National Institute Of Genetic Engineering and Biotechnology

P.I:Mohammad-Ali Malboobi
Here we provide last mutation observed in Nucleocapsid gene of COVID-19 prevalent in Iran.
We kindly wait your comment or coopration in tracking crona virus project.

Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  * - ? A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y
*     2                                        
-     366                                        
?                                              
A     15                                        
C     21                                        
D     22                                        
E     18                                        
F     24                                        
G     15                                        
H     12                                        
I     30                                        
K     15                                        
L     30                                        
M     3                                        
N     6                                        
P     21                                        
Q     18                                        
R     12                                        
S     27                                        
T     15                                        
V     36                                        
W     3                                        
Y     21                                        

Nucleotide and amino acid mutations

Here we provide list of mutation observed in Nucleocapsid at gene and protein of COVID-19.
-The position column is nucleotide position in reference genome as NC_045512.2
-The Reference column indicate reference nucleotide in NC_045512.2
-The NS column indicate number of samples that this position have been observed
-The NSR column indicate number of samples with reference nucleotide. Therefore diffrenciate related to Ns indicate number of sample with mutated nucleotide

Contoury Position Reference Alt. NSR NS AAchange
0 Cuba 27894 A 2 2
1 Cuba 27895 T 2 2
2 Cuba 27896 G 2 2
3 Cuba 27897 A 2 2
4 Cuba 27898 A 2 2
5 Cuba 27899 A 2 2
6 Cuba 27900 T 2 2
7 Cuba 27901 T 2 2
8 Cuba 27902 T 2 2
9 Cuba 27903 C 2 2
10 Cuba 27904 T 2 2
11 Cuba 27905 T 2 2
12 Cuba 27906 G 2 2
13 Cuba 27907 T 2 2
14 Cuba 27908 T 2 2
15 Cuba 27909 T 2 2
16 Cuba 27910 T 2 2
17 Cuba 27911 C 2 2
18 Cuba 27912 T 2 2
19 Cuba 27913 T 2 2
20 Cuba 27914 A 2 2
21 Cuba 27915 G 2 2
22 Cuba 27916 G 2 2
23 Cuba 27917 A 2 2
24 Cuba 27918 A 2 2
25 Cuba 27919 T 2 2
26 Cuba 27920 C 2 2
27 Cuba 27921 A 2 2
28 Cuba 27922 T 2 2
29 Cuba 27923 C 2 2
30 Cuba 27924 A 2 2
31 Cuba 27925 C 2 2
32 Cuba 27926 A 2 2
33 Cuba 27927 A 2 2
34 Cuba 27928 C 2 2
35 Cuba 27929 T 2 2
36 Cuba 27930 G 2 2
37 Cuba 27931 T 2 2
38 Cuba 27932 A 2 2
39 Cuba 27933 G 2 2
40 Cuba 27934 C 2 2
41 Cuba 27935 T 2 2
42 Cuba 27936 G 2 2
43 Cuba 27937 C 2 2
44 Cuba 27938 A 2 2
45 Cuba 27939 T 2 2
46 Cuba 27940 T 2 2
47 Cuba 27941 T 2 2
48 Cuba 27942 C 2 2
49 Cuba 27943 A 2 2
50 Cuba 27944 C 2 2
51 Cuba 27945 C 2 2
52 Cuba 27946 A 2 2
53 Cuba 27947 A 2 2
54 Cuba 27948 G 2 2
55 Cuba 27949 A 2 2
56 Cuba 27950 A 2 2
57 Cuba 27951 T 2 2
58 Cuba 27952 G 2 2
59 Cuba 27953 T 2 2
60 Cuba 27954 A 2 2
61 Cuba 27955 G 2 2
62 Cuba 27956 T 2 2
63 Cuba 27957 T 2 2
64 Cuba 27958 T 2 2
65 Cuba 27959 A 2 2
66 Cuba 27960 C 2 2
67 Cuba 27961 A 2 2
68 Cuba 27962 G 2 2
69 Cuba 27963 T 2 2
70 Cuba 27964 C 2 2
71 Cuba 27965 A 2 2
72 Cuba 27966 T 2 2
73 Cuba 27967 G 2 2
74 Cuba 27968 T 2 2
75 Cuba 27969 A 2 2
76 Cuba 27970 C 2 2
77 Cuba 27971 T 2 2
78 Cuba 27972 C 2 2
79 Cuba 27973 A 2 2
80 Cuba 27974 A 2 2
81 Cuba 27975 C 2 2
82 Cuba 27976 A 2 2
83 Cuba 27977 T 2 2
84 Cuba 27978 C 2 2
85 Cuba 27979 A 2 2
86 Cuba 27980 A 2 2
87 Cuba 27981 C 2 2
88 Cuba 27982 C 2 2
89 Cuba 27983 A 2 2
90 Cuba 27984 T 2 2
91 Cuba 27985 A 2 2
92 Cuba 27986 T 2 2
93 Cuba 27987 G 2 2
94 Cuba 27988 T 2 2
95 Cuba 27989 A 2 2
96 Cuba 27990 G 2 2
97 Cuba 27991 T 2 2
98 Cuba 27992 T 2 2
99 Cuba 27993 G 2 2
100 Cuba 27994 A 2 2
101 Cuba 27995 T 2 2
102 Cuba 27996 G 2 2
103 Cuba 27997 A 2 2
104 Cuba 27998 C 2 2
105 Cuba 27999 C 2 2
106 Cuba 28000 C 2 2
107 Cuba 28001 G 2 2
108 Cuba 28002 T 2 2
109 Cuba 28003 G 2 2
110 Cuba 28004 T 2 2
111 Cuba 28005 C 2 2
112 Cuba 28006 C 2 2
113 Cuba 28007 T 2 2
114 Cuba 28008 A 2 2
115 Cuba 28009 T 2 2
116 Cuba 28010 T 2 2
117 Cuba 28011 C 2 2
118 Cuba 28012 A 2 2
119 Cuba 28013 C 2 2
120 Cuba 28014 T 2 2
121 Cuba 28015 T 2 2
122 Cuba 28016 C 2 2
123 Cuba 28017 T 2 2
124 Cuba 28018 A 2 2
125 Cuba 28019 T 2 2
126 Cuba 28020 T 2 2
127 Cuba 28021 C 2 2
128 Cuba 28022 T 2 2
129 Cuba 28023 A 2 2
130 Cuba 28024 A 2 2
131 Cuba 28025 A 2 2
132 Cuba 28026 T 2 2
133 Cuba 28027 G 2 2
134 Cuba 28028 G 2 2
135 Cuba 28029 T 2 2
136 Cuba 28030 A 2 2
137 Cuba 28031 T 2 2
138 Cuba 28032 A 2 2
139 Cuba 28033 T 2 2
140 Cuba 28034 T 2 2
141 Cuba 28035 A 2 2
142 Cuba 28036 G 2 2
143 Cuba 28037 A 2 2
144 Cuba 28038 G 2 2
145 Cuba 28039 T 2 2
146 Cuba 28040 A 2 2
147 Cuba 28041 G 2 2
148 Cuba 28042 G 2 2
149 Cuba 28043 A 2 2
150 Cuba 28044 G 2 2
151 Cuba 28045 C 2 2
152 Cuba 28046 T 2 2
153 Cuba 28047 A 2 2
154 Cuba 28048 G 2 2
155 Cuba 28049 A 2 2
156 Cuba 28050 A 2 2
157 Cuba 28051 A 2 2
158 Cuba 28052 A 2 2
159 Cuba 28053 T 2 2
160 Cuba 28054 C 2 2
161 Cuba 28055 A 2 2
162 Cuba 28056 G 2 2
163 Cuba 28057 C 2 2
164 Cuba 28058 A 2 2
165 Cuba 28059 C 2 2
166 Cuba 28060 C 2 2
167 Cuba 28061 T 2 2
168 Cuba 28062 T 2 2
169 Cuba 28063 T 2 2
170 Cuba 28064 A 2 2
171 Cuba 28065 A 2 2
172 Cuba 28066 T 2 2
173 Cuba 28067 T 2 2
174 Cuba 28068 G 2 2
175 Cuba 28069 A 2 2
176 Cuba 28070 A 2 2
177 Cuba 28071 T 2 2
178 Cuba 28072 T 2 2
179 Cuba 28073 G 2 2
180 Cuba 28074 T 2 2
181 Cuba 28075 G 2 2
182 Cuba 28076 C 2 2
183 Cuba 28077 G 2 2
184 Cuba 28078 T 2 2
185 Cuba 28079 G 2 2
186 Cuba 28080 G 2 2
187 Cuba 28081 A 2 2
188 Cuba 28082 T 2 2
189 Cuba 28083 G 2 2
190 Cuba 28084 A 2 2
191 Cuba 28085 G 2 2
192 Cuba 28086 G 2 2
193 Cuba 28087 C 2 2
194 Cuba 28088 T 2 2
195 Cuba 28089 G 2 2
196 Cuba 28090 G 2 2
197 Cuba 28091 T 2 2
198 Cuba 28092 T 2 2
199 Cuba 28093 C 2 2
200 Cuba 28094 T 2 2
201 Cuba 28095 A 2 2
202 Cuba 28096 A 2 2
203 Cuba 28097 A 2 2
204 Cuba 28098 T 2 2
205 Cuba 28099 C 2 2
206 Cuba 28100 A 2 2
207 Cuba 28101 C 2 2
208 Cuba 28102 C 2 2
209 Cuba 28103 C 2 2
210 Cuba 28104 A 2 2
211 Cuba 28105 T 2 2
212 Cuba 28106 T 2 2
213 Cuba 28107 C 2 2
214 Cuba 28108 A 2 2
215 Cuba 28109 G 2 2
216 Cuba 28110 T 2 2
217 Cuba 28111 A 2 2
218 Cuba 28112 C 2 2
219 Cuba 28113 A 2 2
220 Cuba 28114 T 2 2
221 Cuba 28115 C 2 2
222 Cuba 28116 G 2 2
223 Cuba 28117 A 2 2
224 Cuba 28118 T 2 2
225 Cuba 28119 A 2 2
226 Cuba 28120 T 2 2
227 Cuba 28121 C 2 2
228 Cuba 28122 G 2 2
229 Cuba 28123 G 2 2
230 Cuba 28124 T 2 2
231 Cuba 28125 A 2 2
232 Cuba 28126 A 2 2
233 Cuba 28127 T 2 2
234 Cuba 28128 T 2 2
235 Cuba 28129 A 2 2
236 Cuba 28130 T 2 2
237 Cuba 28131 A 2 2
238 Cuba 28132 C 2 2
239 Cuba 28133 A 2 2
240 Cuba 28134 G 2 2
241 Cuba 28135 T 2 2
242 Cuba 28136 T 2 2
243 Cuba 28137 T 2 2
244 Cuba 28138 C 2 2
245 Cuba 28139 C 2 2
246 Cuba 28140 T 2 2
247 Cuba 28141 G 2 2
248 Cuba 28142 T 2 2
249 Cuba 28143 T 2 2
250 Cuba 28144 T 2 2
251 Cuba 28145 A 2 2
252 Cuba 28146 C 2 2
253 Cuba 28147 C 2 2
254 Cuba 28148 T 2 2
255 Cuba 28149 T 2 2
256 Cuba 28150 T 2 2
257 Cuba 28151 T 2 2
258 Cuba 28152 A 2 2
259 Cuba 28153 C 2 2
260 Cuba 28154 A 2 2
261 Cuba 28155 A 2 2
262 Cuba 28156 T 2 2
263 Cuba 28157 T 2 2
264 Cuba 28158 A 2 2
265 Cuba 28159 A 2 2
266 Cuba 28160 T 2 2
267 Cuba 28161 T 2 2
268 Cuba 28162 G 2 2
269 Cuba 28163 C 2 2
270 Cuba 28164 C 2 2
271 Cuba 28165 A 2 2
272 Cuba 28166 G 2 2
273 Cuba 28167 G 2 2
274 Cuba 28168 A 2 2
275 Cuba 28169 A 2 2
276 Cuba 28170 C 2 2
277 Cuba 28171 C 2 2
278 Cuba 28172 T 2 2
279 Cuba 28173 A 2 2
280 Cuba 28174 A 2 2
281 Cuba 28175 A 2 2
282 Cuba 28176 T 2 2
283 Cuba 28177 T 2 2
284 Cuba 28178 G 2 2
285 Cuba 28179 G 2 2
286 Cuba 28180 G 2 2
287 Cuba 28181 T 2 2
288 Cuba 28182 A 2 2
289 Cuba 28183 G 2 2
290 Cuba 28184 T 2 2
291 Cuba 28185 C 2 2
292 Cuba 28186 T 2 2
293 Cuba 28187 T 2 2
294 Cuba 28188 G 2 2
295 Cuba 28189 T 2 2
296 Cuba 28190 A 2 2
297 Cuba 28191 G 2 2
298 Cuba 28192 T 2 2
299 Cuba 28193 G 2 2
300 Cuba 28194 C 2 2
301 Cuba 28195 G 2 2
302 Cuba 28196 T 2 2
303 Cuba 28197 T 2 2
304 Cuba 28198 G 2 2
305 Cuba 28199 T 2 2
306 Cuba 28200 T 2 2
307 Cuba 28201 C 2 2
308 Cuba 28202 G 2 2
309 Cuba 28203 T 2 2
310 Cuba 28204 T 2 2
311 Cuba 28205 C 2 2
312 Cuba 28206 T 2 2
313 Cuba 28207 A 2 2
314 Cuba 28208 T 2 2
315 Cuba 28209 G 2 2
316 Cuba 28210 A 2 2
317 Cuba 28211 A 2 2
318 Cuba 28212 G 2 2
319 Cuba 28213 A 2 2
320 Cuba 28214 C 2 2
321 Cuba 28215 T 2 2
322 Cuba 28216 T 2 2
323 Cuba 28217 T 2 2
324 Cuba 28218 T 2 2
325 Cuba 28219 T 2 2
326 Cuba 28220 A 2 2
327 Cuba 28221 G 2 2
328 Cuba 28222 A 2 2
329 Cuba 28223 G 2 2
330 Cuba 28224 T 2 2
331 Cuba 28225 A 2 2
332 Cuba 28226 T 2 2
333 Cuba 28227 C 2 2
334 Cuba 28228 A 2 2
335 Cuba 28229 T 2 2
336 Cuba 28230 G 2 2
337 Cuba 28231 A 2 2
338 Cuba 28232 C 2 2
339 Cuba 28233 G 2 2
340 Cuba 28234 T 2 2
341 Cuba 28235 T 2 2
342 Cuba 28236 C 2 2
343 Cuba 28237 G 2 2
344 Cuba 28238 T 2 2
345 Cuba 28239 G 2 2
346 Cuba 28240 T 2 2
347 Cuba 28241 T 2 2
348 Cuba 28242 G 2 2
349 Cuba 28243 T 2 2
350 Cuba 28244 T 2 2
351 Cuba 28245 T 2 2
352 Cuba 28246 T 2 2
353 Cuba 28247 A 2 2
354 Cuba 28248 G 2 2
355 Cuba 28249 A 2 2
356 Cuba 28250 T 2 2
357 Cuba 28251 T 2 2
358 Cuba 28252 T 2 2
359 Cuba 28253 C 2 2
360 Cuba 28254 A 2 2
361 Cuba 28255 T 2 2
362 Cuba 28256 C 2 2
363 Cuba 28257 T 2 2
364 Cuba 28258 A 2 2
365 Cuba 28259 A 2 2