National Institute Of Genetic Engineering and Biotechnology

P.I:Mohammad-Ali Malboobi
Here we provide last mutation observed in Nucleocapsid gene of COVID-19 prevalent in Iran.
We kindly wait your comment or coopration in tracking crona virus project.

Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  * - ? A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y
*     2                                        
-     366                                        
?                                              
A     15                                   2    
C     21                                        
D     22     1                                  
E     18                                        
F     24         1         1                    
G     15   1                                    
H     12                                       1
I     30               1   1                    
K     15                                        
L     30                   1           2        
M     3                                        
N     6                                        
P     21                                        
Q 2   18                           1            
R     12                                        
S     27                   2                    
T     15               1                        
V     36                                        
W     3                                        
Y     21                                        

Nucleotide and amino acid mutations

Here we provide list of mutation observed in Nucleocapsid at gene and protein of COVID-19.
-The position column is nucleotide position in reference genome as NC_045512.2
-The Reference column indicate reference nucleotide in NC_045512.2
-The NS column indicate number of samples that this position have been observed
-The NSR column indicate number of samples with reference nucleotide. Therefore diffrenciate related to Ns indicate number of sample with mutated nucleotide

Contoury Position Reference Alt. NSR NS AAchange
0 Colombia 27894 A 278 278
1 Colombia 27895 T 278 278
2 Colombia 27896 G 278 278
3 Colombia 27897 A 278 278
4 Colombia 27898 A 278 278
5 Colombia 27899 A 278 278
6 Colombia 27900 T 278 278
7 Colombia 27901 T 278 278
8 Colombia 27902 T 278 278
9 Colombia 27903 C 278 278
10 Colombia 27904 T 278 278
11 Colombia 27905 T 278 278
12 Colombia 27906 G 278 278
13 Colombia 27907 T 278 278
14 Colombia 27908 T 278 277
15 Colombia 27909 T 278 277
16 Colombia 27910 T 278 277
17 Colombia 27911 C 278 277
18 Colombia 27912 T 278 277
19 Colombia 27913 T 278 277
20 Colombia 27914 A 278 277
21 Colombia 27915 G 278 278
22 Colombia 27916 G 278 278
23 Colombia 27917 A 278 278
24 Colombia 27918 A 278 278
25 Colombia 27919 T 278 278
26 Colombia 27920 C T 278 275 Ile9Ile
27 Colombia 27921 A 278 278
28 Colombia 27922 T 278 278
29 Colombia 27923 C 278 278
30 Colombia 27924 A 278 278
31 Colombia 27925 C 278 278
32 Colombia 27926 A 278 278
33 Colombia 27927 A 278 278
34 Colombia 27928 C 278 278
35 Colombia 27929 T 278 278
36 Colombia 27930 G 278 278
37 Colombia 27931 T 278 278
38 Colombia 27932 A 278 278
39 Colombia 27933 G 278 278
40 Colombia 27934 C 278 278
41 Colombia 27935 T 278 278
42 Colombia 27936 G 278 278
43 Colombia 27937 C 278 278
44 Colombia 27938 A 278 278
45 Colombia 27939 T 278 278
46 Colombia 27940 T 278 278
47 Colombia 27941 T 278 278
48 Colombia 27942 C 278 278
49 Colombia 27943 A 278 278
50 Colombia 27944 C 278 278
51 Colombia 27945 C T 278 277 Gln18*
52 Colombia 27946 A 278 278
53 Colombia 27947 A 278 278
54 Colombia 27948 G 279 279
55 Colombia 27949 A 279 279
56 Colombia 27950 A 279 279
57 Colombia 27951 T 279 279
58 Colombia 27952 G 280 280
59 Colombia 27953 T 280 280
60 Colombia 27954 A 280 280
61 Colombia 27955 G 280 280
62 Colombia 27956 T 280 280
63 Colombia 27957 T 280 280
64 Colombia 27958 T 280 280
65 Colombia 27959 A 280 280
66 Colombia 27960 C 280 280
67 Colombia 27961 A 280 280
68 Colombia 27962 G 280 280
69 Colombia 27963 T 280 280
70 Colombia 27964 C T 280 279 Ser24Leu
71 Colombia 27965 A 280 280
72 Colombia 27966 T 280 280
73 Colombia 27967 G 280 280
74 Colombia 27968 T 280 280
75 Colombia 27969 A 280 280
76 Colombia 27970 C T 280 279 Thr26Ile
77 Colombia 27971 T 280 280
78 Colombia 27972 C T 280 277 Gln27*
79 Colombia 27973 A 280 280
80 Colombia 27974 A 280 280
81 Colombia 27975 C T 280 279 His28Tyr
82 Colombia 27976 A 280 280
83 Colombia 27977 T 280 280
84 Colombia 27978 C 280 280
85 Colombia 27979 A 280 280
86 Colombia 27980 A 280 280
87 Colombia 27981 C 280 280
88 Colombia 27982 C 280 280
89 Colombia 27983 A 280 280
90 Colombia 27984 T 280 280
91 Colombia 27985 A 280 280
92 Colombia 27986 T 280 280
93 Colombia 27987 G 280 280
94 Colombia 27988 T 280 280
95 Colombia 27989 A 280 280
96 Colombia 27990 G 280 280
97 Colombia 27991 T 280 280
98 Colombia 27992 T 280 280
99 Colombia 27993 G 280 280
100 Colombia 27994 A 280 280
101 Colombia 27995 T 280 280
102 Colombia 27996 G 280 280
103 Colombia 27997 A 280 280
104 Colombia 27998 C T 280 278 Asp35Asp
105 Colombia 27999 C 280 280
106 Colombia 28000 C 280 280
107 Colombia 28001 G 280 280
108 Colombia 28002 T 280 280
109 Colombia 28003 G 280 280
110 Colombia 28004 T 280 280
111 Colombia 28005 C 280 280
112 Colombia 28006 C 280 280
113 Colombia 28007 T 280 280
114 Colombia 28008 A 280 280
115 Colombia 28009 T 280 280
116 Colombia 28010 T 280 280
117 Colombia 28011 C 280 280
118 Colombia 28012 A 280 280
119 Colombia 28013 C 280 280
120 Colombia 28014 T 280 280
121 Colombia 28015 T 280 280
122 Colombia 28016 C 280 280
123 Colombia 28017 T 280 280
124 Colombia 28018 A 280 280
125 Colombia 28019 T 280 280
126 Colombia 28020 T 280 280
127 Colombia 28021 C 280 280
128 Colombia 28022 T 280 280
129 Colombia 28023 A 280 280
130 Colombia 28024 A 280 280
131 Colombia 28025 A 280 280
132 Colombia 28026 T 280 280
133 Colombia 28027 G 280 280
134 Colombia 28028 G 280 280
135 Colombia 28029 T 280 280
136 Colombia 28030 A 280 280
137 Colombia 28031 T 280 280
138 Colombia 28032 A 280 280
139 Colombia 28033 T 280 280
140 Colombia 28034 T 280 280
141 Colombia 28035 A 280 280
142 Colombia 28036 G 280 280
143 Colombia 28037 A 280 280
144 Colombia 28038 G 280 280
145 Colombia 28039 T 280 280
146 Colombia 28040 A 280 280
147 Colombia 28041 G 280 280
148 Colombia 28042 G 280 280
149 Colombia 28043 A 280 280
150 Colombia 28044 G 280 280
151 Colombia 28045 C T 280 279 Ala51Val
152 Colombia 28046 T 280 280
153 Colombia 28047 A 280 280
154 Colombia 28048 G 280 279
155 Colombia 28049 A 280 280
156 Colombia 28050 A 280 280
157 Colombia 28051 A 280 280
158 Colombia 28052 A 280 280
159 Colombia 28053 T 280 280
160 Colombia 28054 C T 280 278 Ser54Leu
161 Colombia 28055 A 280 280
162 Colombia 28056 G 280 280
163 Colombia 28057 C 280 280
164 Colombia 28058 A 280 280
165 Colombia 28059 C 280 279
166 Colombia 28060 C 280 279
167 Colombia 28061 T 280 279
168 Colombia 28062 T 280 279
169 Colombia 28063 T C 280 279 Leu57Ser
170 Colombia 28064 A 280 280
171 Colombia 28065 A 280 280
172 Colombia 28066 T 280 280
173 Colombia 28067 T 280 280
174 Colombia 28068 G 280 280
175 Colombia 28069 A 280 280
176 Colombia 28070 A 280 280
177 Colombia 28071 T 280 280
178 Colombia 28072 T 280 280
179 Colombia 28073 G A 280 278 Leu60Leu
180 Colombia 28074 T 280 280
181 Colombia 28075 G 280 280
182 Colombia 28076 C 280 280
183 Colombia 28077 G 280 280
184 Colombia 28078 T 280 280
185 Colombia 28079 G 280 280
186 Colombia 28080 G 280 280
187 Colombia 28081 A 280 280
188 Colombia 28082 T 280 279
189 Colombia 28083 G 280 279
190 Colombia 28084 A 280 278
191 Colombia 28085 G 280 278
192 Colombia 28086 G 280 278
193 Colombia 28087 C T 280 275 Ala65Val
194 Colombia 28088 T 280 278
195 Colombia 28089 G 282 280
196 Colombia 28090 G 283 283
197 Colombia 28091 T 283 283
198 Colombia 28092 T 283 283
199 Colombia 28093 C 283 283
200 Colombia 28094 T 283 283
201 Colombia 28095 A 283 283
202 Colombia 28096 A 283 283
203 Colombia 28097 A 283 283
204 Colombia 28098 T 283 283
205 Colombia 28099 C 283 283
206 Colombia 28100 A 283 283
207 Colombia 28101 C 283 283
208 Colombia 28102 C 283 283
209 Colombia 28103 C 283 283
210 Colombia 28104 A 283 283
211 Colombia 28105 T 285 285
212 Colombia 28106 T 285 285
213 Colombia 28107 C 285 285
214 Colombia 28108 A 285 285
215 Colombia 28109 G 285 285
216 Colombia 28110 T 285 285
217 Colombia 28111 A 285 285
218 Colombia 28112 C 285 285
219 Colombia 28113 A 285 285
220 Colombia 28114 T 285 285
221 Colombia 28115 C 285 285
222 Colombia 28116 G 285 285
223 Colombia 28117 A 285 285
224 Colombia 28118 T 285 285
225 Colombia 28119 A 285 285
226 Colombia 28120 T 285 285
227 Colombia 28121 C 285 285
228 Colombia 28122 G T 285 284 Gly77Cys
229 Colombia 28123 G 285 285
230 Colombia 28124 T 285 285
231 Colombia 28125 A 285 285
232 Colombia 28126 A 285 285
233 Colombia 28127 T 285 285
234 Colombia 28128 T 285 285
235 Colombia 28129 A 285 285
236 Colombia 28130 T 285 285
237 Colombia 28131 A 285 285
238 Colombia 28132 C 285 285
239 Colombia 28133 A 285 285
240 Colombia 28134 G 285 285
241 Colombia 28135 T 285 285
242 Colombia 28136 T 285 285
243 Colombia 28137 T 285 285
244 Colombia 28138 C 285 285
245 Colombia 28139 C 285 285
246 Colombia 28140 T 285 285
247 Colombia 28141 G 285 285
248 Colombia 28142 T 285 285
249 Colombia 28143 T 285 285
250 Colombia 28144 T C 285 274 Leu84Ser
251 Colombia 28145 A 285 285
252 Colombia 28146 C 281 281
253 Colombia 28147 C 281 280
254 Colombia 28148 T 281 281
255 Colombia 28149 T 281 281
256 Colombia 28150 T 281 281
257 Colombia 28151 T 281 281
258 Colombia 28152 A 281 281
259 Colombia 28153 C 281 281
260 Colombia 28154 A 281 281
261 Colombia 28155 A 281 281
262 Colombia 28156 T 281 281
263 Colombia 28157 T 281 281
264 Colombia 28158 A 281 281
265 Colombia 28159 A 281 281
266 Colombia 28160 T 281 281
267 Colombia 28161 T 281 281
268 Colombia 28162 G 281 281
269 Colombia 28163 C 281 281
270 Colombia 28164 C 281 281
271 Colombia 28165 A 281 281
272 Colombia 28166 G A 281 280 Gln91Gln
273 Colombia 28167 G 281 281
274 Colombia 28168 A 281 281
275 Colombia 28169 A 281 281
276 Colombia 28170 C 281 281
277 Colombia 28171 C 282 282
278 Colombia 28172 T 282 282
279 Colombia 28173 A 282 282
280 Colombia 28174 A 282 282
281 Colombia 28175 A 282 282
282 Colombia 28176 T 282 282
283 Colombia 28177 T 282 282
284 Colombia 28178 G 282 282
285 Colombia 28179 G 282 282
286 Colombia 28180 G 282 282
287 Colombia 28181 T 282 282
288 Colombia 28182 A 282 282
289 Colombia 28183 G 282 282
290 Colombia 28184 T 282 282
291 Colombia 28185 C 282 282
292 Colombia 28186 T 282 282
293 Colombia 28187 T 282 282
294 Colombia 28188 G 282 282
295 Colombia 28189 T 282 282
296 Colombia 28190 A 282 282
297 Colombia 28191 G 282 282
298 Colombia 28192 T 282 282
299 Colombia 28193 G 282 282
300 Colombia 28194 C 282 282
301 Colombia 28195 G 282 282
302 Colombia 28196 T 282 282
303 Colombia 28197 T 282 282
304 Colombia 28198 G 282 282
305 Colombia 28199 T 282 282
306 Colombia 28200 T 282 282
307 Colombia 28201 C 282 282
308 Colombia 28202 G 282 282
309 Colombia 28203 T 282 282
310 Colombia 28204 T 282 282
311 Colombia 28205 C 282 282
312 Colombia 28206 T 282 282
313 Colombia 28207 A 282 282
314 Colombia 28208 T 282 282
315 Colombia 28209 G 282 282
316 Colombia 28210 A 282 282
317 Colombia 28211 A 282 282
318 Colombia 28212 G 282 282
319 Colombia 28213 A 282 282
320 Colombia 28214 C 282 282
321 Colombia 28215 T 282 282
322 Colombia 28216 T 282 282
323 Colombia 28217 T 282 282
324 Colombia 28218 T 282 282
325 Colombia 28219 T 282 282
326 Colombia 28220 A 282 282
327 Colombia 28221 G 282 282
328 Colombia 28222 A 282 282
329 Colombia 28223 G 282 282
330 Colombia 28224 T 282 282
331 Colombia 28225 A 282 282
332 Colombia 28226 T 282 282
333 Colombia 28227 C 282 282
334 Colombia 28228 A 282 282
335 Colombia 28229 T 282 282
336 Colombia 28230 G 282 282
337 Colombia 28231 A 282 282
338 Colombia 28232 C 282 282
339 Colombia 28233 G 282 282
340 Colombia 28234 T 282 282
341 Colombia 28235 T 282 282
342 Colombia 28236 C 282 282
343 Colombia 28237 G 282 282
344 Colombia 28238 T 282 282
345 Colombia 28239 G 282 282
346 Colombia 28240 T 282 282
347 Colombia 28241 T 282 282
348 Colombia 28242 G 282 279
349 Colombia 28243 T 282 282
350 Colombia 28244 T 282 282
351 Colombia 28245 T 282 282
352 Colombia 28246 T 282 282
353 Colombia 28247 A 282 282
354 Colombia 28248 G 282 282
355 Colombia 28249 A 282 282
356 Colombia 28250 T 282 281
357 Colombia 28251 T 280 280
358 Colombia 28252 T 280 280
359 Colombia 28253 C T,G 280 266 Phe120Leu-p.Phe120Phe
360 Colombia 28254 A C 280 278 Ile121Leu
361 Colombia 28255 T 280 279
362 Colombia 28256 C 280 280
363 Colombia 28257 T 280 280
364 Colombia 28258 A 280 280
365 Colombia 28259 A 280 280