National Institute Of Genetic Engineering and Biotechnology

P.I:Mohammad-Ali Malboobi
Here we provide last mutation observed in Nucleocapsid gene of COVID-19 prevalent in Iran.
We kindly wait your comment or coopration in tracking crona virus project.
Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  * - ? C D E F G H I K L N P Q R S T V Y
*     2                                  
-     155                                  
?                                        
C     9                                  
D     13                                  
E     9                                  
F     12                                  
G     6                                  
H     3                                  
I     14                                  
K     3                                  
L     15                                  
N     6                                  
P     6                                  
Q     6                                  
R     6                                  
S     9                                  
T     6                                  
V     18                                  
Y     12                                  

Nucleotide and amino acid mutations

Here we provide list of mutation observed in Nucleocapsid at gene and protein of COVID-19.
-The position column is nucleotide position in reference genome as NC_045512.2
-The Reference column indicate reference nucleotide in NC_045512.2
-The NS column indicate number of samples that this position have been observed
-The NSR column indicate number of samples with reference nucleotide. Therefore diffrenciate related to Ns indicate number of sample with mutated nucleotide
Contoury Position Reference Alt. NSR NS AAchange
0 Antigua_and_Barbuda 28105 T 1 1
1 Antigua_and_Barbuda 28106 T 1 1
2 Antigua_and_Barbuda 28107 C 1 1
3 Antigua_and_Barbuda 28108 A 1 1
4 Antigua_and_Barbuda 28109 G 1 1
5 Antigua_and_Barbuda 28110 T 1 1
6 Antigua_and_Barbuda 28111 A 1 1
7 Antigua_and_Barbuda 28112 C 1 1
8 Antigua_and_Barbuda 28113 A 1 1
9 Antigua_and_Barbuda 28114 T 1 1
10 Antigua_and_Barbuda 28115 C 1 1
11 Antigua_and_Barbuda 28116 G 1 1
12 Antigua_and_Barbuda 28117 A 1 1
13 Antigua_and_Barbuda 28118 T 1 1
14 Antigua_and_Barbuda 28119 A 1 1
15 Antigua_and_Barbuda 28120 T 1 1
16 Antigua_and_Barbuda 28121 C 1 1
17 Antigua_and_Barbuda 28122 G 1 1
18 Antigua_and_Barbuda 28123 G 1 1
19 Antigua_and_Barbuda 28124 T 1 1
20 Antigua_and_Barbuda 28125 A 1 1
21 Antigua_and_Barbuda 28126 A 1 1
22 Antigua_and_Barbuda 28127 T 1 1
23 Antigua_and_Barbuda 28128 T 1 1
24 Antigua_and_Barbuda 28129 A 1 1
25 Antigua_and_Barbuda 28130 T 1 1
26 Antigua_and_Barbuda 28131 A 1 1
27 Antigua_and_Barbuda 28132 C 1 1
28 Antigua_and_Barbuda 28133 A 1 1
29 Antigua_and_Barbuda 28134 G 1 1
30 Antigua_and_Barbuda 28135 T 1 1
31 Antigua_and_Barbuda 28136 T 1 1
32 Antigua_and_Barbuda 28137 T 1 1
33 Antigua_and_Barbuda 28138 C 1 1
34 Antigua_and_Barbuda 28139 C 1 1
35 Antigua_and_Barbuda 28140 T 1 1
36 Antigua_and_Barbuda 28141 G 1 1
37 Antigua_and_Barbuda 28142 T 1 1
38 Antigua_and_Barbuda 28143 T 1 1
39 Antigua_and_Barbuda 28144 T 1 1
40 Antigua_and_Barbuda 28145 A 1 1
41 Antigua_and_Barbuda 28146 C 1 1
42 Antigua_and_Barbuda 28147 C 1 1
43 Antigua_and_Barbuda 28148 T 1 1
44 Antigua_and_Barbuda 28149 T 1 1
45 Antigua_and_Barbuda 28150 T 1 1
46 Antigua_and_Barbuda 28151 T 1 1
47 Antigua_and_Barbuda 28152 A 1 1
48 Antigua_and_Barbuda 28153 C 1 1
49 Antigua_and_Barbuda 28154 A 1 1
50 Antigua_and_Barbuda 28155 A 1 1
51 Antigua_and_Barbuda 28156 T 1 1
52 Antigua_and_Barbuda 28157 T 1 1
53 Antigua_and_Barbuda 28158 A 1 1
54 Antigua_and_Barbuda 28159 A 1 1
55 Antigua_and_Barbuda 28160 T 1 1
56 Antigua_and_Barbuda 28161 T 1 1
57 Antigua_and_Barbuda 28162 G 1 1
58 Antigua_and_Barbuda 28163 C 1 1
59 Antigua_and_Barbuda 28164 C 1 1
60 Antigua_and_Barbuda 28165 A 1 1
61 Antigua_and_Barbuda 28166 G 1 1
62 Antigua_and_Barbuda 28167 G 1 1
63 Antigua_and_Barbuda 28168 A 1 1
64 Antigua_and_Barbuda 28169 A 1 1
65 Antigua_and_Barbuda 28170 C 1 1
66 Antigua_and_Barbuda 28171 C 1 1
67 Antigua_and_Barbuda 28172 T 1 1
68 Antigua_and_Barbuda 28173 A 1 1
69 Antigua_and_Barbuda 28174 A 1 1
70 Antigua_and_Barbuda 28175 A 1 1
71 Antigua_and_Barbuda 28176 T 1 1
72 Antigua_and_Barbuda 28177 T 1 1
73 Antigua_and_Barbuda 28178 G 1 1
74 Antigua_and_Barbuda 28179 G 1 1
75 Antigua_and_Barbuda 28180 G 1 1
76 Antigua_and_Barbuda 28181 T 1 1
77 Antigua_and_Barbuda 28182 A 1 1
78 Antigua_and_Barbuda 28183 G 1 1
79 Antigua_and_Barbuda 28184 T 1 1
80 Antigua_and_Barbuda 28185 C 1 1
81 Antigua_and_Barbuda 28186 T 1 1
82 Antigua_and_Barbuda 28187 T 1 1
83 Antigua_and_Barbuda 28188 G 1 1
84 Antigua_and_Barbuda 28189 T 1 1
85 Antigua_and_Barbuda 28190 A 1 1
86 Antigua_and_Barbuda 28191 G 1 1
87 Antigua_and_Barbuda 28192 T 1 1
88 Antigua_and_Barbuda 28193 G 1 1
89 Antigua_and_Barbuda 28194 C 1 1
90 Antigua_and_Barbuda 28195 G 1 1
91 Antigua_and_Barbuda 28196 T 1 1
92 Antigua_and_Barbuda 28197 T 1 1
93 Antigua_and_Barbuda 28198 G 1 1
94 Antigua_and_Barbuda 28199 T 1 1
95 Antigua_and_Barbuda 28200 T 1 1
96 Antigua_and_Barbuda 28201 C 1 1
97 Antigua_and_Barbuda 28202 G 1 1
98 Antigua_and_Barbuda 28203 T 1 1
99 Antigua_and_Barbuda 28204 T 1 1
100 Antigua_and_Barbuda 28205 C 1 1
101 Antigua_and_Barbuda 28206 T 1 1
102 Antigua_and_Barbuda 28207 A 1 1
103 Antigua_and_Barbuda 28208 T 1 1
104 Antigua_and_Barbuda 28209 G 1 1
105 Antigua_and_Barbuda 28210 A 1 1
106 Antigua_and_Barbuda 28211 A 1 1
107 Antigua_and_Barbuda 28212 G 1 1
108 Antigua_and_Barbuda 28213 A 1 1
109 Antigua_and_Barbuda 28214 C 1 1
110 Antigua_and_Barbuda 28215 T 1 1
111 Antigua_and_Barbuda 28216 T 1 1
112 Antigua_and_Barbuda 28217 T 1 1
113 Antigua_and_Barbuda 28218 T 1 1
114 Antigua_and_Barbuda 28219 T 1 1
115 Antigua_and_Barbuda 28220 A 1 1
116 Antigua_and_Barbuda 28221 G 1 1
117 Antigua_and_Barbuda 28222 A 1 1
118 Antigua_and_Barbuda 28223 G 1 1
119 Antigua_and_Barbuda 28224 T 1 1
120 Antigua_and_Barbuda 28225 A 1 1
121 Antigua_and_Barbuda 28226 T 1 1
122 Antigua_and_Barbuda 28227 C 1 1
123 Antigua_and_Barbuda 28228 A 1 1
124 Antigua_and_Barbuda 28229 T 1 1
125 Antigua_and_Barbuda 28230 G 1 1
126 Antigua_and_Barbuda 28231 A 1 1
127 Antigua_and_Barbuda 28232 C 1 1
128 Antigua_and_Barbuda 28233 G 1 1
129 Antigua_and_Barbuda 28234 T 1 1
130 Antigua_and_Barbuda 28235 T 1 1
131 Antigua_and_Barbuda 28236 C 1 1
132 Antigua_and_Barbuda 28237 G 1 1
133 Antigua_and_Barbuda 28238 T 1 1
134 Antigua_and_Barbuda 28239 G 1 1
135 Antigua_and_Barbuda 28240 T 1 1
136 Antigua_and_Barbuda 28241 T 1 1
137 Antigua_and_Barbuda 28242 G 1 1
138 Antigua_and_Barbuda 28243 T 1 1
139 Antigua_and_Barbuda 28244 T 1 1
140 Antigua_and_Barbuda 28245 T 1 1
141 Antigua_and_Barbuda 28246 T 1 1
142 Antigua_and_Barbuda 28247 A 1 1
143 Antigua_and_Barbuda 28248 G 1 1
144 Antigua_and_Barbuda 28249 A 1 1
145 Antigua_and_Barbuda 28250 T 1 1
146 Antigua_and_Barbuda 28251 T 1 1
147 Antigua_and_Barbuda 28252 T 1 1
148 Antigua_and_Barbuda 28253 C 1 1
149 Antigua_and_Barbuda 28254 A 1 1
150 Antigua_and_Barbuda 28255 T 1 1
151 Antigua_and_Barbuda 28256 C 1 1
152 Antigua_and_Barbuda 28257 T 1 1
153 Antigua_and_Barbuda 28258 A 1 1
154 Antigua_and_Barbuda 28259 A 1 1