National Institute Of Genetic Engineering and Biotechnology

P.I:Mohammad-Ali Malboobi
Here we provide last mutation observed in Nucleocapsid gene of COVID-19 prevalent in Iran.
We kindly wait your comment or coopration in tracking crona virus project.

Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  * - ? A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y
*     2                                        
-     366                                        
?                                              
A     15                                        
C     21                                        
D     22                                        
E     18                 1                      
F     24                                        
G     15                                        
H     12                                        
I     30                                        
K     15                                        
L     30                               1        
M     3                                        
N     6                                        
P     21                                        
Q     18                                        
R     12                                        
S     27                                        
T     15                                        
V     36                                        
W     3                                        
Y     21                                        

Nucleotide and amino acid mutations

Here we provide list of mutation observed in Nucleocapsid at gene and protein of COVID-19.
-The position column is nucleotide position in reference genome as NC_045512.2
-The Reference column indicate reference nucleotide in NC_045512.2
-The NS column indicate number of samples that this position have been observed
-The NSR column indicate number of samples with reference nucleotide. Therefore diffrenciate related to Ns indicate number of sample with mutated nucleotide

Contoury Position Reference Alt. NSR NS AAchange
0 Benin 27894 A 12 12
1 Benin 27895 T 12 12
2 Benin 27896 G 12 12
3 Benin 27897 A 12 12
4 Benin 27898 A 12 12
5 Benin 27899 A 12 12
6 Benin 27900 T 12 12
7 Benin 27901 T 12 12
8 Benin 27902 T 12 12
9 Benin 27903 C 12 12
10 Benin 27904 T 12 12
11 Benin 27905 T 12 12
12 Benin 27906 G 12 12
13 Benin 27907 T 12 12
14 Benin 27908 T 12 12
15 Benin 27909 T 12 12
16 Benin 27910 T 12 12
17 Benin 27911 C 12 12
18 Benin 27912 T 12 12
19 Benin 27913 T 12 12
20 Benin 27914 A 12 12
21 Benin 27915 G 12 12
22 Benin 27916 G 12 12
23 Benin 27917 A 12 12
24 Benin 27918 A 12 12
25 Benin 27919 T 12 12
26 Benin 27920 C 12 12
27 Benin 27921 A 12 12
28 Benin 27922 T 12 12
29 Benin 27923 C 12 12
30 Benin 27924 A 12 12
31 Benin 27925 C 12 12
32 Benin 27926 A 12 12
33 Benin 27927 A 12 12
34 Benin 27928 C 12 12
35 Benin 27929 T 12 12
36 Benin 27930 G 12 12
37 Benin 27931 T 12 12
38 Benin 27932 A 12 12
39 Benin 27933 G 12 12
40 Benin 27934 C 12 12
41 Benin 27935 T 12 12
42 Benin 27936 G 12 12
43 Benin 27937 C 12 12
44 Benin 27938 A 12 12
45 Benin 27939 T 12 12
46 Benin 27940 T 12 12
47 Benin 27941 T 12 12
48 Benin 27942 C 12 12
49 Benin 27943 A 12 12
50 Benin 27944 C 12 12
51 Benin 27945 C 12 12
52 Benin 27946 A 12 12
53 Benin 27947 A 12 12
54 Benin 27948 G 12 12
55 Benin 27949 A 12 12
56 Benin 27950 A 12 12
57 Benin 27951 T 12 12
58 Benin 27952 G 12 12
59 Benin 27953 T 12 12
60 Benin 27954 A 12 12
61 Benin 27955 G 12 12
62 Benin 27956 T 12 12
63 Benin 27957 T 12 12
64 Benin 27958 T 12 12
65 Benin 27959 A 12 12
66 Benin 27960 C 12 12
67 Benin 27961 A 12 12
68 Benin 27962 G 12 12
69 Benin 27963 T 12 12
70 Benin 27964 C 12 12
71 Benin 27965 A 12 12
72 Benin 27966 T 12 12
73 Benin 27967 G 12 12
74 Benin 27968 T 12 12
75 Benin 27969 A 12 12
76 Benin 27970 C 12 12
77 Benin 27971 T 12 12
78 Benin 27972 C 12 12
79 Benin 27973 A 12 12
80 Benin 27974 A 12 12
81 Benin 27975 C 12 12
82 Benin 27976 A 12 12
83 Benin 27977 T 12 12
84 Benin 27978 C 12 12
85 Benin 27979 A 12 12
86 Benin 27980 A 12 12
87 Benin 27981 C 12 12
88 Benin 27982 C 12 12
89 Benin 27983 A 12 12
90 Benin 27984 T 12 12
91 Benin 27985 A 12 12
92 Benin 27986 T 12 12
93 Benin 27987 G 12 12
94 Benin 27988 T 12 12
95 Benin 27989 A 12 12
96 Benin 27990 G 12 12
97 Benin 27991 T 12 12
98 Benin 27992 T 12 12
99 Benin 27993 G 12 12
100 Benin 27994 A 12 12
101 Benin 27995 T 12 12
102 Benin 27996 G 12 12
103 Benin 27997 A 12 12
104 Benin 27998 C 12 12
105 Benin 27999 C 12 12
106 Benin 28000 C 12 12
107 Benin 28001 G 12 12
108 Benin 28002 T 12 12
109 Benin 28003 G 12 12
110 Benin 28004 T 12 12
111 Benin 28005 C 12 12
112 Benin 28006 C 12 12
113 Benin 28007 T 12 12
114 Benin 28008 A 12 12
115 Benin 28009 T 12 12
116 Benin 28010 T 12 12
117 Benin 28011 C 12 12
118 Benin 28012 A 12 12
119 Benin 28013 C 12 12
120 Benin 28014 T 12 12
121 Benin 28015 T 12 12
122 Benin 28016 C 12 12
123 Benin 28017 T 12 12
124 Benin 28018 A 12 12
125 Benin 28019 T 12 12
126 Benin 28020 T 12 12
127 Benin 28021 C 12 12
128 Benin 28022 T 12 12
129 Benin 28023 A 12 12
130 Benin 28024 A 12 12
131 Benin 28025 A 12 12
132 Benin 28026 T 12 12
133 Benin 28027 G 12 12
134 Benin 28028 G 12 12
135 Benin 28029 T 12 12
136 Benin 28030 A 12 12
137 Benin 28031 T 12 12
138 Benin 28032 A 12 12
139 Benin 28033 T 12 12
140 Benin 28034 T 12 12
141 Benin 28035 A 12 12
142 Benin 28036 G 12 12
143 Benin 28037 A 12 12
144 Benin 28038 G 12 12
145 Benin 28039 T 12 12
146 Benin 28040 A 12 12
147 Benin 28041 G 12 12
148 Benin 28042 G 12 12
149 Benin 28043 A 12 12
150 Benin 28044 G 12 12
151 Benin 28045 C 12 12
152 Benin 28046 T 12 12
153 Benin 28047 A 12 12
154 Benin 28048 G 12 12
155 Benin 28049 A 12 12
156 Benin 28050 A 12 12
157 Benin 28051 A 12 12
158 Benin 28052 A 12 12
159 Benin 28053 T 12 12
160 Benin 28054 C 12 12
161 Benin 28055 A 12 12
162 Benin 28056 G 12 12
163 Benin 28057 C 12 12
164 Benin 28058 A 12 12
165 Benin 28059 C 12 12
166 Benin 28060 C 12 12
167 Benin 28061 T 12 12
168 Benin 28062 T 12 12
169 Benin 28063 T 12 12
170 Benin 28064 A 12 12
171 Benin 28065 A 12 12
172 Benin 28066 T 12 12
173 Benin 28067 T 12 12
174 Benin 28068 G 12 12
175 Benin 28069 A 12 12
176 Benin 28070 A 12 12
177 Benin 28071 T 12 12
178 Benin 28072 T 12 12
179 Benin 28073 G 12 12
180 Benin 28074 T 12 12
181 Benin 28075 G 12 12
182 Benin 28076 C 12 12
183 Benin 28077 G 12 12
184 Benin 28078 T 12 12
185 Benin 28079 G 12 12
186 Benin 28080 G 12 12
187 Benin 28081 A 12 12
188 Benin 28082 T 12 12
189 Benin 28083 G 12 12
190 Benin 28084 A 12 12
191 Benin 28085 G 12 12
192 Benin 28086 G 12 12
193 Benin 28087 C 12 12
194 Benin 28088 T 12 12
195 Benin 28089 G 12 12
196 Benin 28090 G 12 12
197 Benin 28091 T 12 12
198 Benin 28092 T 12 12
199 Benin 28093 C 12 12
200 Benin 28094 T 12 12
201 Benin 28095 A 12 12
202 Benin 28096 A 12 12
203 Benin 28097 A 12 12
204 Benin 28098 T 12 12
205 Benin 28099 C 12 12
206 Benin 28100 A 12 12
207 Benin 28101 C 12 12
208 Benin 28102 C 12 12
209 Benin 28103 C 12 12
210 Benin 28104 A 12 12
211 Benin 28105 T 12 12
212 Benin 28106 T 12 12
213 Benin 28107 C 12 12
214 Benin 28108 A 12 12
215 Benin 28109 G 12 12
216 Benin 28110 T 12 12
217 Benin 28111 A 12 12
218 Benin 28112 C 12 12
219 Benin 28113 A 12 12
220 Benin 28114 T 12 12
221 Benin 28115 C 12 12
222 Benin 28116 G 12 12
223 Benin 28117 A 12 12
224 Benin 28118 T 12 12
225 Benin 28119 A 12 12
226 Benin 28120 T 12 12
227 Benin 28121 C 12 12
228 Benin 28122 G 12 12
229 Benin 28123 G 12 12
230 Benin 28124 T 12 12
231 Benin 28125 A 12 12
232 Benin 28126 A 12 12
233 Benin 28127 T 12 12
234 Benin 28128 T 12 12
235 Benin 28129 A 12 12
236 Benin 28130 T 12 12
237 Benin 28131 A 12 12
238 Benin 28132 C 12 12
239 Benin 28133 A 12 12
240 Benin 28134 G 12 12
241 Benin 28135 T 12 12
242 Benin 28136 T 12 12
243 Benin 28137 T 12 12
244 Benin 28138 C 12 12
245 Benin 28139 C 12 12
246 Benin 28140 T 12 12
247 Benin 28141 G 12 12
248 Benin 28142 T 12 12
249 Benin 28143 T 12 12
250 Benin 28144 T C 12 6 Leu84Ser
251 Benin 28145 A 12 12
252 Benin 28146 C 12 12
253 Benin 28147 C 12 12
254 Benin 28148 T 12 12
255 Benin 28149 T 12 12
256 Benin 28150 T 12 12
257 Benin 28151 T 12 12
258 Benin 28152 A 12 12
259 Benin 28153 C 12 12
260 Benin 28154 A 12 12
261 Benin 28155 A 12 12
262 Benin 28156 T 12 12
263 Benin 28157 T 12 12
264 Benin 28158 A 12 12
265 Benin 28159 A 12 12
266 Benin 28160 T 12 12
267 Benin 28161 T 12 12
268 Benin 28162 G 12 12
269 Benin 28163 C 12 12
270 Benin 28164 C 12 12
271 Benin 28165 A 12 12
272 Benin 28166 G 12 12
273 Benin 28167 G A 12 9 Glu92Lys
274 Benin 28168 A 12 12
275 Benin 28169 A 12 12
276 Benin 28170 C 12 12
277 Benin 28171 C 12 12
278 Benin 28172 T 12 12
279 Benin 28173 A 12 12
280 Benin 28174 A 12 12
281 Benin 28175 A 12 12
282 Benin 28176 T 12 12
283 Benin 28177 T 12 12
284 Benin 28178 G 12 12
285 Benin 28179 G 12 12
286 Benin 28180 G 12 12
287 Benin 28181 T 12 12
288 Benin 28182 A 12 12
289 Benin 28183 G 12 12
290 Benin 28184 T 12 12
291 Benin 28185 C 12 12
292 Benin 28186 T 12 12
293 Benin 28187 T 12 12
294 Benin 28188 G 12 12
295 Benin 28189 T 12 12
296 Benin 28190 A 12 12
297 Benin 28191 G 12 12
298 Benin 28192 T 12 12
299 Benin 28193 G 12 12
300 Benin 28194 C 12 12
301 Benin 28195 G 12 12
302 Benin 28196 T 12 12
303 Benin 28197 T 12 12
304 Benin 28198 G 12 12
305 Benin 28199 T 12 12
306 Benin 28200 T 12 12
307 Benin 28201 C 12 12
308 Benin 28202 G 12 12
309 Benin 28203 T 12 12
310 Benin 28204 T 12 12
311 Benin 28205 C 12 12
312 Benin 28206 T 12 12
313 Benin 28207 A 12 12
314 Benin 28208 T 12 12
315 Benin 28209 G 12 12
316 Benin 28210 A 12 12
317 Benin 28211 A 12 12
318 Benin 28212 G 12 12
319 Benin 28213 A 12 12
320 Benin 28214 C 12 12
321 Benin 28215 T 12 12
322 Benin 28216 T 12 12
323 Benin 28217 T 12 12
324 Benin 28218 T 12 12
325 Benin 28219 T 12 12
326 Benin 28220 A 12 12
327 Benin 28221 G 12 12
328 Benin 28222 A 12 12
329 Benin 28223 G 12 12
330 Benin 28224 T 12 12
331 Benin 28225 A 12 12
332 Benin 28226 T 12 12
333 Benin 28227 C 12 12
334 Benin 28228 A 12 12
335 Benin 28229 T 12 12
336 Benin 28230 G 12 12
337 Benin 28231 A 12 12
338 Benin 28232 C 12 12
339 Benin 28233 G 12 12
340 Benin 28234 T 12 12
341 Benin 28235 T 12 12
342 Benin 28236 C 12 12
343 Benin 28237 G 12 12
344 Benin 28238 T 12 12
345 Benin 28239 G 12 12
346 Benin 28240 T 12 12
347 Benin 28241 T 12 12
348 Benin 28242 G 12 12
349 Benin 28243 T 12 12
350 Benin 28244 T 12 12
351 Benin 28245 T 12 12
352 Benin 28246 T 12 12
353 Benin 28247 A 12 12
354 Benin 28248 G 12 12
355 Benin 28249 A 12 12
356 Benin 28250 T 12 12
357 Benin 28251 T 12 12
358 Benin 28252 T 12 12
359 Benin 28253 C 12 12
360 Benin 28254 A 12 12
361 Benin 28255 T 12 12
362 Benin 28256 C 12 12
363 Benin 28257 T 12 12
364 Benin 28258 A 12 12
365 Benin 28259 A 12 12