National Institute Of Genetic Engineering and Biotechnology

P.I:Mohammad-Ali Malboobi
Here we provide last mutation observed in Nucleocapsid gene of COVID-19 prevalent in Iran.
We kindly wait your comment or coopration in tracking crona virus project.

Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  * - ? A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y
*     2                                        
-     366                                        
?                                              
A     15                                        
C     21                                        
D     22                                        
E     18                                        
F     24         1                              
G     15                                        
H     12                                        
I     30                   1                    
K     15                                        
L     30                                        
M     3                                        
N     6                                        
P     21                                        
Q     18                                        
R     12                                        
S     27                               1        
T     15                                        
V     36                                        
W     3                                        
Y     21                                        

Nucleotide and amino acid mutations

Here we provide list of mutation observed in Nucleocapsid at gene and protein of COVID-19.
-The position column is nucleotide position in reference genome as NC_045512.2
-The Reference column indicate reference nucleotide in NC_045512.2
-The NS column indicate number of samples that this position have been observed
-The NSR column indicate number of samples with reference nucleotide. Therefore diffrenciate related to Ns indicate number of sample with mutated nucleotide

Contoury Position Reference Alt. NSR NS AAchange
0 Algeria 27894 A 18 18
1 Algeria 27895 T 18 18
2 Algeria 27896 G 18 18
3 Algeria 27897 A 18 18
4 Algeria 27898 A 18 18
5 Algeria 27899 A 18 18
6 Algeria 27900 T 18 18
7 Algeria 27901 T 18 18
8 Algeria 27902 T 18 18
9 Algeria 27903 C 18 18
10 Algeria 27904 T 18 18
11 Algeria 27905 T 18 18
12 Algeria 27906 G 18 18
13 Algeria 27907 T 18 18
14 Algeria 27908 T 18 18
15 Algeria 27909 T 18 18
16 Algeria 27910 T 18 18
17 Algeria 27911 C 18 18
18 Algeria 27912 T 18 18
19 Algeria 27913 T 18 18
20 Algeria 27914 A 18 18
21 Algeria 27915 G 18 18
22 Algeria 27916 G 18 18
23 Algeria 27917 A 18 18
24 Algeria 27918 A 18 18
25 Algeria 27919 T 18 18
26 Algeria 27920 C 18 18
27 Algeria 27921 A 18 18
28 Algeria 27922 T 18 18
29 Algeria 27923 C 18 18
30 Algeria 27924 A 18 18
31 Algeria 27925 C 18 18
32 Algeria 27926 A 18 18
33 Algeria 27927 A 18 18
34 Algeria 27928 C 18 18
35 Algeria 27929 T 18 18
36 Algeria 27930 G 18 18
37 Algeria 27931 T 18 18
38 Algeria 27932 A 18 18
39 Algeria 27933 G 18 18
40 Algeria 27934 C 18 18
41 Algeria 27935 T 18 18
42 Algeria 27936 G 18 18
43 Algeria 27937 C 18 18
44 Algeria 27938 A 18 18
45 Algeria 27939 T 18 18
46 Algeria 27940 T 18 18
47 Algeria 27941 T 18 18
48 Algeria 27942 C 18 18
49 Algeria 27943 A 18 18
50 Algeria 27944 C 18 18
51 Algeria 27945 C 18 18
52 Algeria 27946 A 18 18
53 Algeria 27947 A 18 18
54 Algeria 27948 G 18 18
55 Algeria 27949 A 18 18
56 Algeria 27950 A 18 18
57 Algeria 27951 T 18 18
58 Algeria 27952 G 18 18
59 Algeria 27953 T 18 18
60 Algeria 27954 A 18 18
61 Algeria 27955 G 18 18
62 Algeria 27956 T 18 18
63 Algeria 27957 T 18 18
64 Algeria 27958 T 18 18
65 Algeria 27959 A 18 18
66 Algeria 27960 C 18 18
67 Algeria 27961 A 18 18
68 Algeria 27962 G 18 18
69 Algeria 27963 T 18 18
70 Algeria 27964 C 18 18
71 Algeria 27965 A G 18 17 Ser24Ser
72 Algeria 27966 T 18 18
73 Algeria 27967 G 18 18
74 Algeria 27968 T 18 18
75 Algeria 27969 A 18 18
76 Algeria 27970 C 18 18
77 Algeria 27971 T 18 18
78 Algeria 27972 C 18 18
79 Algeria 27973 A 18 18
80 Algeria 27974 A 18 18
81 Algeria 27975 C 18 18
82 Algeria 27976 A 18 18
83 Algeria 27977 T 18 18
84 Algeria 27978 C 18 18
85 Algeria 27979 A 18 18
86 Algeria 27980 A 18 18
87 Algeria 27981 C 18 18
88 Algeria 27982 C 18 18
89 Algeria 27983 A 18 18
90 Algeria 27984 T 18 18
91 Algeria 27985 A 18 18
92 Algeria 27986 T 18 18
93 Algeria 27987 G 18 18
94 Algeria 27988 T 18 18
95 Algeria 27989 A 18 18
96 Algeria 27990 G 18 18
97 Algeria 27991 T 18 18
98 Algeria 27992 T 18 18
99 Algeria 27993 G 18 18
100 Algeria 27994 A 18 18
101 Algeria 27995 T 18 18
102 Algeria 27996 G 18 18
103 Algeria 27997 A 18 18
104 Algeria 27998 C 18 18
105 Algeria 27999 C 18 18
106 Algeria 28000 C 18 18
107 Algeria 28001 G 18 18
108 Algeria 28002 T 18 18
109 Algeria 28003 G 18 18
110 Algeria 28004 T 18 18
111 Algeria 28005 C 18 18
112 Algeria 28006 C 18 18
113 Algeria 28007 T 18 18
114 Algeria 28008 A 18 18
115 Algeria 28009 T 18 18
116 Algeria 28010 T 18 18
117 Algeria 28011 C 18 18
118 Algeria 28012 A 18 18
119 Algeria 28013 C 18 18
120 Algeria 28014 T 18 18
121 Algeria 28015 T 18 18
122 Algeria 28016 C 18 18
123 Algeria 28017 T 18 18
124 Algeria 28018 A 18 18
125 Algeria 28019 T 18 18
126 Algeria 28020 T 18 18
127 Algeria 28021 C 18 18
128 Algeria 28022 T 18 18
129 Algeria 28023 A 18 18
130 Algeria 28024 A 18 18
131 Algeria 28025 A 18 18
132 Algeria 28026 T 18 18
133 Algeria 28027 G 18 18
134 Algeria 28028 G 18 18
135 Algeria 28029 T 18 18
136 Algeria 28030 A 18 18
137 Algeria 28031 T 18 18
138 Algeria 28032 A 18 18
139 Algeria 28033 T 18 18
140 Algeria 28034 T 18 18
141 Algeria 28035 A 18 18
142 Algeria 28036 G 18 18
143 Algeria 28037 A 18 18
144 Algeria 28038 G 18 18
145 Algeria 28039 T 18 18
146 Algeria 28040 A 18 18
147 Algeria 28041 G 18 18
148 Algeria 28042 G 18 18
149 Algeria 28043 A 18 18
150 Algeria 28044 G 18 18
151 Algeria 28045 C 18 18
152 Algeria 28046 T 18 18
153 Algeria 28047 A 18 18
154 Algeria 28048 G 18 18
155 Algeria 28049 A 18 18
156 Algeria 28050 A 18 18
157 Algeria 28051 A 18 18
158 Algeria 28052 A 18 18
159 Algeria 28053 T 18 18
160 Algeria 28054 C 18 18
161 Algeria 28055 A 18 18
162 Algeria 28056 G 18 18
163 Algeria 28057 C 18 18
164 Algeria 28058 A 18 18
165 Algeria 28059 C 18 18
166 Algeria 28060 C 18 18
167 Algeria 28061 T 18 18
168 Algeria 28062 T 18 18
169 Algeria 28063 T 18 18
170 Algeria 28064 A 18 18
171 Algeria 28065 A 18 18
172 Algeria 28066 T 18 18
173 Algeria 28067 T 18 18
174 Algeria 28068 G 18 18
175 Algeria 28069 A 18 18
176 Algeria 28070 A 18 18
177 Algeria 28071 T 18 18
178 Algeria 28072 T 18 18
179 Algeria 28073 G 18 18
180 Algeria 28074 T 18 18
181 Algeria 28075 G 18 18
182 Algeria 28076 C 18 18
183 Algeria 28077 G 18 18
184 Algeria 28078 T 18 18
185 Algeria 28079 G 18 18
186 Algeria 28080 G 18 18
187 Algeria 28081 A 18 18
188 Algeria 28082 T 18 18
189 Algeria 28083 G 18 18
190 Algeria 28084 A 18 18
191 Algeria 28085 G 18 18
192 Algeria 28086 G 18 18
193 Algeria 28087 C 18 18
194 Algeria 28088 T 18 18
195 Algeria 28089 G 18 18
196 Algeria 28090 G 18 18
197 Algeria 28091 T 18 18
198 Algeria 28092 T 18 18
199 Algeria 28093 C 18 18
200 Algeria 28094 T 18 18
201 Algeria 28095 A 18 18
202 Algeria 28096 A 18 18
203 Algeria 28097 A 18 18
204 Algeria 28098 T 18 18
205 Algeria 28099 C 18 18
206 Algeria 28100 A 18 18
207 Algeria 28101 C 18 18
208 Algeria 28102 C 18 18
209 Algeria 28103 C 18 18
210 Algeria 28104 A 18 18
211 Algeria 28105 T 18 18
212 Algeria 28106 T 18 18
213 Algeria 28107 C 18 18
214 Algeria 28108 A 18 18
215 Algeria 28109 G 18 18
216 Algeria 28110 T 18 18
217 Algeria 28111 A 18 18
218 Algeria 28112 C 18 18
219 Algeria 28113 A 18 18
220 Algeria 28114 T 18 18
221 Algeria 28115 C 18 18
222 Algeria 28116 G 18 18
223 Algeria 28117 A 18 18
224 Algeria 28118 T 18 18
225 Algeria 28119 A 18 18
226 Algeria 28120 T 18 18
227 Algeria 28121 C 18 18
228 Algeria 28122 G 18 18
229 Algeria 28123 G 18 18
230 Algeria 28124 T 18 18
231 Algeria 28125 A 18 18
232 Algeria 28126 A 18 18
233 Algeria 28127 T 18 18
234 Algeria 28128 T 18 18
235 Algeria 28129 A 18 18
236 Algeria 28130 T 18 18
237 Algeria 28131 A 18 18
238 Algeria 28132 C 18 18
239 Algeria 28133 A 18 18
240 Algeria 28134 G 18 18
241 Algeria 28135 T 18 18
242 Algeria 28136 T 18 18
243 Algeria 28137 T 18 18
244 Algeria 28138 C 18 18
245 Algeria 28139 C 18 18
246 Algeria 28140 T 18 18
247 Algeria 28141 G 18 18
248 Algeria 28142 T 18 18
249 Algeria 28143 T 18 18
250 Algeria 28144 T 18 18
251 Algeria 28145 A 18 18
252 Algeria 28146 C 18 18
253 Algeria 28147 C 18 18
254 Algeria 28148 T 18 18
255 Algeria 28149 T 18 18
256 Algeria 28150 T 18 18
257 Algeria 28151 T 18 18
258 Algeria 28152 A 18 18
259 Algeria 28153 C 18 18
260 Algeria 28154 A 18 18
261 Algeria 28155 A 18 18
262 Algeria 28156 T 18 18
263 Algeria 28157 T 18 18
264 Algeria 28158 A 18 18
265 Algeria 28159 A 18 18
266 Algeria 28160 T 18 18
267 Algeria 28161 T 18 18
268 Algeria 28162 G 18 18
269 Algeria 28163 C 18 18
270 Algeria 28164 C 18 18
271 Algeria 28165 A 18 18
272 Algeria 28166 G 18 18
273 Algeria 28167 G 18 18
274 Algeria 28168 A 18 18
275 Algeria 28169 A 18 18
276 Algeria 28170 C 18 18
277 Algeria 28171 C 18 18
278 Algeria 28172 T 18 18
279 Algeria 28173 A 18 18
280 Algeria 28174 A 18 18
281 Algeria 28175 A 18 18
282 Algeria 28176 T 18 18
283 Algeria 28177 T 18 18
284 Algeria 28178 G 18 18
285 Algeria 28179 G 18 18
286 Algeria 28180 G 18 18
287 Algeria 28181 T 18 18
288 Algeria 28182 A 18 18
289 Algeria 28183 G 18 18
290 Algeria 28184 T 18 18
291 Algeria 28185 C 18 18
292 Algeria 28186 T 18 18
293 Algeria 28187 T 18 18
294 Algeria 28188 G 18 18
295 Algeria 28189 T 18 18
296 Algeria 28190 A 18 18
297 Algeria 28191 G 18 18
298 Algeria 28192 T 18 18
299 Algeria 28193 G 18 18
300 Algeria 28194 C 18 18
301 Algeria 28195 G 18 18
302 Algeria 28196 T 18 18
303 Algeria 28197 T 18 18
304 Algeria 28198 G 18 18
305 Algeria 28199 T 18 18
306 Algeria 28200 T 18 18
307 Algeria 28201 C 18 18
308 Algeria 28202 G 18 18
309 Algeria 28203 T 18 18
310 Algeria 28204 T 18 18
311 Algeria 28205 C 18 18
312 Algeria 28206 T 18 18
313 Algeria 28207 A 18 18
314 Algeria 28208 T 18 18
315 Algeria 28209 G 18 18
316 Algeria 28210 A 18 18
317 Algeria 28211 A 18 18
318 Algeria 28212 G 18 18
319 Algeria 28213 A 18 18
320 Algeria 28214 C 18 18
321 Algeria 28215 T 18 18
322 Algeria 28216 T 18 18
323 Algeria 28217 T 18 18
324 Algeria 28218 T 18 18
325 Algeria 28219 T 18 18
326 Algeria 28220 A 18 18
327 Algeria 28221 G 18 18
328 Algeria 28222 A 18 18
329 Algeria 28223 G 18 18
330 Algeria 28224 T 18 18
331 Algeria 28225 A 18 18
332 Algeria 28226 T 18 18
333 Algeria 28227 C 18 18
334 Algeria 28228 A 18 18
335 Algeria 28229 T 18 18
336 Algeria 28230 G 18 18
337 Algeria 28231 A 18 18
338 Algeria 28232 C 18 18
339 Algeria 28233 G 18 18
340 Algeria 28234 T 18 18
341 Algeria 28235 T 18 18
342 Algeria 28236 C 18 18
343 Algeria 28237 G 18 18
344 Algeria 28238 T 18 18
345 Algeria 28239 G 18 18
346 Algeria 28240 T 18 18
347 Algeria 28241 T 18 18
348 Algeria 28242 G 18 18
349 Algeria 28243 T 18 18
350 Algeria 28244 T 18 18
351 Algeria 28245 T 18 18
352 Algeria 28246 T 18 18
353 Algeria 28247 A 18 18
354 Algeria 28248 G 18 18
355 Algeria 28249 A 18 18
356 Algeria 28250 T 18 18
357 Algeria 28251 T 18 18
358 Algeria 28252 T 18 18
359 Algeria 28253 C T 18 17 Phe120Phe
360 Algeria 28254 A C 18 17 Ile121Leu
361 Algeria 28255 T 18 18
362 Algeria 28256 C 18 18
363 Algeria 28257 T 18 18
364 Algeria 28258 A 18 18
365 Algeria 28259 A 18 18