National Institute Of Genetic Engineering and Biotechnology

P.I:Mohammad-Ali Malboobi
Here we provide last mutation observed in Nucleocapsid gene of COVID-19 prevalent in Iran.
We kindly wait your comment or coopration in tracking crona virus project.

Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  * - ? A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y
*     2                                        
-     366                                        
?                                              
A     15 1   1                         2 1 3    
C     21   3     2                              
D     22     2                 1               1
E 3   18       1         1         1            
F     24         2         2                    
G     15                             1 1        
H     12             1                         2
I     30         1     4   1             2 1    
K     15                                        
L     30         3                     1   1    
M     3               1                        
N     6                                        
P     21                   4     2     1 1      
Q 2   18             2   2           1          
R     12   1               1                    
S     27         1 1           1       4        
T     15               1 1               1      
V     36 1             2   3               1    
W 1   3                   1                    
Y     21                                       1

Nucleotide and amino acid mutations

Here we provide list of mutation observed in Nucleocapsid at gene and protein of COVID-19.
-The position column is nucleotide position in reference genome as NC_045512.2
-The Reference column indicate reference nucleotide in NC_045512.2
-The NS column indicate number of samples that this position have been observed
-The NSR column indicate number of samples with reference nucleotide. Therefore diffrenciate related to Ns indicate number of sample with mutated nucleotide

Contoury Position Reference Alt. NSR NS AAchange
0 Denmark 27894 A 6429 6429
1 Denmark 27895 T 6429 6429
2 Denmark 27896 G T 6429 6428 Met1?
3 Denmark 27897 A 6429 6429
4 Denmark 27898 A 6429 6429
5 Denmark 27899 A 6429 6429
6 Denmark 27900 T 6429 6429
7 Denmark 27901 T 6429 6429
8 Denmark 27902 T 6429 6429
9 Denmark 27903 C T 6429 6428 Leu4Phe
10 Denmark 27904 T 6429 6429
11 Denmark 27905 T 6429 6429
12 Denmark 27906 G 6429 6427
13 Denmark 27907 T C 6430 6426 Val5Ala
14 Denmark 27908 T 6430 6430
15 Denmark 27909 T 6430 6430
16 Denmark 27910 T 6430 6430
17 Denmark 27911 C A 6430 6429 Phe6Leu
18 Denmark 27912 T 6430 6430
19 Denmark 27913 T 6430 6430
20 Denmark 27914 A T 6430 6426 Leu7Phe
21 Denmark 27915 G A 6430 6428 Gly8Arg
22 Denmark 27916 G 6430 6430
23 Denmark 27917 A 6430 6430
24 Denmark 27918 A 6430 6430
25 Denmark 27919 T C 6430 6429 Ile9Thr
26 Denmark 27920 C T,A 6430 6425 Ile9Ile-p.Ile9Ile
27 Denmark 27921 A 6430 6428
28 Denmark 27922 T C 6430 6428 Ile10Thr
29 Denmark 27923 C T 6430 6422 Ile10Ile
30 Denmark 27924 A 6430 6430
31 Denmark 27925 C A 6430 6427 Thr11Lys
32 Denmark 27926 A 6430 6430
33 Denmark 27927 A 6430 6430
34 Denmark 27928 C 6430 6430
35 Denmark 27929 T 6430 6430
36 Denmark 27930 G 6430 6430
37 Denmark 27931 T 6430 6430
38 Denmark 27932 A 6430 6430
39 Denmark 27933 G T 6430 6427 Ala14Ser
40 Denmark 27934 C 6430 6430
41 Denmark 27935 T 6430 6430
42 Denmark 27936 G 6430 6430
43 Denmark 27937 C 6430 6430
44 Denmark 27938 A 6430 6430
45 Denmark 27939 T 6430 6430
46 Denmark 27940 T 6430 6430
47 Denmark 27941 T 6430 6430
48 Denmark 27942 C T 6430 6425 His17Tyr
49 Denmark 27943 A 6430 6430
50 Denmark 27944 C T 6430 5608 His17His
51 Denmark 27945 C A,T 6430 6399 Gln18*-p.Gln18Lys
52 Denmark 27946 A 6430 6430
53 Denmark 27947 A 6430 6430
54 Denmark 27948 G T 6430 6428 Glu19*
55 Denmark 27949 A 6430 6430
56 Denmark 27950 A 6430 6430
57 Denmark 27951 T 6430 6430
58 Denmark 27952 G 6430 6430
59 Denmark 27953 T 6430 6430
60 Denmark 27954 A 6433 6433
61 Denmark 27955 G A 6433 6431 Ser21Asn
62 Denmark 27956 T 6433 6433
63 Denmark 27957 T 6433 6433
64 Denmark 27958 T 6433 6433
65 Denmark 27959 A 6433 6433
66 Denmark 27960 C 6433 6433
67 Denmark 27961 A 6433 6433
68 Denmark 27962 G 6433 6433
69 Denmark 27963 T 6433 6433
70 Denmark 27964 C 6433 6433
71 Denmark 27965 A 6433 6433
72 Denmark 27966 T 6433 6433
73 Denmark 27967 G T 6433 6431 Cys25Phe
74 Denmark 27968 T C 6433 6428 Cys25Cys
75 Denmark 27969 A 6433 6433
76 Denmark 27970 C T 6433 6432 Thr26Ile
77 Denmark 27971 T 6433 6433
78 Denmark 27972 C T,A 6433 6429 Gln27*-p.Gln27Lys
79 Denmark 27973 A G 6433 6431 Gln27Arg
80 Denmark 27974 A 6433 6433
81 Denmark 27975 C 6433 6433
82 Denmark 27976 A 6433 6433
83 Denmark 27977 T 6433 6433
84 Denmark 27978 C 6433 6433
85 Denmark 27979 A 6433 6433
86 Denmark 27980 A 6433 6433
87 Denmark 27981 C 6433 6433
88 Denmark 27982 C T 6433 6428 Pro30Leu
89 Denmark 27983 A 6433 6433
90 Denmark 27984 T 6433 6433
91 Denmark 27985 A 6433 6433
92 Denmark 27986 T 6433 6433
93 Denmark 27987 G A,T 6433 6352 Val32Ile-p.Val32Leu
94 Denmark 27988 T 6433 6433
95 Denmark 27989 A 6433 6433
96 Denmark 27990 G 6433 6432
97 Denmark 27991 T 6433 6433
98 Denmark 27992 T 6433 6433
99 Denmark 27993 G 6433 6433
100 Denmark 27994 A 6433 6433
101 Denmark 27995 T 6433 6433
102 Denmark 27996 G T 6433 6397 Asp35Tyr
103 Denmark 27997 A 6433 6433
104 Denmark 27998 C 6433 6433
105 Denmark 27999 C 6433 6433
106 Denmark 28000 C 6433 6433
107 Denmark 28001 G T 6433 6430 Pro36Pro
108 Denmark 28002 T 6433 6433
109 Denmark 28003 G 6433 6433
110 Denmark 28004 T 6433 6433
111 Denmark 28005 C T 6433 6432 Pro38Ser
112 Denmark 28006 C T 6433 6432 Pro38Leu
113 Denmark 28007 T C 6433 6432 Pro38Pro
114 Denmark 28008 A 6433 6433
115 Denmark 28009 T 6433 6433
116 Denmark 28010 T 6433 6433
117 Denmark 28011 C T 6433 6428 His40Tyr
118 Denmark 28012 A 6433 6433
119 Denmark 28013 C 6433 6433
120 Denmark 28014 T 6432 6432
121 Denmark 28015 T 6432 6432
122 Denmark 28016 C 6432 6432
123 Denmark 28017 T 6432 6432
124 Denmark 28018 A 6432 6432
125 Denmark 28019 T 6432 6432
126 Denmark 28020 T 6432 6432
127 Denmark 28021 C 6432 6432
128 Denmark 28022 T 6432 6432
129 Denmark 28023 A 6432 6432
130 Denmark 28024 A 6432 6432
131 Denmark 28025 A 6432 6432
132 Denmark 28026 T 6432 6432
133 Denmark 28027 G T 6432 6430 Trp45Leu
134 Denmark 28028 G A 6432 6430 Trp45*
135 Denmark 28029 T 6432 6432
136 Denmark 28030 A 6432 6432
137 Denmark 28031 T 6432 6432
138 Denmark 28032 A 6432 6432
139 Denmark 28033 T 6432 6432
140 Denmark 28034 T 6432 6432
141 Denmark 28035 A 6432 6432
142 Denmark 28036 G 6432 6432
143 Denmark 28037 A 6432 6432
144 Denmark 28038 G 6432 6432
145 Denmark 28039 T 6432 6432
146 Denmark 28040 A 6432 6432
147 Denmark 28041 G 6432 6432
148 Denmark 28042 G 6432 6432
149 Denmark 28043 A 6432 6432
150 Denmark 28044 G 6432 6432
151 Denmark 28045 C T 6432 6429 Ala51Val
152 Denmark 28046 T 6432 6432
153 Denmark 28047 A 6432 6432
154 Denmark 28048 G 6432 6432
155 Denmark 28049 A 6432 6432
156 Denmark 28050 A 6432 6432
157 Denmark 28051 A 6432 6432
158 Denmark 28052 A 6432 6432
159 Denmark 28053 T 6432 6432
160 Denmark 28054 C 6432 6431
161 Denmark 28055 A 6432 6432
162 Denmark 28056 G A 6432 6429 Ala55Thr
163 Denmark 28057 C T 6432 6430 Ala55Val
164 Denmark 28058 A 6432 6432
165 Denmark 28059 C 6432 6432
166 Denmark 28060 C 6432 6432
167 Denmark 28061 T 6432 6432
168 Denmark 28062 T 6432 6432
169 Denmark 28063 T 6432 6432
170 Denmark 28064 A 6432 6432
171 Denmark 28065 A 6432 6432
172 Denmark 28066 T 6432 6432
173 Denmark 28067 T 6432 6432
174 Denmark 28068 G T 6432 6430 Glu59*
175 Denmark 28069 A 6432 6432
176 Denmark 28070 A 6432 6432
177 Denmark 28071 T 6432 6432
178 Denmark 28072 T 6432 6432
179 Denmark 28073 G 6432 6432
180 Denmark 28074 T 6429 6429
181 Denmark 28075 G 6429 6429
182 Denmark 28076 C T 6429 6420 Cys61Cys
183 Denmark 28077 G T,C 6429 6373 Val62Leu-p.Val62Leu
184 Denmark 28078 T 6429 6429
185 Denmark 28079 G T 6429 6417 Val62Val
186 Denmark 28080 G 6429 6429
187 Denmark 28081 A 6429 6429
188 Denmark 28082 T C 6429 6428 Asp63Asp
189 Denmark 28083 G T 6429 6426 Glu64*
190 Denmark 28084 A 6429 6429
191 Denmark 28085 G 6429 6429
192 Denmark 28086 G T 6429 6399 Ala65Ser
193 Denmark 28087 C T,A 6429 6349 Ala65Val-p.Ala65Asp
194 Denmark 28088 T C 6429 6428 Ala65Ala
195 Denmark 28089 G 6429 6428
196 Denmark 28090 G 6429 6429
197 Denmark 28091 T 6429 6429
198 Denmark 28092 T 6429 6428
199 Denmark 28093 C T 6429 6377 Ser67Phe
200 Denmark 28094 T C 6429 6426 Ser67Ser
201 Denmark 28095 A 6429 6428
202 Denmark 28096 A 6429 6429
203 Denmark 28097 A 6429 6429
204 Denmark 28098 T 6429 6429
205 Denmark 28099 C 6429 6429
206 Denmark 28100 A 6429 6429
207 Denmark 28101 C 6429 6429
208 Denmark 28102 C T 6429 6428 Pro70Leu
209 Denmark 28103 C 6429 6429
210 Denmark 28104 A 6429 6429
211 Denmark 28105 T 6429 6429
212 Denmark 28106 T 6429 6429
213 Denmark 28107 C 6429 6429
214 Denmark 28108 A 6429 6429
215 Denmark 28109 G T 6429 6428 Gln72His
216 Denmark 28110 T 6429 6429
217 Denmark 28111 A 6429 6429
218 Denmark 28112 C 6429 6429
219 Denmark 28113 A 6429 6429
220 Denmark 28114 T 6429 6429
221 Denmark 28115 C T 6429 6428 Ile74Ile
222 Denmark 28116 G A 6429 6426 Asp75Asn
223 Denmark 28117 A 6429 6429
224 Denmark 28118 T 6429 6429
225 Denmark 28119 A G 6429 6428 Ile76Val
226 Denmark 28120 T 6429 6429
227 Denmark 28121 C 6429 6429
228 Denmark 28122 G A 6429 6428 Gly77Ser
229 Denmark 28123 G 6429 6429
230 Denmark 28124 T 6429 6429
231 Denmark 28125 A 6429 6429
232 Denmark 28126 A 6429 6429
233 Denmark 28127 T 6429 6429
234 Denmark 28128 T 6429 6429
235 Denmark 28129 A 6429 6429
236 Denmark 28130 T 6429 6429
237 Denmark 28131 A 6429 6429
238 Denmark 28132 C 6429 6429
239 Denmark 28133 A T 6429 6337 Thr80Thr
240 Denmark 28134 G 6433 6431
241 Denmark 28135 T 6433 6433
242 Denmark 28136 T 6433 6433
243 Denmark 28137 T 6433 6433
244 Denmark 28138 C 6433 6433
245 Denmark 28139 C A 6433 6432 Ser82Ser
246 Denmark 28140 T 6433 6433
247 Denmark 28141 G 6433 6433
248 Denmark 28142 T 6433 6433
249 Denmark 28143 T 6433 6433
250 Denmark 28144 T C 6433 6357 Leu84Ser
251 Denmark 28145 A 6433 6433
252 Denmark 28146 C 6433 6433
253 Denmark 28147 C 6433 6433
254 Denmark 28148 T 6433 6433
255 Denmark 28149 T 6433 6433
256 Denmark 28150 T 6433 6433
257 Denmark 28151 T C 6433 6429 Phe86Phe
258 Denmark 28152 A 6433 6433
259 Denmark 28153 C 6433 6433
260 Denmark 28154 A 6433 6433
261 Denmark 28155 A T 6433 6432 Ile88Phe
262 Denmark 28156 T 6433 6433
263 Denmark 28157 T 6433 6433
264 Denmark 28158 A 6433 6433
265 Denmark 28159 A 6433 6433
266 Denmark 28160 T 6433 6433
267 Denmark 28161 T 6433 6433
268 Denmark 28162 G 6433 6433
269 Denmark 28163 C T 6433 6432 Cys90Cys
270 Denmark 28164 C 6433 6433
271 Denmark 28165 A 6433 6433
272 Denmark 28166 G T 6433 6432 Gln91His
273 Denmark 28167 G A 6433 6363 Glu92Lys
274 Denmark 28168 A 6433 6433
275 Denmark 28169 A G 6433 6430 Glu92Glu
276 Denmark 28170 C A 6433 6432 Pro93Thr
277 Denmark 28171 C T 6433 6432 Pro93Leu
278 Denmark 28172 T 6433 6433
279 Denmark 28173 A 6433 6433
280 Denmark 28174 A 6433 6433
281 Denmark 28175 A 6433 6433
282 Denmark 28176 T 6433 6433
283 Denmark 28177 T 6433 6433
284 Denmark 28178 G T 6433 6430 Leu95Phe
285 Denmark 28179 G 6433 6433
286 Denmark 28180 G 6433 6433
287 Denmark 28181 T 6433 6433
288 Denmark 28182 A G 6433 6427 Ser97Gly
289 Denmark 28183 G 6433 6433
290 Denmark 28184 T 6433 6433
291 Denmark 28185 C 6433 6433
292 Denmark 28186 T 6433 6433
293 Denmark 28187 T 6433 6433
294 Denmark 28188 G 6433 6433
295 Denmark 28189 T 6433 6433
296 Denmark 28190 A 6433 6433
297 Denmark 28191 G 6433 6432
298 Denmark 28192 T 6433 6433
299 Denmark 28193 G 6433 6433
300 Denmark 28194 C T 6433 6432 Arg101Cys
301 Denmark 28195 G 6433 6433
302 Denmark 28196 T 6433 6433
303 Denmark 28197 T 6433 6433
304 Denmark 28198 G T 6433 6432 Cys102Phe
305 Denmark 28199 T 6433 6433
306 Denmark 28200 T 6433 6433
307 Denmark 28201 C 6433 6433
308 Denmark 28202 G A,T 6433 6429 Ser103Ser-p.Ser103Ser
309 Denmark 28203 T 6433 6433
310 Denmark 28204 T 6433 6433
311 Denmark 28205 C 6433 6433
312 Denmark 28206 T 6433 6433
313 Denmark 28207 A 6433 6433
314 Denmark 28208 T 6433 6433
315 Denmark 28209 G C 6433 6424 Glu106Gln
316 Denmark 28210 A 6433 6433
317 Denmark 28211 A 6433 6433
318 Denmark 28212 G 6433 6433
319 Denmark 28213 A 6433 6433
320 Denmark 28214 C 6433 6408
321 Denmark 28215 T 6433 6433
322 Denmark 28216 T 6433 6433
323 Denmark 28217 T 6433 6433
324 Denmark 28218 T 6433 6433
325 Denmark 28219 T 6433 6433
326 Denmark 28220 A 6433 6433
327 Denmark 28221 G 6433 6433
328 Denmark 28222 A 6433 6433
329 Denmark 28223 G 6433 6433
330 Denmark 28224 T 6433 6433
331 Denmark 28225 A 6433 6433
332 Denmark 28226 T C 6433 6410 Tyr111Tyr
333 Denmark 28227 C 6433 6433
334 Denmark 28228 A 6433 6433
335 Denmark 28229 T 6433 6433
336 Denmark 28230 G 6433 6433
337 Denmark 28231 A 6433 6433
338 Denmark 28232 C 6433 6433
339 Denmark 28233 G A 6433 6429 Val114Ile
340 Denmark 28234 T 6433 6433
341 Denmark 28235 T 6433 6433
342 Denmark 28236 C 6433 6433
343 Denmark 28237 G T 6433 6432 Arg115Leu
344 Denmark 28238 T 6433 6433
345 Denmark 28239 G 6433 6433
346 Denmark 28240 T 6433 6433
347 Denmark 28241 T 6433 6433
348 Denmark 28242 G 6433 6433
349 Denmark 28243 T 6433 6433
350 Denmark 28244 T 6433 6433
351 Denmark 28245 T G 6433 6429 Leu118Val
352 Denmark 28246 T 6433 6433
353 Denmark 28247 A 6433 6433
354 Denmark 28248 G 6433 6433
355 Denmark 28249 A 6433 6433
356 Denmark 28250 T C 6433 6432 Asp119Asp
357 Denmark 28251 T 6428 6428
358 Denmark 28252 T 6428 6428
359 Denmark 28253 C T,A 6428 6369 Phe120Leu-p.Phe120Phe
360 Denmark 28254 A C 6428 6424 Ile121Leu
361 Denmark 28255 T 6428 6428
362 Denmark 28256 C 6428 6428
363 Denmark 28257 T 6428 6428
364 Denmark 28258 A 6428 6428
365 Denmark 28259 A 6428 6428