National Institute Of Genetic Engineering and Biotechnology

P.I:Mohammad-Ali Malboobi
Here we provide last mutation observed in Nucleocapsid gene of COVID-19 prevalent in Iran.
We kindly wait your comment or coopration in tracking crona virus project.

Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  * - ? A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y
*     2                                        
-     366                                        
?                                              
A     15                                        
C     21                                        
D     22           1                           1
E 1   18                           1            
F     24         1                              
G     15                                        
H     12                                        
I     30                                 1      
K     15                                        
L     30                               1        
M     3                                        
N     6                                        
P     21                         1              
Q 1   18             1                          
R     12                                        
S     27                   1                    
T     15                                        
V     36 1                                      
W     3                                        
Y     21                                        

Nucleotide and amino acid mutations

Here we provide list of mutation observed in Nucleocapsid at gene and protein of COVID-19.
-The position column is nucleotide position in reference genome as NC_045512.2
-The Reference column indicate reference nucleotide in NC_045512.2
-The NS column indicate number of samples that this position have been observed
-The NSR column indicate number of samples with reference nucleotide. Therefore diffrenciate related to Ns indicate number of sample with mutated nucleotide

Contoury Position Reference Alt. NSR NS AAchange
0 Costa_Rica 27894 A 180 180
1 Costa_Rica 27895 T 180 180
2 Costa_Rica 27896 G 180 180
3 Costa_Rica 27897 A 180 180
4 Costa_Rica 27898 A 180 180
5 Costa_Rica 27899 A 180 180
6 Costa_Rica 27900 T 180 180
7 Costa_Rica 27901 T 180 180
8 Costa_Rica 27902 T 180 180
9 Costa_Rica 27903 C 180 180
10 Costa_Rica 27904 T 180 180
11 Costa_Rica 27905 T 180 180
12 Costa_Rica 27906 G 180 180
13 Costa_Rica 27907 T 180 180
14 Costa_Rica 27908 T 180 180
15 Costa_Rica 27909 T 180 180
16 Costa_Rica 27910 T 180 180
17 Costa_Rica 27911 C 180 180
18 Costa_Rica 27912 T 180 180
19 Costa_Rica 27913 T 180 180
20 Costa_Rica 27914 A 180 180
21 Costa_Rica 27915 G 180 180
22 Costa_Rica 27916 G 180 180
23 Costa_Rica 27917 A 180 180
24 Costa_Rica 27918 A 180 180
25 Costa_Rica 27919 T C 180 179 Ile9Thr
26 Costa_Rica 27920 C 180 179
27 Costa_Rica 27921 A 180 180
28 Costa_Rica 27922 T 180 180
29 Costa_Rica 27923 C 180 179
30 Costa_Rica 27924 A 180 180
31 Costa_Rica 27925 C 180 179
32 Costa_Rica 27926 A 180 180
33 Costa_Rica 27927 A 180 180
34 Costa_Rica 27928 C 180 180
35 Costa_Rica 27929 T 180 180
36 Costa_Rica 27930 G 180 178
37 Costa_Rica 27931 T 180 180
38 Costa_Rica 27932 A 180 180
39 Costa_Rica 27933 G 180 180
40 Costa_Rica 27934 C 180 179
41 Costa_Rica 27935 T 180 179
42 Costa_Rica 27936 G 180 178
43 Costa_Rica 27937 C 180 178
44 Costa_Rica 27938 A 180 180
45 Costa_Rica 27939 T 180 180
46 Costa_Rica 27940 T 180 180
47 Costa_Rica 27941 T 180 179
48 Costa_Rica 27942 C 180 177
49 Costa_Rica 27943 A 180 180
50 Costa_Rica 27944 C 180 178
51 Costa_Rica 27945 C T 180 177 Gln18*
52 Costa_Rica 27946 A 180 180
53 Costa_Rica 27947 A 180 180
54 Costa_Rica 27948 G 180 177
55 Costa_Rica 27949 A 180 179
56 Costa_Rica 27950 A 180 180
57 Costa_Rica 27951 T 180 180
58 Costa_Rica 27952 G 180 179
59 Costa_Rica 27953 T 180 179
60 Costa_Rica 27954 A 180 180
61 Costa_Rica 27955 G 180 178
62 Costa_Rica 27956 T 180 179
63 Costa_Rica 27957 T 180 177
64 Costa_Rica 27958 T 180 178
65 Costa_Rica 27959 A 180 180
66 Costa_Rica 27960 C 180 177
67 Costa_Rica 27961 A 180 180
68 Costa_Rica 27962 G 180 178
69 Costa_Rica 27963 T 180 180
70 Costa_Rica 27964 C T 180 174 Ser24Leu
71 Costa_Rica 27965 A 180 180
72 Costa_Rica 27966 T 180 178
73 Costa_Rica 27967 G 180 177
74 Costa_Rica 27968 T 180 179
75 Costa_Rica 27969 A 180 180
76 Costa_Rica 27970 C 180 177
77 Costa_Rica 27971 T 180 178
78 Costa_Rica 27972 C 180 177
79 Costa_Rica 27973 A 180 179
80 Costa_Rica 27974 A 180 178
81 Costa_Rica 27975 C 180 176
82 Costa_Rica 27976 A 180 180
83 Costa_Rica 27977 T 180 177
84 Costa_Rica 27978 C 180 177
85 Costa_Rica 27979 A 180 178
86 Costa_Rica 27980 A 180 179
87 Costa_Rica 27981 C 180 177
88 Costa_Rica 27982 C 180 177
89 Costa_Rica 27983 A 180 180
90 Costa_Rica 27984 T 180 178
91 Costa_Rica 27985 A 180 179
92 Costa_Rica 27986 T 180 178
93 Costa_Rica 27987 G 180 177
94 Costa_Rica 27988 T 180 178
95 Costa_Rica 27989 A 180 178
96 Costa_Rica 27990 G 180 177
97 Costa_Rica 27991 T 180 179
98 Costa_Rica 27992 T 180 177
99 Costa_Rica 27993 G 180 177
100 Costa_Rica 27994 A 180 178
101 Costa_Rica 27995 T 180 180
102 Costa_Rica 27996 G 180 175
103 Costa_Rica 27997 A G 180 177 Asp35Gly
104 Costa_Rica 27998 C 181 179
105 Costa_Rica 27999 C 181 180
106 Costa_Rica 28000 C 181 181
107 Costa_Rica 28001 G T 181 178 Pro36Pro
108 Costa_Rica 28002 T 181 181
109 Costa_Rica 28003 G 181 179
110 Costa_Rica 28004 T 181 180
111 Costa_Rica 28005 C 181 179
112 Costa_Rica 28006 C 181 176
113 Costa_Rica 28007 T 181 181
114 Costa_Rica 28008 A 181 180
115 Costa_Rica 28009 T 181 178
116 Costa_Rica 28010 T 181 181
117 Costa_Rica 28011 C 181 180
118 Costa_Rica 28012 A 181 181
119 Costa_Rica 28013 C 181 178
120 Costa_Rica 28014 T 181 181
121 Costa_Rica 28015 T 181 181
122 Costa_Rica 28016 C 181 178
123 Costa_Rica 28017 T 181 179
124 Costa_Rica 28018 A 181 181
125 Costa_Rica 28019 T 181 179
126 Costa_Rica 28020 T 181 180
127 Costa_Rica 28021 C 181 178
128 Costa_Rica 28022 T 181 181
129 Costa_Rica 28023 A 181 179
130 Costa_Rica 28024 A 181 180
131 Costa_Rica 28025 A 181 181
132 Costa_Rica 28026 T 181 181
133 Costa_Rica 28027 G 181 176
134 Costa_Rica 28028 G 181 177
135 Costa_Rica 28029 T 181 180
136 Costa_Rica 28030 A 181 181
137 Costa_Rica 28031 T 181 181
138 Costa_Rica 28032 A 181 180
139 Costa_Rica 28033 T 181 181
140 Costa_Rica 28034 T 181 181
141 Costa_Rica 28035 A 181 180
142 Costa_Rica 28036 G 181 175
143 Costa_Rica 28037 A 181 179
144 Costa_Rica 28038 G 181 175
145 Costa_Rica 28039 T 181 176
146 Costa_Rica 28040 A 181 177
147 Costa_Rica 28041 G 181 174
148 Costa_Rica 28042 G 181 174
149 Costa_Rica 28043 A 181 178
150 Costa_Rica 28044 G 181 175
151 Costa_Rica 28045 C 181 175
152 Costa_Rica 28046 T 181 181
153 Costa_Rica 28047 A 181 174
154 Costa_Rica 28048 G 181 174
155 Costa_Rica 28049 A 181 175
156 Costa_Rica 28050 A 181 175
157 Costa_Rica 28051 A 181 177
158 Costa_Rica 28052 A 181 174
159 Costa_Rica 28053 T 181 176
160 Costa_Rica 28054 C 181 175
161 Costa_Rica 28055 A 181 176
162 Costa_Rica 28056 G 181 174
163 Costa_Rica 28057 C 181 174
164 Costa_Rica 28058 A 181 180
165 Costa_Rica 28059 C 181 174
166 Costa_Rica 28060 C 181 174
167 Costa_Rica 28061 T 181 175
168 Costa_Rica 28062 T 181 175
169 Costa_Rica 28063 T 181 175
170 Costa_Rica 28064 A 181 175
171 Costa_Rica 28065 A 181 173
172 Costa_Rica 28066 T 181 175
173 Costa_Rica 28067 T 181 178
174 Costa_Rica 28068 G 181 174
175 Costa_Rica 28069 A 181 174
176 Costa_Rica 28070 A 181 178
177 Costa_Rica 28071 T 181 176
178 Costa_Rica 28072 T 181 174
179 Costa_Rica 28073 G 181 177
180 Costa_Rica 28074 T 181 177
181 Costa_Rica 28075 G 181 174
182 Costa_Rica 28076 C 181 174
183 Costa_Rica 28077 G 181 175
184 Costa_Rica 28078 T C 181 179 Val62Ala
185 Costa_Rica 28079 G 181 173
186 Costa_Rica 28080 G 181 173
187 Costa_Rica 28081 A 181 181
188 Costa_Rica 28082 T 181 181
189 Costa_Rica 28083 G 181 181
190 Costa_Rica 28084 A 181 181
191 Costa_Rica 28085 G 181 181
192 Costa_Rica 28086 G 181 181
193 Costa_Rica 28087 C 181 181
194 Costa_Rica 28088 T 181 181
195 Costa_Rica 28089 G 181 181
196 Costa_Rica 28090 G 181 181
197 Costa_Rica 28091 T 181 181
198 Costa_Rica 28092 T 181 181
199 Costa_Rica 28093 C 181 181
200 Costa_Rica 28094 T 181 181
201 Costa_Rica 28095 A 181 181
202 Costa_Rica 28096 A 181 181
203 Costa_Rica 28097 A 181 181
204 Costa_Rica 28098 T 181 181
205 Costa_Rica 28099 C 181 181
206 Costa_Rica 28100 A 181 181
207 Costa_Rica 28101 C 181 181
208 Costa_Rica 28102 C 181 181
209 Costa_Rica 28103 C 181 181
210 Costa_Rica 28104 A 181 181
211 Costa_Rica 28105 T 181 181
212 Costa_Rica 28106 T 181 181
213 Costa_Rica 28107 C 181 181
214 Costa_Rica 28108 A 181 181
215 Costa_Rica 28109 G T 181 180 Gln72His
216 Costa_Rica 28110 T 181 181
217 Costa_Rica 28111 A 181 181
218 Costa_Rica 28112 C 181 181
219 Costa_Rica 28113 A 181 181
220 Costa_Rica 28114 T 181 181
221 Costa_Rica 28115 C 181 181
222 Costa_Rica 28116 G 181 181
223 Costa_Rica 28117 A 181 181
224 Costa_Rica 28118 T 181 181
225 Costa_Rica 28119 A 181 181
226 Costa_Rica 28120 T 181 181
227 Costa_Rica 28121 C 181 181
228 Costa_Rica 28122 G 181 181
229 Costa_Rica 28123 G 181 181
230 Costa_Rica 28124 T 181 181
231 Costa_Rica 28125 A 181 181
232 Costa_Rica 28126 A 181 181
233 Costa_Rica 28127 T 181 181
234 Costa_Rica 28128 T 181 181
235 Costa_Rica 28129 A 181 181
236 Costa_Rica 28130 T 181 181
237 Costa_Rica 28131 A 181 181
238 Costa_Rica 28132 C 181 181
239 Costa_Rica 28133 A 181 181
240 Costa_Rica 28134 G 181 181
241 Costa_Rica 28135 T 181 181
242 Costa_Rica 28136 T 181 181
243 Costa_Rica 28137 T 181 181
244 Costa_Rica 28138 C 181 181
245 Costa_Rica 28139 C 181 181
246 Costa_Rica 28140 T 181 181
247 Costa_Rica 28141 G 181 181
248 Costa_Rica 28142 T 181 181
249 Costa_Rica 28143 T 181 181
250 Costa_Rica 28144 T C 181 179 Leu84Ser
251 Costa_Rica 28145 A 181 181
252 Costa_Rica 28146 C 181 181
253 Costa_Rica 28147 C 181 181
254 Costa_Rica 28148 T 181 181
255 Costa_Rica 28149 T 181 181
256 Costa_Rica 28150 T 181 181
257 Costa_Rica 28151 T 181 181
258 Costa_Rica 28152 A 181 181
259 Costa_Rica 28153 C 181 181
260 Costa_Rica 28154 A 181 181
261 Costa_Rica 28155 A 181 181
262 Costa_Rica 28156 T 181 181
263 Costa_Rica 28157 T 181 181
264 Costa_Rica 28158 A 181 181
265 Costa_Rica 28159 A 181 181
266 Costa_Rica 28160 T 181 181
267 Costa_Rica 28161 T 181 181
268 Costa_Rica 28162 G 181 181
269 Costa_Rica 28163 C 181 181
270 Costa_Rica 28164 C 181 181
271 Costa_Rica 28165 A 181 181
272 Costa_Rica 28166 G 181 181
273 Costa_Rica 28167 G 181 181
274 Costa_Rica 28168 A 181 181
275 Costa_Rica 28169 A 181 181
276 Costa_Rica 28170 C 181 181
277 Costa_Rica 28171 C 181 181
278 Costa_Rica 28172 T 181 181
279 Costa_Rica 28173 A 181 181
280 Costa_Rica 28174 A 181 181
281 Costa_Rica 28175 A 181 181
282 Costa_Rica 28176 T 181 181
283 Costa_Rica 28177 T 181 181
284 Costa_Rica 28178 G 181 181
285 Costa_Rica 28179 G 181 181
286 Costa_Rica 28180 G 181 181
287 Costa_Rica 28181 T 181 181
288 Costa_Rica 28182 A 181 181
289 Costa_Rica 28183 G 181 181
290 Costa_Rica 28184 T 181 181
291 Costa_Rica 28185 C 181 181
292 Costa_Rica 28186 T 181 181
293 Costa_Rica 28187 T 181 181
294 Costa_Rica 28188 G 181 181
295 Costa_Rica 28189 T 181 181
296 Costa_Rica 28190 A 181 181
297 Costa_Rica 28191 G 181 181
298 Costa_Rica 28192 T 181 181
299 Costa_Rica 28193 G 181 181
300 Costa_Rica 28194 C 181 181
301 Costa_Rica 28195 G 181 181
302 Costa_Rica 28196 T 181 181
303 Costa_Rica 28197 T 181 181
304 Costa_Rica 28198 G 181 181
305 Costa_Rica 28199 T 181 181
306 Costa_Rica 28200 T 181 181
307 Costa_Rica 28201 C 181 181
308 Costa_Rica 28202 G 181 181
309 Costa_Rica 28203 T 181 181
310 Costa_Rica 28204 T 181 181
311 Costa_Rica 28205 C 181 181
312 Costa_Rica 28206 T 181 181
313 Costa_Rica 28207 A 181 181
314 Costa_Rica 28208 T 181 181
315 Costa_Rica 28209 G C,T 181 178 Glu106*-p.Glu106Gln
316 Costa_Rica 28210 A 181 181
317 Costa_Rica 28211 A 181 181
318 Costa_Rica 28212 G 181 181
319 Costa_Rica 28213 A 181 181
320 Costa_Rica 28214 C 181 181
321 Costa_Rica 28215 T 181 181
322 Costa_Rica 28216 T 181 181
323 Costa_Rica 28217 T 181 181
324 Costa_Rica 28218 T 181 181
325 Costa_Rica 28219 T 181 181
326 Costa_Rica 28220 A 181 181
327 Costa_Rica 28221 G 181 181
328 Costa_Rica 28222 A 181 181
329 Costa_Rica 28223 G 181 181
330 Costa_Rica 28224 T 181 181
331 Costa_Rica 28225 A 181 181
332 Costa_Rica 28226 T 181 181
333 Costa_Rica 28227 C 181 181
334 Costa_Rica 28228 A 181 181
335 Costa_Rica 28229 T 181 181
336 Costa_Rica 28230 G 181 181
337 Costa_Rica 28231 A 181 181
338 Costa_Rica 28232 C 181 181
339 Costa_Rica 28233 G 181 181
340 Costa_Rica 28234 T 181 181
341 Costa_Rica 28235 T 181 181
342 Costa_Rica 28236 C 181 181
343 Costa_Rica 28237 G 181 181
344 Costa_Rica 28238 T 181 181
345 Costa_Rica 28239 G 181 181
346 Costa_Rica 28240 T 181 181
347 Costa_Rica 28241 T 181 181
348 Costa_Rica 28242 G 181 181
349 Costa_Rica 28243 T 181 181
350 Costa_Rica 28244 T 181 181
351 Costa_Rica 28245 T 181 181
352 Costa_Rica 28246 T 181 181
353 Costa_Rica 28247 A 181 181
354 Costa_Rica 28248 G T 181 179 Asp119Tyr
355 Costa_Rica 28249 A 181 181
356 Costa_Rica 28250 T 181 181
357 Costa_Rica 28251 T 181 181
358 Costa_Rica 28252 T 181 181
359 Costa_Rica 28253 C T 181 178 Phe120Phe
360 Costa_Rica 28254 A 181 180
361 Costa_Rica 28255 T 181 181
362 Costa_Rica 28256 C 181 181
363 Costa_Rica 28257 T 181 181
364 Costa_Rica 28258 A 181 181
365 Costa_Rica 28259 A 181 181