National Institute Of Genetic Engineering and Biotechnology

P.I:Mohammad-Ali Malboobi
Here we provide last mutation observed in Nucleocapsid gene of COVID-19 prevalent in Iran.
We kindly wait your comment or coopration in tracking crona virus project.

Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  * - ? A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y
*     2                                        
-     366                                        
?                                              
A     15                                        
C     21                                        
D     22                                        
E     18                                        
F     24                                        
G     15                                        
H     12                                        
I     30                                        
K     15                                        
L     30                               1        
M     3                                        
N     6                                        
P     21                                        
Q     18                                        
R     12                                        
S     27                               1        
T     15                                        
V     36                                        
W     3                                        
Y     21                                        

Nucleotide and amino acid mutations

Here we provide list of mutation observed in Nucleocapsid at gene and protein of COVID-19.
-The position column is nucleotide position in reference genome as NC_045512.2
-The Reference column indicate reference nucleotide in NC_045512.2
-The NS column indicate number of samples that this position have been observed
-The NSR column indicate number of samples with reference nucleotide. Therefore diffrenciate related to Ns indicate number of sample with mutated nucleotide

Contoury Position Reference Alt. NSR NS AAchange
0 Gabon 27894 A 4 4
1 Gabon 27895 T 4 4
2 Gabon 27896 G 4 4
3 Gabon 27897 A 4 4
4 Gabon 27898 A 4 4
5 Gabon 27899 A 4 4
6 Gabon 27900 T 4 4
7 Gabon 27901 T 4 4
8 Gabon 27902 T 4 4
9 Gabon 27903 C 4 4
10 Gabon 27904 T 4 4
11 Gabon 27905 T 4 4
12 Gabon 27906 G 4 4
13 Gabon 27907 T 4 4
14 Gabon 27908 T 4 4
15 Gabon 27909 T 4 4
16 Gabon 27910 T 4 4
17 Gabon 27911 C 4 4
18 Gabon 27912 T 4 4
19 Gabon 27913 T 4 4
20 Gabon 27914 A 4 4
21 Gabon 27915 G 4 4
22 Gabon 27916 G 4 4
23 Gabon 27917 A 4 4
24 Gabon 27918 A 4 4
25 Gabon 27919 T 4 4
26 Gabon 27920 C 4 4
27 Gabon 27921 A 4 4
28 Gabon 27922 T 4 4
29 Gabon 27923 C 4 4
30 Gabon 27924 A 4 4
31 Gabon 27925 C 4 4
32 Gabon 27926 A 4 4
33 Gabon 27927 A 4 4
34 Gabon 27928 C 4 4
35 Gabon 27929 T 4 4
36 Gabon 27930 G 4 4
37 Gabon 27931 T 4 4
38 Gabon 27932 A 4 4
39 Gabon 27933 G 4 4
40 Gabon 27934 C 4 4
41 Gabon 27935 T 4 4
42 Gabon 27936 G 4 4
43 Gabon 27937 C 4 4
44 Gabon 27938 A 4 4
45 Gabon 27939 T 4 4
46 Gabon 27940 T 4 4
47 Gabon 27941 T 4 4
48 Gabon 27942 C 4 4
49 Gabon 27943 A 4 4
50 Gabon 27944 C 4 4
51 Gabon 27945 C 4 4
52 Gabon 27946 A 4 4
53 Gabon 27947 A 4 4
54 Gabon 27948 G 4 4
55 Gabon 27949 A 4 4
56 Gabon 27950 A 4 4
57 Gabon 27951 T 4 4
58 Gabon 27952 G 4 4
59 Gabon 27953 T 4 4
60 Gabon 27954 A 4 4
61 Gabon 27955 G 4 4
62 Gabon 27956 T 4 4
63 Gabon 27957 T 4 4
64 Gabon 27958 T 4 4
65 Gabon 27959 A 4 4
66 Gabon 27960 C 4 4
67 Gabon 27961 A 4 4
68 Gabon 27962 G 4 4
69 Gabon 27963 T 4 4
70 Gabon 27964 C 4 4
71 Gabon 27965 A 4 4
72 Gabon 27966 T 4 4
73 Gabon 27967 G 4 4
74 Gabon 27968 T 4 4
75 Gabon 27969 A 4 4
76 Gabon 27970 C 4 4
77 Gabon 27971 T 4 4
78 Gabon 27972 C 4 4
79 Gabon 27973 A 4 4
80 Gabon 27974 A 4 4
81 Gabon 27975 C 4 4
82 Gabon 27976 A 4 4
83 Gabon 27977 T 4 4
84 Gabon 27978 C 4 4
85 Gabon 27979 A 4 4
86 Gabon 27980 A 4 4
87 Gabon 27981 C 4 4
88 Gabon 27982 C 4 4
89 Gabon 27983 A 4 4
90 Gabon 27984 T 4 4
91 Gabon 27985 A 4 4
92 Gabon 27986 T 4 4
93 Gabon 27987 G 4 4
94 Gabon 27988 T 4 4
95 Gabon 27989 A 4 4
96 Gabon 27990 G 4 4
97 Gabon 27991 T 4 4
98 Gabon 27992 T 4 4
99 Gabon 27993 G 4 4
100 Gabon 27994 A 4 4
101 Gabon 27995 T 4 4
102 Gabon 27996 G 4 4
103 Gabon 27997 A 4 4
104 Gabon 27998 C 4 4
105 Gabon 27999 C 4 4
106 Gabon 28000 C 4 4
107 Gabon 28001 G 4 4
108 Gabon 28002 T 4 4
109 Gabon 28003 G 4 4
110 Gabon 28004 T 4 4
111 Gabon 28005 C 4 4
112 Gabon 28006 C 4 4
113 Gabon 28007 T 4 4
114 Gabon 28008 A 4 4
115 Gabon 28009 T 4 4
116 Gabon 28010 T 4 4
117 Gabon 28011 C 4 4
118 Gabon 28012 A 4 4
119 Gabon 28013 C 4 4
120 Gabon 28014 T 4 4
121 Gabon 28015 T 4 4
122 Gabon 28016 C 4 4
123 Gabon 28017 T 4 4
124 Gabon 28018 A 4 4
125 Gabon 28019 T 4 4
126 Gabon 28020 T 4 4
127 Gabon 28021 C 4 4
128 Gabon 28022 T 4 4
129 Gabon 28023 A 4 4
130 Gabon 28024 A 4 4
131 Gabon 28025 A 4 4
132 Gabon 28026 T 4 4
133 Gabon 28027 G 4 4
134 Gabon 28028 G 4 4
135 Gabon 28029 T 4 4
136 Gabon 28030 A 4 4
137 Gabon 28031 T 4 4
138 Gabon 28032 A 4 4
139 Gabon 28033 T 4 4
140 Gabon 28034 T 4 4
141 Gabon 28035 A 4 4
142 Gabon 28036 G 4 4
143 Gabon 28037 A 4 4
144 Gabon 28038 G 4 4
145 Gabon 28039 T 4 4
146 Gabon 28040 A 4 4
147 Gabon 28041 G 4 4
148 Gabon 28042 G 4 4
149 Gabon 28043 A 4 4
150 Gabon 28044 G 4 4
151 Gabon 28045 C 4 4
152 Gabon 28046 T 4 4
153 Gabon 28047 A 4 4
154 Gabon 28048 G 4 4
155 Gabon 28049 A 4 4
156 Gabon 28050 A 4 4
157 Gabon 28051 A 4 4
158 Gabon 28052 A 4 4
159 Gabon 28053 T 4 4
160 Gabon 28054 C 4 4
161 Gabon 28055 A 4 4
162 Gabon 28056 G 4 4
163 Gabon 28057 C 4 4
164 Gabon 28058 A 4 4
165 Gabon 28059 C 4 4
166 Gabon 28060 C 4 4
167 Gabon 28061 T 4 4
168 Gabon 28062 T 4 4
169 Gabon 28063 T 4 4
170 Gabon 28064 A 4 4
171 Gabon 28065 A 4 4
172 Gabon 28066 T 4 4
173 Gabon 28067 T 4 4
174 Gabon 28068 G 4 4
175 Gabon 28069 A 4 4
176 Gabon 28070 A 4 4
177 Gabon 28071 T 4 4
178 Gabon 28072 T 4 4
179 Gabon 28073 G 4 4
180 Gabon 28074 T 4 4
181 Gabon 28075 G 4 4
182 Gabon 28076 C 4 4
183 Gabon 28077 G 4 4
184 Gabon 28078 T 4 4
185 Gabon 28079 G 4 4
186 Gabon 28080 G 4 4
187 Gabon 28081 A 4 4
188 Gabon 28082 T 4 4
189 Gabon 28083 G 4 4
190 Gabon 28084 A 4 4
191 Gabon 28085 G 4 4
192 Gabon 28086 G 4 4
193 Gabon 28087 C 4 4
194 Gabon 28088 T 4 4
195 Gabon 28089 G 4 4
196 Gabon 28090 G 4 4
197 Gabon 28091 T 4 4
198 Gabon 28092 T 4 4
199 Gabon 28093 C 4 4
200 Gabon 28094 T 4 4
201 Gabon 28095 A 4 4
202 Gabon 28096 A 4 4
203 Gabon 28097 A 4 4
204 Gabon 28098 T 4 4
205 Gabon 28099 C 4 4
206 Gabon 28100 A 4 4
207 Gabon 28101 C 4 4
208 Gabon 28102 C 4 4
209 Gabon 28103 C 4 4
210 Gabon 28104 A 4 4
211 Gabon 28105 T 4 4
212 Gabon 28106 T 4 4
213 Gabon 28107 C 4 4
214 Gabon 28108 A 4 4
215 Gabon 28109 G 4 4
216 Gabon 28110 T 4 4
217 Gabon 28111 A 4 4
218 Gabon 28112 C 4 4
219 Gabon 28113 A 4 4
220 Gabon 28114 T 4 4
221 Gabon 28115 C 4 4
222 Gabon 28116 G 4 4
223 Gabon 28117 A 4 4
224 Gabon 28118 T 4 4
225 Gabon 28119 A 4 4
226 Gabon 28120 T 4 4
227 Gabon 28121 C 4 4
228 Gabon 28122 G 4 4
229 Gabon 28123 G 4 4
230 Gabon 28124 T 4 4
231 Gabon 28125 A 4 4
232 Gabon 28126 A 4 4
233 Gabon 28127 T 4 4
234 Gabon 28128 T 4 4
235 Gabon 28129 A 4 4
236 Gabon 28130 T 4 4
237 Gabon 28131 A 4 4
238 Gabon 28132 C 4 4
239 Gabon 28133 A 4 4
240 Gabon 28134 G 4 4
241 Gabon 28135 T 4 4
242 Gabon 28136 T 4 4
243 Gabon 28137 T 4 4
244 Gabon 28138 C 4 4
245 Gabon 28139 C 4 4
246 Gabon 28140 T 4 4
247 Gabon 28141 G 4 4
248 Gabon 28142 T 4 4
249 Gabon 28143 T 4 4
250 Gabon 28144 T C 4 2 Leu84Ser
251 Gabon 28145 A 4 4
252 Gabon 28146 C 4 4
253 Gabon 28147 C 4 4
254 Gabon 28148 T 4 4
255 Gabon 28149 T 4 4
256 Gabon 28150 T 4 4
257 Gabon 28151 T 4 4
258 Gabon 28152 A 4 4
259 Gabon 28153 C 4 4
260 Gabon 28154 A 4 4
261 Gabon 28155 A 4 4
262 Gabon 28156 T 4 4
263 Gabon 28157 T 4 4
264 Gabon 28158 A 4 4
265 Gabon 28159 A 4 4
266 Gabon 28160 T 4 4
267 Gabon 28161 T 4 4
268 Gabon 28162 G 4 4
269 Gabon 28163 C 4 4
270 Gabon 28164 C 4 4
271 Gabon 28165 A 4 4
272 Gabon 28166 G 4 4
273 Gabon 28167 G 4 4
274 Gabon 28168 A 4 4
275 Gabon 28169 A 4 4
276 Gabon 28170 C 4 4
277 Gabon 28171 C 4 4
278 Gabon 28172 T 4 4
279 Gabon 28173 A 4 4
280 Gabon 28174 A 4 4
281 Gabon 28175 A 4 4
282 Gabon 28176 T 4 4
283 Gabon 28177 T 4 4
284 Gabon 28178 G 4 4
285 Gabon 28179 G 4 4
286 Gabon 28180 G 4 4
287 Gabon 28181 T 4 4
288 Gabon 28182 A 4 4
289 Gabon 28183 G 4 4
290 Gabon 28184 T 4 4
291 Gabon 28185 C 4 4
292 Gabon 28186 T 4 4
293 Gabon 28187 T 4 4
294 Gabon 28188 G 4 4
295 Gabon 28189 T 4 4
296 Gabon 28190 A 4 4
297 Gabon 28191 G 4 4
298 Gabon 28192 T 4 4
299 Gabon 28193 G 4 4
300 Gabon 28194 C 4 4
301 Gabon 28195 G 4 4
302 Gabon 28196 T 4 4
303 Gabon 28197 T 4 4
304 Gabon 28198 G 4 4
305 Gabon 28199 T 4 4
306 Gabon 28200 T 4 4
307 Gabon 28201 C 4 4
308 Gabon 28202 G A 4 3 Ser103Ser
309 Gabon 28203 T 4 4
310 Gabon 28204 T 4 4
311 Gabon 28205 C 4 4
312 Gabon 28206 T 4 4
313 Gabon 28207 A 4 4
314 Gabon 28208 T 4 4
315 Gabon 28209 G 4 4
316 Gabon 28210 A 4 4
317 Gabon 28211 A 4 4
318 Gabon 28212 G 4 4
319 Gabon 28213 A 4 4
320 Gabon 28214 C 4 4
321 Gabon 28215 T 4 4
322 Gabon 28216 T 4 4
323 Gabon 28217 T 4 4
324 Gabon 28218 T 4 4
325 Gabon 28219 T 4 4
326 Gabon 28220 A 4 4
327 Gabon 28221 G 4 4
328 Gabon 28222 A 4 4
329 Gabon 28223 G 4 4
330 Gabon 28224 T 4 4
331 Gabon 28225 A 4 4
332 Gabon 28226 T 4 4
333 Gabon 28227 C 4 4
334 Gabon 28228 A 4 4
335 Gabon 28229 T 4 4
336 Gabon 28230 G 4 4
337 Gabon 28231 A 4 4
338 Gabon 28232 C 4 4
339 Gabon 28233 G 4 4
340 Gabon 28234 T 4 4
341 Gabon 28235 T 4 4
342 Gabon 28236 C 4 4
343 Gabon 28237 G 4 4
344 Gabon 28238 T 4 4
345 Gabon 28239 G 4 4
346 Gabon 28240 T 4 4
347 Gabon 28241 T 4 4
348 Gabon 28242 G 4 4
349 Gabon 28243 T 4 4
350 Gabon 28244 T 4 4
351 Gabon 28245 T 4 4
352 Gabon 28246 T 4 4
353 Gabon 28247 A 4 4
354 Gabon 28248 G 4 4
355 Gabon 28249 A 4 4
356 Gabon 28250 T 4 4
357 Gabon 28251 T 4 4
358 Gabon 28252 T 4 4
359 Gabon 28253 C 4 4
360 Gabon 28254 A 4 4
361 Gabon 28255 T 4 4
362 Gabon 28256 C 4 4
363 Gabon 28257 T 4 4
364 Gabon 28258 A 4 4
365 Gabon 28259 A 4 4