National Institute Of Genetic Engineering and Biotechnology

P.I:Mohammad-Ali Malboobi
Here we provide last mutation observed in Nucleocapsid gene of COVID-19 prevalent in Iran.
We kindly wait your comment or coopration in tracking crona virus project.
Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  * - ? A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y
*     2                                        
-     366                                        
?                                              
A     15                               1        
C     21                                        
D     22                                        
E 1   18                                        
F     24                                        
G     15                                   1    
H     12                                        
I     30               1                        
K     15                                        
L     30                                        
M     3                                        
N     6                                        
P     21                                        
Q     18                                        
R     12                                        
S     27                                        
T     15                                        
V     36                                        
W     3                                        
Y     21                                        

Nucleotide and amino acid mutations

Here we provide list of mutation observed in Nucleocapsid at gene and protein of COVID-19.
-The position column is nucleotide position in reference genome as NC_045512.2
-The Reference column indicate reference nucleotide in NC_045512.2
-The NS column indicate number of samples that this position have been observed
-The NSR column indicate number of samples with reference nucleotide. Therefore diffrenciate related to Ns indicate number of sample with mutated nucleotide
Contoury Position Reference Alt. NSR NS AAchange
0 Gambia 27894 A 404 404
1 Gambia 27895 T 404 404
2 Gambia 27896 G 404 404
3 Gambia 27897 A 404 404
4 Gambia 27898 A 404 404
5 Gambia 27899 A 404 404
6 Gambia 27900 T 404 404
7 Gambia 27901 T 404 404
8 Gambia 27902 T 404 404
9 Gambia 27903 C 404 404
10 Gambia 27904 T 404 404
11 Gambia 27905 T 404 404
12 Gambia 27906 G 404 404
13 Gambia 27907 T 404 404
14 Gambia 27908 T 404 404
15 Gambia 27909 T 404 404
16 Gambia 27910 T 404 404
17 Gambia 27911 C 404 404
18 Gambia 27912 T 404 404
19 Gambia 27913 T 404 404
20 Gambia 27914 A 404 404
21 Gambia 27915 G 404 404
22 Gambia 27916 G T 404 403 Gly8Val
23 Gambia 27917 A 404 404
24 Gambia 27918 A 404 404
25 Gambia 27919 T 404 404
26 Gambia 27920 C 404 404
27 Gambia 27921 A 404 404
28 Gambia 27922 T 404 404
29 Gambia 27923 C T 404 403 Ile10Ile
30 Gambia 27924 A 404 404
31 Gambia 27925 C 404 404
32 Gambia 27926 A 404 404
33 Gambia 27927 A 404 404
34 Gambia 27928 C 404 404
35 Gambia 27929 T 404 404
36 Gambia 27930 G 404 404
37 Gambia 27931 T 404 404
38 Gambia 27932 A 404 404
39 Gambia 27933 G 404 404
40 Gambia 27934 C 404 404
41 Gambia 27935 T 404 404
42 Gambia 27936 G 404 404
43 Gambia 27937 C 404 404
44 Gambia 27938 A 404 404
45 Gambia 27939 T 404 404
46 Gambia 27940 T 404 404
47 Gambia 27941 T 404 404
48 Gambia 27942 C 404 404
49 Gambia 27943 A 404 404
50 Gambia 27944 C 404 404
51 Gambia 27945 C 404 404
52 Gambia 27946 A 404 404
53 Gambia 27947 A 404 404
54 Gambia 27948 G 404 404
55 Gambia 27949 A 404 404
56 Gambia 27950 A 404 404
57 Gambia 27951 T 404 404
58 Gambia 27952 G 404 404
59 Gambia 27953 T 404 404
60 Gambia 27954 A 404 404
61 Gambia 27955 G 404 404
62 Gambia 27956 T 404 404
63 Gambia 27957 T 404 404
64 Gambia 27958 T 404 404
65 Gambia 27959 A 404 404
66 Gambia 27960 C 404 404
67 Gambia 27961 A 404 404
68 Gambia 27962 G 404 404
69 Gambia 27963 T 404 404
70 Gambia 27964 C 404 404
71 Gambia 27965 A 404 404
72 Gambia 27966 T 404 404
73 Gambia 27967 G 404 404
74 Gambia 27968 T 404 404
75 Gambia 27969 A 404 404
76 Gambia 27970 C 404 404
77 Gambia 27971 T 404 404
78 Gambia 27972 C 404 404
79 Gambia 27973 A 404 404
80 Gambia 27974 A 404 404
81 Gambia 27975 C 404 404
82 Gambia 27976 A 404 404
83 Gambia 27977 T 404 404
84 Gambia 27978 C 404 404
85 Gambia 27979 A 404 404
86 Gambia 27980 A 404 404
87 Gambia 27981 C 404 404
88 Gambia 27982 C 404 404
89 Gambia 27983 A 404 404
90 Gambia 27984 T 404 404
91 Gambia 27985 A 404 404
92 Gambia 27986 T 404 404
93 Gambia 27987 G 404 404
94 Gambia 27988 T 404 404
95 Gambia 27989 A 404 404
96 Gambia 27990 G 404 404
97 Gambia 27991 T 404 404
98 Gambia 27992 T 404 404
99 Gambia 27993 G 404 404
100 Gambia 27994 A 404 404
101 Gambia 27995 T 404 404
102 Gambia 27996 G 404 404
103 Gambia 27997 A 404 404
104 Gambia 27998 C 404 404
105 Gambia 27999 C 404 404
106 Gambia 28000 C 404 404
107 Gambia 28001 G 404 404
108 Gambia 28002 T 404 404
109 Gambia 28003 G 404 404
110 Gambia 28004 T 404 403
111 Gambia 28005 C 404 404
112 Gambia 28006 C 404 404
113 Gambia 28007 T 404 404
114 Gambia 28008 A 404 404
115 Gambia 28009 T 404 404
116 Gambia 28010 T 404 404
117 Gambia 28011 C 404 404
118 Gambia 28012 A 404 404
119 Gambia 28013 C 404 404
120 Gambia 28014 T 404 404
121 Gambia 28015 T 404 404
122 Gambia 28016 C 404 404
123 Gambia 28017 T 404 404
124 Gambia 28018 A 404 404
125 Gambia 28019 T 404 404
126 Gambia 28020 T 404 404
127 Gambia 28021 C 404 404
128 Gambia 28022 T 404 404
129 Gambia 28023 A 404 404
130 Gambia 28024 A 404 404
131 Gambia 28025 A 404 404
132 Gambia 28026 T 404 404
133 Gambia 28027 G 404 404
134 Gambia 28028 G 404 404
135 Gambia 28029 T 404 404
136 Gambia 28030 A 404 404
137 Gambia 28031 T 404 404
138 Gambia 28032 A 404 404
139 Gambia 28033 T 404 404
140 Gambia 28034 T 404 404
141 Gambia 28035 A 404 404
142 Gambia 28036 G 404 404
143 Gambia 28037 A 404 404
144 Gambia 28038 G 404 404
145 Gambia 28039 T 404 404
146 Gambia 28040 A 404 404
147 Gambia 28041 G 404 404
148 Gambia 28042 G 404 404
149 Gambia 28043 A 404 404
150 Gambia 28044 G 404 404
151 Gambia 28045 C 404 404
152 Gambia 28046 T 404 404
153 Gambia 28047 A 404 404
154 Gambia 28048 G 404 404
155 Gambia 28049 A 404 404
156 Gambia 28050 A 404 404
157 Gambia 28051 A 404 404
158 Gambia 28052 A 404 404
159 Gambia 28053 T 404 404
160 Gambia 28054 C 404 404
161 Gambia 28055 A 404 404
162 Gambia 28056 G 404 403
163 Gambia 28057 C 404 404
164 Gambia 28058 A 404 404
165 Gambia 28059 C 404 404
166 Gambia 28060 C 404 404
167 Gambia 28061 T 404 404
168 Gambia 28062 T 404 404
169 Gambia 28063 T 404 404
170 Gambia 28064 A 404 404
171 Gambia 28065 A 404 404
172 Gambia 28066 T 404 404
173 Gambia 28067 T 404 404
174 Gambia 28068 G 404 404
175 Gambia 28069 A 404 404
176 Gambia 28070 A 404 404
177 Gambia 28071 T 404 404
178 Gambia 28072 T 404 404
179 Gambia 28073 G 404 404
180 Gambia 28074 T 404 404
181 Gambia 28075 G 404 404
182 Gambia 28076 C 404 404
183 Gambia 28077 G 404 404
184 Gambia 28078 T 404 404
185 Gambia 28079 G 404 404
186 Gambia 28080 G 404 404
187 Gambia 28081 A 404 404
188 Gambia 28082 T 404 404
189 Gambia 28083 G T 404 402 Glu64*
190 Gambia 28084 A 404 404
191 Gambia 28085 G 404 404
192 Gambia 28086 G T 404 403 Ala65Ser
193 Gambia 28087 C 404 404
194 Gambia 28088 T 404 404
195 Gambia 28089 G 404 404
196 Gambia 28090 G 404 404
197 Gambia 28091 T 404 404
198 Gambia 28092 T 404 404
199 Gambia 28093 C 404 404
200 Gambia 28094 T 404 404
201 Gambia 28095 A 404 404
202 Gambia 28096 A 404 404
203 Gambia 28097 A 404 404
204 Gambia 28098 T 404 404
205 Gambia 28099 C 404 404
206 Gambia 28100 A 404 404
207 Gambia 28101 C 404 404
208 Gambia 28102 C 404 404
209 Gambia 28103 C 404 404
210 Gambia 28104 A 404 404
211 Gambia 28105 T 427 427
212 Gambia 28106 T 427 427
213 Gambia 28107 C 427 427
214 Gambia 28108 A 427 427
215 Gambia 28109 G 427 427
216 Gambia 28110 T 427 427
217 Gambia 28111 A 427 427
218 Gambia 28112 C 427 427
219 Gambia 28113 A 427 427
220 Gambia 28114 T 427 427
221 Gambia 28115 C 427 427
222 Gambia 28116 G 427 426
223 Gambia 28117 A 427 426
224 Gambia 28118 T 427 426
225 Gambia 28119 A 427 427
226 Gambia 28120 T 427 427
227 Gambia 28121 C 427 427
228 Gambia 28122 G 427 427
229 Gambia 28123 G 427 427
230 Gambia 28124 T 427 427
231 Gambia 28125 A 427 427
232 Gambia 28126 A 427 427
233 Gambia 28127 T 427 427
234 Gambia 28128 T 427 427
235 Gambia 28129 A 427 427
236 Gambia 28130 T 427 427
237 Gambia 28131 A 427 427
238 Gambia 28132 C 427 427
239 Gambia 28133 A 427 427
240 Gambia 28134 G 427 427
241 Gambia 28135 T 427 427
242 Gambia 28136 T 427 427
243 Gambia 28137 T 427 427
244 Gambia 28138 C 427 427
245 Gambia 28139 C 427 427
246 Gambia 28140 T 427 427
247 Gambia 28141 G 427 427
248 Gambia 28142 T 427 427
249 Gambia 28143 T 427 427
250 Gambia 28144 T 427 427
251 Gambia 28145 A 427 427
252 Gambia 28146 C 427 427
253 Gambia 28147 C 427 427
254 Gambia 28148 T 427 427
255 Gambia 28149 T 427 427
256 Gambia 28150 T 427 427
257 Gambia 28151 T 427 427
258 Gambia 28152 A 427 427
259 Gambia 28153 C 427 427
260 Gambia 28154 A 427 427
261 Gambia 28155 A 427 427
262 Gambia 28156 T 427 427
263 Gambia 28157 T 427 427
264 Gambia 28158 A 427 427
265 Gambia 28159 A 427 427
266 Gambia 28160 T 427 427
267 Gambia 28161 T 427 427
268 Gambia 28162 G 427 427
269 Gambia 28163 C 427 427
270 Gambia 28164 C 427 427
271 Gambia 28165 A 427 427
272 Gambia 28166 G 427 427
273 Gambia 28167 G 427 427
274 Gambia 28168 A 427 427
275 Gambia 28169 A 427 427
276 Gambia 28170 C 427 427
277 Gambia 28171 C 427 427
278 Gambia 28172 T 427 427
279 Gambia 28173 A 427 427
280 Gambia 28174 A 427 427
281 Gambia 28175 A 427 427
282 Gambia 28176 T 427 427
283 Gambia 28177 T 427 427
284 Gambia 28178 G 427 427
285 Gambia 28179 G 427 427
286 Gambia 28180 G 427 427
287 Gambia 28181 T 427 427
288 Gambia 28182 A 427 427
289 Gambia 28183 G 427 427
290 Gambia 28184 T 427 427
291 Gambia 28185 C 427 427
292 Gambia 28186 T 427 427
293 Gambia 28187 T 427 427
294 Gambia 28188 G 427 427
295 Gambia 28189 T 427 427
296 Gambia 28190 A 427 427
297 Gambia 28191 G 427 427
298 Gambia 28192 T 427 427
299 Gambia 28193 G 427 427
300 Gambia 28194 C 427 427
301 Gambia 28195 G 427 427
302 Gambia 28196 T 427 427
303 Gambia 28197 T 427 427
304 Gambia 28198 G 427 427
305 Gambia 28199 T 427 427
306 Gambia 28200 T 427 427
307 Gambia 28201 C 427 427
308 Gambia 28202 G 427 427
309 Gambia 28203 T 427 427
310 Gambia 28204 T 427 427
311 Gambia 28205 C 427 427
312 Gambia 28206 T 427 427
313 Gambia 28207 A 427 427
314 Gambia 28208 T 427 427
315 Gambia 28209 G 427 427
316 Gambia 28210 A 427 427
317 Gambia 28211 A 427 427
318 Gambia 28212 G 427 427
319 Gambia 28213 A 427 427
320 Gambia 28214 C 427 427
321 Gambia 28215 T 427 427
322 Gambia 28216 T 427 427
323 Gambia 28217 T 427 427
324 Gambia 28218 T 427 427
325 Gambia 28219 T 427 427
326 Gambia 28220 A 427 427
327 Gambia 28221 G 427 427
328 Gambia 28222 A 427 427
329 Gambia 28223 G 427 427
330 Gambia 28224 T 427 427
331 Gambia 28225 A 427 427
332 Gambia 28226 T 427 427
333 Gambia 28227 C 427 427
334 Gambia 28228 A 427 427
335 Gambia 28229 T 427 427
336 Gambia 28230 G 427 427
337 Gambia 28231 A 427 427
338 Gambia 28232 C 427 427
339 Gambia 28233 G 427 427
340 Gambia 28234 T 427 427
341 Gambia 28235 T 427 427
342 Gambia 28236 C 427 427
343 Gambia 28237 G 427 427
344 Gambia 28238 T 427 427
345 Gambia 28239 G 427 427
346 Gambia 28240 T 427 427
347 Gambia 28241 T 427 427
348 Gambia 28242 G 427 427
349 Gambia 28243 T 427 427
350 Gambia 28244 T 427 427
351 Gambia 28245 T 427 427
352 Gambia 28246 T 427 427
353 Gambia 28247 A 427 427
354 Gambia 28248 G 427 427
355 Gambia 28249 A 427 427
356 Gambia 28250 T 427 427
357 Gambia 28251 T 427 427
358 Gambia 28252 T 427 427
359 Gambia 28253 C 427 426
360 Gambia 28254 A 427 427
361 Gambia 28255 T 427 427
362 Gambia 28256 C 427 427
363 Gambia 28257 T 427 427
364 Gambia 28258 A 427 427
365 Gambia 28259 A 427 427