National Institute Of Genetic Engineering and Biotechnology

P.I:Mohammad-Ali Malboobi
Here we provide last mutation observed in Nucleocapsid gene of COVID-19 prevalent in Iran.
We kindly wait your comment or coopration in tracking crona virus project.

Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  * - ? A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y
*     2                                        
-     366                                        
?                                              
A     15                                        
C     21   2                                    
D     22                                        
E     18                                        
F     24         1                              
G     15           1                            
H     12                       1                
I     30                                 1      
K 1   15                 1                      
L     30                               1        
M     3                                        
N     6                                        
P     21                               1        
Q 1   18                                        
R     12           1   1             1          
S     27                   1                    
T     15                                        
V     36 1                 3                    
W     3                                        
Y     21   1                                    

Nucleotide and amino acid mutations

Here we provide list of mutation observed in Nucleocapsid at gene and protein of COVID-19.
-The position column is nucleotide position in reference genome as NC_045512.2
-The Reference column indicate reference nucleotide in NC_045512.2
-The NS column indicate number of samples that this position have been observed
-The NSR column indicate number of samples with reference nucleotide. Therefore diffrenciate related to Ns indicate number of sample with mutated nucleotide

Contoury Position Reference Alt. NSR NS AAchange
0 Ecuador 27894 A 207 207
1 Ecuador 27895 T 207 207
2 Ecuador 27896 G 207 207
3 Ecuador 27897 A 207 207
4 Ecuador 27898 A 207 207
5 Ecuador 27899 A 207 207
6 Ecuador 27900 T 207 207
7 Ecuador 27901 T 207 207
8 Ecuador 27902 T 207 207
9 Ecuador 27903 C 207 207
10 Ecuador 27904 T 207 207
11 Ecuador 27905 T 207 207
12 Ecuador 27906 G 207 207
13 Ecuador 27907 T 207 207
14 Ecuador 27908 T 207 207
15 Ecuador 27909 T 207 207
16 Ecuador 27910 T 207 207
17 Ecuador 27911 C 207 207
18 Ecuador 27912 T 207 207
19 Ecuador 27913 T 207 207
20 Ecuador 27914 A 207 207
21 Ecuador 27915 G 207 207
22 Ecuador 27916 G 207 207
23 Ecuador 27917 A 207 207
24 Ecuador 27918 A 207 207
25 Ecuador 27919 T 207 207
26 Ecuador 27920 C 207 207
27 Ecuador 27921 A 207 207
28 Ecuador 27922 T 207 207
29 Ecuador 27923 C 207 207
30 Ecuador 27924 A 207 207
31 Ecuador 27925 C 207 207
32 Ecuador 27926 A 207 207
33 Ecuador 27927 A 207 207
34 Ecuador 27928 C 207 207
35 Ecuador 27929 T 207 207
36 Ecuador 27930 G 207 207
37 Ecuador 27931 T 207 207
38 Ecuador 27932 A 207 207
39 Ecuador 27933 G 207 207
40 Ecuador 27934 C 207 207
41 Ecuador 27935 T 207 207
42 Ecuador 27936 G 207 207
43 Ecuador 27937 C 207 207
44 Ecuador 27938 A 207 207
45 Ecuador 27939 T 207 207
46 Ecuador 27940 T 207 207
47 Ecuador 27941 T 207 207
48 Ecuador 27942 C 207 207
49 Ecuador 27943 A 207 207
50 Ecuador 27944 C 207 207
51 Ecuador 27945 C 207 207
52 Ecuador 27946 A 207 207
53 Ecuador 27947 A 207 207
54 Ecuador 27948 G 207 207
55 Ecuador 27949 A 207 207
56 Ecuador 27950 A 207 207
57 Ecuador 27951 T 207 207
58 Ecuador 27952 G 207 207
59 Ecuador 27953 T 207 207
60 Ecuador 27954 A 207 207
61 Ecuador 27955 G 207 207
62 Ecuador 27956 T 207 207
63 Ecuador 27957 T 207 207
64 Ecuador 27958 T 207 207
65 Ecuador 27959 A 207 207
66 Ecuador 27960 C 207 207
67 Ecuador 27961 A 207 207
68 Ecuador 27962 G 207 207
69 Ecuador 27963 T 207 207
70 Ecuador 27964 C 207 207
71 Ecuador 27965 A 207 207
72 Ecuador 27966 T 207 207
73 Ecuador 27967 G 207 207
74 Ecuador 27968 T 207 207
75 Ecuador 27969 A 207 207
76 Ecuador 27970 C 207 207
77 Ecuador 27971 T 207 207
78 Ecuador 27972 C T 207 201 Gln27*
79 Ecuador 27973 A 207 207
80 Ecuador 27974 A 207 207
81 Ecuador 27975 C 207 207
82 Ecuador 27976 A 207 207
83 Ecuador 27977 T 207 207
84 Ecuador 27978 C 207 207
85 Ecuador 27979 A 207 207
86 Ecuador 27980 A 207 207
87 Ecuador 27981 C 207 207
88 Ecuador 27982 C 207 207
89 Ecuador 27983 A 207 207
90 Ecuador 27984 T 207 207
91 Ecuador 27985 A 207 207
92 Ecuador 27986 T 207 207
93 Ecuador 27987 G T 207 201 Val32Leu
94 Ecuador 27988 T 207 207
95 Ecuador 27989 A 207 207
96 Ecuador 27990 G 207 207
97 Ecuador 27991 T 207 207
98 Ecuador 27992 T 207 207
99 Ecuador 27993 G 207 207
100 Ecuador 27994 A 207 207
101 Ecuador 27995 T 207 207
102 Ecuador 27996 G 207 207
103 Ecuador 27997 A 207 207
104 Ecuador 27998 C 207 207
105 Ecuador 27999 C T 207 206 Pro36Ser
106 Ecuador 28000 C 207 207
107 Ecuador 28001 G 207 207
108 Ecuador 28002 T 207 207
109 Ecuador 28003 G 207 207
110 Ecuador 28004 T 207 207
111 Ecuador 28005 C 207 207
112 Ecuador 28006 C 207 207
113 Ecuador 28007 T 207 207
114 Ecuador 28008 A 207 207
115 Ecuador 28009 T C 207 204 Ile39Thr
116 Ecuador 28010 T 207 207
117 Ecuador 28011 C 207 207
118 Ecuador 28012 A 207 207
119 Ecuador 28013 C 207 207
120 Ecuador 28014 T 207 207
121 Ecuador 28015 T 207 207
122 Ecuador 28016 C 207 207
123 Ecuador 28017 T 207 207
124 Ecuador 28018 A 207 207
125 Ecuador 28019 T 207 207
126 Ecuador 28020 T 207 207
127 Ecuador 28021 C 207 207
128 Ecuador 28022 T 207 207
129 Ecuador 28023 A 207 207
130 Ecuador 28024 A 207 207
131 Ecuador 28025 A G 207 206 Lys44Lys
132 Ecuador 28026 T 207 207
133 Ecuador 28027 G 207 207
134 Ecuador 28028 G 207 207
135 Ecuador 28029 T 207 207
136 Ecuador 28030 A 207 207
137 Ecuador 28031 T 207 207
138 Ecuador 28032 A 207 207
139 Ecuador 28033 T 207 207
140 Ecuador 28034 T 207 207
141 Ecuador 28035 A G 207 205 Arg48Gly
142 Ecuador 28036 G 207 207
143 Ecuador 28037 A G 207 205 Arg48Arg
144 Ecuador 28038 G T 207 205 Val49Leu
145 Ecuador 28039 T 207 207
146 Ecuador 28040 A 207 207
147 Ecuador 28041 G 207 207
148 Ecuador 28042 G 207 207
149 Ecuador 28043 A G 207 206 Gly50Gly
150 Ecuador 28044 G 207 207
151 Ecuador 28045 C 207 207
152 Ecuador 28046 T 207 207
153 Ecuador 28047 A 207 207
154 Ecuador 28048 G T 207 201 Arg52Ile
155 Ecuador 28049 A 207 207
156 Ecuador 28050 A 207 207
157 Ecuador 28051 A 207 207
158 Ecuador 28052 A 207 207
159 Ecuador 28053 T 207 207
160 Ecuador 28054 C 207 207
161 Ecuador 28055 A 207 207
162 Ecuador 28056 G 207 207
163 Ecuador 28057 C 207 207
164 Ecuador 28058 A 207 207
165 Ecuador 28059 C 207 207
166 Ecuador 28060 C 207 207
167 Ecuador 28061 T 207 207
168 Ecuador 28062 T 207 207
169 Ecuador 28063 T 207 207
170 Ecuador 28064 A 207 207
171 Ecuador 28065 A 207 207
172 Ecuador 28066 T 207 207
173 Ecuador 28067 T 207 207
174 Ecuador 28068 G 207 207
175 Ecuador 28069 A 207 207
176 Ecuador 28070 A 207 207
177 Ecuador 28071 T 207 207
178 Ecuador 28072 T 207 207
179 Ecuador 28073 G 207 207
180 Ecuador 28074 T 207 207
181 Ecuador 28075 G 207 207
182 Ecuador 28076 C T 207 205 Cys61Cys
183 Ecuador 28077 G C 207 205 Val62Leu
184 Ecuador 28078 T C 207 205 Val62Ala
185 Ecuador 28079 G 207 207
186 Ecuador 28080 G 207 207
187 Ecuador 28081 A 208 208
188 Ecuador 28082 T 208 208
189 Ecuador 28083 G 208 208
190 Ecuador 28084 A 208 208
191 Ecuador 28085 G 208 208
192 Ecuador 28086 G 208 208
193 Ecuador 28087 C 208 208
194 Ecuador 28088 T 208 208
195 Ecuador 28089 G 208 208
196 Ecuador 28090 G 208 208
197 Ecuador 28091 T 208 208
198 Ecuador 28092 T 208 208
199 Ecuador 28093 C 208 208
200 Ecuador 28094 T 208 208
201 Ecuador 28095 A T 208 207 Lys68*
202 Ecuador 28096 A 208 208
203 Ecuador 28097 A 208 208
204 Ecuador 28098 T 208 208
205 Ecuador 28099 C 208 208
206 Ecuador 28100 A 208 208
207 Ecuador 28101 C 208 208
208 Ecuador 28102 C 208 208
209 Ecuador 28103 C 208 208
210 Ecuador 28104 A 208 208
211 Ecuador 28105 T 208 208
212 Ecuador 28106 T 208 208
213 Ecuador 28107 C 208 208
214 Ecuador 28108 A 208 208
215 Ecuador 28109 G 208 208
216 Ecuador 28110 T 208 208
217 Ecuador 28111 A G 208 202 Tyr73Cys
218 Ecuador 28112 C 208 208
219 Ecuador 28113 A 208 208
220 Ecuador 28114 T 208 208
221 Ecuador 28115 C 208 208
222 Ecuador 28116 G 208 208
223 Ecuador 28117 A 208 208
224 Ecuador 28118 T 208 208
225 Ecuador 28119 A 208 208
226 Ecuador 28120 T 208 208
227 Ecuador 28121 C 208 208
228 Ecuador 28122 G 208 208
229 Ecuador 28123 G 208 208
230 Ecuador 28124 T 208 208
231 Ecuador 28125 A 208 208
232 Ecuador 28126 A 208 208
233 Ecuador 28127 T 208 208
234 Ecuador 28128 T 208 208
235 Ecuador 28129 A 208 208
236 Ecuador 28130 T 208 208
237 Ecuador 28131 A 208 208
238 Ecuador 28132 C 208 208
239 Ecuador 28133 A 208 208
240 Ecuador 28134 G 208 208
241 Ecuador 28135 T 208 208
242 Ecuador 28136 T 208 208
243 Ecuador 28137 T 208 208
244 Ecuador 28138 C 208 208
245 Ecuador 28139 C 208 208
246 Ecuador 28140 T 208 208
247 Ecuador 28141 G 208 208
248 Ecuador 28142 T 208 208
249 Ecuador 28143 T 208 208
250 Ecuador 28144 T C 208 206 Leu84Ser
251 Ecuador 28145 A 208 208
252 Ecuador 28146 C 208 208
253 Ecuador 28147 C 208 208
254 Ecuador 28148 T 208 208
255 Ecuador 28149 T 208 208
256 Ecuador 28150 T 208 208
257 Ecuador 28151 T 208 208
258 Ecuador 28152 A 208 208
259 Ecuador 28153 C 208 208
260 Ecuador 28154 A 208 208
261 Ecuador 28155 A 208 208
262 Ecuador 28156 T 208 208
263 Ecuador 28157 T 208 208
264 Ecuador 28158 A 208 208
265 Ecuador 28159 A 208 208
266 Ecuador 28160 T 208 208
267 Ecuador 28161 T 208 208
268 Ecuador 28162 G 208 208
269 Ecuador 28163 C T 208 207 Cys90Cys
270 Ecuador 28164 C 208 208
271 Ecuador 28165 A 208 208
272 Ecuador 28166 G 208 208
273 Ecuador 28167 G 208 208
274 Ecuador 28168 A 208 208
275 Ecuador 28169 A 208 208
276 Ecuador 28170 C 208 208
277 Ecuador 28171 C 207 207
278 Ecuador 28172 T 207 207
279 Ecuador 28173 A 207 207
280 Ecuador 28174 A 207 207
281 Ecuador 28175 A 207 207
282 Ecuador 28176 T 207 207
283 Ecuador 28177 T 207 207
284 Ecuador 28178 G 207 207
285 Ecuador 28179 G 207 207
286 Ecuador 28180 G 207 207
287 Ecuador 28181 T 207 207
288 Ecuador 28182 A 207 207
289 Ecuador 28183 G 207 207
290 Ecuador 28184 T 207 207
291 Ecuador 28185 C 207 207
292 Ecuador 28186 T 207 207
293 Ecuador 28187 T 207 207
294 Ecuador 28188 G 207 207
295 Ecuador 28189 T 207 207
296 Ecuador 28190 A 207 207
297 Ecuador 28191 G 207 207
298 Ecuador 28192 T 207 207
299 Ecuador 28193 G 207 207
300 Ecuador 28194 C 207 207
301 Ecuador 28195 G 207 207
302 Ecuador 28196 T 207 207
303 Ecuador 28197 T 207 207
304 Ecuador 28198 G 207 207
305 Ecuador 28199 T 207 207
306 Ecuador 28200 T 207 207
307 Ecuador 28201 C T 207 206 Ser103Leu
308 Ecuador 28202 G 207 207
309 Ecuador 28203 T 207 207
310 Ecuador 28204 T 207 207
311 Ecuador 28205 C 207 207
312 Ecuador 28206 T 207 207
313 Ecuador 28207 A 207 207
314 Ecuador 28208 T 207 207
315 Ecuador 28209 G 207 207
316 Ecuador 28210 A 207 207
317 Ecuador 28211 A 207 207
318 Ecuador 28212 G 207 207
319 Ecuador 28213 A 207 207
320 Ecuador 28214 C 207 207
321 Ecuador 28215 T 207 207
322 Ecuador 28216 T 207 207
323 Ecuador 28217 T 207 207
324 Ecuador 28218 T 207 207
325 Ecuador 28219 T 207 207
326 Ecuador 28220 A 207 207
327 Ecuador 28221 G 207 207
328 Ecuador 28222 A 207 207
329 Ecuador 28223 G 207 207
330 Ecuador 28224 T 207 207
331 Ecuador 28225 A 207 207
332 Ecuador 28226 T 207 207
333 Ecuador 28227 C A 207 206 His112Asn
334 Ecuador 28228 A 207 207
335 Ecuador 28229 T 207 207
336 Ecuador 28230 G 207 207
337 Ecuador 28231 A 207 207
338 Ecuador 28232 C 207 207
339 Ecuador 28233 G 207 207
340 Ecuador 28234 T 207 207
341 Ecuador 28235 T 207 207
342 Ecuador 28236 C 207 207
343 Ecuador 28237 G 207 207
344 Ecuador 28238 T 207 207
345 Ecuador 28239 G 207 207
346 Ecuador 28240 T 207 207
347 Ecuador 28241 T 207 207
348 Ecuador 28242 G 207 207
349 Ecuador 28243 T 207 207
350 Ecuador 28244 T 207 207
351 Ecuador 28245 T 207 207
352 Ecuador 28246 T 207 207
353 Ecuador 28247 A 207 207
354 Ecuador 28248 G 207 207
355 Ecuador 28249 A 207 207
356 Ecuador 28250 T 207 207
357 Ecuador 28251 T 207 207
358 Ecuador 28252 T 207 207
359 Ecuador 28253 C T 207 204 Phe120Phe
360 Ecuador 28254 A 207 207
361 Ecuador 28255 T 207 207
362 Ecuador 28256 C 207 207
363 Ecuador 28257 T 207 207
364 Ecuador 28258 A 207 207
365 Ecuador 28259 A 207 207