National Institute Of Genetic Engineering and Biotechnology

P.I:Mohammad-Ali Malboobi
Here we provide last mutation observed in Nucleocapsid gene of COVID-19 prevalent in Iran.
We kindly wait your comment or coopration in tracking crona virus project.
Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  * - ? A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y
*     2                                        
-     366                                        
?                                              
A     15                                        
C     21                                        
D     22                                        
E 1   18                                        
F     24                                        
G     15                                        
H     12                                        
I     30               1                        
K     15                                        
L     30                                        
M     3                                        
N     6                                        
P     21                                        
Q     18             1                          
R     12   1           1                        
S     27                                        
T     15                                        
V     36                                        
W     3                                        
Y     21                                        

Nucleotide and amino acid mutations

Here we provide list of mutation observed in Nucleocapsid at gene and protein of COVID-19.
-The position column is nucleotide position in reference genome as NC_045512.2
-The Reference column indicate reference nucleotide in NC_045512.2
-The NS column indicate number of samples that this position have been observed
-The NSR column indicate number of samples with reference nucleotide. Therefore diffrenciate related to Ns indicate number of sample with mutated nucleotide
Contoury Position Reference Alt. NSR NS AAchange
0 Bosnia_and_Herzegovina 27894 A 33 33
1 Bosnia_and_Herzegovina 27895 T 33 33
2 Bosnia_and_Herzegovina 27896 G 33 33
3 Bosnia_and_Herzegovina 27897 A 33 33
4 Bosnia_and_Herzegovina 27898 A 33 33
5 Bosnia_and_Herzegovina 27899 A 33 33
6 Bosnia_and_Herzegovina 27900 T 33 33
7 Bosnia_and_Herzegovina 27901 T 33 33
8 Bosnia_and_Herzegovina 27902 T 33 33
9 Bosnia_and_Herzegovina 27903 C 33 33
10 Bosnia_and_Herzegovina 27904 T 33 33
11 Bosnia_and_Herzegovina 27905 T 33 33
12 Bosnia_and_Herzegovina 27906 G 33 33
13 Bosnia_and_Herzegovina 27907 T 33 33
14 Bosnia_and_Herzegovina 27908 T 33 33
15 Bosnia_and_Herzegovina 27909 T 33 33
16 Bosnia_and_Herzegovina 27910 T 33 33
17 Bosnia_and_Herzegovina 27911 C 33 33
18 Bosnia_and_Herzegovina 27912 T 33 33
19 Bosnia_and_Herzegovina 27913 T 33 33
20 Bosnia_and_Herzegovina 27914 A 33 33
21 Bosnia_and_Herzegovina 27915 G 33 33
22 Bosnia_and_Herzegovina 27916 G 33 33
23 Bosnia_and_Herzegovina 27917 A 33 33
24 Bosnia_and_Herzegovina 27918 A 33 33
25 Bosnia_and_Herzegovina 27919 T 33 33
26 Bosnia_and_Herzegovina 27920 C 33 33
27 Bosnia_and_Herzegovina 27921 A 33 33
28 Bosnia_and_Herzegovina 27922 T 33 33
29 Bosnia_and_Herzegovina 27923 C 33 33
30 Bosnia_and_Herzegovina 27924 A 33 33
31 Bosnia_and_Herzegovina 27925 C 33 33
32 Bosnia_and_Herzegovina 27926 A 33 33
33 Bosnia_and_Herzegovina 27927 A 33 33
34 Bosnia_and_Herzegovina 27928 C 33 33
35 Bosnia_and_Herzegovina 27929 T 33 33
36 Bosnia_and_Herzegovina 27930 G 33 33
37 Bosnia_and_Herzegovina 27931 T 33 33
38 Bosnia_and_Herzegovina 27932 A 33 33
39 Bosnia_and_Herzegovina 27933 G 33 33
40 Bosnia_and_Herzegovina 27934 C 33 33
41 Bosnia_and_Herzegovina 27935 T 33 33
42 Bosnia_and_Herzegovina 27936 G 33 33
43 Bosnia_and_Herzegovina 27937 C 33 33
44 Bosnia_and_Herzegovina 27938 A 33 33
45 Bosnia_and_Herzegovina 27939 T 33 33
46 Bosnia_and_Herzegovina 27940 T 33 33
47 Bosnia_and_Herzegovina 27941 T 33 33
48 Bosnia_and_Herzegovina 27942 C 33 33
49 Bosnia_and_Herzegovina 27943 A 33 33
50 Bosnia_and_Herzegovina 27944 C 33 33
51 Bosnia_and_Herzegovina 27945 C 33 33
52 Bosnia_and_Herzegovina 27946 A 33 33
53 Bosnia_and_Herzegovina 27947 A 33 33
54 Bosnia_and_Herzegovina 27948 G T 33 32 Glu19*
55 Bosnia_and_Herzegovina 27949 A 33 33
56 Bosnia_and_Herzegovina 27950 A 33 33
57 Bosnia_and_Herzegovina 27951 T 33 33
58 Bosnia_and_Herzegovina 27952 G 33 33
59 Bosnia_and_Herzegovina 27953 T 33 33
60 Bosnia_and_Herzegovina 27954 A 33 33
61 Bosnia_and_Herzegovina 27955 G 33 33
62 Bosnia_and_Herzegovina 27956 T 33 33
63 Bosnia_and_Herzegovina 27957 T 33 33
64 Bosnia_and_Herzegovina 27958 T 33 33
65 Bosnia_and_Herzegovina 27959 A 33 33
66 Bosnia_and_Herzegovina 27960 C 33 33
67 Bosnia_and_Herzegovina 27961 A 33 33
68 Bosnia_and_Herzegovina 27962 G 33 33
69 Bosnia_and_Herzegovina 27963 T 33 33
70 Bosnia_and_Herzegovina 27964 C 33 33
71 Bosnia_and_Herzegovina 27965 A 33 33
72 Bosnia_and_Herzegovina 27966 T 33 33
73 Bosnia_and_Herzegovina 27967 G 33 33
74 Bosnia_and_Herzegovina 27968 T 33 33
75 Bosnia_and_Herzegovina 27969 A 33 33
76 Bosnia_and_Herzegovina 27970 C 33 33
77 Bosnia_and_Herzegovina 27971 T 33 33
78 Bosnia_and_Herzegovina 27972 C 33 33
79 Bosnia_and_Herzegovina 27973 A 33 33
80 Bosnia_and_Herzegovina 27974 A 33 33
81 Bosnia_and_Herzegovina 27975 C 33 33
82 Bosnia_and_Herzegovina 27976 A 33 33
83 Bosnia_and_Herzegovina 27977 T 33 33
84 Bosnia_and_Herzegovina 27978 C 33 33
85 Bosnia_and_Herzegovina 27979 A 33 33
86 Bosnia_and_Herzegovina 27980 A 33 33
87 Bosnia_and_Herzegovina 27981 C 33 33
88 Bosnia_and_Herzegovina 27982 C 33 33
89 Bosnia_and_Herzegovina 27983 A 33 33
90 Bosnia_and_Herzegovina 27984 T 33 33
91 Bosnia_and_Herzegovina 27985 A 33 33
92 Bosnia_and_Herzegovina 27986 T 33 33
93 Bosnia_and_Herzegovina 27987 G 33 33
94 Bosnia_and_Herzegovina 27988 T 33 33
95 Bosnia_and_Herzegovina 27989 A 33 33
96 Bosnia_and_Herzegovina 27990 G 33 33
97 Bosnia_and_Herzegovina 27991 T 33 33
98 Bosnia_and_Herzegovina 27992 T 33 33
99 Bosnia_and_Herzegovina 27993 G 33 33
100 Bosnia_and_Herzegovina 27994 A 33 33
101 Bosnia_and_Herzegovina 27995 T 33 33
102 Bosnia_and_Herzegovina 27996 G 33 33
103 Bosnia_and_Herzegovina 27997 A 33 33
104 Bosnia_and_Herzegovina 27998 C 33 33
105 Bosnia_and_Herzegovina 27999 C 33 33
106 Bosnia_and_Herzegovina 28000 C 33 33
107 Bosnia_and_Herzegovina 28001 G 33 33
108 Bosnia_and_Herzegovina 28002 T 33 33
109 Bosnia_and_Herzegovina 28003 G 33 33
110 Bosnia_and_Herzegovina 28004 T 33 33
111 Bosnia_and_Herzegovina 28005 C 33 33
112 Bosnia_and_Herzegovina 28006 C 33 33
113 Bosnia_and_Herzegovina 28007 T 33 33
114 Bosnia_and_Herzegovina 28008 A 33 33
115 Bosnia_and_Herzegovina 28009 T 33 33
116 Bosnia_and_Herzegovina 28010 T 33 33
117 Bosnia_and_Herzegovina 28011 C 33 33
118 Bosnia_and_Herzegovina 28012 A 33 33
119 Bosnia_and_Herzegovina 28013 C 33 33
120 Bosnia_and_Herzegovina 28014 T 33 33
121 Bosnia_and_Herzegovina 28015 T 33 33
122 Bosnia_and_Herzegovina 28016 C 33 33
123 Bosnia_and_Herzegovina 28017 T 33 33
124 Bosnia_and_Herzegovina 28018 A 33 33
125 Bosnia_and_Herzegovina 28019 T 33 33
126 Bosnia_and_Herzegovina 28020 T 33 33
127 Bosnia_and_Herzegovina 28021 C 33 33
128 Bosnia_and_Herzegovina 28022 T 33 33
129 Bosnia_and_Herzegovina 28023 A 33 33
130 Bosnia_and_Herzegovina 28024 A 33 33
131 Bosnia_and_Herzegovina 28025 A 33 33
132 Bosnia_and_Herzegovina 28026 T 33 33
133 Bosnia_and_Herzegovina 28027 G 33 33
134 Bosnia_and_Herzegovina 28028 G 33 33
135 Bosnia_and_Herzegovina 28029 T 33 33
136 Bosnia_and_Herzegovina 28030 A 33 33
137 Bosnia_and_Herzegovina 28031 T 33 33
138 Bosnia_and_Herzegovina 28032 A 33 33
139 Bosnia_and_Herzegovina 28033 T 33 33
140 Bosnia_and_Herzegovina 28034 T 33 33
141 Bosnia_and_Herzegovina 28035 A 33 33
142 Bosnia_and_Herzegovina 28036 G 33 33
143 Bosnia_and_Herzegovina 28037 A 33 33
144 Bosnia_and_Herzegovina 28038 G 33 33
145 Bosnia_and_Herzegovina 28039 T 33 33
146 Bosnia_and_Herzegovina 28040 A 33 33
147 Bosnia_and_Herzegovina 28041 G 33 33
148 Bosnia_and_Herzegovina 28042 G 33 33
149 Bosnia_and_Herzegovina 28043 A 33 33
150 Bosnia_and_Herzegovina 28044 G 33 33
151 Bosnia_and_Herzegovina 28045 C 33 33
152 Bosnia_and_Herzegovina 28046 T 33 33
153 Bosnia_and_Herzegovina 28047 A 33 33
154 Bosnia_and_Herzegovina 28048 G T 33 32 Arg52Ile
155 Bosnia_and_Herzegovina 28049 A 33 33
156 Bosnia_and_Herzegovina 28050 A 33 33
157 Bosnia_and_Herzegovina 28051 A 33 33
158 Bosnia_and_Herzegovina 28052 A 33 33
159 Bosnia_and_Herzegovina 28053 T 33 33
160 Bosnia_and_Herzegovina 28054 C 33 33
161 Bosnia_and_Herzegovina 28055 A 33 33
162 Bosnia_and_Herzegovina 28056 G 33 33
163 Bosnia_and_Herzegovina 28057 C 33 33
164 Bosnia_and_Herzegovina 28058 A 33 33
165 Bosnia_and_Herzegovina 28059 C 33 33
166 Bosnia_and_Herzegovina 28060 C 33 33
167 Bosnia_and_Herzegovina 28061 T 33 33
168 Bosnia_and_Herzegovina 28062 T 33 33
169 Bosnia_and_Herzegovina 28063 T 33 33
170 Bosnia_and_Herzegovina 28064 A 33 33
171 Bosnia_and_Herzegovina 28065 A 33 33
172 Bosnia_and_Herzegovina 28066 T 33 33
173 Bosnia_and_Herzegovina 28067 T 33 33
174 Bosnia_and_Herzegovina 28068 G 33 33
175 Bosnia_and_Herzegovina 28069 A 33 33
176 Bosnia_and_Herzegovina 28070 A 33 33
177 Bosnia_and_Herzegovina 28071 T 33 33
178 Bosnia_and_Herzegovina 28072 T 33 33
179 Bosnia_and_Herzegovina 28073 G 33 33
180 Bosnia_and_Herzegovina 28074 T 33 33
181 Bosnia_and_Herzegovina 28075 G 33 33
182 Bosnia_and_Herzegovina 28076 C 33 33
183 Bosnia_and_Herzegovina 28077 G 33 33
184 Bosnia_and_Herzegovina 28078 T 33 33
185 Bosnia_and_Herzegovina 28079 G 33 33
186 Bosnia_and_Herzegovina 28080 G 33 33
187 Bosnia_and_Herzegovina 28081 A 33 33
188 Bosnia_and_Herzegovina 28082 T 33 33
189 Bosnia_and_Herzegovina 28083 G 33 33
190 Bosnia_and_Herzegovina 28084 A 33 33
191 Bosnia_and_Herzegovina 28085 G 33 33
192 Bosnia_and_Herzegovina 28086 G 33 33
193 Bosnia_and_Herzegovina 28087 C 33 33
194 Bosnia_and_Herzegovina 28088 T 33 33
195 Bosnia_and_Herzegovina 28089 G 33 33
196 Bosnia_and_Herzegovina 28090 G 33 33
197 Bosnia_and_Herzegovina 28091 T 33 33
198 Bosnia_and_Herzegovina 28092 T 33 33
199 Bosnia_and_Herzegovina 28093 C 33 33
200 Bosnia_and_Herzegovina 28094 T 33 33
201 Bosnia_and_Herzegovina 28095 A 33 33
202 Bosnia_and_Herzegovina 28096 A 33 33
203 Bosnia_and_Herzegovina 28097 A 33 33
204 Bosnia_and_Herzegovina 28098 T 33 33
205 Bosnia_and_Herzegovina 28099 C 33 33
206 Bosnia_and_Herzegovina 28100 A 33 33
207 Bosnia_and_Herzegovina 28101 C 33 33
208 Bosnia_and_Herzegovina 28102 C 33 33
209 Bosnia_and_Herzegovina 28103 C 33 33
210 Bosnia_and_Herzegovina 28104 A 33 33
211 Bosnia_and_Herzegovina 28105 T 33 33
212 Bosnia_and_Herzegovina 28106 T A 33 32 Ile71Ile
213 Bosnia_and_Herzegovina 28107 C 33 33
214 Bosnia_and_Herzegovina 28108 A 33 33
215 Bosnia_and_Herzegovina 28109 G C 33 32 Gln72His
216 Bosnia_and_Herzegovina 28110 T 33 33
217 Bosnia_and_Herzegovina 28111 A 33 33
218 Bosnia_and_Herzegovina 28112 C 33 33
219 Bosnia_and_Herzegovina 28113 A 33 33
220 Bosnia_and_Herzegovina 28114 T 33 33
221 Bosnia_and_Herzegovina 28115 C 33 33
222 Bosnia_and_Herzegovina 28116 G 33 33
223 Bosnia_and_Herzegovina 28117 A 33 33
224 Bosnia_and_Herzegovina 28118 T 33 33
225 Bosnia_and_Herzegovina 28119 A 33 33
226 Bosnia_and_Herzegovina 28120 T 33 33
227 Bosnia_and_Herzegovina 28121 C 33 33
228 Bosnia_and_Herzegovina 28122 G 33 33
229 Bosnia_and_Herzegovina 28123 G 33 33
230 Bosnia_and_Herzegovina 28124 T 33 33
231 Bosnia_and_Herzegovina 28125 A 33 33
232 Bosnia_and_Herzegovina 28126 A 33 33
233 Bosnia_and_Herzegovina 28127 T 33 33
234 Bosnia_and_Herzegovina 28128 T 33 33
235 Bosnia_and_Herzegovina 28129 A 33 33
236 Bosnia_and_Herzegovina 28130 T 33 33
237 Bosnia_and_Herzegovina 28131 A 33 33
238 Bosnia_and_Herzegovina 28132 C 33 33
239 Bosnia_and_Herzegovina 28133 A 33 33
240 Bosnia_and_Herzegovina 28134 G 33 33
241 Bosnia_and_Herzegovina 28135 T 33 33
242 Bosnia_and_Herzegovina 28136 T 33 33
243 Bosnia_and_Herzegovina 28137 T 33 33
244 Bosnia_and_Herzegovina 28138 C 33 33
245 Bosnia_and_Herzegovina 28139 C 33 33
246 Bosnia_and_Herzegovina 28140 T 33 33
247 Bosnia_and_Herzegovina 28141 G 33 33
248 Bosnia_and_Herzegovina 28142 T 33 33
249 Bosnia_and_Herzegovina 28143 T 33 33
250 Bosnia_and_Herzegovina 28144 T 33 33
251 Bosnia_and_Herzegovina 28145 A 33 33
252 Bosnia_and_Herzegovina 28146 C 33 33
253 Bosnia_and_Herzegovina 28147 C 33 33
254 Bosnia_and_Herzegovina 28148 T 33 33
255 Bosnia_and_Herzegovina 28149 T 33 33
256 Bosnia_and_Herzegovina 28150 T 33 33
257 Bosnia_and_Herzegovina 28151 T 33 33
258 Bosnia_and_Herzegovina 28152 A 33 33
259 Bosnia_and_Herzegovina 28153 C 33 33
260 Bosnia_and_Herzegovina 28154 A 33 33
261 Bosnia_and_Herzegovina 28155 A 33 33
262 Bosnia_and_Herzegovina 28156 T 33 33
263 Bosnia_and_Herzegovina 28157 T 33 33
264 Bosnia_and_Herzegovina 28158 A 33 33
265 Bosnia_and_Herzegovina 28159 A 33 33
266 Bosnia_and_Herzegovina 28160 T 33 33
267 Bosnia_and_Herzegovina 28161 T 33 33
268 Bosnia_and_Herzegovina 28162 G 33 33
269 Bosnia_and_Herzegovina 28163 C 33 33
270 Bosnia_and_Herzegovina 28164 C 33 33
271 Bosnia_and_Herzegovina 28165 A 33 33
272 Bosnia_and_Herzegovina 28166 G 33 33
273 Bosnia_and_Herzegovina 28167 G 33 33
274 Bosnia_and_Herzegovina 28168 A 33 33
275 Bosnia_and_Herzegovina 28169 A 33 33
276 Bosnia_and_Herzegovina 28170 C 33 33
277 Bosnia_and_Herzegovina 28171 C 33 33
278 Bosnia_and_Herzegovina 28172 T 33 33
279 Bosnia_and_Herzegovina 28173 A 33 33
280 Bosnia_and_Herzegovina 28174 A 33 33
281 Bosnia_and_Herzegovina 28175 A 33 33
282 Bosnia_and_Herzegovina 28176 T 33 33
283 Bosnia_and_Herzegovina 28177 T 33 33
284 Bosnia_and_Herzegovina 28178 G 33 33
285 Bosnia_and_Herzegovina 28179 G 33 33
286 Bosnia_and_Herzegovina 28180 G 33 33
287 Bosnia_and_Herzegovina 28181 T 33 33
288 Bosnia_and_Herzegovina 28182 A 33 33
289 Bosnia_and_Herzegovina 28183 G 33 33
290 Bosnia_and_Herzegovina 28184 T 33 33
291 Bosnia_and_Herzegovina 28185 C 33 33
292 Bosnia_and_Herzegovina 28186 T 33 33
293 Bosnia_and_Herzegovina 28187 T 33 33
294 Bosnia_and_Herzegovina 28188 G 33 33
295 Bosnia_and_Herzegovina 28189 T 33 33
296 Bosnia_and_Herzegovina 28190 A 33 33
297 Bosnia_and_Herzegovina 28191 G 33 33
298 Bosnia_and_Herzegovina 28192 T 33 33
299 Bosnia_and_Herzegovina 28193 G 33 33
300 Bosnia_and_Herzegovina 28194 C T 33 32 Arg101Cys
301 Bosnia_and_Herzegovina 28195 G 33 33
302 Bosnia_and_Herzegovina 28196 T 33 33
303 Bosnia_and_Herzegovina 28197 T 33 33
304 Bosnia_and_Herzegovina 28198 G 33 33
305 Bosnia_and_Herzegovina 28199 T 33 33
306 Bosnia_and_Herzegovina 28200 T 33 33
307 Bosnia_and_Herzegovina 28201 C 33 33
308 Bosnia_and_Herzegovina 28202 G 33 33
309 Bosnia_and_Herzegovina 28203 T 33 33
310 Bosnia_and_Herzegovina 28204 T 33 33
311 Bosnia_and_Herzegovina 28205 C 33 33
312 Bosnia_and_Herzegovina 28206 T 33 33
313 Bosnia_and_Herzegovina 28207 A 33 33
314 Bosnia_and_Herzegovina 28208 T 33 33
315 Bosnia_and_Herzegovina 28209 G 33 33
316 Bosnia_and_Herzegovina 28210 A 33 33
317 Bosnia_and_Herzegovina 28211 A 33 33
318 Bosnia_and_Herzegovina 28212 G 33 33
319 Bosnia_and_Herzegovina 28213 A 33 33
320 Bosnia_and_Herzegovina 28214 C 33 33
321 Bosnia_and_Herzegovina 28215 T 33 33
322 Bosnia_and_Herzegovina 28216 T 33 33
323 Bosnia_and_Herzegovina 28217 T 33 33
324 Bosnia_and_Herzegovina 28218 T 33 33
325 Bosnia_and_Herzegovina 28219 T 33 33
326 Bosnia_and_Herzegovina 28220 A 33 33
327 Bosnia_and_Herzegovina 28221 G 33 33
328 Bosnia_and_Herzegovina 28222 A 33 33
329 Bosnia_and_Herzegovina 28223 G 33 33
330 Bosnia_and_Herzegovina 28224 T 33 33
331 Bosnia_and_Herzegovina 28225 A 33 33
332 Bosnia_and_Herzegovina 28226 T 33 33
333 Bosnia_and_Herzegovina 28227 C 33 33
334 Bosnia_and_Herzegovina 28228 A 33 33
335 Bosnia_and_Herzegovina 28229 T 33 33
336 Bosnia_and_Herzegovina 28230 G 33 33
337 Bosnia_and_Herzegovina 28231 A 33 33
338 Bosnia_and_Herzegovina 28232 C 33 33
339 Bosnia_and_Herzegovina 28233 G 33 33
340 Bosnia_and_Herzegovina 28234 T 33 33
341 Bosnia_and_Herzegovina 28235 T 33 33
342 Bosnia_and_Herzegovina 28236 C 33 33
343 Bosnia_and_Herzegovina 28237 G 33 33
344 Bosnia_and_Herzegovina 28238 T 33 33
345 Bosnia_and_Herzegovina 28239 G 33 33
346 Bosnia_and_Herzegovina 28240 T 33 33
347 Bosnia_and_Herzegovina 28241 T 33 33
348 Bosnia_and_Herzegovina 28242 G 33 33
349 Bosnia_and_Herzegovina 28243 T 33 33
350 Bosnia_and_Herzegovina 28244 T 33 33
351 Bosnia_and_Herzegovina 28245 T 33 33
352 Bosnia_and_Herzegovina 28246 T 33 33
353 Bosnia_and_Herzegovina 28247 A 33 33
354 Bosnia_and_Herzegovina 28248 G 33 33
355 Bosnia_and_Herzegovina 28249 A 33 33
356 Bosnia_and_Herzegovina 28250 T 33 33
357 Bosnia_and_Herzegovina 28251 T 33 33
358 Bosnia_and_Herzegovina 28252 T 33 33
359 Bosnia_and_Herzegovina 28253 C 33 33
360 Bosnia_and_Herzegovina 28254 A 33 33
361 Bosnia_and_Herzegovina 28255 T 33 33
362 Bosnia_and_Herzegovina 28256 C 33 33
363 Bosnia_and_Herzegovina 28257 T 33 33
364 Bosnia_and_Herzegovina 28258 A 33 33
365 Bosnia_and_Herzegovina 28259 A 33 33