National Institute Of Genetic Engineering and Biotechnology

P.I:Mohammad-Ali Malboobi
Here we provide last mutation observed in Nucleocapsid gene of COVID-19 prevalent in Iran.
We kindly wait your comment or coopration in tracking crona virus project.

Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  * - ? A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y
*     2                                        
-     366                                        
?                                              
A     15                                 1 1    
C     21                                        
D     22     1 1                                
E     18     1 2                                
F     24         2         1                    
G     15   1       2                            
H     12             2                          
I     30               4   1                    
K     15                 1         1 1          
L     30         2         3           1   1    
M     3                                        
N     6                                        
P     21                         2     1        
Q     18                           1            
R     12                                        
S     27         1             1                
T     15 1                               2      
V     36               1   2               2    
W     3                                        
Y     21         1                             4

Nucleotide and amino acid mutations

Here we provide list of mutation observed in Nucleocapsid at gene and protein of COVID-19.
-The position column is nucleotide position in reference genome as NC_045512.2
-The Reference column indicate reference nucleotide in NC_045512.2
-The NS column indicate number of samples that this position have been observed
-The NSR column indicate number of samples with reference nucleotide. Therefore diffrenciate related to Ns indicate number of sample with mutated nucleotide

Contoury Position Reference Alt. NSR NS AAchange
0 China 27894 A 158 158
1 China 27895 T 158 158
2 China 27896 G 158 158
3 China 27897 A 158 158
4 China 27898 A 159 159
5 China 27899 A 159 159
6 China 27900 T C 159 158 Phe3Leu
7 China 27901 T 159 159
8 China 27902 T 159 159
9 China 27903 C 159 159
10 China 27904 T 159 159
11 China 27905 T 159 159
12 China 27906 G 159 159
13 China 27907 T 159 159
14 China 27908 T 159 159
15 China 27909 T 159 159
16 China 27910 T 159 159
17 China 27911 C 159 159
18 China 27912 T 159 159
19 China 27913 T 159 159
20 China 27914 A 159 159
21 China 27915 G 159 159
22 China 27916 G 159 159
23 China 27917 A 159 159
24 China 27918 A 159 159
25 China 27919 T 159 159
26 China 27920 C 159 159
27 China 27921 A C 159 156 Ile10Leu
28 China 27922 T 159 159
29 China 27923 C T 159 157 Ile10Ile
30 China 27924 A 159 159
31 China 27925 C 159 159
32 China 27926 A 159 159
33 China 27927 A 159 159
34 China 27928 C 159 159
35 China 27929 T A 159 156 Thr12Thr
36 China 27930 G 159 159
37 China 27931 T 159 159
38 China 27932 A 159 159
39 China 27933 G A 159 156 Ala14Thr
40 China 27934 C 159 159
41 China 27935 T 159 159
42 China 27936 G 159 159
43 China 27937 C 159 159
44 China 27938 A 159 159
45 China 27939 T 159 159
46 China 27940 T 159 159
47 China 27941 T 159 159
48 China 27942 C 159 159
49 China 27943 A 159 159
50 China 27944 C T 159 156 His17His
51 China 27945 C 159 159
52 China 27946 A 159 159
53 China 27947 A G 159 157 Gln18Gln
54 China 27948 G 159 159
55 China 27949 A 159 159
56 China 27950 A 159 159
57 China 27951 T 159 159
58 China 27952 G 159 159
59 China 27953 T 159 159
60 China 27954 A 159 159
61 China 27955 G 159 159
62 China 27956 T 159 159
63 China 27957 T 159 159
64 China 27958 T 159 159
65 China 27959 A 159 159
66 China 27960 C 159 159
67 China 27961 A 159 159
68 China 27962 G 159 159
69 China 27963 T 159 159
70 China 27964 C 159 159
71 China 27965 A 159 159
72 China 27966 T 159 159
73 China 27967 G 159 159
74 China 27968 T 159 159
75 China 27969 A G 159 156 Thr26Ala
76 China 27970 C 159 159
77 China 27971 T 159 159
78 China 27972 C 159 159
79 China 27973 A 159 159
80 China 27974 A 159 159
81 China 27975 C 159 159
82 China 27976 A 159 159
83 China 27977 T C 159 158 His28His
84 China 27978 C 159 159
85 China 27979 A 159 159
86 China 27980 A 159 159
87 China 27981 C 159 159
88 China 27982 C 159 159
89 China 27983 A C 159 157 Pro30Pro
90 China 27984 T 159 159
91 China 27985 A 159 159
92 China 27986 T 159 159
93 China 27987 G 159 159
94 China 27988 T 159 159
95 China 27989 A 159 159
96 China 27990 G 159 159
97 China 27991 T 159 159
98 China 27992 T 159 159
99 China 27993 G 159 159
100 China 27994 A 159 159
101 China 27995 T 159 159
102 China 27996 G 159 159
103 China 27997 A 159 159
104 China 27998 C T 159 157 Asp35Asp
105 China 27999 C 159 159
106 China 28000 C 159 159
107 China 28001 G C 159 157 Pro36Pro
108 China 28002 T 159 159
109 China 28003 G 159 159
110 China 28004 T 159 159
111 China 28005 C 159 159
112 China 28006 C 159 159
113 China 28007 T 159 159
114 China 28008 A 159 159
115 China 28009 T 159 159
116 China 28010 T 159 159
117 China 28011 C 159 159
118 China 28012 A 159 159
119 China 28013 C 159 159
120 China 28014 T 159 159
121 China 28015 T 159 159
122 China 28016 C T 159 157 Phe41Phe
123 China 28017 T 159 159
124 China 28018 A 159 159
125 China 28019 T C 159 157 Tyr42Tyr
126 China 28020 T 159 159
127 China 28021 C 159 159
128 China 28022 T 159 159
129 China 28023 A C 159 156 Lys44Gln
130 China 28024 A G 159 156 Lys44Arg
131 China 28025 A 159 158
132 China 28026 T 159 158
133 China 28027 G 159 158
134 China 28028 G 159 158
135 China 28029 T 159 158
136 China 28030 A T 159 156 Tyr46Phe
137 China 28031 T C 159 157 Tyr46Tyr
138 China 28032 A 159 158
139 China 28033 T 159 158
140 China 28034 T C 159 156 Ile47Ile
141 China 28035 A 159 158
142 China 28036 G 159 158
143 China 28037 A 159 158
144 China 28038 G 159 158
145 China 28039 T 159 158
146 China 28040 A 159 158
147 China 28041 G 159 158
148 China 28042 G 159 158
149 China 28043 A 159 158
150 China 28044 G 159 158
151 China 28045 C 159 157
152 China 28046 T 159 158
153 China 28047 A 159 158
154 China 28048 G 159 158
155 China 28049 A 159 158
156 China 28050 A 159 158
157 China 28051 A 159 158
158 China 28052 A G 159 156 Lys53Lys
159 China 28053 T 159 158
160 China 28054 C 159 158
161 China 28055 A 159 158
162 China 28056 G 159 158
163 China 28057 C 159 158
164 China 28058 A 159 158
165 China 28059 C 159 158
166 China 28060 C 159 158
167 China 28061 T 159 158
168 China 28062 T 159 158
169 China 28063 T 159 158
170 China 28064 A 159 158
171 China 28065 A 159 159
172 China 28066 T 159 159
173 China 28067 T 159 159
174 China 28068 G 159 159
175 China 28069 A 159 159
176 China 28070 A 159 159
177 China 28071 T C 159 157 Leu60Leu
178 China 28072 T 159 159
179 China 28073 G 159 159
180 China 28074 T 159 159
181 China 28075 G 159 159
182 China 28076 C 159 159
183 China 28077 G C,T 159 155 Val62Leu-p.Val62Leu
184 China 28078 T 159 159
185 China 28079 G 159 159
186 China 28080 G 159 159
187 China 28081 A 159 159
188 China 28082 T 159 159
189 China 28083 G 159 159
190 China 28084 A 159 159
191 China 28085 G 159 159
192 China 28086 G 159 159
193 China 28087 C T 159 158 Ala65Val
194 China 28088 T 159 159
195 China 28089 G 159 159
196 China 28090 G 159 159
197 China 28091 T 159 159
198 China 28092 T 160 160
199 China 28093 C T 160 159 Ser67Phe
200 China 28094 T 160 160
201 China 28095 A 160 160
202 China 28096 A 160 160
203 China 28097 A 160 160
204 China 28098 T 160 160
205 China 28099 C 160 160
206 China 28100 A 160 160
207 China 28101 C 160 160
208 China 28102 C 160 160
209 China 28103 C 160 160
210 China 28104 A 160 160
211 China 28105 T 164 164
212 China 28106 T 164 164
213 China 28107 C 164 164
214 China 28108 A 164 164
215 China 28109 G 164 164
216 China 28110 T 164 164
217 China 28111 A 164 164
218 China 28112 C 164 164
219 China 28113 A 164 164
220 China 28114 T 164 164
221 China 28115 C A 164 161 Ile74Ile
222 China 28116 G 164 164
223 China 28117 A 164 164
224 China 28118 T 164 164
225 China 28119 A 164 164
226 China 28120 T 164 164
227 China 28121 C A 164 161 Ile76Ile
228 China 28122 G T 164 163 Gly77Cys
229 China 28123 G 164 164
230 China 28124 T C 164 163 Gly77Gly
231 China 28125 A 164 164
232 China 28126 A 164 164
233 China 28127 T 164 164
234 China 28128 T 164 164
235 China 28129 A 164 164
236 China 28130 T C 164 161 Tyr79Tyr
237 China 28131 A 164 164
238 China 28132 C 164 164
239 China 28133 A G 164 161 Thr80Thr
240 China 28134 G 164 164
241 China 28135 T 164 164
242 China 28136 T 164 164
243 China 28137 T 164 164
244 China 28138 C 164 164
245 China 28139 C 164 164
246 China 28140 T 164 164
247 China 28141 G 164 164
248 China 28142 T 164 164
249 China 28143 T 164 164
250 China 28144 T C 163 99 Leu84Ser
251 China 28145 A 163 163
252 China 28146 C T 162 161 Pro85Ser
253 China 28147 C 162 162
254 China 28148 T 162 162
255 China 28149 T 162 162
256 China 28150 T 162 162
257 China 28151 T 163 163
258 China 28152 A 163 163
259 China 28153 C 163 163
260 China 28154 A 163 163
261 China 28155 A 163 163
262 China 28156 T 163 163
263 China 28157 T 163 163
264 China 28158 A 163 163
265 China 28159 A 163 163
266 China 28160 T 163 163
267 China 28161 T 163 163
268 China 28162 G 163 163
269 China 28163 C 163 163
270 China 28164 C 163 163
271 China 28165 A 163 163
272 China 28166 G 163 163
273 China 28167 G 168 168
274 China 28168 A 168 168
275 China 28169 A G 168 167 Glu92Glu
276 China 28170 C 168 168
277 China 28171 C 168 168
278 China 28172 T 168 168
279 China 28173 A 169 169
280 China 28174 A 169 169
281 China 28175 A 169 169
282 China 28176 T 169 169
283 China 28177 T 169 169
284 China 28178 G A,T 169 159 Leu95Phe-p.Leu95Leu
285 China 28179 G 169 169
286 China 28180 G 169 169
287 China 28181 T C 169 166 Gly96Gly
288 China 28182 A 169 169
289 China 28183 G A 169 168 Ser97Asn
290 China 28184 T 169 169
291 China 28185 C 169 169
292 China 28186 T 169 169
293 China 28187 T C 169 160 Leu98Leu
294 China 28188 G 169 169
295 China 28189 T 169 169
296 China 28190 A 169 169
297 China 28191 G 169 169
298 China 28192 T 169 169
299 China 28193 G T,A 169 160 Val100Val-p.Val100Val
300 China 28194 C 169 169
301 China 28195 G 169 169
302 China 28196 T 169 169
303 China 28197 T 169 169
304 China 28198 G 169 169
305 China 28199 T 169 169
306 China 28200 T 169 169
307 China 28201 C 169 169
308 China 28202 G 169 169
309 China 28203 T 169 169
310 China 28204 T 169 169
311 China 28205 C 169 169
312 China 28206 T 169 169
313 China 28207 A 169 169
314 China 28208 T 169 169
315 China 28209 G 169 169
316 China 28210 A 169 169
317 China 28211 A G 169 166 Glu106Glu
318 China 28212 G 169 169
319 China 28213 A 169 169
320 China 28214 C 169 169
321 China 28215 T 169 169
322 China 28216 T 169 169
323 China 28217 T 169 169
324 China 28218 T G 169 163 Leu109Val
325 China 28219 T 169 169
326 China 28220 A T 169 163 Leu109Phe
327 China 28221 G 169 169
328 China 28222 A 169 169
329 China 28223 G T 169 163 Glu110Asp
330 China 28224 T 169 169
331 China 28225 A 169 169
332 China 28226 T C 169 163 Tyr111Tyr
333 China 28227 C 169 169
334 China 28228 A 169 169
335 China 28229 T 169 169
336 China 28230 G 169 169
337 China 28231 A 169 169
338 China 28232 C 169 169
339 China 28233 G A 169 163 Val114Ile
340 China 28234 T 169 169
341 China 28235 T 169 169
342 China 28236 C 169 169
343 China 28237 G 169 169
344 China 28238 T 169 169
345 China 28239 G 169 169
346 China 28240 T 169 169
347 China 28241 T 169 169
348 China 28242 G 169 169
349 China 28243 T 169 169
350 China 28244 T 169 169
351 China 28245 T 169 169
352 China 28246 T 169 169
353 China 28247 A 169 169
354 China 28248 G 169 169
355 China 28249 A 169 169
356 China 28250 T G 169 168 Asp119Glu
357 China 28251 T 169 169
358 China 28252 T 169 169
359 China 28253 C T 169 168 Phe120Phe
360 China 28254 A 169 168
361 China 28255 T 169 169
362 China 28256 C 169 169
363 China 28257 T 169 169
364 China 28258 A 169 169
365 China 28259 A 169 169