National Institute Of Genetic Engineering and Biotechnology

P.I:Mohammad-Ali Malboobi
Here we provide last mutation observed in Nucleocapsid gene of COVID-19 prevalent in Iran.
We kindly wait your comment or coopration in tracking crona virus project.

Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  * - ? A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y
*     2                                        
-     366                                        
?                                              
A     15                                        
C     21                                        
D     22                                        
E     18                                        
F     24                                        
G     15                                        
H     12                                        
I     30                                        
K     15                                        
L     30                                        
M     3                                        
N     6                                        
P     21                                        
Q     18                                        
R     12                                        
S     27                                        
T     15               1                        
V     36                                        
W     3                                        
Y     21                                        

Nucleotide and amino acid mutations

Here we provide list of mutation observed in Nucleocapsid at gene and protein of COVID-19.
-The position column is nucleotide position in reference genome as NC_045512.2
-The Reference column indicate reference nucleotide in NC_045512.2
-The NS column indicate number of samples that this position have been observed
-The NSR column indicate number of samples with reference nucleotide. Therefore diffrenciate related to Ns indicate number of sample with mutated nucleotide

Contoury Position Reference Alt. NSR NS AAchange
0 Armenia 27894 A 3 3
1 Armenia 27895 T 3 3
2 Armenia 27896 G 3 3
3 Armenia 27897 A 3 3
4 Armenia 27898 A 3 3
5 Armenia 27899 A 3 3
6 Armenia 27900 T 3 3
7 Armenia 27901 T 3 3
8 Armenia 27902 T 3 3
9 Armenia 27903 C 3 3
10 Armenia 27904 T 3 3
11 Armenia 27905 T 3 3
12 Armenia 27906 G 3 3
13 Armenia 27907 T 3 3
14 Armenia 27908 T 3 3
15 Armenia 27909 T 3 3
16 Armenia 27910 T 3 3
17 Armenia 27911 C 3 3
18 Armenia 27912 T 3 3
19 Armenia 27913 T 3 3
20 Armenia 27914 A 3 3
21 Armenia 27915 G 3 3
22 Armenia 27916 G 3 3
23 Armenia 27917 A 3 3
24 Armenia 27918 A 3 3
25 Armenia 27919 T 3 3
26 Armenia 27920 C 3 3
27 Armenia 27921 A 3 3
28 Armenia 27922 T 3 3
29 Armenia 27923 C 3 3
30 Armenia 27924 A 3 3
31 Armenia 27925 C T 3 2 Thr11Ile
32 Armenia 27926 A 3 3
33 Armenia 27927 A 3 3
34 Armenia 27928 C 3 3
35 Armenia 27929 T 3 3
36 Armenia 27930 G 3 3
37 Armenia 27931 T 3 3
38 Armenia 27932 A 3 3
39 Armenia 27933 G 3 3
40 Armenia 27934 C 3 3
41 Armenia 27935 T 3 3
42 Armenia 27936 G 3 3
43 Armenia 27937 C 3 3
44 Armenia 27938 A 3 3
45 Armenia 27939 T 3 3
46 Armenia 27940 T 3 3
47 Armenia 27941 T 3 3
48 Armenia 27942 C 3 3
49 Armenia 27943 A 3 3
50 Armenia 27944 C 3 3
51 Armenia 27945 C 3 3
52 Armenia 27946 A 3 3
53 Armenia 27947 A 3 3
54 Armenia 27948 G 3 3
55 Armenia 27949 A 3 3
56 Armenia 27950 A 3 3
57 Armenia 27951 T 3 3
58 Armenia 27952 G 3 3
59 Armenia 27953 T 3 3
60 Armenia 27954 A 3 3
61 Armenia 27955 G 3 3
62 Armenia 27956 T 3 3
63 Armenia 27957 T 3 3
64 Armenia 27958 T 3 3
65 Armenia 27959 A 3 3
66 Armenia 27960 C 3 3
67 Armenia 27961 A 3 3
68 Armenia 27962 G 3 3
69 Armenia 27963 T 3 3
70 Armenia 27964 C 3 3
71 Armenia 27965 A 3 3
72 Armenia 27966 T 3 3
73 Armenia 27967 G 3 3
74 Armenia 27968 T 3 3
75 Armenia 27969 A 3 3
76 Armenia 27970 C 3 3
77 Armenia 27971 T 3 3
78 Armenia 27972 C 3 3
79 Armenia 27973 A 3 3
80 Armenia 27974 A 3 3
81 Armenia 27975 C 3 3
82 Armenia 27976 A 3 3
83 Armenia 27977 T 3 3
84 Armenia 27978 C 3 3
85 Armenia 27979 A 3 3
86 Armenia 27980 A 3 3
87 Armenia 27981 C 3 3
88 Armenia 27982 C 3 3
89 Armenia 27983 A 3 3
90 Armenia 27984 T 3 3
91 Armenia 27985 A 3 3
92 Armenia 27986 T 3 3
93 Armenia 27987 G 3 3
94 Armenia 27988 T 3 3
95 Armenia 27989 A 3 3
96 Armenia 27990 G 3 3
97 Armenia 27991 T 3 3
98 Armenia 27992 T 3 3
99 Armenia 27993 G 3 3
100 Armenia 27994 A 3 3
101 Armenia 27995 T 3 3
102 Armenia 27996 G 3 3
103 Armenia 27997 A 3 3
104 Armenia 27998 C 3 3
105 Armenia 27999 C 3 3
106 Armenia 28000 C 3 3
107 Armenia 28001 G 3 3
108 Armenia 28002 T 3 3
109 Armenia 28003 G 3 3
110 Armenia 28004 T 3 3
111 Armenia 28005 C 3 3
112 Armenia 28006 C 3 3
113 Armenia 28007 T 3 3
114 Armenia 28008 A 3 3
115 Armenia 28009 T 3 3
116 Armenia 28010 T 3 3
117 Armenia 28011 C 3 3
118 Armenia 28012 A 3 3
119 Armenia 28013 C 3 3
120 Armenia 28014 T 3 3
121 Armenia 28015 T 3 3
122 Armenia 28016 C 3 3
123 Armenia 28017 T 3 3
124 Armenia 28018 A 3 3
125 Armenia 28019 T 3 3
126 Armenia 28020 T 3 3
127 Armenia 28021 C 3 3
128 Armenia 28022 T 3 3
129 Armenia 28023 A 3 3
130 Armenia 28024 A 3 3
131 Armenia 28025 A 3 3
132 Armenia 28026 T 3 3
133 Armenia 28027 G 3 3
134 Armenia 28028 G 3 3
135 Armenia 28029 T 3 3
136 Armenia 28030 A 3 3
137 Armenia 28031 T 3 3
138 Armenia 28032 A 3 3
139 Armenia 28033 T 3 3
140 Armenia 28034 T 3 3
141 Armenia 28035 A 3 3
142 Armenia 28036 G 3 3
143 Armenia 28037 A 3 3
144 Armenia 28038 G 3 3
145 Armenia 28039 T 3 3
146 Armenia 28040 A 3 3
147 Armenia 28041 G 3 3
148 Armenia 28042 G 3 3
149 Armenia 28043 A 3 3
150 Armenia 28044 G 3 3
151 Armenia 28045 C 3 3
152 Armenia 28046 T 3 3
153 Armenia 28047 A 3 3
154 Armenia 28048 G 3 3
155 Armenia 28049 A 3 3
156 Armenia 28050 A 3 3
157 Armenia 28051 A 3 3
158 Armenia 28052 A 3 3
159 Armenia 28053 T 3 3
160 Armenia 28054 C 3 3
161 Armenia 28055 A 3 3
162 Armenia 28056 G 3 3
163 Armenia 28057 C 3 3
164 Armenia 28058 A 3 3
165 Armenia 28059 C 3 3
166 Armenia 28060 C 3 3
167 Armenia 28061 T 3 3
168 Armenia 28062 T 3 3
169 Armenia 28063 T 3 3
170 Armenia 28064 A 3 3
171 Armenia 28065 A 3 3
172 Armenia 28066 T 3 3
173 Armenia 28067 T 3 3
174 Armenia 28068 G 3 3
175 Armenia 28069 A 3 3
176 Armenia 28070 A 3 3
177 Armenia 28071 T 3 3
178 Armenia 28072 T 3 3
179 Armenia 28073 G 3 3
180 Armenia 28074 T 3 3
181 Armenia 28075 G 3 3
182 Armenia 28076 C 3 3
183 Armenia 28077 G 3 3
184 Armenia 28078 T 3 3
185 Armenia 28079 G 3 3
186 Armenia 28080 G 3 3
187 Armenia 28081 A 3 3
188 Armenia 28082 T 3 3
189 Armenia 28083 G 3 3
190 Armenia 28084 A 3 3
191 Armenia 28085 G 3 3
192 Armenia 28086 G 3 3
193 Armenia 28087 C 3 3
194 Armenia 28088 T 3 3
195 Armenia 28089 G 3 3
196 Armenia 28090 G 3 3
197 Armenia 28091 T 3 3
198 Armenia 28092 T 3 3
199 Armenia 28093 C 3 3
200 Armenia 28094 T 3 3
201 Armenia 28095 A 3 3
202 Armenia 28096 A 3 3
203 Armenia 28097 A 3 3
204 Armenia 28098 T 3 3
205 Armenia 28099 C 3 3
206 Armenia 28100 A 3 3
207 Armenia 28101 C 3 3
208 Armenia 28102 C 3 3
209 Armenia 28103 C 3 3
210 Armenia 28104 A 3 3
211 Armenia 28105 T 3 3
212 Armenia 28106 T 3 3
213 Armenia 28107 C 3 3
214 Armenia 28108 A 3 3
215 Armenia 28109 G 3 3
216 Armenia 28110 T 3 3
217 Armenia 28111 A 3 3
218 Armenia 28112 C 3 3
219 Armenia 28113 A 3 3
220 Armenia 28114 T 3 3
221 Armenia 28115 C 3 3
222 Armenia 28116 G 3 3
223 Armenia 28117 A 3 3
224 Armenia 28118 T 3 3
225 Armenia 28119 A 3 3
226 Armenia 28120 T 3 3
227 Armenia 28121 C 3 3
228 Armenia 28122 G 3 3
229 Armenia 28123 G 3 3
230 Armenia 28124 T 3 3
231 Armenia 28125 A 3 3
232 Armenia 28126 A 3 3
233 Armenia 28127 T 3 3
234 Armenia 28128 T 3 3
235 Armenia 28129 A 3 3
236 Armenia 28130 T 3 3
237 Armenia 28131 A 3 3
238 Armenia 28132 C 3 3
239 Armenia 28133 A 3 3
240 Armenia 28134 G 3 3
241 Armenia 28135 T 3 3
242 Armenia 28136 T 3 3
243 Armenia 28137 T 3 3
244 Armenia 28138 C 3 3
245 Armenia 28139 C 3 3
246 Armenia 28140 T 3 3
247 Armenia 28141 G 3 3
248 Armenia 28142 T 3 3
249 Armenia 28143 T 3 3
250 Armenia 28144 T 3 3
251 Armenia 28145 A 3 3
252 Armenia 28146 C 3 3
253 Armenia 28147 C 3 3
254 Armenia 28148 T 3 3
255 Armenia 28149 T 3 3
256 Armenia 28150 T 3 3
257 Armenia 28151 T 3 3
258 Armenia 28152 A 3 3
259 Armenia 28153 C 3 3
260 Armenia 28154 A 3 3
261 Armenia 28155 A 3 3
262 Armenia 28156 T 3 3
263 Armenia 28157 T 3 3
264 Armenia 28158 A 3 3
265 Armenia 28159 A 3 3
266 Armenia 28160 T 3 3
267 Armenia 28161 T 3 3
268 Armenia 28162 G 3 3
269 Armenia 28163 C 3 3
270 Armenia 28164 C 3 3
271 Armenia 28165 A 3 3
272 Armenia 28166 G 3 3
273 Armenia 28167 G 3 3
274 Armenia 28168 A 3 3
275 Armenia 28169 A 3 3
276 Armenia 28170 C 3 3
277 Armenia 28171 C 3 3
278 Armenia 28172 T 3 3
279 Armenia 28173 A 3 3
280 Armenia 28174 A 3 3
281 Armenia 28175 A 3 3
282 Armenia 28176 T 3 3
283 Armenia 28177 T 3 3
284 Armenia 28178 G 3 3
285 Armenia 28179 G 3 3
286 Armenia 28180 G 3 3
287 Armenia 28181 T 3 3
288 Armenia 28182 A 3 3
289 Armenia 28183 G 3 3
290 Armenia 28184 T 3 3
291 Armenia 28185 C 3 3
292 Armenia 28186 T 3 3
293 Armenia 28187 T 3 3
294 Armenia 28188 G 3 3
295 Armenia 28189 T 3 3
296 Armenia 28190 A 3 3
297 Armenia 28191 G 3 3
298 Armenia 28192 T 3 3
299 Armenia 28193 G 3 3
300 Armenia 28194 C 3 3
301 Armenia 28195 G 3 3
302 Armenia 28196 T 3 3
303 Armenia 28197 T 3 3
304 Armenia 28198 G 3 3
305 Armenia 28199 T 3 3
306 Armenia 28200 T 3 3
307 Armenia 28201 C 3 3
308 Armenia 28202 G 3 3
309 Armenia 28203 T 3 3
310 Armenia 28204 T 3 3
311 Armenia 28205 C 3 3
312 Armenia 28206 T 3 3
313 Armenia 28207 A 3 3
314 Armenia 28208 T 3 3
315 Armenia 28209 G 3 3
316 Armenia 28210 A 3 3
317 Armenia 28211 A 3 3
318 Armenia 28212 G 3 3
319 Armenia 28213 A 3 3
320 Armenia 28214 C 3 3
321 Armenia 28215 T 3 3
322 Armenia 28216 T 3 3
323 Armenia 28217 T 3 3
324 Armenia 28218 T 3 3
325 Armenia 28219 T 3 3
326 Armenia 28220 A 3 3
327 Armenia 28221 G 3 3
328 Armenia 28222 A 3 3
329 Armenia 28223 G 3 3
330 Armenia 28224 T 3 3
331 Armenia 28225 A 3 3
332 Armenia 28226 T 3 3
333 Armenia 28227 C 3 3
334 Armenia 28228 A 3 3
335 Armenia 28229 T 3 3
336 Armenia 28230 G 3 3
337 Armenia 28231 A 3 3
338 Armenia 28232 C 3 3
339 Armenia 28233 G 3 3
340 Armenia 28234 T 3 3
341 Armenia 28235 T 3 3
342 Armenia 28236 C 3 3
343 Armenia 28237 G 3 3
344 Armenia 28238 T 3 3
345 Armenia 28239 G 3 3
346 Armenia 28240 T 3 3
347 Armenia 28241 T 3 3
348 Armenia 28242 G 3 3
349 Armenia 28243 T 3 3
350 Armenia 28244 T 3 3
351 Armenia 28245 T 3 3
352 Armenia 28246 T 3 3
353 Armenia 28247 A 3 3
354 Armenia 28248 G 3 3
355 Armenia 28249 A 3 3
356 Armenia 28250 T 3 3
357 Armenia 28251 T 3 3
358 Armenia 28252 T 3 3
359 Armenia 28253 C 3 3
360 Armenia 28254 A 3 3
361 Armenia 28255 T 3 3
362 Armenia 28256 C 3 3
363 Armenia 28257 T 3 3
364 Armenia 28258 A 3 3
365 Armenia 28259 A 3 3