National Institute Of Genetic Engineering and Biotechnology

P.I:Mohammad-Ali Malboobi
Here we provide last mutation observed in Nucleocapsid gene of COVID-19 prevalent in Iran.
We kindly wait your comment or coopration in tracking crona virus project.

Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  * - ? A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y
*     2                                        
-     366                                        
?                                              
A     15                               1        
C     21                                        
D     22       1                                
E 1   18     1           1                      
F     24         1                              
G     15                                        
H     12             1                          
I     30               2                        
K     15                                        
L     30                               1        
M     3                                        
N     6                                        
P     21                   1     1     1        
Q 1   18                                        
R     12               1                        
S     27                   1           1        
T     15               1                        
V     36                   1               1    
W     3                                        
Y 1   21   1                                   1

Nucleotide and amino acid mutations

Here we provide list of mutation observed in Nucleocapsid at gene and protein of COVID-19.
-The position column is nucleotide position in reference genome as NC_045512.2
-The Reference column indicate reference nucleotide in NC_045512.2
-The NS column indicate number of samples that this position have been observed
-The NSR column indicate number of samples with reference nucleotide. Therefore diffrenciate related to Ns indicate number of sample with mutated nucleotide

Contoury Position Reference Alt. NSR NS AAchange
0 Argentina 27894 A 650 650
1 Argentina 27895 T 650 650
2 Argentina 27896 G 650 650
3 Argentina 27897 A 650 650
4 Argentina 27898 A 650 650
5 Argentina 27899 A 650 650
6 Argentina 27900 T 650 650
7 Argentina 27901 T 650 650
8 Argentina 27902 T 650 650
9 Argentina 27903 C 650 650
10 Argentina 27904 T 650 650
11 Argentina 27905 T 650 650
12 Argentina 27906 G 650 650
13 Argentina 27907 T 650 650
14 Argentina 27908 T 650 650
15 Argentina 27909 T 650 650
16 Argentina 27910 T 650 650
17 Argentina 27911 C 650 650
18 Argentina 27912 T 650 650
19 Argentina 27913 T 650 650
20 Argentina 27914 A 650 650
21 Argentina 27915 G 650 650
22 Argentina 27916 G 650 650
23 Argentina 27917 A 650 650
24 Argentina 27918 A 650 650
25 Argentina 27919 T 650 650
26 Argentina 27920 C T 650 649 Ile9Ile
27 Argentina 27921 A 650 650
28 Argentina 27922 T 650 650
29 Argentina 27923 C 650 650
30 Argentina 27924 A 650 650
31 Argentina 27925 C 651 651
32 Argentina 27926 A 651 651
33 Argentina 27927 A 651 651
34 Argentina 27928 C 651 651
35 Argentina 27929 T 651 651
36 Argentina 27930 G 651 651
37 Argentina 27931 T 651 651
38 Argentina 27932 A 651 651
39 Argentina 27933 G 651 651
40 Argentina 27934 C 651 651
41 Argentina 27935 T 651 651
42 Argentina 27936 G 651 651
43 Argentina 27937 C 651 651
44 Argentina 27938 A 651 651
45 Argentina 27939 T 651 651
46 Argentina 27940 T 651 651
47 Argentina 27941 T 651 651
48 Argentina 27942 C 651 651
49 Argentina 27943 A 651 651
50 Argentina 27944 C T 651 650 His17His
51 Argentina 27945 C 651 651
52 Argentina 27946 A 651 651
53 Argentina 27947 A 651 651
54 Argentina 27948 G 651 651
55 Argentina 27949 A 651 651
56 Argentina 27950 A 651 651
57 Argentina 27951 T 651 650
58 Argentina 27952 G 651 650
59 Argentina 27953 T 651 650
60 Argentina 27954 A 651 650
61 Argentina 27955 G 651 650
62 Argentina 27956 T 651 650
63 Argentina 27957 T 651 650
64 Argentina 27958 T 651 650
65 Argentina 27959 A 651 650
66 Argentina 27960 C 651 651
67 Argentina 27961 A 651 651
68 Argentina 27962 G 651 651
69 Argentina 27963 T 651 651
70 Argentina 27964 C T 651 649 Ser24Leu
71 Argentina 27965 A 651 650
72 Argentina 27966 T 651 650
73 Argentina 27967 G 651 650
74 Argentina 27968 T 651 650
75 Argentina 27969 A 651 650
76 Argentina 27970 C T 651 649 Thr26Ile
77 Argentina 27971 T 651 650
78 Argentina 27972 C T 651 645 Gln27*
79 Argentina 27973 A 651 650
80 Argentina 27974 A 651 650
81 Argentina 27975 C 651 650
82 Argentina 27976 A 651 650
83 Argentina 27977 T 651 650
84 Argentina 27978 C 651 650
85 Argentina 27979 A 651 650
86 Argentina 27980 A 651 650
87 Argentina 27981 C 651 650
88 Argentina 27982 C 651 650
89 Argentina 27983 A 651 650
90 Argentina 27984 T 651 650
91 Argentina 27985 A 651 650
92 Argentina 27986 T 651 651
93 Argentina 27987 G 651 650
94 Argentina 27988 T 651 650
95 Argentina 27989 A 651 650
96 Argentina 27990 G 651 650
97 Argentina 27991 T 651 650
98 Argentina 27992 T 651 650
99 Argentina 27993 G 651 650
100 Argentina 27994 A 651 651
101 Argentina 27995 T A 651 650 Asp34Glu
102 Argentina 27996 G 651 651
103 Argentina 27997 A 651 651
104 Argentina 27998 C 651 651
105 Argentina 27999 C T 651 650 Pro36Ser
106 Argentina 28000 C 651 651
107 Argentina 28001 G T 651 650 Pro36Pro
108 Argentina 28002 T 651 651
109 Argentina 28003 G 651 651
110 Argentina 28004 T 652 652
111 Argentina 28005 C 652 652
112 Argentina 28006 C T 652 651 Pro38Leu
113 Argentina 28007 T 652 652
114 Argentina 28008 A 652 652
115 Argentina 28009 T 652 652
116 Argentina 28010 T C 652 651 Ile39Ile
117 Argentina 28011 C 652 652
118 Argentina 28012 A 652 652
119 Argentina 28013 C 652 652
120 Argentina 28014 T 652 652
121 Argentina 28015 T 652 652
122 Argentina 28016 C 652 652
123 Argentina 28017 T 652 652
124 Argentina 28018 A 652 652
125 Argentina 28019 T G 652 651 Tyr42*
126 Argentina 28020 T 652 652
127 Argentina 28021 C 652 652
128 Argentina 28022 T 652 652
129 Argentina 28023 A 652 652
130 Argentina 28024 A 652 652
131 Argentina 28025 A 652 652
132 Argentina 28026 T 652 652
133 Argentina 28027 G 652 652
134 Argentina 28028 G 652 652
135 Argentina 28029 T 652 652
136 Argentina 28030 A 652 652
137 Argentina 28031 T 652 652
138 Argentina 28032 A 652 652
139 Argentina 28033 T 652 652
140 Argentina 28034 T 652 652
141 Argentina 28035 A 652 652
142 Argentina 28036 G 652 652
143 Argentina 28037 A 652 652
144 Argentina 28038 G 653 653
145 Argentina 28039 T 653 653
146 Argentina 28040 A 653 653
147 Argentina 28041 G 653 653
148 Argentina 28042 G 653 653
149 Argentina 28043 A 653 653
150 Argentina 28044 G 653 653
151 Argentina 28045 C 653 653
152 Argentina 28046 T 653 653
153 Argentina 28047 A 653 653
154 Argentina 28048 G T 653 652 Arg52Ile
155 Argentina 28049 A 653 653
156 Argentina 28050 A 653 653
157 Argentina 28051 A 653 653
158 Argentina 28052 A 653 653
159 Argentina 28053 T 653 653
160 Argentina 28054 C 653 653
161 Argentina 28055 A 653 653
162 Argentina 28056 G 653 653
163 Argentina 28057 C 653 653
164 Argentina 28058 A 653 653
165 Argentina 28059 C 653 653
166 Argentina 28060 C 653 653
167 Argentina 28061 T 653 653
168 Argentina 28062 T 654 654
169 Argentina 28063 T 654 654
170 Argentina 28064 A 654 653
171 Argentina 28065 A 654 653
172 Argentina 28066 T 655 654
173 Argentina 28067 T 655 654
174 Argentina 28068 G T 655 653 Glu59*
175 Argentina 28069 A 655 653
176 Argentina 28070 A C 655 652 Glu59Asp
177 Argentina 28071 T 655 653
178 Argentina 28072 T 655 653
179 Argentina 28073 G 655 654
180 Argentina 28074 T 655 653
181 Argentina 28075 G 655 653
182 Argentina 28076 C 655 653
183 Argentina 28077 G T 655 646 Val62Leu
184 Argentina 28078 T 655 652
185 Argentina 28079 G 655 652
186 Argentina 28080 G 656 653
187 Argentina 28081 A 656 654
188 Argentina 28082 T 656 654
189 Argentina 28083 G A 656 653 Glu64Lys
190 Argentina 28084 A 656 654
191 Argentina 28085 G 656 654
192 Argentina 28086 G T 656 653 Ala65Ser
193 Argentina 28087 C 656 654
194 Argentina 28088 T 656 654
195 Argentina 28089 G 657 656
196 Argentina 28090 G 657 655
197 Argentina 28091 T 657 655
198 Argentina 28092 T 657 656
199 Argentina 28093 C 659 659
200 Argentina 28094 T C 660 659 Ser67Ser
201 Argentina 28095 A 661 661
202 Argentina 28096 A 661 661
203 Argentina 28097 A 661 661
204 Argentina 28098 T 661 661
205 Argentina 28099 C 661 661
206 Argentina 28100 A 661 661
207 Argentina 28101 C 661 661
208 Argentina 28102 C 661 661
209 Argentina 28103 C 661 661
210 Argentina 28104 A 661 661
211 Argentina 28105 T 661 661
212 Argentina 28106 T 661 661
213 Argentina 28107 C 661 661
214 Argentina 28108 A 661 661
215 Argentina 28109 G 661 661
216 Argentina 28110 T 661 661
217 Argentina 28111 A G 661 660 Tyr73Cys
218 Argentina 28112 C 661 661
219 Argentina 28113 A 661 661
220 Argentina 28114 T 661 661
221 Argentina 28115 C 661 661
222 Argentina 28116 G 661 661
223 Argentina 28117 A 661 661
224 Argentina 28118 T 661 661
225 Argentina 28119 A 661 661
226 Argentina 28120 T 661 661
227 Argentina 28121 C 661 661
228 Argentina 28122 G 661 661
229 Argentina 28123 G 661 661
230 Argentina 28124 T 661 661
231 Argentina 28125 A 661 661
232 Argentina 28126 A 661 661
233 Argentina 28127 T 661 661
234 Argentina 28128 T 661 661
235 Argentina 28129 A 661 661
236 Argentina 28130 T C 661 659 Tyr79Tyr
237 Argentina 28131 A 661 661
238 Argentina 28132 C 661 661
239 Argentina 28133 A 661 661
240 Argentina 28134 G 661 661
241 Argentina 28135 T 661 661
242 Argentina 28136 T 661 661
243 Argentina 28137 T 661 661
244 Argentina 28138 C 661 661
245 Argentina 28139 C 661 661
246 Argentina 28140 T 661 661
247 Argentina 28141 G 661 661
248 Argentina 28142 T 661 661
249 Argentina 28143 T 661 661
250 Argentina 28144 T C 661 660 Leu84Ser
251 Argentina 28145 A 661 661
252 Argentina 28146 C 661 661
253 Argentina 28147 C 661 661
254 Argentina 28148 T 661 661
255 Argentina 28149 T 661 661
256 Argentina 28150 T 661 661
257 Argentina 28151 T 661 661
258 Argentina 28152 A 661 661
259 Argentina 28153 C 661 661
260 Argentina 28154 A 661 661
261 Argentina 28155 A 661 661
262 Argentina 28156 T 661 661
263 Argentina 28157 T 661 661
264 Argentina 28158 A 661 661
265 Argentina 28159 A 661 661
266 Argentina 28160 T 661 661
267 Argentina 28161 T 661 661
268 Argentina 28162 G 661 661
269 Argentina 28163 C 661 661
270 Argentina 28164 C 661 661
271 Argentina 28165 A 661 661
272 Argentina 28166 G 661 661
273 Argentina 28167 G 661 661
274 Argentina 28168 A 661 661
275 Argentina 28169 A 661 661
276 Argentina 28170 C 661 661
277 Argentina 28171 C 661 661
278 Argentina 28172 T 661 661
279 Argentina 28173 A 661 661
280 Argentina 28174 A 661 661
281 Argentina 28175 A 661 661
282 Argentina 28176 T 661 661
283 Argentina 28177 T 661 661
284 Argentina 28178 G 661 661
285 Argentina 28179 G 661 661
286 Argentina 28180 G 661 661
287 Argentina 28181 T 661 661
288 Argentina 28182 A 661 661
289 Argentina 28183 G 661 661
290 Argentina 28184 T 661 661
291 Argentina 28185 C 661 661
292 Argentina 28186 T 661 661
293 Argentina 28187 T 661 661
294 Argentina 28188 G 661 661
295 Argentina 28189 T 661 661
296 Argentina 28190 A 661 661
297 Argentina 28191 G 661 661
298 Argentina 28192 T 661 661
299 Argentina 28193 G 661 661
300 Argentina 28194 C 661 661
301 Argentina 28195 G 661 661
302 Argentina 28196 T 661 661
303 Argentina 28197 T 661 661
304 Argentina 28198 G 661 661
305 Argentina 28199 T 661 661
306 Argentina 28200 T 661 661
307 Argentina 28201 C 661 661
308 Argentina 28202 G 661 661
309 Argentina 28203 T 661 661
310 Argentina 28204 T 661 661
311 Argentina 28205 C 661 661
312 Argentina 28206 T 661 661
313 Argentina 28207 A 661 661
314 Argentina 28208 T 661 661
315 Argentina 28209 G 661 661
316 Argentina 28210 A 661 661
317 Argentina 28211 A 661 661
318 Argentina 28212 G 661 660
319 Argentina 28213 A 661 660
320 Argentina 28214 C 661 660
321 Argentina 28215 T 661 660
322 Argentina 28216 T 661 660
323 Argentina 28217 T 661 660
324 Argentina 28218 T 661 660
325 Argentina 28219 T 661 660
326 Argentina 28220 A 661 660
327 Argentina 28221 G 661 661
328 Argentina 28222 A 661 661
329 Argentina 28223 G 661 661
330 Argentina 28224 T 661 661
331 Argentina 28225 A 661 661
332 Argentina 28226 T 661 661
333 Argentina 28227 C 661 660
334 Argentina 28228 A 661 660
335 Argentina 28229 T 661 660
336 Argentina 28230 G 661 661
337 Argentina 28231 A 661 661
338 Argentina 28232 C 661 661
339 Argentina 28233 G 661 661
340 Argentina 28234 T 661 661
341 Argentina 28235 T 661 661
342 Argentina 28236 C 661 661
343 Argentina 28237 G 661 661
344 Argentina 28238 T 661 661
345 Argentina 28239 G 661 661
346 Argentina 28240 T 661 661
347 Argentina 28241 T A 661 660 Val116Val
348 Argentina 28242 G 661 661
349 Argentina 28243 T 661 661
350 Argentina 28244 T 661 661
351 Argentina 28245 T 661 661
352 Argentina 28246 T 661 661
353 Argentina 28247 A 661 661
354 Argentina 28248 G 661 661
355 Argentina 28249 A 661 661
356 Argentina 28250 T 661 661
357 Argentina 28251 T 660 660
358 Argentina 28252 T 660 660
359 Argentina 28253 C T 660 647 Phe120Phe
360 Argentina 28254 A 660 660
361 Argentina 28255 T 660 660
362 Argentina 28256 C 660 660
363 Argentina 28257 T 660 660
364 Argentina 28258 A 660 660
365 Argentina 28259 A 660 660