National Institute Of Genetic Engineering and Biotechnology

P.I:Mohammad-Ali Malboobi
Here we provide last mutation observed in Nucleocapsid gene of COVID-19 prevalent in Iran.
We kindly wait your comment or coopration in tracking crona virus project.
Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  * - ? A C D E F G H I K L M N P Q R S T V Y
*     3                                      
-     370                                      
?                                            
A     27                                      
C     18                                      
D     6                                      
E     24                                      
F     30                                      
G     12                                      
H     9                                      
I     25                                      
K     21                                      
L     45                                      
M     6                                      
N     6                                      
P     18                                      
Q     15                                      
R     15                                      
S     21                                      
T     30               1                      
V     24                                      
Y     15                                      

Nucleotide and amino acid mutations

Here we provide list of mutation observed in Nucleocapsid at gene and protein of COVID-19.
-The position column is nucleotide position in reference genome as NC_045512.2
-The Reference column indicate reference nucleotide in NC_045512.2
-The NS column indicate number of samples that this position have been observed
-The NSR column indicate number of samples with reference nucleotide. Therefore diffrenciate related to Ns indicate number of sample with mutated nucleotide
Contoury Position Reference Alt. NSR NS AAchange
0 Uruguay 27394 A 105 105
1 Uruguay 27395 T 127 127
2 Uruguay 27396 G 127 127
3 Uruguay 27397 A 127 127
4 Uruguay 27398 A 127 127
5 Uruguay 27399 A 127 127
6 Uruguay 27400 A 127 127
7 Uruguay 27401 T 127 127
8 Uruguay 27402 T 127 127
9 Uruguay 27403 A 127 127
10 Uruguay 27404 T 127 127
11 Uruguay 27405 T 127 127
12 Uruguay 27406 C 127 127
13 Uruguay 27407 T 127 127
14 Uruguay 27408 T 127 127
15 Uruguay 27409 T 127 127
16 Uruguay 27410 T 127 127
17 Uruguay 27411 C 127 127
18 Uruguay 27412 T 127 127
19 Uruguay 27413 T 127 127
20 Uruguay 27414 G 127 127
21 Uruguay 27415 G 127 127
22 Uruguay 27416 C 127 127
23 Uruguay 27417 A 127 127
24 Uruguay 27418 C 127 127
25 Uruguay 27419 T 127 127
26 Uruguay 27420 G 127 127
27 Uruguay 27421 A 127 127
28 Uruguay 27422 T 127 127
29 Uruguay 27423 A 127 127
30 Uruguay 27424 A 127 127
31 Uruguay 27425 C 127 127
32 Uruguay 27426 A 127 127
33 Uruguay 27427 C 127 127
34 Uruguay 27428 T 127 127
35 Uruguay 27429 C 127 127
36 Uruguay 27430 G 127 127
37 Uruguay 27431 C 127 127
38 Uruguay 27432 T 127 127
39 Uruguay 27433 A 127 127
40 Uruguay 27434 C 127 127
41 Uruguay 27435 T 127 127
42 Uruguay 27436 T 127 127
43 Uruguay 27437 G 127 127
44 Uruguay 27438 T 127 127
45 Uruguay 27439 G 127 127
46 Uruguay 27440 A 127 127
47 Uruguay 27441 G 127 127
48 Uruguay 27442 C 127 127
49 Uruguay 27443 T 127 127
50 Uruguay 27444 T 127 127
51 Uruguay 27445 T 127 127
52 Uruguay 27446 A 127 127
53 Uruguay 27447 T 127 127
54 Uruguay 27448 C 127 127
55 Uruguay 27449 A 127 127
56 Uruguay 27450 C 127 127
57 Uruguay 27451 T 127 127
58 Uruguay 27452 A 127 127
59 Uruguay 27453 C 127 127
60 Uruguay 27454 C 127 127
61 Uruguay 27455 A 127 127
62 Uruguay 27456 A 127 127
63 Uruguay 27457 G 127 127
64 Uruguay 27458 A 127 127
65 Uruguay 27459 G 127 127
66 Uruguay 27460 T 127 127
67 Uruguay 27461 G 127 127
68 Uruguay 27462 T 127 127
69 Uruguay 27463 G 127 127
70 Uruguay 27464 T 127 127
71 Uruguay 27465 T 127 127
72 Uruguay 27466 A 127 127
73 Uruguay 27467 G 127 127
74 Uruguay 27468 A 127 127
75 Uruguay 27469 G 127 127
76 Uruguay 27470 G 127 127
77 Uruguay 27471 T 127 127
78 Uruguay 27472 A 127 127
79 Uruguay 27473 C 127 127
80 Uruguay 27474 A 127 127
81 Uruguay 27475 A 127 127
82 Uruguay 27476 C 127 127
83 Uruguay 27477 A 127 127
84 Uruguay 27478 G 127 127
85 Uruguay 27479 T 127 127
86 Uruguay 27480 A 128 128
87 Uruguay 27481 C 128 128
88 Uruguay 27482 T 128 128
89 Uruguay 27483 T 128 128
90 Uruguay 27484 T 128 128
91 Uruguay 27485 T 128 128
92 Uruguay 27486 A 128 128
93 Uruguay 27487 A 128 128
94 Uruguay 27488 A 128 128
95 Uruguay 27489 A 128 128
96 Uruguay 27490 G 128 128
97 Uruguay 27491 A 128 128
98 Uruguay 27492 A 128 128
99 Uruguay 27493 C 128 128
100 Uruguay 27494 C 128 128
101 Uruguay 27495 T 128 128
102 Uruguay 27496 T 128 128
103 Uruguay 27497 G 128 128
104 Uruguay 27498 C 128 128
105 Uruguay 27499 T 128 128
106 Uruguay 27500 C 128 128
107 Uruguay 27501 T 128 128
108 Uruguay 27502 T 128 128
109 Uruguay 27503 C 128 128
110 Uruguay 27504 T 128 128
111 Uruguay 27505 G 128 128
112 Uruguay 27506 G 128 128
113 Uruguay 27507 A 128 128
114 Uruguay 27508 A 128 128
115 Uruguay 27509 C T 128 125 Thr39Ile
116 Uruguay 27510 A 128 128
117 Uruguay 27511 T 128 128
118 Uruguay 27512 A 104 102
119 Uruguay 27513 C 104 102
120 Uruguay 27514 G 104 102
121 Uruguay 27515 A 104 102
122 Uruguay 27516 G 104 101
123 Uruguay 27517 G 104 102
124 Uruguay 27518 G 104 102
125 Uruguay 27519 C 104 102
126 Uruguay 27520 A 104 102
127 Uruguay 27521 A 104 102
128 Uruguay 27522 T 104 102
129 Uruguay 27523 T 104 102
130 Uruguay 27524 C 104 102
131 Uruguay 27525 A 104 102
132 Uruguay 27526 C 104 102
133 Uruguay 27527 C 104 102
134 Uruguay 27528 A 104 102
135 Uruguay 27529 T 104 102
136 Uruguay 27530 T 104 102
137 Uruguay 27531 T 104 102
138 Uruguay 27532 C 104 102
139 Uruguay 27533 A 104 102
140 Uruguay 27534 T 104 104
141 Uruguay 27535 C 104 104
142 Uruguay 27536 C 104 104
143 Uruguay 27537 T 104 104
144 Uruguay 27538 C 104 104
145 Uruguay 27539 T 104 104
146 Uruguay 27540 A 104 104
147 Uruguay 27541 G 104 104
148 Uruguay 27542 C 104 104
149 Uruguay 27543 T 104 104
150 Uruguay 27544 G 104 104
151 Uruguay 27545 A 104 104
152 Uruguay 27546 T 104 104
153 Uruguay 27547 A 104 104
154 Uruguay 27548 A 104 104
155 Uruguay 27549 C 104 104
156 Uruguay 27550 A 104 104
157 Uruguay 27551 A 104 104
158 Uruguay 27552 A 104 104
159 Uruguay 27553 T 104 104
160 Uruguay 27554 T 104 104
161 Uruguay 27555 T 104 104
162 Uruguay 27556 G 104 104
163 Uruguay 27557 C 104 104
164 Uruguay 27558 A 104 104
165 Uruguay 27559 C 104 104
166 Uruguay 27560 T 104 104
167 Uruguay 27561 G 104 104
168 Uruguay 27562 A 104 104
169 Uruguay 27563 C 104 104
170 Uruguay 27564 T 104 104
171 Uruguay 27565 T 104 104
172 Uruguay 27566 G 104 104
173 Uruguay 27567 C 104 104
174 Uruguay 27568 T 104 104
175 Uruguay 27569 T 104 104
176 Uruguay 27570 T 104 104
177 Uruguay 27571 A 104 104
178 Uruguay 27572 G 104 104
179 Uruguay 27573 C 104 104
180 Uruguay 27574 A 104 104
181 Uruguay 27575 C 104 104
182 Uruguay 27576 T 104 104
183 Uruguay 27577 C 104 104
184 Uruguay 27578 A 104 104
185 Uruguay 27579 A 104 104
186 Uruguay 27580 T 104 104
187 Uruguay 27581 T 104 104
188 Uruguay 27582 T 104 104
189 Uruguay 27583 G 104 104
190 Uruguay 27584 C 104 104
191 Uruguay 27585 T 104 104
192 Uruguay 27586 T 104 104
193 Uruguay 27587 T 104 104
194 Uruguay 27588 T 104 104
195 Uruguay 27589 G 104 104
196 Uruguay 27590 C 104 104
197 Uruguay 27591 T 104 104
198 Uruguay 27592 T 104 104
199 Uruguay 27593 G 104 104
200 Uruguay 27594 T 104 104
201 Uruguay 27595 C 104 104
202 Uruguay 27596 C 104 104
203 Uruguay 27597 T 104 104
204 Uruguay 27598 G 104 104
205 Uruguay 27599 A 104 104
206 Uruguay 27600 C 104 104
207 Uruguay 27601 G 104 104
208 Uruguay 27602 G 104 104
209 Uruguay 27603 C 104 104
210 Uruguay 27604 G 104 104
211 Uruguay 27605 T 104 104
212 Uruguay 27606 A 104 104
213 Uruguay 27607 A 104 104
214 Uruguay 27608 A 104 104
215 Uruguay 27609 A 104 104
216 Uruguay 27610 C 104 104
217 Uruguay 27611 A 104 104
218 Uruguay 27612 C 104 104
219 Uruguay 27613 G 104 104
220 Uruguay 27614 T 104 104
221 Uruguay 27615 C 104 104
222 Uruguay 27616 T 104 103
223 Uruguay 27617 A 104 104
224 Uruguay 27618 T 104 104
225 Uruguay 27619 C 104 104
226 Uruguay 27620 A 104 104
227 Uruguay 27621 G 104 104
228 Uruguay 27622 T 104 104
229 Uruguay 27623 T 104 104
230 Uruguay 27624 A 104 104
231 Uruguay 27625 C 104 104
232 Uruguay 27626 G 104 104
233 Uruguay 27627 T 104 104
234 Uruguay 27628 G 104 103
235 Uruguay 27629 C 104 104
236 Uruguay 27630 C 104 104
237 Uruguay 27631 A 104 104
238 Uruguay 27632 G 104 104
239 Uruguay 27633 A 104 104
240 Uruguay 27634 T 104 104
241 Uruguay 27635 C 104 104
242 Uruguay 27636 A 104 104
243 Uruguay 27637 G 104 104
244 Uruguay 27638 T 104 103
245 Uruguay 27639 T 104 104
246 Uruguay 27640 T 104 104
247 Uruguay 27641 C 104 104
248 Uruguay 27642 A 104 104
249 Uruguay 27643 C 104 103
250 Uruguay 27644 C 104 104
251 Uruguay 27645 T 105 105
252 Uruguay 27646 A 105 105
253 Uruguay 27647 A 105 105
254 Uruguay 27648 A 105 105
255 Uruguay 27649 C 105 105
256 Uruguay 27650 T 105 105
257 Uruguay 27651 G 105 105
258 Uruguay 27652 T 105 105
259 Uruguay 27653 T 105 105
260 Uruguay 27654 C 105 105
261 Uruguay 27655 A 105 105
262 Uruguay 27656 T 105 105
263 Uruguay 27657 C 105 105
264 Uruguay 27658 A 105 105
265 Uruguay 27659 G 105 105
266 Uruguay 27660 A 105 105
267 Uruguay 27661 C 105 105
268 Uruguay 27662 A 105 105
269 Uruguay 27663 A 105 105
270 Uruguay 27664 G 105 105
271 Uruguay 27665 A 105 104
272 Uruguay 27666 G 105 104
273 Uruguay 27667 G 105 105
274 Uruguay 27668 A 105 105
275 Uruguay 27669 A 105 105
276 Uruguay 27670 G 105 104
277 Uruguay 27671 T 105 105
278 Uruguay 27672 T 105 105
279 Uruguay 27673 C 105 105
280 Uruguay 27674 A 105 105
281 Uruguay 27675 A 105 105
282 Uruguay 27676 G 105 105
283 Uruguay 27677 A 105 105
284 Uruguay 27678 A 105 105
285 Uruguay 27679 C 105 105
286 Uruguay 27680 T 105 104
287 Uruguay 27681 T 105 105
288 Uruguay 27682 T 105 105
289 Uruguay 27683 A 105 105
290 Uruguay 27684 C 105 105
291 Uruguay 27685 T 105 104
292 Uruguay 27686 C 105 105
293 Uruguay 27687 T 105 105
294 Uruguay 27688 C 105 103
295 Uruguay 27689 C 105 105
296 Uruguay 27690 A 105 105
297 Uruguay 27691 A 105 105
298 Uruguay 27692 T 105 104
299 Uruguay 27693 T 105 105
300 Uruguay 27694 T 105 105
301 Uruguay 27695 T 105 105
302 Uruguay 27696 T 105 105
303 Uruguay 27697 C 105 105
304 Uruguay 27698 T 105 105
305 Uruguay 27699 T 105 104
306 Uruguay 27700 A 105 104
307 Uruguay 27701 T 105 104
308 Uruguay 27702 T 105 104
309 Uruguay 27703 G 105 104
310 Uruguay 27704 T 105 104
311 Uruguay 27705 T 105 104
312 Uruguay 27706 G 105 104
313 Uruguay 27707 C 105 104
314 Uruguay 27708 G 105 104
315 Uruguay 27709 G 105 104
316 Uruguay 27710 C 105 104
317 Uruguay 27711 A 105 104
318 Uruguay 27712 A 105 104
319 Uruguay 27713 T 105 104
320 Uruguay 27714 A 105 104
321 Uruguay 27715 G 105 104
322 Uruguay 27716 T 105 104
323 Uruguay 27717 G 105 104
324 Uruguay 27718 T 105 104
325 Uruguay 27719 T 105 104
326 Uruguay 27720 T 105 105
327 Uruguay 27721 A 105 105
328 Uruguay 27722 T 105 105
329 Uruguay 27723 A 105 105
330 Uruguay 27724 A 105 105
331 Uruguay 27725 C 105 105
332 Uruguay 27726 A 105 105
333 Uruguay 27727 C 105 105
334 Uruguay 27728 T 105 103
335 Uruguay 27729 T 105 105
336 Uruguay 27730 T 105 105
337 Uruguay 27731 G 105 105
338 Uruguay 27732 C 105 105
339 Uruguay 27733 T 105 105
340 Uruguay 27734 T 105 105
341 Uruguay 27735 C 105 105
342 Uruguay 27736 A 105 105
343 Uruguay 27737 C 105 105
344 Uruguay 27738 A 105 105
345 Uruguay 27739 C 105 105
346 Uruguay 27740 T 105 105
347 Uruguay 27741 C 105 105
348 Uruguay 27742 A 105 103
349 Uruguay 27743 A 105 105
350 Uruguay 27744 A 105 104
351 Uruguay 27745 A 105 104
352 Uruguay 27746 G 105 104
353 Uruguay 27747 A 105 105
354 Uruguay 27748 A 105 105
355 Uruguay 27749 A 105 105
356 Uruguay 27750 G 105 105
357 Uruguay 27751 A 105 105
358 Uruguay 27752 C 105 105
359 Uruguay 27753 A 105 105
360 Uruguay 27754 G 105 105
361 Uruguay 27755 A 105 105
362 Uruguay 27756 A 105 105
363 Uruguay 27757 T 105 105
364 Uruguay 27758 G 105 105
365 Uruguay 27759 A 105 105