National Institute Of Genetic Engineering and Biotechnology

P.I:Mohammad-Ali Malboobi
Here we provide last mutation observed in Nucleocapsid gene of COVID-19 prevalent in Iran.
We kindly wait your comment or coopration in tracking crona virus project.

Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  * - ? A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y
*     2                                        
-     366                                        
?                                              
A     15                                        
C     21                                        
D     22                                        
E     18                                        
F     24                                        
G     15                                        
H     12                                        
I     30                                        
K     15                                        
L     30                                        
M     3                                        
N     6                                        
P     21                                        
Q     18                                        
R     12                                        
S     27                                        
T     15                                        
V     36                                        
W     3                                        
Y     21                                        

Nucleotide and amino acid mutations

Here we provide list of mutation observed in Nucleocapsid at gene and protein of COVID-19.
-The position column is nucleotide position in reference genome as NC_045512.2
-The Reference column indicate reference nucleotide in NC_045512.2
-The NS column indicate number of samples that this position have been observed
-The NSR column indicate number of samples with reference nucleotide. Therefore diffrenciate related to Ns indicate number of sample with mutated nucleotide

Contoury Position Reference Alt. NSR NS AAchange
0 Estonia 27894 A 20 20
1 Estonia 27895 T 20 20
2 Estonia 27896 G 20 20
3 Estonia 27897 A 20 20
4 Estonia 27898 A 20 20
5 Estonia 27899 A 20 20
6 Estonia 27900 T 20 20
7 Estonia 27901 T 20 20
8 Estonia 27902 T 20 20
9 Estonia 27903 C 20 20
10 Estonia 27904 T 20 20
11 Estonia 27905 T 20 20
12 Estonia 27906 G 20 20
13 Estonia 27907 T 20 20
14 Estonia 27908 T 20 20
15 Estonia 27909 T 20 20
16 Estonia 27910 T 20 20
17 Estonia 27911 C 20 20
18 Estonia 27912 T 20 20
19 Estonia 27913 T 20 20
20 Estonia 27914 A 20 20
21 Estonia 27915 G 20 20
22 Estonia 27916 G 20 20
23 Estonia 27917 A 20 20
24 Estonia 27918 A 20 20
25 Estonia 27919 T 20 20
26 Estonia 27920 C 20 20
27 Estonia 27921 A 20 20
28 Estonia 27922 T 20 20
29 Estonia 27923 C 20 20
30 Estonia 27924 A 20 20
31 Estonia 27925 C 20 20
32 Estonia 27926 A 20 20
33 Estonia 27927 A 20 20
34 Estonia 27928 C 20 20
35 Estonia 27929 T 20 20
36 Estonia 27930 G 20 20
37 Estonia 27931 T 20 20
38 Estonia 27932 A 20 20
39 Estonia 27933 G 20 20
40 Estonia 27934 C 20 20
41 Estonia 27935 T 20 20
42 Estonia 27936 G 20 20
43 Estonia 27937 C 20 20
44 Estonia 27938 A 20 20
45 Estonia 27939 T 20 20
46 Estonia 27940 T 20 20
47 Estonia 27941 T 20 20
48 Estonia 27942 C 20 20
49 Estonia 27943 A 20 20
50 Estonia 27944 C 20 20
51 Estonia 27945 C 20 20
52 Estonia 27946 A 20 20
53 Estonia 27947 A 20 20
54 Estonia 27948 G 20 20
55 Estonia 27949 A 20 20
56 Estonia 27950 A 20 20
57 Estonia 27951 T 20 20
58 Estonia 27952 G 20 20
59 Estonia 27953 T 20 20
60 Estonia 27954 A 20 20
61 Estonia 27955 G 20 20
62 Estonia 27956 T 20 20
63 Estonia 27957 T 20 20
64 Estonia 27958 T 20 20
65 Estonia 27959 A 20 20
66 Estonia 27960 C 20 20
67 Estonia 27961 A 20 20
68 Estonia 27962 G 20 20
69 Estonia 27963 T 20 20
70 Estonia 27964 C 20 20
71 Estonia 27965 A 20 20
72 Estonia 27966 T 20 20
73 Estonia 27967 G 20 20
74 Estonia 27968 T 20 20
75 Estonia 27969 A 20 20
76 Estonia 27970 C 20 20
77 Estonia 27971 T 20 20
78 Estonia 27972 C 20 20
79 Estonia 27973 A 20 20
80 Estonia 27974 A 20 20
81 Estonia 27975 C 20 20
82 Estonia 27976 A 20 20
83 Estonia 27977 T 20 20
84 Estonia 27978 C 20 20
85 Estonia 27979 A 20 20
86 Estonia 27980 A 20 20
87 Estonia 27981 C 20 20
88 Estonia 27982 C 20 20
89 Estonia 27983 A 20 20
90 Estonia 27984 T 20 20
91 Estonia 27985 A 20 20
92 Estonia 27986 T 20 20
93 Estonia 27987 G 20 20
94 Estonia 27988 T 20 20
95 Estonia 27989 A 20 20
96 Estonia 27990 G 20 20
97 Estonia 27991 T 20 20
98 Estonia 27992 T 20 20
99 Estonia 27993 G 20 20
100 Estonia 27994 A 20 20
101 Estonia 27995 T 20 20
102 Estonia 27996 G 20 20
103 Estonia 27997 A 20 20
104 Estonia 27998 C 20 20
105 Estonia 27999 C 20 20
106 Estonia 28000 C 20 20
107 Estonia 28001 G 20 20
108 Estonia 28002 T 20 20
109 Estonia 28003 G 20 20
110 Estonia 28004 T 20 20
111 Estonia 28005 C 20 20
112 Estonia 28006 C 20 20
113 Estonia 28007 T 20 20
114 Estonia 28008 A 20 20
115 Estonia 28009 T 20 20
116 Estonia 28010 T 20 20
117 Estonia 28011 C 20 20
118 Estonia 28012 A 20 20
119 Estonia 28013 C 20 20
120 Estonia 28014 T 20 20
121 Estonia 28015 T 20 20
122 Estonia 28016 C 20 20
123 Estonia 28017 T 20 20
124 Estonia 28018 A 20 20
125 Estonia 28019 T 20 20
126 Estonia 28020 T 20 20
127 Estonia 28021 C 20 20
128 Estonia 28022 T 20 20
129 Estonia 28023 A 20 20
130 Estonia 28024 A 20 20
131 Estonia 28025 A 20 20
132 Estonia 28026 T 20 20
133 Estonia 28027 G 20 20
134 Estonia 28028 G 20 20
135 Estonia 28029 T 20 20
136 Estonia 28030 A 20 20
137 Estonia 28031 T 20 20
138 Estonia 28032 A 20 20
139 Estonia 28033 T 20 20
140 Estonia 28034 T 20 20
141 Estonia 28035 A 20 20
142 Estonia 28036 G 20 20
143 Estonia 28037 A 20 20
144 Estonia 28038 G 20 20
145 Estonia 28039 T 20 20
146 Estonia 28040 A 20 20
147 Estonia 28041 G 20 20
148 Estonia 28042 G 20 20
149 Estonia 28043 A 20 20
150 Estonia 28044 G 20 20
151 Estonia 28045 C 20 20
152 Estonia 28046 T 20 20
153 Estonia 28047 A 20 20
154 Estonia 28048 G 20 20
155 Estonia 28049 A 20 20
156 Estonia 28050 A 20 20
157 Estonia 28051 A 20 20
158 Estonia 28052 A 20 20
159 Estonia 28053 T 20 20
160 Estonia 28054 C 20 20
161 Estonia 28055 A 20 20
162 Estonia 28056 G 20 20
163 Estonia 28057 C 20 20
164 Estonia 28058 A 20 20
165 Estonia 28059 C 20 20
166 Estonia 28060 C 20 20
167 Estonia 28061 T 20 20
168 Estonia 28062 T 20 20
169 Estonia 28063 T 20 20
170 Estonia 28064 A 20 20
171 Estonia 28065 A 20 20
172 Estonia 28066 T 20 20
173 Estonia 28067 T 20 20
174 Estonia 28068 G 20 20
175 Estonia 28069 A 20 20
176 Estonia 28070 A 20 20
177 Estonia 28071 T 20 20
178 Estonia 28072 T 20 20
179 Estonia 28073 G 20 20
180 Estonia 28074 T 20 20
181 Estonia 28075 G 20 20
182 Estonia 28076 C 20 20
183 Estonia 28077 G 20 20
184 Estonia 28078 T 20 20
185 Estonia 28079 G 20 20
186 Estonia 28080 G 20 20
187 Estonia 28081 A 20 20
188 Estonia 28082 T 20 20
189 Estonia 28083 G 20 20
190 Estonia 28084 A 20 20
191 Estonia 28085 G 20 20
192 Estonia 28086 G 20 20
193 Estonia 28087 C 20 20
194 Estonia 28088 T 20 20
195 Estonia 28089 G 20 20
196 Estonia 28090 G 20 20
197 Estonia 28091 T 20 20
198 Estonia 28092 T 20 20
199 Estonia 28093 C 20 20
200 Estonia 28094 T 20 20
201 Estonia 28095 A 20 20
202 Estonia 28096 A 20 20
203 Estonia 28097 A 20 20
204 Estonia 28098 T 20 20
205 Estonia 28099 C 20 20
206 Estonia 28100 A 20 20
207 Estonia 28101 C 20 20
208 Estonia 28102 C 20 20
209 Estonia 28103 C 20 20
210 Estonia 28104 A 20 20
211 Estonia 28105 T 20 20
212 Estonia 28106 T 20 20
213 Estonia 28107 C 20 20
214 Estonia 28108 A 20 20
215 Estonia 28109 G 20 20
216 Estonia 28110 T 20 20
217 Estonia 28111 A 20 20
218 Estonia 28112 C 20 20
219 Estonia 28113 A 20 20
220 Estonia 28114 T 20 20
221 Estonia 28115 C 20 20
222 Estonia 28116 G 20 20
223 Estonia 28117 A 20 20
224 Estonia 28118 T 20 20
225 Estonia 28119 A 20 20
226 Estonia 28120 T 20 20
227 Estonia 28121 C 20 20
228 Estonia 28122 G 20 20
229 Estonia 28123 G 20 20
230 Estonia 28124 T 20 20
231 Estonia 28125 A 20 20
232 Estonia 28126 A 20 20
233 Estonia 28127 T 20 20
234 Estonia 28128 T 20 20
235 Estonia 28129 A 20 20
236 Estonia 28130 T 20 20
237 Estonia 28131 A 20 20
238 Estonia 28132 C 20 20
239 Estonia 28133 A 20 20
240 Estonia 28134 G 20 20
241 Estonia 28135 T 20 20
242 Estonia 28136 T 20 20
243 Estonia 28137 T 20 20
244 Estonia 28138 C 20 20
245 Estonia 28139 C 20 20
246 Estonia 28140 T 20 20
247 Estonia 28141 G 20 20
248 Estonia 28142 T 20 20
249 Estonia 28143 T 20 20
250 Estonia 28144 T 20 20
251 Estonia 28145 A 20 20
252 Estonia 28146 C 20 20
253 Estonia 28147 C 20 20
254 Estonia 28148 T 20 20
255 Estonia 28149 T 20 20
256 Estonia 28150 T 20 20
257 Estonia 28151 T 20 20
258 Estonia 28152 A 20 20
259 Estonia 28153 C 20 20
260 Estonia 28154 A 20 20
261 Estonia 28155 A 20 20
262 Estonia 28156 T 20 20
263 Estonia 28157 T 20 20
264 Estonia 28158 A 20 20
265 Estonia 28159 A 20 20
266 Estonia 28160 T 20 20
267 Estonia 28161 T 20 20
268 Estonia 28162 G 20 20
269 Estonia 28163 C 20 20
270 Estonia 28164 C 20 20
271 Estonia 28165 A 20 20
272 Estonia 28166 G 20 20
273 Estonia 28167 G 20 20
274 Estonia 28168 A 20 20
275 Estonia 28169 A 20 20
276 Estonia 28170 C 20 20
277 Estonia 28171 C 20 20
278 Estonia 28172 T 20 20
279 Estonia 28173 A 20 20
280 Estonia 28174 A 20 20
281 Estonia 28175 A 20 20
282 Estonia 28176 T 20 20
283 Estonia 28177 T 20 20
284 Estonia 28178 G 20 20
285 Estonia 28179 G 20 20
286 Estonia 28180 G 20 20
287 Estonia 28181 T 20 20
288 Estonia 28182 A 20 20
289 Estonia 28183 G 20 20
290 Estonia 28184 T 20 20
291 Estonia 28185 C 20 20
292 Estonia 28186 T 20 20
293 Estonia 28187 T 20 20
294 Estonia 28188 G 20 20
295 Estonia 28189 T 20 20
296 Estonia 28190 A 20 20
297 Estonia 28191 G 20 20
298 Estonia 28192 T 20 20
299 Estonia 28193 G 20 20
300 Estonia 28194 C 20 20
301 Estonia 28195 G 20 20
302 Estonia 28196 T 20 20
303 Estonia 28197 T 20 20
304 Estonia 28198 G 20 20
305 Estonia 28199 T 20 20
306 Estonia 28200 T 20 20
307 Estonia 28201 C 20 20
308 Estonia 28202 G 20 20
309 Estonia 28203 T 20 20
310 Estonia 28204 T 20 20
311 Estonia 28205 C 20 20
312 Estonia 28206 T 20 20
313 Estonia 28207 A 20 20
314 Estonia 28208 T 20 20
315 Estonia 28209 G 20 20
316 Estonia 28210 A 20 20
317 Estonia 28211 A 20 20
318 Estonia 28212 G 20 20
319 Estonia 28213 A 20 20
320 Estonia 28214 C 20 20
321 Estonia 28215 T 20 20
322 Estonia 28216 T 20 20
323 Estonia 28217 T 20 20
324 Estonia 28218 T 20 20
325 Estonia 28219 T 20 20
326 Estonia 28220 A 20 20
327 Estonia 28221 G 20 20
328 Estonia 28222 A 20 20
329 Estonia 28223 G 20 20
330 Estonia 28224 T 20 20
331 Estonia 28225 A 20 20
332 Estonia 28226 T 20 20
333 Estonia 28227 C 20 20
334 Estonia 28228 A 20 20
335 Estonia 28229 T 20 20
336 Estonia 28230 G 20 20
337 Estonia 28231 A 20 20
338 Estonia 28232 C 20 20
339 Estonia 28233 G 20 20
340 Estonia 28234 T 20 20
341 Estonia 28235 T 20 20
342 Estonia 28236 C 20 20
343 Estonia 28237 G 20 20
344 Estonia 28238 T 20 20
345 Estonia 28239 G 20 20
346 Estonia 28240 T 20 20
347 Estonia 28241 T 20 20
348 Estonia 28242 G 20 20
349 Estonia 28243 T 20 20
350 Estonia 28244 T 20 20
351 Estonia 28245 T 20 20
352 Estonia 28246 T 20 20
353 Estonia 28247 A 20 20
354 Estonia 28248 G 20 20
355 Estonia 28249 A 20 20
356 Estonia 28250 T 20 20
357 Estonia 28251 T 20 20
358 Estonia 28252 T 20 20
359 Estonia 28253 C 20 20
360 Estonia 28254 A 20 20
361 Estonia 28255 T 20 20
362 Estonia 28256 C 20 20
363 Estonia 28257 T 20 20
364 Estonia 28258 A 20 20
365 Estonia 28259 A 20 20