Ghana 28129 A 114 114
236 Ghana 28130 T 114 114
237 Ghana 28131 A 114 114
238 Ghana 28132 C 114 114
239 Ghana 28133 A 114 114
240 Ghana 28134 G 114 114
241 Ghana 28135 T 114 114
242 Ghana 28136 T 114 114
243 Ghana 28137 T 114 114
244 Ghana 28138 C 114 114
245 Ghana 28139 C 114 114
246 Ghana 28140 T 114 114
247 Ghana 28141 G 114 114
248 Ghana 28142 T 114 114
249 Ghana 28143 T 114 114
250 Ghana 28144 T C 114 84 Leu84Ser
251 Ghana 28145 A 114 114
252 Ghana 28146 C 113 113
253 Ghana 28147 C 113 113
254 Ghana 28148 T 113 113
255 Ghana 28149 T 113 113
256 Ghana 28150 T 113 113
257 Ghana 28151 T 113 113
258 Ghana 28152 A 113 112
259 Ghana 28153 C 113 112
260 Ghana 28154 A 113 112
261 Ghana 28155 A 113 112
262 Ghana 28156 T 113 112
263 Ghana 28157 T 113 112
264 Ghana 28158 A 113 112
265 Ghana 28159 A 113 112
266 Ghana 28160 T 113 112
267 Ghana 28161 T 113 112
268 Ghana 28162 G 113 112
269 Ghana 28163 C 113 113
270 Ghana 28164 C 113 113
271 Ghana 28165 A 113 113
272 Ghana 28166 G A 113 112 Gln91Gln
273 Ghana 28167 G A 113 110 Glu92Lys
274 Ghana 28168 A 113 113
275 Ghana 28169 A 113 113
276 Ghana 28170 C 113 113
277 Ghana 28171 C 113 113
278 Ghana 28172 T 113 113
279 Ghana 28173 A 112 112
280 Ghana 28174 A 112 112
281 Ghana 28175 A 112 112
282 Ghana 28176 T 112 112
283 Ghana 28177 T 112 112
284 Ghana 28178 G 112 112
285 Ghana 28179 G 112 112
286 Ghana 28180 G 112 112
287 Ghana 28181 T 112 112
288 Ghana 28182 A 112 112
289 Ghana 28183 G 112 112
290 Ghana 28184 T 112 112
291 Ghana 28185 C 112 112
292 Ghana 28186 T 112 112
293 Ghana 28187 T 112 112
294 Ghana 28188 G 112 112
295 Ghana 28189 T 112 112
296 Ghana 28190 A 112 112
297 Ghana 28191 G 112 112
298 Ghana 28192 T 112 112
299 Ghana 28193 G 112 112
300 Ghana 28194 C 112 112
301 Ghana 28195 G 112 112
302 Ghana 28196 T 112 112
303 Ghana 28197 T 112 112
304 Ghana 28198 G 112 112
305 Ghana 28199 T 112 112
306 Ghana 28200 T 112 112
307 Ghana 28201 C 112 112
308 Ghana 28202 G 112 112
309 Ghana 28203 T 112 112
310 Ghana 28204 T 112 112
311 Ghana 28205 C 112 112
312 Ghana 28206 T 112 112
313 Ghana 28207 A 112 112
314 Ghana 28208 T 112 112
315 Ghana 28209 G 112 112
316 Ghana 28210 A 112 112
317 Ghana 28211 A 112 112
318 Ghana 28212 G 112 112
319 Ghana 28213 A 112 112
320 Ghana 28214 C 112 112
321 Ghana 28215 T 112 112
322 Ghana 28216 T 112 112
323 Ghana 28217 T 112 112
324 Ghana 28218 T 112 112
325 Ghana 28219 T 112 112
326 Ghana 28220 A 112 112
327 Ghana 28221 G 112 112
328 Ghana 28222 A 112 112
329 Ghana 28223 G 112 112
330 Ghana 28224 T 112 112
331 Ghana 28225 A 112 112
332 Ghana 28226 T 112 112
333 Ghana 28227 C 112 112
334 Ghana 28228 A 112 112
335 Ghana 28229 T 112 112
336 Ghana 28230 G 112 112
337 Ghana 28231 A 112 112
338 Ghana 28232 C 112 112
339 Ghana 28233 G 112 112
340 Ghana 28234 T 112 112
341 Ghana 28235 T 112 112
342 Ghana 28236 C 112 112
343 Ghana 28237 G 112 112
344 Ghana 28238 T 112 112
345 Ghana 28239 G 112 112
346 Ghana 28240 T 112 112
347 Ghana 28241 T 112 112
348 Ghana 28242 G 112 112
349 Ghana 28243 T 112 112
350 Ghana 28244 T 112 112
351 Ghana 28245 T 112 112
352 Ghana 28246 T 112 112
353 Ghana 28247 A 112 112
354 Ghana 28248 G 112 112
355 Ghana 28249 A 112 112
356 Ghana 28250 T 112 112
357 Ghana 28251 T 112 112
358 Ghana 28252 T 112 112
359 Ghana 28253 C T 112 111 Phe120Phe
360 Ghana 28254 A 112 112
361 Ghana 28255 T 112 112
362 Ghana 28256 C 112 112
363 Ghana 28257 T 112 112
364 Ghana 28258 A 112 112
365 Ghana 28259 A 112 112